应用AFLP技术分析多鳞四指马鲅不同地理群体的遗传多样性

为研究多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)不同地理群体的遗传多样性,应用AFLP技术分析了江苏东南部近海海域(QD)、广东湛江近海海域(ZJ)、上海崇明长江口附近水域(CM)和海南琼海近海海域(QH)4个地理群体的遗传特征和群体分化。120 ind个体样品、8对引物组合共扩增246条带,多态性条带为128条,多态性比例为53.4%。群体ZJ扩增位点最多,多态性比例也最高,群体内的Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数变化趋势一致,均为CM相似文献   

陕西秦岭细鳞鲑群体遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术,对秦岭细鳞鲑(Brachymystax lenok)黑河群体和湑水河群体的遗传多样性进行分析。结果显示:黑河群体的多态位点比例为25.8%,群体平均杂合度为0.1782,Shannon多样性指数为0.6520;湑水河的多态位点比例为23.4%,群体平均杂合度为0.1526,Shannon多样性指数为0.05214。黑河群体内各个体之间的遗传相似度度为0.9495,遗传距离为0.0664;湑水河群体内各个体之间的遗传相似度度为0.9549,遗传距离为0.0556;两群体之间的遗传距离为0.0152。     

方斑东风螺2个养殖群体遗传变异的RAPD分析

运用RAPD技术对方斑东风螺(Babylonia areolata Lamarck)泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性进行研究。选取21个10 bp随机引物对方斑东风螺2个群体各20个个体进行RAPD分析,21个引物共检测出222条带。泰国养殖群体的多态位点比例为70.27%,Shannon多样性信息指数为0.1858,Nei’s基因多样性指数为0.249 1,群体内个体间平均遗传相似率为0.7920,平均遗传距离为0.2080;海南养殖群体的多态位点比例为73.87%,Shannon信息指数为0.2044,Nei’s基因多样性指数为0.2615,群体内个体间平均遗传相似率为0.7620,平均遗传距离为0.2380。群体内遗传变异占种内遗传变异的76.81%,群体间遗传变异占23.19%。以上分析表明,方斑东风螺泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性水平仍较高,但海南群体的遗传多样性水平比泰国群体要高。     

罗非鱼雌、雄群体遗传差异的RAPD分析

从40个随机引物中分别筛选出15和18个,对奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼雌、雄群体进行RAPD分析,结果显示:奥利亚罗非鱼雌性群体的多态位点比例为56.25%,基因多样性指数为0.2358,Shannon氏指数为0.3417,群体内的遗传相似指数为0.8625;雄性群体的多态位点比例为57.50%,基因多样性指数为0.2356,Shannon氏指数为0.3418,群体内的遗传相似指数为0.8375。尼罗罗非鱼雌性群体的多态位点比例为47.44%,基因多样性指数为0.1788,Shannon氏指数为0.2637,群体内的遗传相似指数为0.7667;雄性群体的多态位点比例为64.10%,基因多样性指数为0.2347,Shannon氏指数为0.3486,群体内的遗传相似指数为0.6769。试验结果表明,奥利亚罗非鱼雌、雄性群体的遗传多样性程度接近,而尼罗罗非鱼雄性群体的遗传多样性要比雌性群体丰富,遗传变异比雌性群体大。     

两种壳色虾夷扇贝的RAPD分析

采用RAPD技术对两种壳色虾夷扇贝Patinopecten yessoensis的遗传多样性和遗传结构及其分化进行研究。用筛选出的22个随机引物对白色贝和褐色贝各40个个体进行RAPD扩增，进行群体内及群体间的遗传学分析。白色贝共检测出128个多态位点，多态位点的比例为79．5％，Shannon遗传多样性指数为0．424；褐色贝共检测出127个多态位点，多态位点的比例为78．9％，Shannon遗传多样性指数为0．423。白色贝和褐色贝之间的遗传相似性指数和遗传距离为0．961和0．039，二者之间的遗传分化指数Gst为0．052，遗传分化的程度较低。结果表明，白色贝和褐色贝之间的等位基因频率、多态位点的比例和遗传多样性等的差别不明显，遗传变异主要来自于群体内。S285—1在褐色贝大部分个体中都能获得扩增片段，但在白色贝所有个体中均未见这个位点的扩增片段，推断S285—1为白色贝的特异阴性片段。     

长江、高邮湖、太湖日本沼虾遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA (RAPD)技术对取自长江、高邮湖、太湖3个野生群体的日本沼虾共51个个体的遗传多样性进行分析.10个随机引物共检测出54个位点(200-2500bp),长江、高邮湖、太湖各群体的多态位点比例分别为72.22%、53.70%、62.96%,基因多样性指数分别为0.2878、0.2380、0.2635.群体遗传多样性的Shannon信息指数分析表明,日本沼虾3个野生群体种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.     

巨魾野生群体遗传多样性的RAPD分析

巨魾(Bagarius yarrelli)为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过PCR扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98.51%,个体间平均遗传相似系数为0.890 9,个体间平均遗传距离为0.117 6;群体Nei's基因多样性指数为0.291 6,Shannon信息指数为0.426 9,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。     

塔里木裂腹鱼群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。     

长心卡帕藻养殖群体的遗传多样性分析

应用RAPD技术对海南6个长心卡帕藻(Kappaphycus alvarezii)养殖群体(编号分别为L、S、LA、LD、NC、XC)遗传多样性进行了分析。从30个引物中筛选出了扩增多态性强、重复性好的6个引物,并从扩增产物S345、S352、S384、S1510、S2003、S2114中检测到了43个位点,条带大小在0.3～3kb之间,其中多态位点为42个,平均多态位点百分率为98.72%。Popgen32软件分析表明,6个群体的多态位点百分率(P)在62.79%～97.67%之间,Nei’s基因多样性指数H在0.1455依0.1809到0.2463依0.1797之间,Shannon’s遗传多样性信息指数I在0.2291依0.2566到0.3808依0.2425之间,6个群体之间的遗传距离在0.0151～0.1350之间,其中海南三亚内村群体(S)的遗传多样性高于其他群体遗传多样性。使用MEGA4软件对6个群体进行UPGMA聚类分析,结果表明,6个群体中S群体单独聚为一类,其他5个群体LA与XC先聚在一起,然后与LD、L和NC聚在一起。6个群体的藻体形态和颜色虽有差别,但RAPD标记显示皆属于同一个种,即长心卡帕藻。     

七里海中华绒螯蟹遗传多样性的RAPD和ISSR分析

利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术,分析了七里海中华绒螯蟹第6代繁育群体的遗传多样性。用10个多态性高的RAPD引物对24个七里海中华绒螯蟹样本个体进行扩增,共检测出107个不同的扩增位点,扩增片段大小为300~2300bp。其中多态位点总数为66个,平均多态位点比例为61.32%,群体内香农-维纳多样性值为0.1714。用8个多态性高的ISSR引物对24个个体共检测到106个位点,扩增片段为200~1500bp。其中多态性位点79个,平均多态位点百分率为74.53%,群体内香农-维纳多样性值为0.1778。结果显示,该群体的多态位点比例和香农-维纳多样性值均较大,说明其有较丰富的遗传多样性,同时也说明RAPD和ISSR技术用于七里海中华绒螯蟹核基因组的遗传多样性分析,具有较高的检出率和灵敏度。     

广东和广西地区野生文蛤的遗传多样性

以产于广东和广西两省海区的7个野生文蛤(Meretrixmeretrix)群体为实验对象,结合形态特征、生长性能分析与核基因DNA的RAPD标记,对其遗传多样性进行系统研究,结果表明,在贝壳形态方面,广西各群体的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、壳重和总重都明显大于广东群体(P<0.01);在生长性能方面,广西群体的壳宽系数、壳重指数、肥满度指数也高于广东群体(P<0.01)。RAPD分析共筛选了120个随机引物,其中,61种引物呈阳性反应,至少10种引物的扩增带表现出丰富、稳定的多态性。本实验用10个随机引物扩增出78个位点;平均每个引物在每个个体扩增出3.32条带。其中,引物8747对汕尾群体无扩增带。各群体的多样性指数为0.2088～0.2594,多态位点比例为85.71%～94.74%。群体间的遗传距离为0.0271～0.2195,相对而言,地理位置相隔越远,遗传距离越大。     

中国太湖和荷兰的中华绒螯蟹随机扩增多态性DNA分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对中华绒螯蟹两个群体(荷兰盐城湖和中国太湖)进行了检测,从40个随机引物中筛选出14个对两群体进行扩增分析。结果为:14个引物共检测到100条清晰且重复性好的条带,分子量在200~2000bp之间,太湖和盐城湖两群体的多态位点比例、Shannon多样性指数、Ne i基因多样性指数分别为:46%和44%、0.2195和0.1976、0.1446和0.1270,两群体的遗传距离为0.013。据此结果推断,中华绒螯蟹群体遗传多样性不高,种内群体间的遗传变异较低,其遗传资源亟待保护,同时验证了荷兰的中华绒螯蟹是从中国引进繁衍的推论。     

斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。     

我国沿海不同群体文蛤遗传差异RAPD分析

本文运用RAPD对辽宁、山东、江苏、福建、广东、广西等7个地理群体的文蛤进行了分析。从40条随机引物中,筛选出11个扩增效果好、条带清晰的随机引物进行扩增。结果显示,7群体内遗传多样性丰富,遗传相似度在0.7251~0.8972之间,依次排列为:辽宁营口(0.8972)>广东湛江(0.8756)>山东日照(0.8729)>山东潍坊(0.8643)>福建云霄(0.8245)>江苏启东(0.7653)>广西合浦(0.7251)。群体间遗传距离指数及用UPGMA和NJ法构建的分子系统树结果表明,山东日照与山东潍坊两群体的亲缘关系较近,广东湛江群体与其它群体亲缘关系相对较远。     

罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。     

青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点，其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80．0％。数据分析结果显示：青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0．3395，Shannon遗传多样性信息指数为0．4861，存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0．0788，基因分化系数Gst为0．1070，表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化，通过UPGMA方法进行聚类分析显示，HM群体和BH群体优先聚类，表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。     

长吻遗传多样性的RAPD分析

以洞庭湖和原种场长吻（Leiocassis longirostris）为研究对象,采用20个随机引物对10个野生个体进行了随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）群体遗传多样性分析。共检测到103条带,每个引物产生的条带数在2～9之间,片段大小在0.2～3.0kb之间,多态座位比例为41.75%,2群体内个体间遗传相似系数和遗传距离分别是,洞庭湖个体间遗传相似性系数（S）0.8795～0.9833,遗传距离（D）0.0167～0.1205;原种场个体间S为0.8794～0.9892,D为0.0319～0.1108;比较2群体S为0.7983～0.9994,D为0.0167～0.3017;Nei遗传多样性指数（He）0.3269。结果表明,长吻群体内遗传多样性较为丰富。