5种帘蛤科贝类随机扩增多态性DNA比较分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对浙江南部海区硬壳蛤、等边浅蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和文蛤的遗传多样性进行了分析和比较。5个种群的群间遗传距离明显大于群内遗传距离;群内相似性系数由高到低依次为等边浅蛤(0.681),青蛤(0.656),文蛤(0.606),菲律宾蛤仔(0.537),硬壳蛤(0.526);UPG-MA分析显示等边浅蛤、菲律宾蛤仔聚为一组,青蛤、文蛤、硬壳蛤聚为一组,然后进行总的聚类。硬壳蛤作为浙江南部新引进的海水养殖外来物种,遗传多样性优势明显;平阳县南麂列岛的等边浅蛤则迫切需要进行资源保护并开展品种选育工作。     

我国5个青蛤地理群体形态差异分析

运用3种多元统计分析方法,比较研究了我国青蛤5个地理群体(福建、浙江、江苏、天津及辽宁)的形态差异。选择了14个可量性状和6个地区生态特征参数进行主成分分析和聚类分析。结果表明,江苏、天津和辽宁的形态较接近,其中福建群体的趋异差异最大。主成分分析构建了3个主成分。其贡献率:主成分1为28.05%,主成分2为18.6%,主成分3为14.0%,累计贡献率为60.65%。逐步判别选入8个贡献率较大的性状进行判别分析。结果显示,5个群体形态差异显著(P<0.01)。建立了5群体判别函数,其判别准确率P1为35%~90%,P2为73.7%~86%。综合判别率为67.5%。青蛤形态学差异是遗传和环境共同作用的结果,结合分子遗传学研究将更准确地描述青蛤5群体间的遗传特性,为今后种质资源保护及遗传育种提供依据。     

我国五个青蛤地理群体遗传变异的RAPD分析

本文利用RAPD方法对我国浙江、江苏、辽宁、天津和福建沿海青蛤地理群体的遗传变异和遗传结构进行了分析。从60条随机引物中,筛选出其中12条扩增效果好、条带清晰的引物进行扩增。结果表明,青蛤遗传多样性较丰富,五个群体的多态度在0.249～0.307之间,平均为0.278,按递减依次为江苏>福建>辽宁>浙江>天津;经分子方差分析(AMOVA),10.69%的遗传变异来自于群体间,89.31%来自于群体内,遗传分化除辽宁与江苏、天津群体间不显著外,其它群体间分化显著;根据遗传距离,用UPGMA法进行聚类分析表明,浙江群体与江苏群体,辽宁群体与天津群体分别先聚在一起,最后与福建群体聚类;S11、S424、S228、S4254个引物可以区分这五个青蛤地理种群,作为群体特征标记。     

虾夷扇贝微卫星标记的分离及其养殖群体的遗传结构分析

采用新型生物素-磁珠吸附微卫星与同位素杂交相结合的方法筛选出15对微卫星引物,并对大连地区3个虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)养殖群体(黑石礁海区、小长山岛海区、广鹿岛海区)的遗传结构进行分析.获得175个阳性克隆并测序,得到160个含微卫星的序列,其中完美型,非完美型和混合型分别占42.69%(73)、46.20%(79)和11.11%(19),经筛选得到15个微卫星标记.虾夷扇贝3个群体的有效等位基因数在1.000 0～8.857 3之间;期望杂合度在0.0211～0.9111之间;观测杂合度在0.000 0～0.877 8之间.表明这几个群体遗传多样件水平较高.群体间遗传相似系数在0.929 1～0.962 4,相似性较高.聚类分析显示,黑石礁群体与小长山岛群体遗传距离最小,亲缘关系最近.基于Hardy-Weinberg平衡的卡方检验表明3个群体均在一定程度上偏离了平衡.本研究所获得的微卫星位点可以为虾夷扇贝的群体遗传多样性分析和遗传图谱的构建等研究提供参考,群体的遗传结构分析对虾夷扇贝的养殖和遗传育种具有一定的指导意义.[中国水产科学,2009,16(1):39-46]     

广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹群体遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）技术检测广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹（Scylla paramamosain）6个地理群体的遗传变异和遗传结构,8条10 bp寡核苷酸随机引物扩增99个个体,分析其中的44个位点,31个位点表现出多态性,在种水平的多态位点百分率为70.45%。POPGENE分析结果显示,6个群体的多态位点百分率为29.55%～54.55%,平均为36.97%;群体的遗传多样性自高至低排列为钦州湾群体〉党江群体〉珍珠湾群体〉闸口群体〉清化群体〉流沙湾群体;群体内的遗传变异大于群体间的遗传变异,群体间的遗传分化程度较大。AMOVA分析显示,群体内遗传变异占87.03%,群体间遗传变异占12.97%,群体间发生中等程度遗传分化。Mantel检测结果表明,拟穴青蟹6个群体间的遗传距离与地理距离之间的相关性不显著。聚类分析表明,群体间聚类无明显的地域性分布格局。     

长江、高邮湖、太湖日本沼虾遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA (RAPD)技术对取自长江、高邮湖、太湖3个野生群体的日本沼虾共51个个体的遗传多样性进行分析.10个随机引物共检测出54个位点(200-2500bp),长江、高邮湖、太湖各群体的多态位点比例分别为72.22%、53.70%、62.96%,基因多样性指数分别为0.2878、0.2380、0.2635.群体遗传多样性的Shannon信息指数分析表明,日本沼虾3个野生群体种质资源状况良好,遗传多样性水平较高.     

三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。     

江苏及安徽地区十个中华绒螯蟹成蟹群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自江苏及安徽地区的10个群体的中华绒螯蟹共64个个体进行了遗传多样性分析.从24个随机引物中筛选出15个扩增重复性好、条带清晰、特异性强的引物,共检测出88个位点(100～2000 bp),各群体的多态位点比例为3.45%～26.19%,遗传多态度为0.0141～0.1036,说明该蟹类基因组DNA多态度较为贫乏,遗传变异水平较低;各群体间的遗传距离为0.0237～0.2466,遗传相似度为0.7815～0.9766,该蟹类群体之间发生了一定程度的分化;分化系数为0.4283～0.6632,Nm为0.2539～0.6674,表明该蟹类群体之间发生了不同程度的遗传变异和遗传交换.     

基于线粒体cyt b基因标记探讨凤鲚3群体遗传结构和进化特征

为阐明凤鲚不同地理群体的遗传结构和进化关系,采用凤鲚长江(21尾)、闽江(22尾)和珠江(22尾)群体的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)的细胞色素b (cyt b)基因片段序列进行分析.共获得3群体cyt b基因片断607 bp的一致序列.序列有102个变异位点,总变异率为16.8%,其中68个为简约位点.各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失.(A T)含量为57.6%,大于(G C)的含量42.4%.核苷酸多态性以闽江群体最高,其它两群体较低.自然选择检验显示3群体内部在分子水平上存在自然选择作用.在所获得的65个序列中,共检测到34种单倍型.群体内的遗传距离为0.3%～1.2%之间,群体间遗传距离在0.8%～10.8%之间.长江群体与珠江群体之间的遗传距离较大为10.8%,长江群体与闽江群体间的遗传距离为10.6%,而珠江和闽江群体之间的遗传距离最小为0.8%.AMOVA分析显示,群体间遗传变异占总变异的90.25%,群体内的遗传变异占总变异的9.75%,提示群体间变异是总变异的主要来源.研究结果提示长江群体和闽江以及珠江群体间的分化可能已达亚种水平.     

广东和广西地区野生文蛤的遗传多样性

以产于广东和广西两省海区的7个野生文蛤(Meretrixmeretrix)群体为实验对象,结合形态特征、生长性能分析与核基因DNA的RAPD标记,对其遗传多样性进行系统研究,结果表明,在贝壳形态方面,广西各群体的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、壳重和总重都明显大于广东群体(P<0.01);在生长性能方面,广西群体的壳宽系数、壳重指数、肥满度指数也高于广东群体(P<0.01)。RAPD分析共筛选了120个随机引物,其中,61种引物呈阳性反应,至少10种引物的扩增带表现出丰富、稳定的多态性。本实验用10个随机引物扩增出78个位点;平均每个引物在每个个体扩增出3.32条带。其中,引物8747对汕尾群体无扩增带。各群体的多样性指数为0.2088～0.2594,多态位点比例为85.71%～94.74%。群体间的遗传距离为0.0271～0.2195,相对而言,地理位置相隔越远,遗传距离越大。     

基于CO Ⅰ的中国西施舌DNA条形码

以我国大连(DL)、日照(RZ)、启东(QD)、长乐(CL)、漳州(ZZ)和北海(BH)6个野生群体西施舌为研究对象,用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段序列,PCR产物双向测序,用ClustalX进行DNA序列比对,用MEGA4.1和PhyML软件构建NJ树和ML树,...     

利用AFLP指纹技术研究中国沿海真鲷群体的遗传变异和趋异

用AFLP指纹技术在中国沿海真鲷群体进行遗传学变异和趋异分析，使用了6对引物：E－ACC／M－CAT、E－AGG／M－CTG、E－AGG／M－CTT、E－AAC／M－CTA、E－ACA／M－CTG、E－AAC／M－CAA，在威海、厦门和北部海湾海区三个野生群体区42个体中检出646个扩增位点（片段大小50－400bp)，其中70％位点在群体内或群体间呈现多态。三个群体的多态位点比例变化在58．4％－64．0％，遗传相似系数变化在0．8425－08200，以威海群体的遗传变异量最大，北部湾群体的最小。三群体空遗传距离和UPGMA谱系图显示，厦门海区与北部湾的真鲷差异较小，可以认为是同一个亚种群的不同群体，黄海真鲷与前二个群体差异比较大，属于另一个不同的亚种群。     

3个水域黄鳍鲷线粒体DNA D-loop基因序列多态性研究

利用PCR技术扩增海南海口市、福建厦门市和广东珠海市3个地理群体海捕黄鳍鲷线粒体D-loop基因片段，测定了该基因片段580bp序列。结果发现，3个地理群体内和群体间都存在丰富的DNA序列多态性，共检测到33个多态性核苷酸位点(5．7％)，24个个体具有22种单倍型(haplotype)。UPGMA法构建的分子系统树中，海南群体内所有的单倍型聚成一支，福建与广东的单倍型混杂在一起，聚成一支。从序列差异的分析中得出，海南群体与福建和广东群体的亲缘关系较远；福建群体和广东群体亲缘关系较近。     

中国对虾5个地理群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾及海洋岛5个群体的中国对虾共95个个体的遗传多样性进行分析。14个随机引物共检测出103个位点(200～2500bp),各群体的多态位点比例在31．07％～34．95％之间。遗传距离显示中国对虾群体间有一定遗传分化,其中辽东湾和乳山湾群体问的遗传距离最大(0．0742),而辽东湾和渤海湾群体间的遗传距离最小(为0．0243),群体间的遗传分化系数为0．2083。整体来看,中国对虾的遗传变异水平较低,遗传多态度为0．1621。用UPGMA对5个群体进行聚类分析,构建谱系关系图。     

微卫星分析四个大黄鱼群体的遗传多样性

为保护人工养殖大黄鱼的种质资源,用15对微卫星标记对来自浙江沿海地区的四个大黄鱼养殖群体共171个个体进行了遗传多样性分析.结果显示,这些标记在四个群体中均表现出丰富的多态性;共检测到206个等位基因;各基因座观测等位基因数7～23个,平均等位基因数13.73,大小在88～318bp之间.四个群体的平均观测杂和度(Ho)为0.5981～0.6893,期望杂和度(He)为0.7319～0.7944,多态信息含量(PIC)0.7138～0.7836,表明四个养殖群体在所检测位点均具有较好的多态性.对遗传距离的计算结果表明闵粤东群体与反交群体较近,聚类结果中首先聚到一起.本研究首次选择微卫星标记评估人共选育大黄鱼群体的遗传多样性,并采用高精度的377 DNA测序仪进行检测,将对大黄鱼的种质资源保护提供科学依据.     

辽宁沿海5个毛蚶群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR技术,对辽宁沿海5个毛蚶群体的遗传多样性进行了研究。在选择的12个随机引物中共检测到137个扩增片段,长度在200~2 500 bp,每个个体获得的扩增条带在9~15条不等。利用POPGEN 3.2和MEGA 2统计软件,获得实验数据,确立了5个群体间的亲缘关系。结果表明,毛蚶5个地理群体分化不明显,没有形成不同的地理种群;聚类分析显示,丹东和庄河亲缘关系最近,然后依次为金州、营口、锦州;5个群体无论是在多态位点比例还是在平均杂合度上都处于较高水平,说明毛蚶当前种质资源状况良好,遗传多样性水平较高。     

长江上游特有鱼类红唇薄鳅线粒体控制区遗传多样性研究

红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)是长江上游特有鱼类,近年来资源量不断下降。本研究利用线粒体控制区序列片段(896 bp)分析了长江上游红唇薄鳅的遗传多样性及遗传结构,为其资源保护提供科学依据。共采集了119尾样本,来自长江上游江津、四川南溪、岷江下游蕨溪等。结果显示,共检测到58个单倍型,平均单倍型多样性为0.967,平均核苷酸多样性0.006 7,表明红唇薄鳅种群具有较高的遗传多样性。单倍型NETWORK网络关系图和分析系统树结果显示红唇薄鳅单倍型不按地理分布聚类,但是明显分成了2个谱系,表明红唇薄鳅群体发生了同域遗传分化。AMOVA分析结果显示,采样点和采样时间的群体间没有发生遗传分化。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析表明红唇薄鳅Lineage 1种群在距今0.007 5~0.055 Ma(百万年)期间发生过种群选择或扩张事件。     

6个野生鼠尾藻种群遗传多样性的AFLP分析

运用AFLP分子标记技术对大连庄河石城岛(SCD)、瓦房店将军石(JJS)、长海县大长山(DCS)、旅顺董砣子(DTZ)和旅顺盐场(YC)5个野生鼠尾藻(Sargassum thunbergii)种群与山东蓬莱(PL)1个野生群体的共60个个体进行遗传多样性分析。采用10对引物组合共扩增出条带530条,其中多态性带417条,平均多态性检出比例为78.68%。AMOVA分析显示,大部分的遗传变异(76.58%)存在于种群内,少部分(23.42%)存在于种群之间。遗传分化系数(Gst)为0.2418,与遗传固定化系数(Fst)的值(0.2342)接近,表明鼠尾藻种群内部具有较高的遗传分化,同时种群间的基因流Nm=0.8175,表明基因流动较低。UPGMA聚类分析表明,大连5个野生鼠尾藻种群与山东蓬莱鼠尾藻种群遗传距离较远,明显聚为2支;大连种群中将军石和大长山2个种群聚为1支,遗传相似系数为0.7698,再与董砣子种群聚类到一起;盐场种群单独聚为1支,且与其他种群的遗传相似系数均在0.5830以下。分析结果表明,各鼠尾藻种群内部存在着较高的遗传多样性,而种群间的遗传多样性水平较低,其遗传距离的远近不仅与地理隔离因素有关,高盐等外界环境胁迫也可能起到了一定的作用。鼠尾藻的生殖方式、种群间基因流动的大小以及生长环境的差别可能是其种群分化的主要原因。     

Complete mitochondrial DNA sequence,gene organization and genetic variation of control regions in <Emphasis Type="Italic">Parargyrops edita</Emphasis>

ABSTRACT:   The complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome of Parargyrops edita was determined by gene amplification using long polymerase chain reaction and direct sequencing techniques. The genome with 16 640 bp contained 37 genes (two ribosomal RNA, 22 transfer RNA, and 13 protein-coding genes). The content and order of genes was identical to those in typical teleosts. The major non-coding region of 964 bp in length with several conserved sequence features were identified as the control region (CR). Both COI and ND4 began with a GTG start codon, which is unusual in other fishes. The genetic variation of the CR from 27 wild samples was evaluated. A total of 536 bp consensus sequence of CR was aligned and 26 unique haplotypes were identified. The haplotype diversity (h) was estimated to be 0.997 (standard deviation [SD] 0.011) and nucleotide diversity ( π ) was 0.014 (SD 0.008) for the sample collected from coastal waters of Guangdong Province. It showed a very high level of genetic variation in the sample and also suggested that mtDNA CR sequence analysis can be use to evaluate the genetic diversity and genetic structure of P. edita .