西伯利亚鲟(Acipenser baeri)养殖群体遗传结构的AFLP分析

本研究构建了西伯利亚鲟(Acipenser baeri)扩增片段长度多态性(AFLP)分析体系,分析了DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤.用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在24～39之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为...     

5种鲟、鳇鱼基因组DNA遗传多样性分析

以史氏鲟(Acipenserschrencki)、达氏鳇(Husodauricus)俄罗斯鲟(A.gueldenstaedti)、小体鲟(A.ruthenus)西伯利亚鲟(A.baeri)的基因组DNA为实验材料,用改进的DNA提取方法获得了完整的基因组DNA片段。通过25个SSLP及Ⅰ型引物对5种鲟鳇鱼的基因组DNA进行PCR多态性引物筛选,获得11个能扩增出遗传多态性的有效引物,通过对5种鱼的PCR分析,平均遗传距离为0.748,遗传距离最大的为达氏鳇和小体鲟之间为0.9355,DNA分析结果还显示,鲟鳇鱼的遗传多样性程度十分低下(47.93%)。同时建立了5种鲟鳇鱼的聚类图。     

呼玛河哲罗鱼遗传多样性的AFLP分析

2002年4月在黑龙江水系呼玛河塔河河段100 km范围内,用三刺网捕获索饵洄游哲罗鱼(Hucho taimenPallas)个体20尾,用12对引物对其进行AFLP分析,每对引物组合扩增的位点在39~53之间,共扩增出了565个位点,多态性位点为477个,多态性比例为84.43%,平均Nei氏基因多样性指数H为0.386 7,平均Shannon氏指数I为0.5102,个体间平均遗传距离为0.4552,UPGMA聚类结果显示呼玛河水系哲罗鱼群体内有严重的近亲交配现象。研究结果表明呼玛河水系哲罗鱼具有适度的遗传多样性,这对呼玛河水系哲罗鱼资源量的恢复有着至关重要的作用。     

巨野生群体遗传多样性的 RAPD 分析

巨（Bagarius yarrelli）为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性 DNA（RAPD）技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过 PCR 扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98．51％,个体间平均遗传相似系数为0．8909,个体间平均遗传距离为0．1176;群体 Nei′s 基因多样性指数为0．2916, Shannon 信息指数为0．4269,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

施氏鲟、西伯利亚鲟、达氏鳇及其杂交种种质鉴定方法的建立及其应用

以施氏鲟（Huso dauricus）为研究材料，分别从线粒体基因组及核基因组两个层面进行物种分子鉴定方法研究。在线粒体基因组层面，对3种鲟及未知鲟种类共计119个样品的D-Loop区进行测序，通过同源序列比对，构建NJ进化树、计算群体间遗传距离，以鉴定其中30尾未知种类。在核基因组层面，利用15对微卫星标记扩增3种鲟DNA，筛选出特异性标记Ls19和SX226。Ls19在施氏鲟中扩增出特异条带126 bp、130 bp，在西伯利亚鲟中扩增出特异条带139 bp、143 bp，在达氏鳇中扩增出特异条带124 bp、127 bp；SX226在施氏鲟中扩增出特异条带185 bp，在西伯利亚鲟中扩增出特异条带260 bp、273 bp、283 bp，在达氏鳇中扩增出特异条带180 bp、182 bp。通过特异条带对未知鲟进行鉴定，结果显示：30尾未知鲟种类中，有西伯利亚鲟17尾，施氏鲟1尾，达氏鳇1尾，达氏鳇×施氏鲟2尾，施氏鲟×达氏鳇1尾，施氏鲟×西伯利亚鲟8尾。结果表明，特异性微卫星引物Ls19和SX226可以应用于施氏鲟、西伯利亚鲟、达氏鳇的纯种及杂交种分子水平种质鉴定。     

巨魾野生群体遗传多样性的RAPD分析

巨魾(Bagarius yarrelli)为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过PCR扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98.51%,个体间平均遗传相似系数为0.890 9,个体间平均遗传距离为0.117 6;群体Nei's基因多样性指数为0.291 6,Shannon信息指数为0.426 9,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。     

5种石斑鱼遗传差异的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）技术对鞍带石斑鱼（Epinephelus lanceolatus）、驼背鲈（Cromileptes altivelis）、棕点石斑鱼（E.fuscoguttatus）、斜带石斑鱼（E.coioides）和鲑点石斑鱼（E.fario）的遗传多样性及系统发生进行了研究。从120个RAPD随机引物中筛选出扩增效果好的引物19个,分别用于5种石斑鱼基因组DNA的扩增。结果显示,5种石斑鱼平均多态性位点比率（P）分别为64.23%,72.61%,60.34%,69.97%,73.94%;个体间平均遗传相似系数（S）分别为0.8238,0.8110,0.8345,0.8277,0.8064;平均遗传距离（D）分别为0.1762,0.1890,0.1655,0.1723,0.1936;平均Nei基因多样性指数（H）分别为0.1189,0.1364,0.1028,0.1439,0.1648;平均Shannon信息指数（Hi）分别为0.1801,0.1992,0.1530,0.2100,0.2434。5个种间的遗传距离（Dxy）在0.3964～0.6085之间。     

新疆地方绵羊遗传多样性AFLP检测方法的建立

研究以新疆地方绵羊为试验材料,为建立适合绵羊AFLP多态性分析体系,对其分析过程中DNA提取、酶切连接扩增、电泳及银染效果等相关环节进行了一定改进和检测。本试验通过筛选出的8对引物组合分析了新疆6个地方绵羊的遗传多样性。结果表明经优化后的AFLP体系条带清晰可辨,扩增信号较强,带型稳定,AFLP适合绵羊遗传多样性分析。     

基于AFLP分子标记的杂色杜父鱼遗传多样性分析

为了解吉林省杂色杜父鱼野生群体遗传多样性，应用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism, AFLP）标记技术，对漫江、三道松江河和鸭绿江上游采捕的3个杂色杜父鱼群体总计30个个体的遗传多样性、遗传变异及遗传相似性进行分析，并构建系统进化树。8组引物组合总计扩增出915个条带，其中多态性位点843个，占比92.1%。3个群体的观测等位基因数（N_a）分别为1.316 6、1.306 7、1.203 7,有效等位基因数（N_e）分别为1.151 7、1.134 2、1.111 9,Nei’s基因多样性指数（H）分别为0.091 2、0.081 6、0.067 0,Shannon’s信息指数（I）分别为0.141 0、0.127 3、0.102 0,其中漫江群体的遗传多样性水平最高，鸭绿江上游群体最低；3个群体的遗传分化系数(G_st)平均值为0.286 0,表明3个群体之间发生了一定程度的分化；30个个体的遗传相似性在0.809 0～0.945 6,表明所采集的30尾杂色杜父...     

北盘江光唇裂腹鱼种群基因组DNA遗传多样性的AFLP分析

为了解珠江水系北盘江光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)种群遗传多样性的现状,采用8个引物组合对其30尾个体进行了全基因组DNA扩增片段长度多态性AFLP分析。每个引物组合扩增片段数在8～73之间,扩增片段长度为69～500 bp,基因型数为28～30。8个引物组合共计检测出扩增位点975个,平均每个引物组合扩增出121.88个位点;其中多态性位点897个,多态位点比例为92.00%。观测等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei遗传多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.912 3、1.369 0、0.227 1和0.357 5。个体间遗传距离为0.214 7～0.410 9,平均为0.304 0。基于个体间遗传距离构建的UPGMA和NJ系统树具有相似的拓扑结构,均显示30尾光唇裂腹鱼聚为两支,可能分别来源于两个亚群体。北盘江光唇裂腹鱼种群遗传多样性丰富,但由于受水电站建坝、水质污染、过度捕捞等因素的影响,该种群的分布区已缩小,种群数量减少,种群遗传变异离散程度较低并存在着等位基因丢失的现象,应采取措施恢复北盘江光唇裂腹鱼的种群数量,保护其遗传多样性。     

广东和广西地区野生文蛤的遗传多样性

以产于广东和广西两省海区的7个野生文蛤(Meretrixmeretrix)群体为实验对象,结合形态特征、生长性能分析与核基因DNA的RAPD标记,对其遗传多样性进行系统研究,结果表明,在贝壳形态方面,广西各群体的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、壳重和总重都明显大于广东群体(P<0.01);在生长性能方面,广西群体的壳宽系数、壳重指数、肥满度指数也高于广东群体(P<0.01)。RAPD分析共筛选了120个随机引物,其中,61种引物呈阳性反应,至少10种引物的扩增带表现出丰富、稳定的多态性。本实验用10个随机引物扩增出78个位点;平均每个引物在每个个体扩增出3.32条带。其中,引物8747对汕尾群体无扩增带。各群体的多样性指数为0.2088～0.2594,多态位点比例为85.71%～94.74%。群体间的遗传距离为0.0271～0.2195,相对而言,地理位置相隔越远,遗传距离越大。     

5个紫菜属物种丝状体的微卫星初步遗传分析

文章利用68对微卫星引物对坛紫菜（Porphyra haitanensis）、半叶紫菜（P.katadai）、条斑紫菜（P.yezoensis）、少精紫菜（P.oligospermatangia）和皱紫菜（P.crispata）5个紫菜属物种的丝状体进行初步的遗传分析,共筛选出20对高多态性适用引物,在10份紫菜丝状体样品扩增位点的多态性比例为95.24%,每对引物可扩增的等位基因位点数为1.22～4.05,平均为2.37;各样品之间的遗传多样性指数为0.254 6～0.899 4;不同物种的遗传距离为0.106 0～1.406 6,同一物种的丝状体材料优先聚类为一支,表明筛选出的微卫星引物具有良好的遗传分辨能力。     

吉富罗非鱼不同选育群体的遗传多样性

用微卫星和扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明,青岛吉富鱼的平均等位基因数(4.8)、平均观测杂合度(0.528)、平均多态信息含量(0.605)最高,海南吉富鱼的平均等位基因数(4.4)、平均观测杂合度(0.479)、平均多态信息含量(0.549)最低。AFLP分析显示,青岛吉富鱼的多态位点比例(48.4%)和基因多样性(0.245)最高,海南吉富鱼的多态位点比例(36.3%)和基因多样性(0.147)最低。这些表明,青岛吉富鱼的遗传多样性最高,海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明,两两群体间遗传分化显著(微卫星FST为0.07~0.11,P<0.01;AFLPFST为0.24~0.29,P<0.01)。AMOVA分析显示,大部分遗传变异(微卫星的分析结果为91.26%;AFLP的为67.6%)来源于群体内个体间,表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。     

七里海中华绒螯蟹遗传多样性的RAPD和ISSR分析

利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术,分析了七里海中华绒螯蟹第6代繁育群体的遗传多样性。用10个多态性高的RAPD引物对24个七里海中华绒螯蟹样本个体进行扩增,共检测出107个不同的扩增位点,扩增片段大小为300~2300bp。其中多态位点总数为66个,平均多态位点比例为61.32%,群体内香农-维纳多样性值为0.1714。用8个多态性高的ISSR引物对24个个体共检测到106个位点,扩增片段为200~1500bp。其中多态性位点79个,平均多态位点百分率为74.53%,群体内香农-维纳多样性值为0.1778。结果显示,该群体的多态位点比例和香农-维纳多样性值均较大,说明其有较丰富的遗传多样性,同时也说明RAPD和ISSR技术用于七里海中华绒螯蟹核基因组的遗传多样性分析,具有较高的检出率和灵敏度。     

辽宁沿海海蜇与沙海蜇遗传多样性的AFLP分析

海蜇和沙海蛰均为腔肠动物门的大型食用水母,采用AFLP分子标记技术对辽宁沿海的海蜇野生群体、养殖群体和沙海蜇野生群体共90个个体进行了遗传多样性分析.10对引物共得到560个稳定扩增位点.3个群体的多态性位点比例为海蜇野生群体82.05%.海蜇养殖群体78.46%,沙海蜇野生群体74.10%;平均杂合度分别为0.2072,0.1850和0.2116,Shannon多样性指数分别为0.3248、0.2954和0.3262,海蜇野生群体与海蜇养殖群体和沙海蜇野生群体的遗传距离分别为0.0300和0.2702.分析结果表明,3个群体的遗传多样性均保持了相对较高的水平.     

基于AFLP的海萝野生群体遗传多样性分析

应用AFLP分子标记技术对广东深圳、汕头和山东长岛的海萝(Gloiopeltis furcata)群体进行遗传多样性分析。应用筛选出的10对多态性丰富的AFLP引物,对这3个地理群体的90个个体进行扩增,共得到427个位点,多态性位点数为392(91.75%),各引物扩增位点数为30~59。长岛群体扩增位点最多,多态性也最高。群体内的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、遗传多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)变化趋势一致,均由高到低依次为长岛群体、汕头群体、深圳群体,表明长岛群体遗传多样性最高。3个海萝群体遗传变异主要来自群体间。群体间的基因流为0.368 9,群体分化系数(Gst)为0.575 4,表明群体间有高度分化。深圳群体和汕头群体的遗传距离最小(0.110 2),与长岛群体的遗传距离最大(0.357 7)。UPGMA聚类分析显示广东深圳和汕头群体聚为一支,山东长岛群体为另一支,表明群体间的遗传差异与地理距离有关。本研究结果为海萝资源的保护与利用提供了基础数据。     

鲮原种群体的AFLP分析

运用AFLP技术,对广东鲮鱼原种场保存的鲮原种2个子群体(子群体h、q)各29个个体进行遗传多样性分析。25对AFLP引物组合中的6对引物扩增共产生173条条带,其中多态位点数为72,多态位点比例为41.5%。在6对引物产生的173条扩增条带中,有一条扩增条带在子群体h中的出现频率远远高于其在子群体q中的出现频率(72.4%>20.6%),编号为E2M4-1。遗传多样性分析结果表明,子群体h的遗传多样性指数高于子群体q(0.1367>0.0998)。该研究为筛选鲮原种群体2个子群体间的特异性分子标记做了初步尝试。     

青石斑鱼微卫星DNA 标记的筛选及群体遗传多样性分析

以中国南海海域青石斑鱼（Epinephelus awoara）为材料，构建青石斑鱼小片段部分基因组DNA文库。以M13通用引物和设计合成的微卫星核心序列引物（CA）15,用PCR法对文库进行筛选，共获得96个微卫星序列，分别分布于28个阳性重组克隆中，其中perfect（完美型）共39个（占40．6％），imperfect（非完美型）30个（占31．3％），compound perfect（混合完美型）7个（占7．3％），compound imperfect（混合非完美型）20个（占20．8％）。同时发现（CA／GT）。序列在青石斑鱼的基因组DNA中含量非常丰富。根据微卫星侧翼序列设计28对引物扩增青石斑鱼基因组DNA，有26对引物能扩增出目的片段，选用其中13对多态性稳定的引物对19尾青石斑鱼进行遗传多样性分析。结果显示，13个位点共检测到48个等位基因，平均观测杂合度（Ho）为0．5982，平均期望杂合度（He）为0．5080，平均多态信息含量（PIC）为0．4722，平均Hardy-Weinberg遗传偏离指数（D）为0．1503。实验初步表明中国南海海域青石斑鱼的遗传多样性较为丰富，但在某种程度上受到了人为的干扰。     

长江野生鳡鱼子一代养殖群体的遗传多样性分析

利用ISSR分子标记技术检测了长江野生鳡子一代养殖群体的遗传多样性。在77个引物中, 对筛选出条带清晰、稳定的5个引物扩增结果进行统计, 其中二碱基重复序列2个, 三碱基重复序列1个, 四碱基重复序列2个。共得到24个条带, 其中呈多态性的条带15个, 多态性位点比例达62. 5%。遗传多样性指数为0. 2552, Shannon系数为0. 3707。结果表明, 长江野生鳡子一代养殖群体的多态性位点比例和遗传多样性指数都处于中间水平, 而Shannon系数相对偏低, 个体间遗传差异较大。     

我国引进条斑星鲽群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP技术对我国条斑星鲽引进群体(烟台、大连和莱州)共63尾个体的遗传多样性及遗传变异进行分析,计算了3个群体间的遗传相似性指数和遗传距离,并构建了UPGMA系统发生树.10个引物组合在3个群体中共扩增到827个位点,大小位于50～700bp.每个引物组合扩增到的多态性条带在8到37条之间不等,平均为17.9个.3个群体的多态性位点比例分别为29.14%、15.60%和20.31%;Shannon多样性指数分别为0.1799、0.0949和0.1231;Nei基因多样性指数分别为0.1225、0.0658和0.0848.3个条斑星鲽引进群体的遗传多样性水平,烟台引进群体最高,莱州引进群体次之,大连引进群体最低,但总体水平均较低.烟台引进群体与大连引进群体间的遗传距离最大为0.0230,莱州引进群体与大连引进群体间的遗传距离最小为0.0129.3个引进群体间的遗传分化系数(Gst)为0.219,表明3个引进群体之间发生了一定程度的分化.