广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）技术检测广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹（Scylla paramamosain）6个地理群体的遗传变异和遗传结构,8条10 bp寡核苷酸随机引物扩增99个个体,分析其中的44个位点,31个位点表现出多态性,在种水平的多态位点百分率为70.45%。POPGENE分析结果显示,6个群体的多态位点百分率为29.55%～54.55%,平均为36.97%;群体的遗传多样性自高至低排列为钦州湾群体〉党江群体〉珍珠湾群体〉闸口群体〉清化群体〉流沙湾群体;群体内的遗传变异大于群体间的遗传变异,群体间的遗传分化程度较大。AMOVA分析显示,群体内遗传变异占87.03%,群体间遗传变异占12.97%,群体间发生中等程度遗传分化。Mantel检测结果表明,拟穴青蟹6个群体间的遗传距离与地理距离之间的相关性不显著。聚类分析表明,群体间聚类无明显的地域性分布格局。     

中国对虾5个地理群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾及海洋岛5个群体的中国对虾共95个个体的遗传多样性进行分析。14个随机引物共检测出103个位点(200～2500bp),各群体的多态位点比例在31．07％～34．95％之间。遗传距离显示中国对虾群体间有一定遗传分化,其中辽东湾和乳山湾群体问的遗传距离最大(0．0742),而辽东湾和渤海湾群体间的遗传距离最小(为0．0243),群体间的遗传分化系数为0．2083。整体来看,中国对虾的遗传变异水平较低,遗传多态度为0．1621。用UPGMA对5个群体进行聚类分析,构建谱系关系图。     

中国对虾抗病性状遗传标记筛选及遗传多样性分析

对人工选育的29个中国对虾半同胞家系进行人工感染WSSV后,选取存活时间最长和存活时间最短各29个个体,组成抗病群体和感病群体。用400个随机引物进行RAPD分析,得到与抗病正相关的特异性遗传标记5个,与抗病负相关的特异性遗传标记两个。15个随机引物在两个群体的扩增位点进行统计,共得到82个位点,其中多态位点34个,占41.46%,两个群体的多态位点比例分别为40.24%和37.8%。Shannon′s多样性指数估算两个群体的平均遗传多态度为0.2177,SLT群体的遗传多态度为0.2190略高于SST群体0.2163;群体内的遗传变异（HPOP/HSP）0.9645,可见96.45%的遗传变异来自于群体内,3.55%的变异来源于群体间。统计各座位的基因频率计算出两个群体的遗传分化指数为0.0294,表明两个群体并没有发生明显的遗传分化。     

中国明对虾第一代和第六代人工选育群体的遗传结构分析

采用RAPD技术对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)第一代和第六代人工选育群体的遗传结构及其分化进行了分析。在20个10bp随机引物中筛选出16个引物,共扩增出89条DNA片段,其中多态性片段分别为34和30条,多态位点比例分别为38．2％5和33．71％。对2群体的遗传学参数计算结果表明：2群体间遗传分化指数为0．1408,属中等程度分化;群体间的遗传变异平均为0．197,由此可见,80％的遗传变异来自于群体内,而近20％的变异则是来自于群体间;第六代群体的多态位点比例和遗传多态度均低于第一代群体,这可能与人工定向选育过程中注重经济性状有关。     

中国太湖和荷兰的中华绒螯蟹随机扩增多态性DNA分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对中华绒螯蟹两个群体(荷兰盐城湖和中国太湖)进行了检测,从40个随机引物中筛选出14个对两群体进行扩增分析。结果为:14个引物共检测到100条清晰且重复性好的条带,分子量在200~2000bp之间,太湖和盐城湖两群体的多态位点比例、Shannon多样性指数、Ne i基因多样性指数分别为:46%和44%、0.2195和0.1976、0.1446和0.1270,两群体的遗传距离为0.013。据此结果推断,中华绒螯蟹群体遗传多样性不高,种内群体间的遗传变异较低,其遗传资源亟待保护,同时验证了荷兰的中华绒螯蟹是从中国引进繁衍的推论。     

长石爬鮡3个地理群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对李仙江流域景东、国庆和大寨长石爬鮡(Euchiloglanis longus)种群的遗传多样性进行了分析.从100条RAPD随机引物中筛选出20条引物,对长石爬鮡3个地理种群进行了分析;共检测到58个有效位点,其中多态位点36个,多态位点达62.07％,Nei基因多样性指数为0.2378,Shannon信息指数为0.3501.3个群体未检测到各自特有的扩增带.AMOVA分析结果显示,大多数(73.06％)的遗传变异由群体内不同个体间的遗传差异造成,26.94％的遗传变异来自于群体间.种群间的遗传分化系数(Gst)为0.2104,基因流Nm为1.8762.根据个体间遗传距离进行的PCoA分析显示,3个群体基本分开.     

青蛤北方3个群体遗传多样性分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对辽宁省大连庄河海区、锦州海区及山东省东营海区青蛤群体的遗传结构和遗传变异进行分析.15条随机引物共检测到123个位点(250～2000 bp),3个群体的青蛤最大遗传距离为0.0549,遗传相似性系数超过94%,群体分化不明显,未形成不同的地理种群.3个群体总的DNA多态位点百分率为94.2%,表明3个群体青蛤当前种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.聚类分析显示辽宁锦州群体和山东东营群体优先聚类,亲缘关系较近.     

两种壳色虾夷扇贝的RAPD分析

采用RAPD技术对两种壳色虾夷扇贝Patinopecten yessoensis的遗传多样性和遗传结构及其分化进行研究。用筛选出的22个随机引物对白色贝和褐色贝各40个个体进行RAPD扩增，进行群体内及群体间的遗传学分析。白色贝共检测出128个多态位点，多态位点的比例为79．5％，Shannon遗传多样性指数为0．424；褐色贝共检测出127个多态位点，多态位点的比例为78．9％，Shannon遗传多样性指数为0．423。白色贝和褐色贝之间的遗传相似性指数和遗传距离为0．961和0．039，二者之间的遗传分化指数Gst为0．052，遗传分化的程度较低。结果表明，白色贝和褐色贝之间的等位基因频率、多态位点的比例和遗传多样性等的差别不明显，遗传变异主要来自于群体内。S285—1在褐色贝大部分个体中都能获得扩增片段，但在白色贝所有个体中均未见这个位点的扩增片段，推断S285—1为白色贝的特异阴性片段。     

草鱼自然群体和人工繁殖群体遗传多样性的研究

运用 4 0个 10碱基随机引物对长江中游草鱼自然群体和草鱼人工繁殖群体进行了随机扩增多态DNA (RAPD)分析。在所用引物中 ,有 9个能在草鱼不同个体扩增出多态DNA带 ,占引物总数的 2 2 5 %。结果表明 ,长江中游自然繁殖草鱼群体个体间的遗传相似度在 0 92 94～ 0 986 2之间 ,平均值为 0 96 4 9,遗传变异度在 0 0 138～ 0 0 716之间 ,平均值为 0 0 4 5 1;Shanonn表型多样性指数 (Ho)为 10 0 6 6 4 ;Shannnon多样性值(H)为 0 0 4 6 6 ;草鱼人工繁殖群体个体间的遗传相似度在 0 972 5～ 0 995 4之间 ,平均值为 0 984 2 ,遗传变异度在 0 0 0 4 6～ 0 0 2 75之间 ,平均值为 0 0 15 8;Shannon表型多样性指数为 3 5 732 ,Shannnon多样性值为 0 0 16 5。人工繁殖草鱼群体的遗传变异度和Shannon表型多样性指数均明显低于长江自然繁殖群体。     

福建东山和广东阳江褐毛鲿养殖群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术对福建东山和广东阳江褐毛鲿养殖群体进行了遗传多样性分析。采用6对选择性引物组合对2个群体60个个体进行扩增,共扩增出313个位点,多态位点85个。东山和阳江褐毛鲿养殖群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数、Shannon遗传多样性指数分别为24.60%和25.56%、0.0795和0.0768、0.1210和0.1176,2个群体的遗传多样性均处于较低水平。遗传分化系数Gst及AMO-VA分析表明,2个群体的遗传变异主要来源于群体内个体间。UPGMA聚类图及PCA分析显示,群体间具有典型的地理特征,且出现了一定程度的遗传分化。     

七里海中华绒螯蟹遗传多样性的RAPD和ISSR分析

利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术,分析了七里海中华绒螯蟹第6代繁育群体的遗传多样性。用10个多态性高的RAPD引物对24个七里海中华绒螯蟹样本个体进行扩增,共检测出107个不同的扩增位点,扩增片段大小为300~2300bp。其中多态位点总数为66个,平均多态位点比例为61.32%,群体内香农-维纳多样性值为0.1714。用8个多态性高的ISSR引物对24个个体共检测到106个位点,扩增片段为200~1500bp。其中多态性位点79个,平均多态位点百分率为74.53%,群体内香农-维纳多样性值为0.1778。结果显示,该群体的多态位点比例和香农-维纳多样性值均较大,说明其有较丰富的遗传多样性,同时也说明RAPD和ISSR技术用于七里海中华绒螯蟹核基因组的遗传多样性分析,具有较高的检出率和灵敏度。     

广东1个鲮原种群体的种质特征及遗传多样性分析

收集西江流域肇庆段的野生鲮鱼苗进行跟踪观察,记录其生长情况,测量形态参数,结果表明,该批鲮原种存在体色及生长性能等方面的分化一种体色淡黄,命名为子群体h,一种体色青,命名为子群体q;子群体h的生长性能优于子群体q。从2个子群体中各取24个个体进行RAPD分析。20条随机引物扩增共获得了179条清晰稳定的条带,其中多态性条带为82条。用popgen软件进行RAPD数据处理,结果是总群体的平均杂和度为0.1281,遗传距离为0.1232;子群体h的平均杂和度为0.1248,遗传距离为0.1151;子群体q的平均杂和度为0.1164,遗传距离为0.1010;2个子群体间的遗传距离值为0.1383。这个结果表明,该原种群体遗传多样性较高。     

大菱鲆引进群体与国内累代繁养群体线粒体D-loop区部分序列的遗传多态性分析

采用PCR扩增和DNA测序技术,测定分析了引自冰岛和法国的大菱鲆两个引进群体以及1个国内累代繁养群体共60尾个体的mtDNAD-loop区部分序列的遗传多样性。结果表明,60尾个体中,扩增获得的mtDNAD-Loop区部分序列长度为739～759bp;共检测到46个变异位点,其中单一变异位点17个,简约信息位点29个;共检测出56个单倍型,各群体的单倍型多样度分别为冰岛1．000、法国0．950、累代繁养0．850。3个群体的核苷酸多态性分别为冰岛0．00797、法国0．01134和累代繁养0．00616。各群体间的遗传分化系数分别为冰岛＂US法国0．53441、冰岛＂OS累代繁养0．27723、法国VS累代繁养0．60725。虽然3个群体的遗传多样性都不高,但是各种群之间存在一定的遗传分化,可以分别作为单独的种群进行种质保存和利用,特别是法国种群与其他两个种群间的遗传距离更远,更具引种价值。     

皱纹盘鲍遗传多样性的RAPD分析

对采自山东长岛和辽宁大连海域的两个自然群体皱纹盘鲍的遗传多样性进行了RAPD分析。16个随机引物在两群体中共检测到了179个位点,其中,长岛和大连群体中的多态位点数分别为88和91个,两群体的多态位点百分率分别为49·16%和50·84%;Shannon′s多样性指数(H0)分别为0·2496和0·2668。有70%以上的遗传变异来自群体内,显示两群体内均有较高程度的遗传变异。研究结果表明,长岛和大连的皱纹盘鲍群体已出现了明显的遗传分化。     

三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。     

3个不同地理群体黑鲷遗传变异的RAPD分析

利用RAPD技术对取自胶州湾(青岛)、台湾海峡(厦门)和北部湾(海南)3个天然群体的24尾黑鲷(Sparus macrocephalus)进行群体内与群体间的遗传变异分析.在事先优化的反应条件下,所使用的60个随机引物中,有28个引物扩增出清晰稳定的片段,共计200条,大小在200～2 500 bp,其中多态性片段135条(多态性片段的比例为67.50%).青岛、厦门和海南黑鲷群体内的遗传距离分别是0.106 8、0.093 9和0.120 6,相似系数为0.893 2、0.906 1和0.879 4;群体间的遗传距离分别是0.155 0、0.131 8和0.122 8,其中青岛和海南黑鲷群体间的遗传距离最大,青岛与厦门其次,厦门与海南最小.群体内与群体间都具有较高的遗传变异.用MEGA2.1软件的UPGMA程序和NJ程序进行聚类分析,厦门与海南群体首先聚在一起,其次是青岛群体,两者的结果相一致.     

Genetic variation of the razor clam Ensis siliqua (Jeffreys, 1875) along the European coast based on random amplified polymorphic DNA markers

Ensis siliqua is regarded as an increasingly valuable fishery resource with potential for commercial aquaculture in many European countries. The genetic variation of this razor clam was analysed by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) in six populations from Spain, Portugal and Ireland. Out of the 40 primers tested, five were chosen to assess genetic variation. A total of 61 RAPD loci were developed ranging in size from 400 to 2000 bp. The percentages of polymorphic loci, the allele effective number and the genetic diversity were comparable among populations, and demonstrated a high level of genetic variability. The values of Nei's genetic distance were small among the Spanish and Portuguese populations (0.051–0.065), and high between these and the Irish populations. Cluster and principal coordinate analyses supported these findings. A mantel test performed between geographic and genetic distance matrices showed a significant correlation (r=0.84, P<0.05), suggesting an isolation by distance process.