红唇薄鳅2个野生群体的遗传多样性研究

采用9个微卫星DNA标记对长江支流岷江下游厥溪和长江上游干流朱杨溪红唇薄鳅的2个野生群体遗传多样性及遗传分化情况进行了研究。共检测出73条等位基因,其中厥溪群体中有55条等位基因,朱杨溪群体中有69条等位基因,两群体共有等位基因数为51条。厥溪群体和朱杨溪群体的平均等位基因数分别为6.111和7.667,平均观测杂合度分别为0.665和0.668;平均期望杂合度分别0.684和0.712,平均多态性信息指数分别为0.621和0.656,从各参数结果来看,朱杨溪群体的遗传多样性水平高于厥溪。AMOVA结果显示,大多数遗传变异存在于红唇薄鳅群体内(98.68%),群体间的遗传变异为1.32%,固定系数不显著。基因流为9.42,表明两群体间基因交流频繁。UPGMA聚类显示,厥溪和朱杨溪群体中的个体相互混杂。这些结果表明长江上游厥溪和朱杨溪群体未出现遗传分化。     

长江上游中华金沙鳅和短身金沙鳅线粒体遗传多样性研究

为了解中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及短身金沙鳅(J.abbreviate)遗传多样性,本研究采用线粒体DNA控制区序列,对长江上游巴南、江津、合江、宜宾、犍为、巧家、宁南和攀枝花等8个群体的中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及巴南、合江和犍为3个群体的短身金沙鳅(J.abbreviate)的遗传多样性进行研究。结果显示:中华金沙鳅和短身金沙鳅的遗传结构存在差异,中华金沙鳅的遗传多样性较高,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.999和0.0182;而短身金沙鳅的遗传多样性水平较低(Hd:0.411,Pi:0.0005)。分子变异方差分析(AMOVA)显示两种鱼均无显著地理遗传分化,但单倍型系统发育树和网络结构图揭示了中华金沙鳅存在群体内遗传分化,形成三个谱系,表明缺乏长期亚群体隔离和高水平基因流。中性检验和Bayesian skyline plot(BSP)结果表明,中华金沙鳅在历史上曾发生过群体扩张事件,扩张时间约在10万~17万年前。     

长江中上游圆筒吻鮈群体线粒体Cyt b遗传多样性分析

为探明大坝建设及过度捕捞等可能会对圆筒吻鮈资源造成的影响,采用线粒体DNA Cyt b基因序列对长江中上游宜宾、泸州、合江、江津、巴南、涪陵和黄冈7个圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus)群体进行研究,分析其遗传多样性及遗传结构。结果表明:在获得的998 bp序列长度中检测到14个变异位点,140尾样本定义15个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.625、0.000 77,说明圆筒吻鮈种群遗传多样性较贫乏。分子变异方差分析(AMOVA)表明圆筒吻鮈地理群体间未出现显著遗传分化。单倍型Network网络分析呈星型结构,邻接系统发育(NJ)树显示单倍型没有出现高支持率的分支,表明群体内部没有发生遗传分化。中性检验、错配分布及BSP分析均表明圆筒吻鮈发生历史种群扩张事件,种群扩张发生在0.06 Ma(百万年前)。综上表明,圆筒吻鮈的群体遗传多样性较低,群体间遗传分化不显著,建议将圆筒吻鮈群体作为一个整体就地保护,并在今后应加强长期监测。     

应用鱼类生物完整性指数评价黑水河河流健康状况

黑水河为金沙江下游一级支流,是白鹤滩库区干流鱼类的重要替代生境和优先保护支流。为评价黑水河河流健康状况,于2018年11月至2019年9月在黑水河23个采样点开展了4次鱼类资源调查,共采集到鱼类45种,隶属于4目10科33属。以黑水河河口、水文站上游和825回水点作为参照点,经过分布范围、判别能力及相关性分析等指标构建黑水河鱼类生物完整性指数（F-IBI）评价体系。使用1、3、5赋值法和比值法计算各采样点的IBI分值以评价各采样点健康状况,结果显示,1、3、5赋值法和比值法的结果虽然不完全相同,但趋势是一致的。黑水河大部分采样点的健康状况处于“较差”和“一般”水平。Pearson相关性分析结果显示：F-IBI分值与海拔呈显著负相关（P<0.01）。丰度生物量比较曲线显示,黑水河鱼类群落结构整体上受到中度干扰。评价结果与河流实际情况相符合,可为黑水河的环境保护和监测提供科学依据。     

长江上游宜宾江段鱼类早期资源现状研究

本研究于2017―2019年每年4―7月在宜宾江段开展鱼类早期资源调查。结果显示,宜宾江段有鱼类22种,隶属于3目5科,以鲤科(Cyprinidae)鱼类为主,其中,产漂流性卵鱼类13种,特有鱼类6种。不同鱼类繁殖时间具有明显的年内和年间差异,但均在6月进入繁殖盛期。2017―2019年,鱼卵总径流量分别为12.10×106、70.42×106和35.77×106粒,鱼苗总径流量分别为30.95×106、41.47×106和39.44×106尾,其中,特有鱼类3年累计总卵径流量为15.91×106粒。经推算,在宜宾江段分布着多个产漂流性卵鱼类的产卵场,规模较大的产卵场主要分布在周坝、桃子湾和华龙码头3处。吻 (Rhinogobio typus)产卵场从东岳庙至向家坝坝下均有分布,3年累计产卵量最大达40.93×106粒,且吻 产卵场有向下游迁移的趋势。草鱼(Ctenopharyngodon idellus)产卵场主要分布在马铭溪码头和桃子湾。CCA分析结果显示,水位、水温和流量等环境因子对鱼卵密度有不同程度的影响,犁头鳅(Lepturichthys fimbriata)和花斑副沙鳅(Parabotia fasciata)在水温和流量较高时产卵;草鱼和小眼薄鳅(Leptobotia microphthalma)繁殖条件相近,与水位、流量和流速相关性较高;吻 和铜鱼(Coreius heterokon)产卵受溶解氧和透明度变化的影响较大。虽然受到金沙江下游梯级水电开发等多种因素的影响,但宜宾江段作为保护区的重要组成部分,仍是多种鱼类产卵繁殖的重要分布区,近年来,资源量呈上升趋势缓慢恢复。建议加强该江段早期资源研究,开展生境保护与修复,落实好“十年禁渔”,以促进资源恢复。     

长江上游宜昌鳅早期资源特征及影响因子分析

为探究长江上游鱼类早期资源在金沙江一期工程蓄水前后的变化情况,2011—2015年每年5月5日—7月10日在长江上游江津断面,通过定点连续采样监测对宜昌鳅早期资源进行了调查.结果显示,2011—2015年累计335 d的调查中,宜昌鳅(Gobiobotia filifer)鱼卵出现天数为135 d,共采集到鱼卵1492粒,估算出采样期间江津断面宜昌鳅鱼卵径流量分别为7.18×107粒、5.54×107粒、2.62×107粒、9.85×107粒和14.11×107粒,是长江上游主要的产漂流性卵鱼类之一.通过Pearson Correlation对宜昌鳅鱼卵密度与水文环境因子进行相关性分析,结果表明宜昌鳅鱼卵日均密度与透明度存在极显著的正相关关系(P<0.01),与水位、 流量、 电导率、 流速则存在极显著的负相关关系(P<0.01).蓄水前后,宜昌鳅的早期资源量出现了较大的波动,相对多度则出现了明显的上升,由4.64%增长到了11.05%.     

长江上游江津断面铜鱼鱼卵时空分布特征及影响因子分析

为了解金沙江一期工程蓄水前后的长江上游铜鱼繁殖情况,2011—2014年每年5月5日—7月10日,在江津江段通过使用圆锥网捕捞鱼卵,定点进行早期资源调查。结果显示,在采集到的8 014粒鱼卵中铜鱼鱼卵数量最多,占总鱼卵数的14.76%。调查期间江津江段铜鱼卵苗年均年总径流量为22.45×10⁷尾。2011年—2014年江津江段铜鱼鱼卵日均密度各年平均值分别为8.41、10.57、1.32和3.18个/1 000 m³,2013年和2014年铜鱼鱼卵日均密度显著低于2011年和2012年。对铜鱼鱼卵日均密度与水文环境因子进行相关性分析,发现鱼卵日均密度与透明度呈显著负相关,而2013年和2014年透明度显著高于2011年和2012年。根据鱼卵发育时期和流速推测江津白沙至羊石及榕山至兆雅两个江段为铜鱼的主要产卵区域,该区域铜鱼产卵量约占铜鱼产卵总量的56.96%。研究表明,金沙江一期工程蓄水对铜鱼产卵行为产生了影响,建议工程运行期间应根据长江上游铜鱼的产卵条件进行科学调度,并禁止在产卵江段进行捕捞。     

基于Mi-Seq高通量测序分析裸体异鳔鳅鮀微卫星组成

利用Mi-Seq高通量测序法,分析长江上游特有鱼类裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)的基因组微卫星序列,观察其微卫星的组成及其特征。结果显示:在所测得的2到5碱基微卫星重复单元中,两碱基重复所占比例最多(83.15%),其中又以AC/TG类型为主。AAT和ATC是三碱基重复单元出现频率最多的,比例分别为56.01%和13.46%,高于其他六种类型的总和。四碱基重复单元占所有微卫星序列比例的2.73%,AAAG、AAAT和AGAT三种类型出现的次数最多。五碱基重复单元中,只发现3种重复序列,并且重复次数仅在1~2次内。使用引物设计软件Primer Premier Version 5.0设计引物,选择合成50对,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,筛选出具有多态性的微卫星引物共23对。实验还对裸体异鳔鳅基因组微卫星各碱基重复单元的长度进行了分析,结果表明裸体异鳔鳅微卫星主要集中在12~20 bp的范围内,占比91.53%。分析认为,在趋同选择的压力下,重复序列有向较短序列进化的趋势。     

长江中游宜昌江段鱼类早期资源现状

为了探明长江中游宜昌江段鱼类早期资源状况,2014年和2015年连续两年于5―7月在长江中游宜昌江段对产漂流性卵鱼类进行监测,期间共采集鱼卵12209粒。通过分子生物学方法共鉴定出27种鱼类,隶属于2目、4科。其中鲤科鱼类种类数最多,占77%;其次是鳅科,占15%;平鳍鳅科和银鱼科最少,均为4%。鉴定出的27种鱼类中,产漂流性卵鱼类有22种。2014年和2015年长江中游宜昌江段产漂流性卵鱼类的产卵量分别为79.1×10~8粒和70.9×10~8粒,其中四大家鱼产卵量分别为5.65×10~8粒和6.13×10~8粒。监测期间共出现7次产卵高峰(2014年4次,2015年3次),集中在6月初及6月中下旬。四大家鱼产卵量日变化与长江流量日变化关联性较强。2014年宜昌断面采集的四大家鱼鱼卵来自采样点上游的葛洲坝下(坝下–庙咀)、宜昌(胭脂坝–云池)和白洋(白洋镇–关州)三处产卵江段,2015年的四大家鱼鱼卵则来自葛洲坝下(坝下–庙咀)、宜昌(胭脂坝–红花套)两个产卵场。和历史资料相比,长江中游宜昌江段四大家鱼产卵场位置略有下移,规模呈减少趋势。建议继续科学适宜地开展生态调度和增殖放流,满足长江中游鱼类繁殖需求。     

长江水生生物资源与环境本底状况调查(2017—2021)

长江是中华民族的母亲河,为了落实长江大保护,农业农村部统筹部署设立长江渔业资源与环境调查(2017—2021)。由中国水产科学研究院总牵头,中国水产科学研究院长江水产研究所技术总协调,联合流域内外24家科研院所和高校,对长江流域重点水域的鱼类种类组成及分布、鱼类资源量、濒危鱼类、长江江豚、渔业生态环境、消落区、捕捞渔业和休闲渔业等7个专题开展了系统调查。调查结果显示,(1)长江历史(2017年前)分布鱼类记录有18目37科163属443种,本次调查中有135种鱼类未采集到,新采集到15种外来鱼类;(2)当前鱼类资源数量约为8.86亿尾,重量约为12.48万t,仅相当于20世纪50年代的27.3%、80年代的58.7%,流域性优势种为鲤、鲫、鲢、黄颡鱼、短颌鲚、鲇、蛇、草鱼、光泽黄颡鱼、?、鳜、铜鱼、翘嘴鲌、鳊、鳙,重量占比达50%,数量占比达45%;(3)长江流域的国家一、二级重点保护鱼类29种(属),本次调查共记录到15种,白鲟已被IUCN认定灭绝,鯮和鲥已多年未见野生个体,长江鲟被IUCN认定野外灭绝,中华鲟、胭脂鱼和松江鲈多年未见自然繁殖;(4)2017—2021年,长江中下游干...