中华绒螯蟹、日本绒螯蟹及其杂交F_1代群体的遗传多样性AFLP分析

通过4对引物组合对辽河水系中华绒螯蟹群体,俄罗斯的日本绒螯蟹群体及其杂交F1代(辽河蟹♀×俄罗斯蟹♂)的遗传多样性进行了AFLP分析。结果表明,4对引物共扩增出233条带(100bp~1000 bp),其中辽河群体多态条带184条,多态位点比例78.97%;俄罗斯群体177条多态带,多态位点比例75.97%;杂交群体182条多态带,多态位点比例78.11%。3个群体的群体内遗传相似度分别为0.7074±0.0469,0.7171±0.0475,0.7406±0.0449,香农多样性指数分别为0.185±0.128,0.194±0.119,0.176±0.138。变异来源有79.13%来自群体内,20.87%来自群体间。     

中国太湖和荷兰的中华绒螯蟹随机扩增多态性DNA分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对中华绒螯蟹两个群体(荷兰盐城湖和中国太湖)进行了检测,从40个随机引物中筛选出14个对两群体进行扩增分析。结果为:14个引物共检测到100条清晰且重复性好的条带,分子量在200~2000bp之间,太湖和盐城湖两群体的多态位点比例、Shannon多样性指数、Ne i基因多样性指数分别为:46%和44%、0.2195和0.1976、0.1446和0.1270,两群体的遗传距离为0.013。据此结果推断,中华绒螯蟹群体遗传多样性不高,种内群体间的遗传变异较低,其遗传资源亟待保护,同时验证了荷兰的中华绒螯蟹是从中国引进繁衍的推论。     

RAPD方法对中华绒螯蟹长江、辽河、瓯江三群体的遗传多样性分析

用RAPD技术检测了中华绒螯蟹（E．sinensis）长江、辽河、瓯江三个群体各10个个体的基因组DNA的多态性。经20个随机引物扩增得到每一个体的多态片段，通过对群体内及群体间共享片段的分析，得到三群体间的相似率数据，为中华绒螯蟹的种群关系的研究提供了重要的资料。     

欧、美中华绒螯蟹源于中国长江水系中华绒螯蟹的遗传证据

用包括Z2和Opp17两个10碱基随机引物在内的10个引物,对来自荷兰斯科克莱（Skodely)、美国加州圣何塞（San Jose)的中华绒螯蟹群体与中国长江水系中华绒螯蟹群体进行RAPD遗传比较分析。结果发现：（1）中华绒螯蟹群体特有的Z2引物扩增的700bp标记带（Z2^700bp）,在荷兰与美国2个中华绒螯蟹群体中同时出现,而不出现日本绒螯蟹南流江种群中特有的880bp标记带（Z2^880bp）,表明欧洲、美国中华绒螯蟹与中国中华绒螯蟹为同种Eriocheir sinensis,而非日本绒螯蟹Eriocheir japonicus;（2）Opp17引物扩增的947bp片段在中国长江、荷兰及美国3个中华绒螯蟹群体内的出现频率均达100%。结合Z2引物扩增结果,欧洲与美国中华绒螯蟹群体极可能是从中国长江水系中华绒螯蟹引入繁衍的。     

基于COⅠ序列绒螯蟹属DNA条形码和遗传多样性研究

对绒螯蟹属的中华绒螯蟹如东和七里海群体、日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹及狭颚绒螯蟹共80条线粒体COⅠ片段进行扩增和测序,并与GenBank中绒螯蟹属的台湾绒螯蟹2条和近方蟹属的绒毛近方蟹19条COⅠ基因序列进行联配分析。结果显示,101条序列包含44种单倍型,序列组成表现明显的碱基偏倚性。中华绒螯蟹如东、七里海群体与日本绒螯蟹间的遗传距离分别为1.210%和1.078%,明显低于COⅠ基因DNA条形码鉴别种的遗传距离为2%的阈值,表明中华绒螯蟹和日本绒螯蟹为同一物种;而合浦绒螯蟹与中华绒螯蟹如东和七里海群体及与日本绒螯蟹的遗传距离分别为4.823%、5.101%以及5.011%,明显大于2%的鉴别阈值,说明合浦绒螯蟹为独立的种。以绒毛近方蟹为外群,基于群体内及群体间的遗传距离构建的邻接树显示,中华绒螯蟹与日本绒螯蟹聚在一起,合浦绒螯蟹则聚成单系。本文测序的5个群体除狭颚绒螯蟹外,其余均具有遗传多样性,单倍型多样性为0.593±0.144~0.779±0.068,核苷酸多样性为0.00156~0.01336;此外,中华绒螯蟹如东群体与日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹和中华绒螯蟹七里海群体分别共享单倍型H1、H2和H3,说明这些蟹类可能有种质资源混杂或是遗传污染的现象。     

江苏及安徽地区十个中华绒螯蟹成蟹群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自江苏及安徽地区的10个群体的中华绒螯蟹共64个个体进行了遗传多样性分析.从24个随机引物中筛选出15个扩增重复性好、条带清晰、特异性强的引物,共检测出88个位点(100～2000 bp),各群体的多态位点比例为3.45%～26.19%,遗传多态度为0.0141～0.1036,说明该蟹类基因组DNA多态度较为贫乏,遗传变异水平较低;各群体间的遗传距离为0.0237～0.2466,遗传相似度为0.7815～0.9766,该蟹类群体之间发生了一定程度的分化;分化系数为0.4283～0.6632,Nm为0.2539～0.6674,表明该蟹类群体之间发生了不同程度的遗传变异和遗传交换.     

两种壳色虾夷扇贝的RAPD分析

采用RAPD技术对两种壳色虾夷扇贝Patinopecten yessoensis的遗传多样性和遗传结构及其分化进行研究。用筛选出的22个随机引物对白色贝和褐色贝各40个个体进行RAPD扩增，进行群体内及群体间的遗传学分析。白色贝共检测出128个多态位点，多态位点的比例为79．5％，Shannon遗传多样性指数为0．424；褐色贝共检测出127个多态位点，多态位点的比例为78．9％，Shannon遗传多样性指数为0．423。白色贝和褐色贝之间的遗传相似性指数和遗传距离为0．961和0．039，二者之间的遗传分化指数Gst为0．052，遗传分化的程度较低。结果表明，白色贝和褐色贝之间的等位基因频率、多态位点的比例和遗传多样性等的差别不明显，遗传变异主要来自于群体内。S285—1在褐色贝大部分个体中都能获得扩增片段，但在白色贝所有个体中均未见这个位点的扩增片段，推断S285—1为白色贝的特异阴性片段。     

长江、高邮湖、太湖日本沼虾遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA (RAPD)技术对取自长江、高邮湖、太湖3个野生群体的日本沼虾共51个个体的遗传多样性进行分析.10个随机引物共检测出54个位点(200-2500bp),长江、高邮湖、太湖各群体的多态位点比例分别为72.22%、53.70%、62.96%,基因多样性指数分别为0.2878、0.2380、0.2635.群体遗传多样性的Shannon信息指数分析表明,日本沼虾3个野生群体种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.     

不同地理群体星突江鲽养殖子一代群体遗传多样性分析

采用RAPD标记技术对取自韩国沿海和俄罗斯沿海的星突江鲽养殖子一代进行了遗传多样性分析。从40个10bp随机引物中筛选出11个效果稳定的引物,对每个群体40个个体进行扩增,各获得57个位点。韩国群体多态位点数为33个,其多态位点比例P为57.89%;俄罗斯群体多态位点数为32个,其多态位点比例P为56.14%。韩国群体和俄罗斯群体的Shannon遗传多样度分别为0.3384和0.2963,Nei的多样性指数h分别为0.2305和0.1947。星突江鲽两群体遗传多态度总量Hsp为0.4252。其中,群体内遗传多态度Hpop为0.3174,源于群体内的遗传多样性的比例为0.7465,而源于群体间的遗传多样性的比例为0.2535。     

中华绒螯蟹一个种质鉴定相关RAPD标记的SCAR转化

通过克隆测序获取了中华绒螯蟹Opp17目的片段,分析其长度、碱基组成等序列特征。序列测定结果表明,克隆片段的准确大小为1170bp,G+C含量为50.34%,Opp17(TGACCCGCCT)引物与所测序列中的引物结合位点完全匹配。在GenBank中对序列进行BLast检索,未找到任何同源序列。在此基础上,在原有随机引物Opp17的基础上向3’端延伸13～19个nt以设计SCAR引物,最终设计了1对中华绒螯蟹特异性SCAR(sequence characterized ampLified regions,序列特征化扩增区)引物SCAR-1(F-TGACCCGCCTCAGCACCCGAACG;R-TGACCCGCCTCTCAGCCACACACC)。利用这对引物对长江天然群体中华绒螯蟹基因组DNA进行PCR扩增,结果表明所有个体均能扩增出预期大小1170bp的特异性条带。对目的条带进行回收测序,结果与之前的测序结果完全一致,表明本研究已成功获取了中华绒螯蟹种质鉴定国家标准中Opp17目的条带的SCAR标记。     

松江鲈群体遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对辽宁丹东和河北秦皇岛2个地区松江鲈(Trachidermus fasciatus)群体的遗传多样性进行了分析。结果显示:77个ISSR引物中有4个引物能扩增出清晰条带,4个引物对两个群体各24个样品扩增出27个位点。松江鲈丹东和秦皇岛两群体的多态位点比率均为44.44%,Shannon′s指数分别为0.2728、0.2836。Shannon′s指数和AMOVA分析均显示松江鲈的遗传变异主要来自于群体内个体间。松江鲈UPGMA系统树没有依据群体分别聚类,无明显遗传趋异。两个松江鲈野生群体的平均杂合度和多态位点与处于濒危状态的江豚类似,多态性位点比例低于濒危状态的平胸龟和长江刀鲚。结果表明:两个地区松江鲈群体的遗传多样性处于较低水平,遗传变异相对贫乏;松江鲈丹东和秦皇岛两个群体间无明显的遗传分化,亲缘关系较近。     

基于SSR和ISSR标记对江苏大竹蛏野生群体和人工增殖群体的联合分析

为探索人工增殖活动对本地大竹蛏(Solen grandis)种质资源带来的影响,采用SSR及ISSR分子标记手段对江苏大竹蛏野生群体与人工增殖群体的遗传多样性及遗传结构进行了联合分析。筛选的14对SSR引物扩增获得多态性位点150个(PPB=93.16%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.134 2和0.253 5;筛选的10条ISSR引物获得多态性位点85个(PPB=91.93%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.131 0和0.230 2。两种方法分析得到野生群体的遗传多样性参数均显著高于人工增殖群体,但两群体间并未产生明显的遗传分化。实验结果表明,江苏沿海大竹蛏群体的遗传多样性水平较高,人工增殖群体的遗传多样性虽有所下降,但并未导致该地区大竹蛏种质资源遗传结构的显著改变。因此人工增养殖活动仍然能够作为补充大竹蛏资源的主要手段,但应探索采用高效生态的增养殖模式,对大竹蛏的种质资源进行合理的开发与利用。     

中国对虾5个地理群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾及海洋岛5个群体的中国对虾共95个个体的遗传多样性进行分析。14个随机引物共检测出103个位点(200～2500bp),各群体的多态位点比例在31．07％～34．95％之间。遗传距离显示中国对虾群体间有一定遗传分化,其中辽东湾和乳山湾群体问的遗传距离最大(0．0742),而辽东湾和渤海湾群体间的遗传距离最小(为0．0243),群体间的遗传分化系数为0．2083。整体来看,中国对虾的遗传变异水平较低,遗传多态度为0．1621。用UPGMA对5个群体进行聚类分析,构建谱系关系图。     

漠斑牙鲆引进群体子一代遗传多样性的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对引进群体漠斑牙鲆Paralichthys lethostigma 子一代48个个体的遗传多样性进行了分析，筛选的40个10bp的随机引物中，25个引物产生了稳定性好，可重复性强的谱带。共检测到154个位点，其中多态位点有122个，多态位点的比例为79．22％，有效等位基因数为1．5629±0．3631，Nei＇s基因多样性指数为0．3184±0．1843，Shannon信息指数是0．4651±0．2574。结果表明，漠斑牙鲆处于较高的遗传多样性水平。     

大连海域养殖裙带菜遗传多样性的ISSR分析

采用简单序列重复区间(ISSR)分子标记技术对辽宁大连海域的河口(HK)、旅顺(LS)、金石滩(JST)、凌水(LSH)4个裙带菜养殖基地和1个实验室人工单一配子体杂交(ZJ)共5个种群45个裙带菜个体进行遗传多样性分析。14个ISSR引物共扩增出清晰可辨的位点176个,其中多态性位点170个,多态位点百分数为96.59%。结果分析表明,在群体水平上基因多样性指数为0.1280~0.2328,Shannon′s信息指数为0.194 4~0.345 8,Ne i的分析结果显示种群间的遗传分化系数(Gst)为0.456 6,分子方差分析(AMOVA)显示种群间的遗传变异占总变异的47.57%,种群内变异占总变异的52.43%。UPGMA聚类结果为河口(HK)、金石滩(JST)和凌水(LSH)种群相聚为一支,旅顺(LS)和杂交(ZJ)种群聚为另一支。ISSR分析结果表明,这5个裙带菜种群内?种群间的遗传多样性水平均较低,不宜用作育种和育苗的种源。     

陕西秦岭细鳞鲑群体遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术,对秦岭细鳞鲑(Brachymystax lenok)黑河群体和湑水河群体的遗传多样性进行分析。结果显示:黑河群体的多态位点比例为25.8%,群体平均杂合度为0.1782,Shannon多样性指数为0.6520;湑水河的多态位点比例为23.4%,群体平均杂合度为0.1526,Shannon多样性指数为0.05214。黑河群体内各个体之间的遗传相似度度为0.9495,遗传距离为0.0664;湑水河群体内各个体之间的遗传相似度度为0.9549,遗传距离为0.0556;两群体之间的遗传距离为0.0152。