基于线粒体序列的新疆4个河鲈野生群体的遗传现状分析

为了解我国新疆地区河鲈(Perca fluviatilis)的遗传现状, 本研究分析了新疆乌伦古河水系和喀啦额尔齐斯河 4 个河鲈野生群体的线粒体 CO I、Cyt b 和 D-loop 3 个区段序列的遗传多样性, 并与欧洲群体进行了比较。结果显示, 新疆 4 个群体的线粒体 CO I、Cyt b 基因和 D-loop 区序列分别有 3、10 和 10 个变异位点(分别占序列总长的 0.49%, 0.90%和 1.92%), 定义了 4、11 和 11 个单倍型, 单倍型多样性分别为 0.065±0.022、0.276±0.049和 0.186± 0.046, 核苷酸多样性分别为 0.00011±0.00004、0.00033±0.00007 和 0.00084±0.00013, 呈现出低水平遗传多样性。中国新疆河鲈群体和欧洲群体不存在共享的单倍型, 单倍型聚类树和网络图也表现出明显分隔, 两者为不同的遗传系谱。 中国新疆乌伦古河水系的乌伦古湖(WL)、吉力湖(JH)和乌伦古河(WR) 3 个群体基于 Cyt b 基因和 D-loop 区序列估计群体间变异分别为?0.005%和 0.44%, 遗传分化系数(F_st)为?0.00045 和 0.00436, 处于低程度分化(F_st＜0.05), 两两群体间的遗传分化程度较低(F_st=?0.01158~0.01803), 遗传交流多, 为同一个遗传系谱, 尤其是两湖之间存在共享单倍型, F_st均为负值, 基因交流频繁, 无遗传分化; 喀啦额尔齐斯河(ER)与乌伦古河水系共 4 个群体基于 CO I 基因估计群体间变异为 1.57%, F_st 为 0.01568, 但 ER 群体与 WL 群体处于中度遗传分化(F_st=0.06614＞0.05), ER 与 WR 群体处于高度遗传分化(F_st=0.24627＞0.15), 可能由于水坝的阻断, 遗传资源得不到补充, 喀啦额尔齐斯河形成了一个独立的遗传系谱。本研究结果可为新疆河鲈种群多样性保护以及种质资源开发利用提供参考。     

日本蟳4个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用10对微卫星引物对我国大连黑石礁(DL)、莱州湾(LZ)、青岛鳌山湾(QD)、海州湾(HZ)4个日本蟳野生群体的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同引物获得的等位基因数从11～17不等,10个位点其平均等位基因数为13.600 0,平均有效等位基因数为8.592 0;各位点的平均观测杂合度(H_o)为0.318 2～0.858 4,平均期望杂合度(H_e)为0.846 6～0.923 9;平均多态信息含量(PIC)为0.828 0～0.914 0,说明各位点在4个日本蟳野生群体内均表现出很高的遗传多样性水平。各群体间遗传分化较大,基因分化指数(F_ST)为0.032 74～0.088 03。群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA 聚类分析表明,鳌山湾与海州湾群体亲缘关系最近,而海州湾和莱州湾群体亲缘关系最远。     

基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构

为了解梭鲈种群的遗传结构，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%)；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1~4种单倍型，斋桑湖(ZS)群体单倍型最多，而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1)；塔什干(TS)群体的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(π)最高(H_d=0.514±0.069; π=0.000 79±0.000 11)，其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示，梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_st=0.207 36<0.25)，TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_st>0.25)，中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。     

基于线粒体COⅠ和Cytb基因序列的北太平洋柔鱼种群遗传结构研究

为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为24、(0.729 ±0.033)、(0.005 70 ± 0.003 25)和3.421。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为28、(0.852 ± 0.016)、(0.006 45 ± 0.003 73)和3.101。分析认为, 北太平洋柔鱼2个产卵季节群体均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。单倍型邻接树、两两群体间的F_st值以及AMOVA分析结果均表明, 北太平洋柔鱼2个产卵季节群体间的遗传差异不显著, 不存在显著的群体遗传结构。初步认为, 该海域因缺乏地理上的障碍, 加之北太平洋海流的作用以及柔鱼个体较强的游泳能力, 使得群体之间具有较强的基因流。     

黄姑鱼群体遗传多样性的AFLP分析

对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析，5对选择性引物在两个群体47个个体中，共扩增出461个位点，多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51.70%、51.99%，0.1022、0.0996，0.1643、0.1622；两个群体遗传多样性在同一水平上。基因分化系数G_st、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示黄姑鱼的遗传变异主要来源于群体内个体间，而群体间无明显的遗传分化。群体的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示两个群体有基本相同的群体遗传结构。结果表明，黄姑鱼青岛和厦门群体间无明显的遗传差异，群体间有明显的基因交流。     

基于线粒体DNA分子标记的东太平洋茎柔鱼群体遗传多样性比较分析

为合理开发利用东太平洋茎柔鱼资源,需要准确掌握其种群结构。基于线粒体细胞色素b(Cytb)与细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)2个分子标记对茎柔鱼赤道海域与秘鲁外海2个地理群体的遗传多样性现状进行比较分析。分析认为,基于Cytb基因所有序列得到2个群体总的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为7、(0.397±0.079)、(0.001 09±0.000 96)和0.600,秘鲁外海群体单倍型多样性指数仅为(0.282±0.101),明显低于赤道海域群体。基于COⅠ基因所有序列得到2个群体总的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为17、(0.787±0.051)、(0.002 90±0.001 38)和1.802。单倍型网络关系图及两两群体间遗传分化系数F_st分析结果显示,赤道海域群体与秘鲁外海群体不存在显著的遗传差异(Cytb:F_st=0.005 91,P>0.05;COⅠ:F_st=0.055 23,P>0.05),2个地理群体可能在赤道海域海流的作用下发生基因交流。单倍型网络关系图、中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明,茎柔鱼经历过近期群体扩张事件,发生群体扩张的时间在138 900～167 900年前。     

长江、珠江、黑龙江水系野生鲢遗传多样性的微卫星分析

采用34个微卫星分子标记，对长江（湘江、监利、枞阳）、珠江、黑龙江（抚远）鲢共5个群体的观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e )、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N_e)等进行了遗传检测，根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离，以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡，以近交系数(F_ST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时，基于Nei氏标准遗传距离获得NJ聚类图。共检测出154个等位基因，其中有80个共有基因。位点等位基因1～9个不等，平均等位基因4.666 7，平均有效等位基因2.948 9。5群体平均观测杂合度为0.329 5～0.461 9，平均期望杂合度为0.500 2～0.552 9，平均多态信息含量为0.443 5～0.493 0。表明5群体为中度多态，遗传多样性较低，且长江不同地理群体的遗传多样性也有差异，但差异不显著。通过群体间遗传相似性和遗传距离比较显示：长江3个群体间遗传相似系数最大，遗传距离最小；黑龙江与长江鲢群体间相似系数较大（平均0.871 8），遗传距离较小（平均0.137 4）表明二者遗传分化亦最小；珠江鲢与长江鲢间的相似系数最小（平均0.831 0），遗传距离最大（平均0.185 2），其遗传分化差异较大，结果未显现出群体间遗传差异的大小与其地理距离远近呈正相关。     

基于微卫星分析大银鱼移植群体的遗传多样性和遗传结构

为研究移植大银鱼(Protosalanx chinensis)群体的遗传多样性和遗传结构, 本研究从大银鱼基因组中筛选了 18 对多态微卫星引物, 对 2016—2020 年采集的 4 个水系(8 个水体)大银鱼共计 281 个样本进行群体遗传学分析。 共得到 172 个等位基因, 其中等位基因数(N_a)为 3~24, 平均值为 9.600; 有效等位基因数(N_e)为 1.039~4.595, 平均值为 2.384; 期望杂合数(H_e)为 0.035~0.804, 平均值为 0.507; 多态信息含量(PIC)为 0.034~0.775, 平均值为 0.469, 其中 10 个位点属于高度多态位点(PIC>0.5)。群体平均等位基因数(N_a)为 3.389~5.389, 多态信息含量(PIC)为 0.373~0.479, 8 个水体的群体均处于中度多态水平(0.25<0.15)。分子方差分析（AMOVA）结果发现,大银鱼总变异中的84.54% 来自群体内,15.46%来自群体间。主成分分析结果均显示8个水体群体最有肯能分为3个亚群;依据Nei氏遗传距离的UPGMA聚类树将8个水体分为2个大支;连环湖的5个相对独立的水体群体均为一大支,但群体间出现较大的分化,那什代（NS）和他拉红（TL）聚为一支后与二八股子（EB）聚为一支,大龙湖（DL）和阿木塔（AM）聚为一支;兴凯湖（XK）与新立城水库（XLC）聚为一支后与太湖（TH）聚为一支。研究表明,移植的大银鱼北方群体保持了较好的遗传多样性水平,不同水系群体间存在高度的遗传分化（F_st=0.1867>0.15)。为防止群体遗传衰退, 建议将南方和北方作为不同群体进行保护, 连环湖作为大银鱼的主要产地, 应当进行重点保护。     

基于线粒体控制区的中国近海棘头梅童鱼群体遗传结构研究

为研究我国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构,运用线粒体D-loop区全序列比较分析了中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传结构特征。7个群体共208个样本的D-loop序列中,共检测到83种单倍型,66个变异位点,碱基组成符合AT碱基偏好性特点。7个群体的单倍型多样性为(0.55400±0.00998)～(0.95400±0.00067),核苷酸多样性为0.00183～0.00708,说明我国沿海棘头梅童鱼遗传多样性较高;根据海洋鱼类遗传多样性划分的分布模式,符合高h低π特点,说明其经历了快速扩张期。群体总的遗传分化系数Fst=0.86647 (P=0),两两群体间的遗传距离在0.004～0.039范围内,且明显的分为北方群体(LYG、DF、CM和ZS)和南方群体(WZ、ND和XM),DF和LYG、WZ和ND两两群体间存在显著的基因交流。AMOVA分析显示组间变异百分比为85.97%,符合南北分化特点。基于单倍型构建的单倍型邻接关系树和单倍型简约网络图等结果均表明,棘头梅童鱼以舟山为界,具有明显的南北地理遗传结构。中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和错配分析结果显示,棘头梅童鱼在3.87～12.9万年前(更新世冰期)经历了种群的规模性扩张或定向选择。本研究结果可为棘头梅童鱼资源的保护与利用提供基础数据。     

安徽地区克氏原螯虾群体的遗传多样性和遗传结构

为了解安徽地区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性，实验以安徽芜湖 (WH)、宣城 (XC)、合肥 (HF) 3个地区克氏原螯虾人工养殖群体为研究对象，分别以安徽铜陵 (TL)、马鞍山 (MAS) 2个野生群体和监利 (JL)、建湖 (JH)、滆湖 (GH)、兴化 (XH) 4个人工养殖群体作为对照，选用10对克氏原螯虾微卫星引物对其进行微卫星遗传多样性和遗传结构研究。结果显示，安徽地区人工养殖克氏原螯虾群体的平均遗传多样性均高于2个野生群体和江苏、湖北4个地区的人工养殖群体，其中XC群体的遗传多样性最高。9个群体全部10个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。AMOVA分析表明遗传变异是由群体内部决定的；大多数组的F_st表现出中度分化 (0.05 < F_st < 0.15)。基因流表明不同群体之间存在着广泛的基因交换，尤其是GH和JH群体之间。基于群体间Nei氏遗传距离及UPGMA聚类树结果显示，WU、GH、MAS和JH群体聚为一组，XC和HF群体同属于一组，而JL、TL和XH群体分别自成一组。STRUCTUR结果显示，XC和HF群体的大多数个体被分配到相同的遗传群中，说明上述群体起源相同。研究表明，安徽地区克氏原螯虾人工养殖群体具有较高的遗传多样性。实验结果可为安徽地区克氏原螯虾种质资源的保护和改良提供参考资料。     

中华绒螯蟹长江、黄河和辽河水系野生和养殖群体的遗传多样性

中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)是中国最重要的淡水养殖蟹类,广泛分布于东亚地区,养殖区域主要集中在长江、黄河和辽河流域。本研究基于线粒体DNAD-loop区评估辽河野生群体(LW)和养殖群体(LC)、黄河野生群体(HW)和养殖群体(HC)及长江野生群体(YW)和养殖群体(YC)的遗传多样性和种群结构。结果显示:(1)用于本研究的D-loop基因片段长度为477 bp,共包含234个变异位点和131个简约信息位点, 6个群体的262个个体中共有110个单倍型,包括90个独有单倍型和20个共享单倍型;(2)6个种群的单倍型多样性指数(Hd)范围为0.88889～0.96522,核苷酸多样性指数(π)范围为0.00887～0.01602,养殖和野生群体遗传多样性水平依次为:HCYCLC及HWLWYW;(3)6个群体的遗传距离(Da)范围为0.0119～0.0173,不论是养殖群体还是野生群体,辽河群体和长江群体之间的遗传距离均最小,且6个群体间遗传分化指数FST为0.12938。对6个群体进行中性检验显示Tajima’s D和Fu’s Fs的值均为负值。综上,基于线粒体D-loop基因的研究结果表明,三水系养殖和野生群体均具有较高的遗传多样性,且辽河和长江水系中华绒螯蟹的亲缘关系相对较近,该研究为中华绒螯蟹的种质资源评估、保护和开发提供了参考。     

Mitochondrial DNA variation in the East China Sea and Yellow Sea populations of Japanese Spanish mackerel <Emphasis Type="Italic">Scomberomorus niphonius</Emphasis>

Japanese Spanish mackerel Scomberomorus niphonius is a commercially important species in the East China Sea and Yellow Sea, but there is limited knowledge of its genetic population structure. In order to detect its genetic structure, sequence variation of the first hypervariable segment of the control region was analyzed among eight populations of S. niphonius from the East China Sea and Yellow Sea. A total of 119 polymorphic sites were detected in the 505-bp segment of the control region among 134 individuals of S. niphonius, defining 112 haplotypes. Mean haplotype diversity and nucleotide diversity for the eight populations were 0.9963 ± 0.0017 and 0.0236 ± 0.0119, respectively. As expected, analysis of molecular variance detected no significant differences at all hierarchical levels, and most of the conventional population Φ_ST statistics were negative, indicating that no significant population genetic structure exists in the East China Sea and Yellow Sea. Moreover, the exact test of differentiation supported the null hypothesis that S. niphonius within the East China Sea and Yellow Sea constitutes a panmictic mtDNA gene pool. Neutrality tests and mismatch distribution revealed that S. niphonius underwent population expansion in the late Pleistocene. Strong dispersal capacity of larvae and adults, long-distance migrations, and ocean currents in the studied area could be the reasons for genetic homogeneity in this species in the East China Sea and Yellow Sea. Insufficient time to accumulate genetic variation might be another explanation for the lack of genetic structure in the East China Sea and Yellow Sea.     

西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构

为检测西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构,采用线粒体DNA细胞色素b基因(Cytb)序列分析方法对鸢乌贼东海群体、南海群体与菲律宾海群体进行遗传变异分析。结果显示,(1)所有群体总的单倍型多样度与核苷酸多样度分别为0.982±0.006、0.012±0.006;菲律宾海群体对应的遗传多样度均最高,分别为0.973±0.014、0.015±0.008;南海群体与东海群体的单倍型多样度分别为0.959±0.026、0.943±0.031,核苷酸多样度均为0.006±0.003。3个地理群体均具有较高的遗传多样性水平。(2)分子方差分析结果显示,34.6%的遗传变异来自于群体间,群体间遗传分化极显著。两两群体间Fst分析表明,西北太平洋鸢乌贼群体间均具有极显著的遗传分化。构建的单倍型邻接系统树和最小跨度树显示,西北太平洋鸢乌贼群体存在明显的系统发育谱系结构(谱系A、B、C),3个谱系单倍型类群间也存在极显著的遗传分化(Fst=0.735~0.805)。(3)中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明,谱系B可能经历过近期群体扩张事件,发生群体扩张的时间在10.3~12.5万年前。综合分析认为,西北太平洋鸢乌贼的种群遗传结构模式及系统发育地理格局模式是由其栖息地海洋环境与更新世气候变化共同塑造的。建议在渔业管理上将3个地理群体划分为3个独立的管理单元。     

华南沿海长鳍篮子鱼不同地理群体的遗传多样性分析

对南海北部沿岸及东海南部9个不同地理群体的长鳍篮子鱼(Siganus canaliculatus)进行遗传多样性及遗传结构分析。484条DNA D-loop 序列分析结果显示：序列长度约 828bp,包含57个变异位点,92个单倍型；所有群体总的单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.80798和0.00405；群体内的遗传距离 0.00386～0.00532,群体间的遗传距离 0.00383～0.00482,群体间的分化指数为-0.01935～0.00759,各种分组的AMOVA分析均显示群体内变异比例超过100%；Fu"s Fs检验值为显著负值(-25.53678,p<0.01),核苷酸错配分布图呈单峰,吻合度检验数值较小且不显著,这些结果均提示长鳍篮子鱼可能经历过种群扩张事件,推测扩张时间约在4.74万年～1.18万年前。综上,南海北部沿岸及东海南部9个长鳍篮子鱼群体间不存在显著的地理结构和谱系结构,可划归一个管理单元进行种质资源保护。     

基于线粒体控制区序列的光裸方格星虫群体遗传多样性分析

为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 13~0.028 05,遗传分化极不明显,AMOVA分析显示光裸方格星虫的遗传差异主要来自群体内(99.74%)。中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为负值,核苷酸不配对分布图呈明显的单峰形,提示光裸方格星虫群体在历史上曾出现群体扩张,推算出扩张时间为距今171万年前。目前光裸方格星虫仍具有较高的遗传多样性,6个地理群体间无明显遗传分化,存在频繁的基因交流,推测种群在早更新世曾出现群体扩张。     

基于SSR-seq技术评估中间球海胆多代选育群体和普通养殖群体的遗传多样性

为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构,利用SSR-seq技术和15个微卫星位点,对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,15个微卫星位点共检测出112个等位基因,FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(N_a)分别为5.077、5.133和6.133个,平均有效等位基因(N_e)分别为2.816、2.873和3.638个,平均观测杂合度(H_o)分别为0.522、0.441和0.501,平均期望杂合度(H_e)分别为0.595、0.599和0.667,平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) H_e与H_o的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166),平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(F_st)介...     

用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏鱼岁Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性.经PCR扩增和测序,获得了783～785bp D-loop和818bpCyt b的同源序列.两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15 (D-loop)和1l(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(Hd)分别为0.8966 (D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Px)分别为0.0246(D-loop)和0.0498 (Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb).分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02％(D-loop)和81.69％(Cyt b)变异来自群体间,20.98％(D-loop)和18.31％(Cyt b)来自群体内.单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主.拉氏(鲮)的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显.该结果可为拉氏(鲮)的种质资源保护提供参考.     

基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响

利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。     

基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析

为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。     

草鱼野生与选育群体遗传变异微卫星分析

为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化,实验采用多重PCR技术对4个野生草鱼群体(邗江、九江、石首、吴江)和2个选育群体(F1和F2)进行了微卫星序列遗传变异分析。结果显示,6个草鱼群体遗传多样性水平较高,2个选育群体除了平均等位基因数外,其他遗传多样性参数均小于4个野生群体。哈迪—温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)检测显示,在120个群体—位点组合中有62个位点显著偏离哈迪—温伯格平衡,62个群体—位点组合中只有11个组合其近交系数值为负值,其余的51个组合的Fis均为正值。6个草鱼群体AMOVA分析结果显示,3.75%的变异来自于群体间,96.25%的变异来自于群体内,整体的遗传分化指数值为0.038。进一步分析各个群体间Fst,只有石首群体与F1、F2群体之间的Fst大于0.05,处于中等分化,其余群体间分化程度较低,且F2群体与4个野生群体之间Fst比F1群体与4个野生群体之间的Fst大。奈氏标准遗传距离分析结果显示,2个选育群体与野生群体之间的遗传距离大于野生群体之间的遗传距离。基于Dn建立的UPGMA系统发育树得出了相同的结果,即2个选育群体与野生群体之间的亲缘关系比4个野生群体之间的亲缘关系要远。研究表明,经过2个世代选育后,相比4个野生群体,2个选育群体遗传多样性虽有部分下降,但仍处于较高的水平,2个选育群体的遗传结构已发生变化,但其遗传分化程度尚不明显。本研究结果为制定出更加完善有效的选育方案提供了重要参考。