光棘球海胆3个地理亚群的遗传多样性AFLP分析

应用AFLP技术对光棘球海胆的大连长海县群体、大连旅顺群体及日本青森县群体进行遗传多样性分析。试验结果表明,4对引物组合扩增得到231个扩增位点,其中168个多态位点,多态位点总比例为72.73%;3个群体的遗传多样性指数分别为0.3020±0.1925、0.2995±0.1977和0.2945±0.1935;Shannon多样性指数分别为0.4390±0.2767、0.4344±0.2820和0.4298±0.2766;群体内遗传变异系数为0.2987±0.0366,群体间遗传分化系数为0.0230,说明群体内的遗传多样性比较丰富。3个群体之间的遗传距离无显著差异,遗传相似度基本一致,用UPGMA方法对3个群体的143个个体的聚类分析显示,3个群体的个体交互混杂在一起,3个群体间没有因为地理隔离而产生明显的遗传分化。     

不同地理群体星突江鲽养殖子一代群体遗传多样性分析

采用RAPD标记技术对取自韩国沿海和俄罗斯沿海的星突江鲽养殖子一代进行了遗传多样性分析。从40个10bp随机引物中筛选出11个效果稳定的引物,对每个群体40个个体进行扩增,各获得57个位点。韩国群体多态位点数为33个,其多态位点比例P为57.89%;俄罗斯群体多态位点数为32个,其多态位点比例P为56.14%。韩国群体和俄罗斯群体的Shannon遗传多样度分别为0.3384和0.2963,Nei的多样性指数h分别为0.2305和0.1947。星突江鲽两群体遗传多态度总量Hsp为0.4252。其中,群体内遗传多态度Hpop为0.3174,源于群体内的遗传多样性的比例为0.7465,而源于群体间的遗传多样性的比例为0.2535。     

大口黑鲈选育群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对大口黑鲈(Micropterus salmoides)F3、F4代选育群体的遗传结构进行分析,并计算2个选育群体和一个对照养殖群体的遗传多态度、遗传距离及分化系数。结果显示,8对AFLP引物共扩增到262条带,其中多态性条带有80条,每对引物检测到的多态性条带在5～13之间。F3、F4代选育群体和对照养殖群体的多态性位点比例分别为29.36%、29.20%、30.29%。Shannon多样性指数分别为0.2017,0.1955,0.2042。结果表明,选育群体相较于对照养殖群体多态位点比例和遗传多态度均有所下降。群体间的遗传变异平均为0.0752,由此可见,92.48%的遗传变异来自于群体内,而只有7.52%的遗传变异来自于群体间,这初步显示了大口黑鲈在遗传上的稳定性,群体尚具有一定的选育潜力,可继续进行人工选育。     

仿刺参遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术对威海(WH)、烟台(YT)和大连(DL)沿海自然群体和蓬莱养殖群体(PL)仿刺参(Apostichopus japonicus)的遗传多样性进行了分析.实验使用了20条随机引物,对来自于4个群体的80个个体进行了遗传多样性分析.结果表明,YT、PL、DL、WH 4群体多态位点比例分别为65.71%、62.96%、65.51%、57.57%,遗传多态度分别为0.195 4、0.184 1、0.189 7、0.173 8.养殖群体与野生群体相比,遗传参数上都有不同程度的降低.4个群体之间的遗传分化指数Gst在0.0257～0.0554之间,其中蓬莱养殖群体与其他3个自然群体之间发生了中等程度或接近中等程度的分化,而3个自然群体之间遗传分化较低.经过UPGMA聚类分析,威海群体与大连群体之间亲缘关系最近,蓬莱养殖群体与3个自然群体之间亲缘关系均较远.     

３种虹鳟养殖群体的遗传结构及遗传多样性分析

从40个随机引物中筛选出20个,采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对甘肃金鳟、道氏虹鳟和美国金鳟3个群体进行了遗传结构和遗传多样性分析.结果表明,甘肃金鳟、道氏虹鳟、美国金鳟群体多态位点百分比分别为82.79%、73.33 %、77.87%;平均等位基因数分别为1.8239、1.7429、1.7887,有效等位基因数分别为1 4823、1 4281、1.4527;基因多样度分别为0.2820、0.2528 、0.2675,Shannon遗传多样性指数分别为0.4219、0 3801、0 4022;以上参数表明,3个群体的遗传多样性均处于偏高的水平,且以甘肃金鳟的遗传多样性最为丰富.甘肃金鳟与美国金鳟之间的遗传距离最大,道氏虹鳟与美国金鳟之间的遗传距离最小.遗传分化指数表明,种内群体间的遗传分化程度很低,而群体内个体间的分化程度很高,变异主要来源于群体内个体间.综合分析认为,甘肃金鳟遗传多样性偏高,有进一步选育的遗传潜力;同时,群体内遗传分化程度较大,说明品种的纯度可能较低,经济性状不够稳定,需进一步选育.     

西北太平洋大弹涂鱼群体遗传结构的 AFLP 分析

应用AFLP标记分析了西北太平洋沿岸大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)的遗传多样性和群体结构.利用6对选择性引物对采自日本、韩国、越南及中国广西、广东、福建、台湾和浙江8个群体的126尾大弹涂鱼进行扩增.在15～500 bp之间得到186条条带,其中多态性片段160条,多态性比例为86.02％,每对引物组合扩增片段为25～36条,每对引物组合多态位点检出率为52.0％～96.42％.各群体的多态性位点比例在27.96％～57.53％之间,其中韩国群体的多态性位点比例最高,广东群体的多态性位点比例最低.各群体间Nei's遗传距离为0.038～0.151,遗传距离较大.各群体间遗传分化指数Fst值为0.175～0.459,均检测到显著的遗传分化(P=o.ooo).基于遗传距离矩阵构建的NJ系统树显示,大弹涂鱼的8个群体被分为了两支,其中日本、韩国及台湾群体聚为岛屿支系,浙江、福建、广东、广西和越南群体聚为大陆支系.AMOVA分析显示,大部分的变异组分来自于各群体内个体间,且组群间、群体间及群体内均存在明显的遗传分化.群体间遗传分化系数Gst为0.385 7,群体间的基因流Nm为0.796 4,群体间基因交流弱于其他多数鱼类.     

脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类.     

草鱼野生群体和人工繁殖群体遗传结构的比较研究

采用新型分子标记SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)对草鱼(Ctenopharyngodon idella)1个野生群体(来自邗江草鱼国家级原种场)和2个人工繁殖群体(分别来自淡水中心良种场和无锡前洲水产良种场)进行遗传多样性分析,从不同引物组合中筛选出8组条带清晰、多态性丰富的引物组合,每个引物组检测到的位点数为12～21个,在3个草鱼群体中共检测到120个位点,其中多态性位点有92个,多态位点比例为76.67%,显示了较高的多态性。野生群体与2个人工繁殖群体多态位点比例分别为67.62%、59.81%、53.33%,平均杂合度分别为0.214 3、0.211 0、0.172 2;邗江野生群体与2个人工繁殖群体间的遗传距离分别为0.098 0、0.115 9,两个人工繁殖群体间遗传距离为0.095 9。结果表明,草鱼人工繁殖群体遗传多样性有所下降。比较各扩增位点显性基因型频率在不同区间的分布发现,人工繁殖群体低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。     

3种虹鳟养殖群体的遗传结构及遗传多样性分析

从40个随机引物中筛选出20个,采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对甘肃金鳟、道氏虹鳟和美国金鳟3个群体进行了遗传结构和遗传多样性分析。结果表明,甘肃金鳟、道氏虹鳟、美国金鳟群体多态位点百分比分别为82.79%、73.33%、77.87%;平均等位基因数分别为1.8239、1.7429、1.7887,有效等位基因数分别为1.4823、1.4281、1.4527;基因多样度分别为0.2820、0.2528、0.2675,Shannon遗传多样性指数分别为0.4219、0.3801、0.4022;以上参数表明,3个群体的遗传多样性均处于偏高的水平,且以甘肃金鳟的遗传多样性最为丰富。甘肃金鳟与美国金鳟之间的遗传距离最大,道氏虹鳟与美国金鳟之间的遗传距离最小。遗传分化指数表明,种内群体间的遗传分化程度很低,而群体内个体间的分化程度很高,变异主要来源于群体内个体间。综合分析认为,甘肃金鳟遗传多样性偏高,有进一步选育的遗传潜力;同时,群体内遗传分化程度较大,说明品种的纯度可能较低,经济性状不够稳定,需进一步选育。     

草鱼、赤眼鳟及其杂交F1遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD-PCR分子标记技术分析了草鱼、赤眼鳟及其正、反交子一代的遗传多样性。从100条引物中筛选出13条扩增效率高、多态性高的有效引物,对4个群体共120尾个体样本进行扩增,获得115个基因位点,扩增产物大小集中在300~3 000 bp,草鱼、正交F_1、赤眼鳟和反交F_1多态位点率分别为85.22%、77.39%、80.87%和70.43%,Shannon信息指数分别为0.392 4、0.396 9、0.443 3和0.358 3。结果表明,赤眼鳟的遗传多样性最丰富,正交F_1的遗传多样性优于草鱼,反交F_1的多样性最差。遗传同源性和遗传距离聚类分析表明,正交F_1和反交F_1与赤眼鳟的遗传关系更近。种群平均遗传分化指数为0.302 6,表明4个群体之间的遗传分化程度较高,30.26%的变异来源于群体间。     

安徽地区克氏原螯虾群体的遗传多样性和遗传结构

为了解安徽地区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性，实验以安徽芜湖 (WH)、宣城 (XC)、合肥 (HF) 3个地区克氏原螯虾人工养殖群体为研究对象，分别以安徽铜陵 (TL)、马鞍山 (MAS) 2个野生群体和监利 (JL)、建湖 (JH)、滆湖 (GH)、兴化 (XH) 4个人工养殖群体作为对照，选用10对克氏原螯虾微卫星引物对其进行微卫星遗传多样性和遗传结构研究。结果显示，安徽地区人工养殖克氏原螯虾群体的平均遗传多样性均高于2个野生群体和江苏、湖北4个地区的人工养殖群体，其中XC群体的遗传多样性最高。9个群体全部10个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。AMOVA分析表明遗传变异是由群体内部决定的；大多数组的F_st表现出中度分化 (0.05 < F_st < 0.15)。基因流表明不同群体之间存在着广泛的基因交换，尤其是GH和JH群体之间。基于群体间Nei氏遗传距离及UPGMA聚类树结果显示，WU、GH、MAS和JH群体聚为一组，XC和HF群体同属于一组，而JL、TL和XH群体分别自成一组。STRUCTUR结果显示，XC和HF群体的大多数个体被分配到相同的遗传群中，说明上述群体起源相同。研究表明，安徽地区克氏原螯虾人工养殖群体具有较高的遗传多样性。实验结果可为安徽地区克氏原螯虾种质资源的保护和改良提供参考资料。     

基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析

为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。     

基于线粒体Cyt b分析入侵云南四大水系的麦穗鱼群体遗传结构

为揭示麦穗鱼入侵云南后群体的遗传多样性和遗传分化差异现状,实验采集了云南澜沧江、怒江、红河、伊洛瓦底江水系13个样点,及黄河、长江、珠江原产地水系6个样点的麦穗鱼群体共计220尾样本,利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列作为分子标记,初步分析了麦穗鱼群体的遗传多样性、遗传结构和遗传分化情况。结果显示,共检测到72个变异位点,定义25个Cyt b单倍型。云南四大水系麦穗鱼单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.828±0.014和0.005 44±0.001 18。云南四大水系和黄河、长江、珠江水系相比,具有较高的遗传多样性。单倍型系统发育树与单倍型网络图显示,黄河群体单倍型独立,云南各水系单倍型与珠江、长江单倍型混杂,推测云南麦穗鱼主要来源于珠江和长江,这与云南省引种经济鱼类历史一致。分子变异分析(AMOVA)显示,云南四大水系麦穗鱼群体间具有程度较高的遗传分化,其中大多数遗传变异存在于群体内(72.60%),群体间的遗传变异为28.62%,水系间为1.22%。结果发现麦穗鱼遗传分化与当前水系的分布格局不吻合。Fu’s Fs中性检验结果和核苷酸不配对分析结果均表明,云南四大水系麦穗鱼群体未发生扩张。麦穗鱼进入云南各水系后,单倍型多样性较高,可能来源于多个地区。在后续对麦穗鱼的管理过程中,需要注意避免单倍型特殊的群体与其他地区群体的交流,减少水系间相互引种。此外,通过开发麦穗鱼资源利用方式来提高麦穗鱼利用率,以控制其群体数量,从而减小其对当地土著物种和渔业养殖的危害。     

基于线粒体Cyt b基因序列的绿鳍马面鲀6个野生群体的遗传结构分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因分析了我国沿海绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt b部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。     

基于SSR-seq技术评估中间球海胆多代选育群体和普通养殖群体的遗传多样性

为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构,利用SSR-seq技术和15个微卫星位点,对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,15个微卫星位点共检测出112个等位基因,FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(N_a)分别为5.077、5.133和6.133个,平均有效等位基因(N_e)分别为2.816、2.873和3.638个,平均观测杂合度(H_o)分别为0.522、0.441和0.501,平均期望杂合度(H_e)分别为0.595、0.599和0.667,平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) H_e与H_o的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166),平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(F_st)介...     

河南境内四水系宽鳍鱲野生群体的遗传多样性

为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体CO I基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性为0.02439。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于宽鳍鱲群体间(60.59%),群体内的遗传变异为37.67%。系统发育树结果表明,长江水系宽鳍鱲群体遗传分化较大,一部分群体单独聚为一支,另外一部分群体与海河、黄河、淮河水系宽鳍鱲聚在一起,没有显示出明显的南北分化格局。种群历史动态结果推测宽鳍鱲群体经历过瓶颈效应,且该过程可能与第四纪中更新世气候波动有关。建议对河南境内的宽鳍鱲种群,特别是遗传多样性低的种群(海河水系)进行保护。     

中华绒螯蟹长江、黄河和辽河水系野生和养殖群体的遗传多样性

中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)是中国最重要的淡水养殖蟹类,广泛分布于东亚地区,养殖区域主要集中在长江、黄河和辽河流域。本研究基于线粒体DNAD-loop区评估辽河野生群体(LW)和养殖群体(LC)、黄河野生群体(HW)和养殖群体(HC)及长江野生群体(YW)和养殖群体(YC)的遗传多样性和种群结构。结果显示:(1)用于本研究的D-loop基因片段长度为477 bp,共包含234个变异位点和131个简约信息位点, 6个群体的262个个体中共有110个单倍型,包括90个独有单倍型和20个共享单倍型;(2)6个种群的单倍型多样性指数(Hd)范围为0.88889～0.96522,核苷酸多样性指数(π)范围为0.00887～0.01602,养殖和野生群体遗传多样性水平依次为:HCYCLC及HWLWYW;(3)6个群体的遗传距离(Da)范围为0.0119～0.0173,不论是养殖群体还是野生群体,辽河群体和长江群体之间的遗传距离均最小,且6个群体间遗传分化指数FST为0.12938。对6个群体进行中性检验显示Tajima’s D和Fu’s Fs的值均为负值。综上,基于线粒体D-loop基因的研究结果表明,三水系养殖和野生群体均具有较高的遗传多样性,且辽河和长江水系中华绒螯蟹的亲缘关系相对较近,该研究为中华绒螯蟹的种质资源评估、保护和开发提供了参考。     

入侵地和原产地太湖新银鱼群体遗传结构

为了探讨太湖新银鱼快速适应新环境和快速入侵的遗传学机制,本研究利用10个微卫星位点对5个入侵地和2个原产地的群体遗传结构进行了分析。遗传多样性参数结果显示,入侵地滇池、邛海、抚仙湖和三峡库区群体的遗传多样性水平比原产地高,入侵地洱海群体的遗传多样性水平低于原产地太湖而高于巢湖群体,原产地巢湖群体的遗传多样性最低。遗传距离和UPGMA聚类结果表明邛海群体和其他群体的遗传关系最远,太湖与抚仙湖的遗传关系最近。ANOVA显示大多数遗传变异存在于太湖新银鱼群体内(95.78%),群体间的遗传变异为4.22%,固定系数(Fst=0.0422)显著,表明太湖新银鱼群体间存在显著的小尺度遗传分化,两两遗传分化指数也证实了这一点。MVSP主成分分析显示邛海、三峡库区、巢湖和滇池群体有明显的分化。由此推断,高水平的遗传多样性和显著的遗传结构差异性可能是太湖新银鱼成功入侵的重要原因。     

基于线粒体D-loop基因的中国海三疣梭子蟹遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于中国四大海区的天然三疣梭子蟹群体遗传多样性与遗传分化状况,实验以大连(DL)、东营(DY)、连云港(LYG)、舟山(ZS)、湛江(ZJ)和漳州(ZZ)6个三疣梭子蟹地理群体为研究对象,采用线粒体控制区D-loop全基因序列为分子标记,对中国海三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析。结果发现,在用于分析的1 141 bp的D-loop全基因序列中共有185个变异位点,129个简约信息位点。60个个体中共计48个单倍型,单倍性多样性指数和核苷酸多样性指数显示中国沿海三疣梭子蟹群体具有较高的遗传多样性,而且三疣梭子蟹在过去没有出现很强的选择效应,群体大小稳定。6群体三疣梭子蟹遗传分化指数(F_ST)为0.189 7,将中国沿海三疣梭子蟹作为一个大群体来讲已产生了中度分化,群体分化时间推断为(19.68～26.05)万年。LYG分别和DY、ZJ、ZZ,以及ZJ和ZZ这4组之间无明显分化,基因流较大(N_em>5),而其他11个群组间已存在一定程度的分化。特别是ZS与其它5群体产生了高度的遗传分化,DL与其他4群体发生了中度分化。遗传距离与地理距离不存在显著的相关性,群体发生与扩散可能有更复杂的原因。     

河南省小黄黝鱼群体遗传多样性

小黄黝鱼[Micropercops swinhonis (Günther, 1873)]是中国特有的一种小型淡水虾虎鱼类,广泛分布于长江及以北各水系,其中在河南省各水系均有分布。为评估河南省小黄黝鱼种质资源现状及其遗传多样性,本研究对河南省境内黄河、长江、淮河和海河4个水系77尾小黄黝鱼样品进行线粒体COI基因的扩增。结果显示,河南省小黄黝鱼的平均单倍型多样性(H_d)为0.89088,平均核苷酸多样性(π)为0.00361,其中淮河水系华行村种群(HXC)核苷酸多样性最高(π=0.00433),黄河水系马颊河种群(MJH)核苷酸多样性最低(π=0.00078);系统发育树和单倍型网络图结果均显示小黄黝鱼并未按照水系形成明显的地理遗传支系;根据4个水系进行分组, AMOVA分析显示仅16.00%的变异来自于水系间,而78.43%遗传变异来自各群体内部;同样地,未预先设定分组情况的SAMOVA分析也得到了相似的结果,不支持小黄黝鱼具有明显的地理遗传结构的假设;种群历史动态分析显示,河南省小黄黝鱼种群呈逐步增长趋势; Fu’s FS中性检验与错配分析表明,河南小黄黝鱼种群可能经历过近期群体扩张事件,且该过程可能与气候变为暖湿型有关。