巨野生群体遗传多样性的 RAPD 分析

巨（Bagarius yarrelli）为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性 DNA（RAPD）技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过 PCR 扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98．51％,个体间平均遗传相似系数为0．8909,个体间平均遗传距离为0．1176;群体 Nei′s 基因多样性指数为0．2916, Shannon 信息指数为0．4269,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

长石爬鮡3个地理群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对李仙江流域景东、国庆和大寨长石爬鮡(Euchiloglanis longus)种群的遗传多样性进行了分析.从100条RAPD随机引物中筛选出20条引物,对长石爬鮡3个地理种群进行了分析;共检测到58个有效位点,其中多态位点36个,多态位点达62.07％,Nei基因多样性指数为0.2378,Shannon信息指数为0.3501.3个群体未检测到各自特有的扩增带.AMOVA分析结果显示,大多数(73.06％)的遗传变异由群体内不同个体间的遗传差异造成,26.94％的遗传变异来自于群体间.种群间的遗传分化系数(Gst)为0.2104,基因流Nm为1.8762.根据个体间遗传距离进行的PCoA分析显示,3个群体基本分开.     

广东和广西地区野生文蛤的遗传多样性

以产于广东和广西两省海区的7个野生文蛤(Meretrixmeretrix)群体为实验对象,结合形态特征、生长性能分析与核基因DNA的RAPD标记,对其遗传多样性进行系统研究,结果表明,在贝壳形态方面,广西各群体的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、壳重和总重都明显大于广东群体(P<0.01);在生长性能方面,广西群体的壳宽系数、壳重指数、肥满度指数也高于广东群体(P<0.01)。RAPD分析共筛选了120个随机引物,其中,61种引物呈阳性反应,至少10种引物的扩增带表现出丰富、稳定的多态性。本实验用10个随机引物扩增出78个位点;平均每个引物在每个个体扩增出3.32条带。其中,引物8747对汕尾群体无扩增带。各群体的多样性指数为0.2088～0.2594,多态位点比例为85.71%～94.74%。群体间的遗传距离为0.0271～0.2195,相对而言,地理位置相隔越远,遗传距离越大。     

应用AFLP技术分析多鳞四指马鲅不同地理群体的遗传多样性

为研究多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)不同地理群体的遗传多样性,应用AFLP技术分析了江苏东南部近海海域(QD)、广东湛江近海海域(ZJ)、上海崇明长江口附近水域(CM)和海南琼海近海海域(QH)4个地理群体的遗传特征和群体分化。120 ind个体样品、8对引物组合共扩增246条带,多态性条带为128条,多态性比例为53.4%。群体ZJ扩增位点最多,多态性比例也最高,群体内的Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数变化趋势一致,均为CM相似文献   

罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。     

草鱼、赤眼鳟及其杂交F1遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD-PCR分子标记技术分析了草鱼、赤眼鳟及其正、反交子一代的遗传多样性。从100条引物中筛选出13条扩增效率高、多态性高的有效引物,对4个群体共120尾个体样本进行扩增,获得115个基因位点,扩增产物大小集中在300~3 000 bp,草鱼、正交F_1、赤眼鳟和反交F_1多态位点率分别为85.22%、77.39%、80.87%和70.43%,Shannon信息指数分别为0.392 4、0.396 9、0.443 3和0.358 3。结果表明,赤眼鳟的遗传多样性最丰富,正交F_1的遗传多样性优于草鱼,反交F_1的多样性最差。遗传同源性和遗传距离聚类分析表明,正交F_1和反交F_1与赤眼鳟的遗传关系更近。种群平均遗传分化指数为0.302 6,表明4个群体之间的遗传分化程度较高,30.26%的变异来源于群体间。     

我国沿海多鳞四指马■群体遗传多样性的fAFLP分析

为了解多鳞四指马■(Eleutheronema rhadinum)的遗传多样性信息,采用荧光标记扩增片段长度多态性技术(fluorescent amplified fragment length polymorphism, fAFLP)对多鳞四指马■8个地理群体214个样本进行扩增和遗传结构分析。结果显示：用9对引物组合共扩增位点493条,其中多态性位点为443条,多态性比例为89.86%;8个地理群体观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.679 0、1.467 2、0.250 8和0.363 1;群体遗传多样性高低依次为舟山>崇明>启东>东山>广州>湛江>琼海>高雄。应用AMOVA对8个群体的遗传变异来源进行分析得出,总的遗传分化指数F_st为0.237 2,表明23.72%遗传变异来自于群体间。8个地理群体遗传距离(D)在0.021 6～0.194 4之间;相似系数(H)在0.823 4～0.978 6之间,UPGMA聚类得出多鳞四指马■群体可...     

三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。     

长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚(Coilia ectenes)30个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出17个对每个刀鲚的DNA进行扩增,结果表明,17个引物共检测到148条清晰且重复性好的条带,分子量在200～2000bp之间,其中多态位点为86个,占58．11％;群体的Shannon多样性指数为0．1905,Nei基因多样性指数为0．2280;个体间最大遗传距离为0.212,最小遗传距离为0．092。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。     

北盘江光唇裂腹鱼种群基因组DNA遗传多样性的AFLP分析

为了解珠江水系北盘江光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)种群遗传多样性的现状,采用8个引物组合对其30尾个体进行了全基因组DNA扩增片段长度多态性AFLP分析。每个引物组合扩增片段数在8～73之间,扩增片段长度为69～500 bp,基因型数为28～30。8个引物组合共计检测出扩增位点975个,平均每个引物组合扩增出121.88个位点;其中多态性位点897个,多态位点比例为92.00%。观测等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei遗传多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.912 3、1.369 0、0.227 1和0.357 5。个体间遗传距离为0.214 7～0.410 9,平均为0.304 0。基于个体间遗传距离构建的UPGMA和NJ系统树具有相似的拓扑结构,均显示30尾光唇裂腹鱼聚为两支,可能分别来源于两个亚群体。北盘江光唇裂腹鱼种群遗传多样性丰富,但由于受水电站建坝、水质污染、过度捕捞等因素的影响,该种群的分布区已缩小,种群数量减少,种群遗传变异离散程度较低并存在着等位基因丢失的现象,应采取措施恢复北盘江光唇裂腹鱼的种群数量,保护其遗传多样性。     

鲮原种群体的AFLP分析

运用AFLP技术,对广东鲮鱼原种场保存的鲮原种2个子群体(子群体h、q)各29个个体进行遗传多样性分析。25对AFLP引物组合中的6对引物扩增共产生173条条带,其中多态位点数为72,多态位点比例为41.5%。在6对引物产生的173条扩增条带中,有一条扩增条带在子群体h中的出现频率远远高于其在子群体q中的出现频率(72.4%>20.6%),编号为E2M4-1。遗传多样性分析结果表明,子群体h的遗传多样性指数高于子群体q(0.1367>0.0998)。该研究为筛选鲮原种群体2个子群体间的特异性分子标记做了初步尝试。     

西北太平洋大弹涂鱼群体遗传结构的 AFLP 分析

应用AFLP标记分析了西北太平洋沿岸大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)的遗传多样性和群体结构.利用6对选择性引物对采自日本、韩国、越南及中国广西、广东、福建、台湾和浙江8个群体的126尾大弹涂鱼进行扩增.在15～500 bp之间得到186条条带,其中多态性片段160条,多态性比例为86.02％,每对引物组合扩增片段为25～36条,每对引物组合多态位点检出率为52.0％～96.42％.各群体的多态性位点比例在27.96％～57.53％之间,其中韩国群体的多态性位点比例最高,广东群体的多态性位点比例最低.各群体间Nei's遗传距离为0.038～0.151,遗传距离较大.各群体间遗传分化指数Fst值为0.175～0.459,均检测到显著的遗传分化(P=o.ooo).基于遗传距离矩阵构建的NJ系统树显示,大弹涂鱼的8个群体被分为了两支,其中日本、韩国及台湾群体聚为岛屿支系,浙江、福建、广东、广西和越南群体聚为大陆支系.AMOVA分析显示,大部分的变异组分来自于各群体内个体间,且组群间、群体间及群体内均存在明显的遗传分化.群体间遗传分化系数Gst为0.385 7,群体间的基因流Nm为0.796 4,群体间基因交流弱于其他多数鱼类.     

青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80．0％。数据分析结果显示：青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0．3395,Shannon遗传多样性信息指数为0．4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0．0788,基因分化系数Gst为0．1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和BH群体优先聚类,表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。     

鲤改良品系与体质量、体长性状相关的TRAP标记筛选

应用TRAP标记对一个鲤(Cyprinus carpio)改良品系72个个体进行扩增,采用其中25个多态性较好引物组合用于该群体遗传多样性分析.运用卡方检验分析25对引物在体质量差异显著的2组鱼中频率差异显著的位点,初步筛选出与体质量和体长性状相关的TRAP标记.将初步筛选的TRAP标记用于随机群体132个个体进行位点性状间的关联分析.结果表明,25个TRAP分子标记共扩增出353个位点,其中多态性位点230个,平均多态性比率65％,平均多态性信息含量为0.28,Nei's遗传多样性指数平均值为0.219,Shannon信息指数平均值为0.329,表明该群体遗传多样性较为丰富.在初步筛选出的3个TRAP位点(ghlTrap04-140、4rTrap04-308、igf4Ga5-135)中,4rTrap04-308与体质量、体长呈极显著相关(P<0.01).本研究利用TRA这一新型分子标记对1个鲤改良群体进行遗传分析,并寻找出1个可能与鲤体质量,体长性状相关的功能基因位点,旨在为鲤体质量、体长性状的QTL定位和分子标记辅助育种奠定基础.     

方斑东风螺2个养殖群体遗传变异的RAPD分析

运用RAPD技术对方斑东风螺(Babylonia areolata Lamarck)泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性进行研究。选取21个10 bp随机引物对方斑东风螺2个群体各20个个体进行RAPD分析,21个引物共检测出222条带。泰国养殖群体的多态位点比例为70.27%,Shannon多样性信息指数为0.1858,Nei’s基因多样性指数为0.249 1,群体内个体间平均遗传相似率为0.7920,平均遗传距离为0.2080;海南养殖群体的多态位点比例为73.87%,Shannon信息指数为0.2044,Nei’s基因多样性指数为0.2615,群体内个体间平均遗传相似率为0.7620,平均遗传距离为0.2380。群体内遗传变异占种内遗传变异的76.81%,群体间遗传变异占23.19%。以上分析表明,方斑东风螺泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性水平仍较高,但海南群体的遗传多样性水平比泰国群体要高。     

七里海中华绒螯蟹遗传多样性的RAPD和ISSR分析

利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术,分析了七里海中华绒螯蟹第6代繁育群体的遗传多样性。用10个多态性高的RAPD引物对24个七里海中华绒螯蟹样本个体进行扩增,共检测出107个不同的扩增位点,扩增片段大小为300~2300bp。其中多态位点总数为66个,平均多态位点比例为61.32%,群体内香农-维纳多样性值为0.1714。用8个多态性高的ISSR引物对24个个体共检测到106个位点,扩增片段为200~1500bp。其中多态性位点79个,平均多态位点百分率为74.53%,群体内香农-维纳多样性值为0.1778。结果显示,该群体的多态位点比例和香农-维纳多样性值均较大,说明其有较丰富的遗传多样性,同时也说明RAPD和ISSR技术用于七里海中华绒螯蟹核基因组的遗传多样性分析,具有较高的检出率和灵敏度。     

银鲳4个地理种群遗传多样性的初步研究

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自海南(HN)、浙江(ZJ)、江苏(JS)、河北(HB)等近海海域的4个地理群体银鲳进行遗传多样性分析。从20个随机引物中筛选出10个,利用POPGEN Version 1.31软件对多态位点比例和遗传距离进行统计分析。共检测出总位点数56个,其中多态位点有39个,多态位点比例为69.64%。4个海域银鲳群体的Shannon多样性指数分别为0.123 2~0.158 7,Ne i基因多样性指数分别为0.077 6~0.100 4。JS群体与HN群体的遗传距离最远,为0.321 6;JS群体与HB群体的遗传距离最近,为0.231 6。结果表明,RAPD技术具有较高的灵敏性和多态性,是分析评估银鲳遗传多样性较为适宜的分子标记之一;JS群体保持着最高的遗传多样性,而HN群体多态性比例最低、ZJ群体Shannon多样性指数最低,应采取一些有效的保护措施,以避免HN群体遗传多样性的进一步丧失。     

栉孔扇贝、虾夷扇贝及其杂交子代的群体遗传多样性分析

采用扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism,AFLP)标记对栉孔扇贝(Chlamys farreri,♀)、虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis,♂)及其Fl群体的遗传多样性进行分析.5对引物组合共扩增得到315个位点,其中311个为多态位点,总的多态位点比例为98.73%.栉孔扇贝、虾夷扇贝及其F1群体的Shannon信息指数分别为0.477 1±0.260 6、0.423 9±0.277 7、0.548 8±0.220 9;3个群体的Nei's基因多样性指数分别为0.329 1±0.185 0、0.289 7±0.195 9、0.382 8±0.161 2,表明杂交子代群体的遗传多样性水平比2个亲本群体都高.栉孔扇贝与虾夷扇贝群体间的遗传距离为0.411 6,栉孔扇贝与F1群体间的遗传距离是0.131 6,虾夷扇贝与F1群体间的遗传距离是0.278 0,表明杂种子代与母本栉孔扇贝遗传距离较近.聚类分析显示,虾夷扇贝群体、栉孔扇贝群体以及F1群体的所有个体分别聚到一起,且都形成独立群体;分子方差分析(AMOVA)结果显示,变异来源有30.47%来自群体间,有69.53%来自群体内,表明群体内的遗传多样性比较丰富.杂种优势的产生与群体遗传多态性有关.     

基于AFLP的海萝野生群体遗传多样性分析

应用AFLP分子标记技术对广东深圳、汕头和山东长岛的海萝(Gloiopeltis furcata)群体进行遗传多样性分析。应用筛选出的10对多态性丰富的AFLP引物,对这3个地理群体的90个个体进行扩增,共得到427个位点,多态性位点数为392(91.75%),各引物扩增位点数为30~59。长岛群体扩增位点最多,多态性也最高。群体内的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、遗传多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)变化趋势一致,均由高到低依次为长岛群体、汕头群体、深圳群体,表明长岛群体遗传多样性最高。3个海萝群体遗传变异主要来自群体间。群体间的基因流为0.368 9,群体分化系数(Gst)为0.575 4,表明群体间有高度分化。深圳群体和汕头群体的遗传距离最小(0.110 2),与长岛群体的遗传距离最大(0.357 7)。UPGMA聚类分析显示广东深圳和汕头群体聚为一支,山东长岛群体为另一支,表明群体间的遗传差异与地理距离有关。本研究结果为海萝资源的保护与利用提供了基础数据。     

西伯利亚鲟（Acipenser baeri）养殖群体遗传结构的AFLP分析

本研究构建了西伯利亚鲟（Acipenser baeri）扩增片段长度多态性（AFLP）分析体系,分析了DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤。用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在24～39之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为48.83%,平均Nei氏基因多样性指数H为0.4297,平均Shannon氏指数I为0.1233,个体间平均遗传距离为0.1872,表明西伯利亚鲟养殖群体的遗传多样性程度比较低,同时还构建了西伯利亚鲟的聚类图。