草鱼野生群体和人工繁殖群体遗传结构的比较研究

采用新型分子标记SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)对草鱼(Ctenopharyngodon idella)1个野生群体(来自邗江草鱼国家级原种场)和2个人工繁殖群体(分别来自淡水中心良种场和无锡前洲水产良种场)进行遗传多样性分析,从不同引物组合中筛选出8组条带清晰、多态性丰富的引物组合,每个引物组检测到的位点数为12～21个,在3个草鱼群体中共检测到120个位点,其中多态性位点有92个,多态位点比例为76.67%,显示了较高的多态性。野生群体与2个人工繁殖群体多态位点比例分别为67.62%、59.81%、53.33%,平均杂合度分别为0.214 3、0.211 0、0.172 2;邗江野生群体与2个人工繁殖群体间的遗传距离分别为0.098 0、0.115 9,两个人工繁殖群体间遗传距离为0.095 9。结果表明,草鱼人工繁殖群体遗传多样性有所下降。比较各扩增位点显性基因型频率在不同区间的分布发现,人工繁殖群体低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。     

中华绒螯蟹、日本绒螯蟹及其杂交F_1代群体的遗传多样性AFLP分析

通过4对引物组合对辽河水系中华绒螯蟹群体,俄罗斯的日本绒螯蟹群体及其杂交F1代(辽河蟹♀×俄罗斯蟹♂)的遗传多样性进行了AFLP分析。结果表明,4对引物共扩增出233条带(100bp~1000 bp),其中辽河群体多态条带184条,多态位点比例78.97%;俄罗斯群体177条多态带,多态位点比例75.97%;杂交群体182条多态带,多态位点比例78.11%。3个群体的群体内遗传相似度分别为0.7074±0.0469,0.7171±0.0475,0.7406±0.0449,香农多样性指数分别为0.185±0.128,0.194±0.119,0.176±0.138。变异来源有79.13%来自群体内,20.87%来自群体间。     

星突江鲽（Platichthys stellatus）群体同工酶分析

采用水平凝胶电泳技术对星突江鲽（Platichthys stellatus）养殖群体进行了同工酶分析。筛选了9种酶,检测到15个位点,在0.99水平上,仅PGM^＊位点表现为多态,LDH^＊、SDH^＊、G3PDH^＊、GPI-1^＊、GPI-2^＊、GPI-3^＊、IDHP^＊、SOD-1^＊、SOD-2^＊、SOD-3^＊、MDH-1^＊、MDH-2^＊、MPI-1^＊和MPI-2^＊均为单态,多态位点比例为6.67%,实际观测杂合度为0.0098,预期杂合度为0.0303,平均有效等位基因数目为1.0557。结果表明,星突江鲽养殖群体的遗传多样性水平较低。     

我国引进条斑星鲽群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP技术对我国条斑星鲽引进群体(烟台、大连和莱州)共63尾个体的遗传多样性及遗传变异进行分析,计算了3个群体间的遗传相似性指数和遗传距离,并构建了UPGMA系统发生树.10个引物组合在3个群体中共扩增到827个位点,大小位于50～700bp.每个引物组合扩增到的多态性条带在8到37条之间不等,平均为17.9个.3个群体的多态性位点比例分别为29.14%、15.60%和20.31%;Shannon多样性指数分别为0.1799、0.0949和0.1231;Nei基因多样性指数分别为0.1225、0.0658和0.0848.3个条斑星鲽引进群体的遗传多样性水平,烟台引进群体最高,莱州引进群体次之,大连引进群体最低,但总体水平均较低.烟台引进群体与大连引进群体间的遗传距离最大为0.0230,莱州引进群体与大连引进群体间的遗传距离最小为0.0129.3个引进群体间的遗传分化系数(Gst)为0.219,表明3个引进群体之间发生了一定程度的分化.     

星突江鲽同工酶的遗传多样性研究

采用聚丙烯酰胺垂直板不连续凝胶电泳技术对星突江鲽Platichthys stellatus野生亲本繁殖子一代的同工酶进行了检测.分析了44个样本的9种同工酶在肌肉中的表达情况.9种同工酶共记录了20个基因座位,其中Amy-3、Gdh、Ldh、Me和Sdh-1共5个座位呈多态,多态座位百分数是25%.平均每个座位的等位基因有效数值A,为1.204 6,预期杂合度H_e 为0.107 8,实际杂合度H_o为0.182 9.同时还分析了星突江鲽各个多态座位的Hardy-Weinberg遗传偏离指数d.这些数据说明,星突江鲽野生亲本繁殖子一代的养殖群体遗传多样性水平较高,有利于对其资源进行开发以及对其遗传育种工作的开展.     

罗非鱼雌、雄群体遗传差异的RAPD分析

从40个随机引物中分别筛选出15和18个,对奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼雌、雄群体进行RAPD分析,结果显示:奥利亚罗非鱼雌性群体的多态位点比例为56.25%,基因多样性指数为0.2358,Shannon氏指数为0.3417,群体内的遗传相似指数为0.8625;雄性群体的多态位点比例为57.50%,基因多样性指数为0.2356,Shannon氏指数为0.3418,群体内的遗传相似指数为0.8375。尼罗罗非鱼雌性群体的多态位点比例为47.44%,基因多样性指数为0.1788,Shannon氏指数为0.2637,群体内的遗传相似指数为0.7667;雄性群体的多态位点比例为64.10%,基因多样性指数为0.2347,Shannon氏指数为0.3486,群体内的遗传相似指数为0.6769。试验结果表明,奥利亚罗非鱼雌、雄性群体的遗传多样性程度接近,而尼罗罗非鱼雄性群体的遗传多样性要比雌性群体丰富,遗传变异比雌性群体大。     

基于多个线粒体序列的中韩俄沿海不同地理群体刺参的遗传多样性及种群结构分析

为评价不同海域不同体色特征刺参群体的遗传结构，本研究采用PCR技术扩增了中国、韩国和俄罗斯沿海8个刺参(Apostichopus japonicus)群体的16S rDNA、COⅠ和D-loop序列。根据所获得的16S rDNA、COⅠ和D-loop序列分析这8个群体的遗传多样性和遗传进化关系。结果显示，16S rDNA、COⅠ和D-loop序列长度分别为543 bp、656 bp和509~527 bp。16S rDNA序列中共检测到16个多态位点，16种单倍型，单倍型多样性指数为0.629，核苷酸多样性指数为0.0016，平均核苷酸差异数0.880。COⅠ序列共检测到62个多态位点，38种单倍型，单倍型多样性指数为0.958，核苷酸多样性指数为0.0073，平均核苷酸差异数为4.796。D-loop序列共检测到200个多态位点，61种单倍型，单倍型多样性指数为0.922，核苷酸多样性指数为0.0157，平均核苷酸差异数为6.834。3个线粒体片段对于不同群体的遗传多样性检测结果显示，D-loop和COⅠ序列的多态位点数、单倍型数和核苷酸多样性均显著高于16S rDNA序列，更适用于同一物种不同群体遗传结构的解析。韩国浦项地区3个群体遗传多样性最高，这可能与其所处地理位置洋流影响有关。利用COⅠ基因对采自浦项的3种体色刺参进行遗传分化分析，遗传分化系数Fst<0.05，不存在遗传分化。对所采集的群体构建的系统进化树结果显示，青岛海参群体与烟台海参群体聚为一支，再与韩国群山黑参群体聚为一支，然后与韩国木浦黑参群体聚在一起，向外依次为俄罗斯群体及韩国浦项的3个群体，不同种群的遗传结构受洋流影响最大，其次跟其地理分布有关。     

鲮原种群体的AFLP分析

运用AFLP技术,对广东鲮鱼原种场保存的鲮原种2个子群体(子群体h、q)各29个个体进行遗传多样性分析。25对AFLP引物组合中的6对引物扩增共产生173条条带,其中多态位点数为72,多态位点比例为41.5%。在6对引物产生的173条扩增条带中,有一条扩增条带在子群体h中的出现频率远远高于其在子群体q中的出现频率(72.4%>20.6%),编号为E2M4-1。遗传多样性分析结果表明,子群体h的遗传多样性指数高于子群体q(0.1367>0.0998)。该研究为筛选鲮原种群体2个子群体间的特异性分子标记做了初步尝试。     

AFLP分析3个不同体色花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异

通过AFLP技术对中国东南沿海的3个不同体色花尾胡椒鲷（Plectorhinchus cinctus）养殖群体进行了遗传分析。6对引物组合从3个群体中扩增出370个位点，其中多态位点比例为49．5％，每对引物组合扩增的片段为51～71条，平均6113条，每对引物组合多态位点检出率为39．4%-56．5％。正常群体、白色和灰色变异群体的多态位点比例分别为41．4％、36．3％、34．3％，平均杂合度分别为0．1145、0．0887和0．0837。遗传多样性衡量指标表明，正常花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异量相对最大，遗传多样性相对较高，白色变异群体次之，而灰色变异群体最低，白色变异群体和灰色变异群体两者间遗传多样性差异并不显著（P〉0．05），显示变异群体的遗传多样性降低。正常群体与白色群体之间的遗传距离（0．0354）最大，遗传相似系数最小（0．9652）。同时，遗传分化系数只（0．1362）和AMOVA方差分量百分比（10．68％）也表明群体间存在着一定程度的遗传结构分化，说明对体色这一特定表型性状的人为定向选育对花尾胡椒鲷养殖群体的遗传变异产生一定的影响。     

罗氏沼虾缅甸野生群体和浙江养殖群体的遗传多样性比较

采用形态学方法、同工酶电泳技术和DNA分析方法对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii DeMan)缅甸野生群体(BNP种群)和浙江省养殖群体(ZCP种群)的遗传多样性进行比较分析。结果表明,两种群在外形、体色、生长等方面存在一定的差异;对罗氏沼虾11种酶的25个基因位点进行分析,得出BNP种群和ZCP种群的同工酶分析所得出的多态位点比例及平均杂合度分别为12％和:16％,0.0431和0.0501。根据同工酶的基因频率计算得两种群的遗传相似系数为0.9963,遗传距离为0.0037;22个经筛选的10bp随机引物共检测到139个RAPD位点,BNP种群的多态位点比例和遗传多态度(Ho)分别为33.81％和0.0940,高于ZCP种群的30.22％和0.0780,两个群体的平均遗传多态度(Hpop)为0.0860,90％以上的遗传变异是在群体内检测到的。根据RAPD扩增的基因频率得出两群体间的遗传距离为0.1206。无论是同工酶电泳结果还是RAPD分析结果,都表明罗氏沼虾缅甸野生群体的遗传多样性高于浙江养殖群体,说明人工养殖会导致罗氏沼虾遗传多样性的下降。结果还表明,罗氏沼虾群体遗传多样性水平欠丰富,因此需要对罗氏沼虾群体实行科学的管理。     

马氏珠母贝大亚湾和三亚野生种群内自繁及种群间杂交一代的RAPD分析

运用RAPD技术分析了广东大亚湾野生种群内繁殖一代DDl群体和海南三亚野生种群内繁殖一代SSl、两野生种群间杂交一代DS1群体各18个个体的遗传多样性。筛选的28个含10碱基的随机引物中，其中11个随机引物可产生稳定和可重复的多态扩增结果，共检测出86个位点，其中DDl群体有74个基因位点，其中56个表现多态，多态比例为75．68％；SSl群体79个基因位点，其中57个表现多态，多态比例是72．15％；DSl群体有72个基因位点，其中64个表现多态，多态比例为88．89％。用修正的Shannon表型多态性指数量化3个群体的遗传多态性，DDl、SSl和DS13个群体的遗传多态性分别为0．2280，0．2ll5和0．2456。不同地理种群间杂交能够增加子代的遗传多态性。     

Genetic variation of Rutilus rutilus caspicus (Jakowlew 1870) populations in Iran based on random amplified polymorphic DNA markers: a preliminary study

Rutilus rutilus caspicus is regarded as a valuable fish species both for angling and commercial food in Iran. This fish is also considered as a significant food source for beluga sturgeon. The genetic diversity of this fish species collected from two geographical areas (Gorgan Bay and Anzali Wetland) along the Iranian coastline of the Caspian Sea was examined using the analysis of randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Using 10 decamer primers, the total number of RAPD bands produced in both Gorgan Bay and Anzali Wetland populations were 94 bands. The percentages of polymorphic bands were comparable in Anzali Wetland (41.48%) and Gorgan Bay (43.61%), suggesting similar levels of polymorphism of the two populations to be used for establishing selective breeding programmes. The value of Nei's genetic distance (d=0.04) among populations was small, despite the large geographic separation. The data serve as a baseline analysis of current genetic diversity found among R. rutilus caspicus populations in Iran.     

Genetic diversity of Nile tilapia populations revealed by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)

Genetic diversity of the Nile tilapia Oreochromis niloticus collected from the river Nile (Cairo, Assuit and Qena) and two Delta lakes (Burullus and Manzalla) in Egypt was examined by the analysis of randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Of 25 primers examined,21 primers produced 230 RAPD bands. The percentage of polymorphic bands in Manzalla (29.4%) and Burullus (24%) populations was low compared with Assuit (30.54%), Cairo (33.5%) and Qena (44.84%) populations. The highest percentage of polymorphic bands was observed in the Qena population,suggesting a greater potential for use in breeding programs. The molecular phylogenetic tree constructed by unweighted pair‐group method of analysis shows Manzalla and Burullus populations strongly linked and separate from the Assuit and Cairo populations, with Qena population as outgroup. The data serve as a baseline analysis of the current genetic diversity found among O. niloticus populations in Egypt.     

大口黑鲈选育群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对大口黑鲈(Micropterus salmoides)F3、F4代选育群体的遗传结构进行分析,并计算2个选育群体和一个对照养殖群体的遗传多态度、遗传距离及分化系数。结果显示,8对AFLP引物共扩增到262条带,其中多态性条带有80条,每对引物检测到的多态性条带在5～13之间。F3、F4代选育群体和对照养殖群体的多态性位点比例分别为29.36%、29.20%、30.29%。Shannon多样性指数分别为0.2017,0.1955,0.2042。结果表明,选育群体相较于对照养殖群体多态位点比例和遗传多态度均有所下降。群体间的遗传变异平均为0.0752,由此可见,92.48%的遗传变异来自于群体内,而只有7.52%的遗传变异来自于群体间,这初步显示了大口黑鲈在遗传上的稳定性,群体尚具有一定的选育潜力,可继续进行人工选育。     

方斑东风螺2个养殖群体遗传变异的RAPD分析

运用RAPD技术对方斑东风螺(Babylonia areolata Lamarck)泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性进行研究。选取21个10 bp随机引物对方斑东风螺2个群体各20个个体进行RAPD分析,21个引物共检测出222条带。泰国养殖群体的多态位点比例为70.27%,Shannon多样性信息指数为0.1858,Nei’s基因多样性指数为0.249 1,群体内个体间平均遗传相似率为0.7920,平均遗传距离为0.2080;海南养殖群体的多态位点比例为73.87%,Shannon信息指数为0.2044,Nei’s基因多样性指数为0.2615,群体内个体间平均遗传相似率为0.7620,平均遗传距离为0.2380。群体内遗传变异占种内遗传变异的76.81%,群体间遗传变异占23.19%。以上分析表明,方斑东风螺泰国养殖群体和海南养殖群体的遗传多样性水平仍较高,但海南群体的遗传多样性水平比泰国群体要高。     

中国太湖和荷兰的中华绒螯蟹随机扩增多态性DNA分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对中华绒螯蟹两个群体(荷兰盐城湖和中国太湖)进行了检测,从40个随机引物中筛选出14个对两群体进行扩增分析。结果为:14个引物共检测到100条清晰且重复性好的条带,分子量在200~2000bp之间,太湖和盐城湖两群体的多态位点比例、Shannon多样性指数、Ne i基因多样性指数分别为:46%和44%、0.2195和0.1976、0.1446和0.1270,两群体的遗传距离为0.013。据此结果推断,中华绒螯蟹群体遗传多样性不高,种内群体间的遗传变异较低,其遗传资源亟待保护,同时验证了荷兰的中华绒螯蟹是从中国引进繁衍的推论。     

塔里木裂腹鱼群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。     

长吻遗传多样性的RAPD分析

以洞庭湖和原种场长吻（Leiocassis longirostris）为研究对象,采用20个随机引物对10个野生个体进行了随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）群体遗传多样性分析。共检测到103条带,每个引物产生的条带数在2～9之间,片段大小在0.2～3.0kb之间,多态座位比例为41.75%,2群体内个体间遗传相似系数和遗传距离分别是,洞庭湖个体间遗传相似性系数（S）0.8795～0.9833,遗传距离（D）0.0167～0.1205;原种场个体间S为0.8794～0.9892,D为0.0319～0.1108;比较2群体S为0.7983～0.9994,D为0.0167～0.3017;Nei遗传多样性指数（He）0.3269。结果表明,长吻群体内遗传多样性较为丰富。     

中华鳖五群体遗传变异的RAPD分析

从97个10碱基随机引物中筛选出30个多态性引物,对黄河鳖、淮河鳖、洞庭湖鳖、鄱阳湖鳖及太湖鳖5个群体共100只个体进行RAPD分析.结果表明,中华鳖的遗传多样性较丰富.表现在(1)在获得的341条RAPD扩增带中,有234条(68.6%)呈现多态性;2个引物有可明显地反映种群差异的扩增带,其中S105扩增的1408bp在黄河鳖的出现频率仅为20%,而在另外4个群体的出现频率达80%～90%;S37扩增的438bp在5个群体的出现频率大小为黄河鳖85% >淮河鳖65% >洞庭湖鳖55% >鄱阳湖鳖40% >太湖鳖20%,呈现出从黄河到淮河到长江、从长江的中游到下游逐步降低的遗传渐变现象;(2)多态位点比例(P)的大小顺序为太湖鳖59.25%>洞庭湖鳖56.52%>鄱阳湖鳖55.80%>淮河鳖55.03%>黄河鳖54.43%,但5个群体间的差异不显著(F=0.644<F0.05;4,145=2.45);5群体内的遗传多态度(π)在0.3644～0.3883间;(3)群体内遗传相似度大小顺序为淮河鳖0.782>黄河鳖0.771>鄱阳湖鳖0.768>洞庭湖鳖0.750>太湖鳖0.722,其中太湖鳖与黄河鳖、淮河鳖、鄱阳湖鳖3个群体间的差异显著(P <0.05);(4)分子方差分析(AMOVA)表明,黄河鳖与淮河鳖、洞庭湖鳖及鄱阳湖鳖3个群体间,太湖鳖与黄河鳖、淮河鳖2个群体间有极显著的遗传分化(P<0.001);(5)根据遗传距离,用UPGMA 和NJ法进行聚类分析表明黄河鳖与淮河鳖、洞庭湖鳖与鄱阳湖鳖分别先聚在一起,最后再与太湖鳖聚类,显示太湖鳖在基因组上与其它4个群体鳖存在明显歧化.     

辽宁沿海海蜇与沙海蜇遗传多样性的AFLP分析

海蜇和沙海蛰均为腔肠动物门的大型食用水母,采用AFLP分子标记技术对辽宁沿海的海蜇野生群体、养殖群体和沙海蜇野生群体共90个个体进行了遗传多样性分析.10对引物共得到560个稳定扩增位点.3个群体的多态性位点比例为海蜇野生群体82.05%.海蜇养殖群体78.46%,沙海蜇野生群体74.10%;平均杂合度分别为0.2072,0.1850和0.2116,Shannon多样性指数分别为0.3248、0.2954和0.3262,海蜇野生群体与海蜇养殖群体和沙海蜇野生群体的遗传距离分别为0.0300和0.2702.分析结果表明,3个群体的遗传多样性均保持了相对较高的水平.