数量性状基因位点定位的常用试验设计方法

1　引言根据近交群体和远交群体数量性状基因位点(QTL)定位原理的讨论,可知其基础是遗传标记与QTL之间存在着连锁。数量性状基因位点定位的关键就是要有效地利用遗传标记与QTL之间产生的连锁不平衡,因而一个周密的试验设计将起到事半功倍的效果,以下就近交群体和远交群体的常用设计方法作一介绍。2　近交群体的常用设计方法为了在遗传标记和QTL之间产生连锁不平衡,人们必须利用杂交,通常采用二个近交系进行杂交。从理论上来说,这二个近交系的遗传标记和QTL都是纯合子,杂交所产生的F1代是双杂合子,F1代可以自交、分别与其中一个亲本回…     

远交群体数量性状基因位点定位的原理

1　引言数量性状基因位点的定位是各种遗传操作的基础 ,如标记辅助选择、基因克隆和转基因动物等。可以预计 ,数量性状基因位点的定位将是今后一段时间内家畜育种工作的重要内容 ,这必将提高家畜育种的效率。利用遗传标记进行数量性状基因位点定位 ,为家畜育种开辟了一条新的途径 ,长期以来由于缺乏合适的遗传标记 ,育种工作者只能利用血型、血蛋白及酶的多态性作为遗传标记进行研究 ,因而进展缓慢。新一代遗传标记微卫星的出现 ,使家畜数量性状基因位点定位的研究再度成为热点。本文将进一步讨论在远交群体中进行数量性状基因位点定位的统…     

遗传标记多态性的意义及常用评定指标

１遗传标记多态性的概念上期介绍了遗传标记的基本概念，利用遗传标记可构建畜禽基因图谱、进行质量性状和数量性状基因位点的定位、亲属关系鉴定、群体结构的遗传分析和标记辅助选择等。要进行这方面的分析，遗传标记除了必须符合孟德尔遗传规律由亲代传给子代外，还必须...     

分离群体中常染色体上标记基因的数量遗传方差——Ⅰ.含有一个数量性状位点(QTL)时的计算方法

应用常染色体上的标记基因研究能够加快数量性状的遗传进展。亲代由标记基因遗传给后代的加性遗传方差值可以用来测定标记基因这种效益。分别在个体水平上以及在复合连续平衡的分离群体水平上建立了标记基因加性遗传方差值的理论方程。这些方程包括与标记基因连锁的数量性状位点数、这些数量性状位点的效应值以及与标记基因有关的重组率。并就分离群体中标记基因加性遗传方差的期望值进行了推导。在分离群体的系谱选择方案中,常染色体上遗传方差中绝大部分与位于该染色体上的标记基因相关。对于牛的一个平均长度染色体来讲,这部分值大约是该染色体孟德尔分离方差值的40% 。标记基因的位置效应和干扰因素对这一期望值的影响是很小的,而染色体的长度对期望方差值影响很大。如果标记基因缺乏多态型以及染色体替代效应估计偏差会大大降低MAS的选择效果。常染色体上标记基因遗传方差期望值的大小表明:即使当标记基因处在一个非活动位点,在分离群体中,仍有较大的染色体替代效应存在。     

紫花苜蓿开花性状的遗传特性分析与QTL定位

通过构建紫花苜蓿杂交F1代遗传分离群体,研究紫花苜蓿早熟性状的遗传特性,确定始花期性状的最适遗传模型,同时定位始花期相关的QTL位点。以低产早熟紫花苜蓿(父本)和高产晚熟紫花苜蓿(母本)为亲本构建杂交群体,以亲本和二者杂交产生的152个F1代单株为研究对象。于2015和2016年调查始花期性状,运用主多基因遗传模型分析始花期性状的最适遗传模型。通过GBS测序技术对154个单株进行基因分型,利用测序产生的SNP标记构建连锁图谱,同时结合表型数据进行QTL定位。结果表明:2MG-A为始花期性状的最适遗传模型,2015年的主基因遗传率为99%,2016年的主基因遗传率为98.5%。父本连锁图覆盖图距为1386cM,平均标记密度3.2cM;母本连锁图覆盖图距为798.73cM,平均标记密度8.07cM。对两年的数据进行QTL定位分析得到2个主效QTL位点,表型贡献率分别为12.1334%和11.0157%。表明始花期主要受两对主效基因控制,同时具有加性作用。始花期性状主要由2个QTL位点控制。     

紫花苜蓿开花性状的遗传特性分析与QTL定位

通过构建紫花苜蓿杂交F1代遗传分离群体,研究紫花苜蓿早熟性状的遗传特性,确定始花期性状的最适遗传模型,同时定位始花期相关的QTL位点。以低产早熟紫花苜蓿(父本)和高产晚熟紫花苜蓿(母本)为亲本构建杂交群体,以亲本和二者杂交产生的152个F1代单株为研究对象。于2015和2016年调查始花期性状,运用主多基因遗传模型分析始花期性状的最适遗传模型。通过GBS测序技术对154个单株进行基因分型,利用测序产生的SNP标记构建连锁图谱,同时结合表型数据进行QTL定位。结果表明:2MG-A为始花期性状的最适遗传模型,2015年的主基因遗传率为99%,2016年的主基因遗传率为98.5%。父本连锁图覆盖图距为1386cM,平均标记密度3.2cM;母本连锁图覆盖图距为798.73cM,平均标记密度8.07cM。对两年的数据进行QTL定位分析得到2个主效QTL位点,表型贡献率分别为12.1334%和11.0157%。表明始花期主要受两对主效基因控制,同时具有加性作用。始花期性状主要由2个QTL位点控制。     

保种群体中近交衰退的遗传效应的模拟研究

运用Monte-Corlo(MC)模拟方法,从不同基因作用模型对性状的影响出发,探讨了近交引起的保种群体目标数量性状的定量衰退程度。结果表明,在不同基因作用模型下,近交对目标数量性状均值的减少程度明显不同,而对目标数量性状的遗传方差的影响程度却基本接近,均呈现近交程度加强,遗传方差损失严重的趋势。并且把模拟均值与理论预测均值进行了比较。     

遗传标记简介

１．遗传标记的概念及用途遗传标记从广义上理解为生物体内受基因控制的全部可变异性状，且可用有效方法加以测定和度量；从狭义上理解为染色体已知部位的一个标记位点，通常指核酸水平上的遗传标记。利用遗传标记可进行遗传分析，检测质量性状和数量性状基因位点及对其进...     

绵羊QTL的研究进展

绵羊许多重要经济性状都受数量性状位点（QTL）控制的。本文综述了QTL定位的群体设计、标记的选择、绵羊遗传连锁图谱及QTL定位的研究现状。     

绵羊QTL的研究进展

绵羊许多重要经济性状都受数量性状位点(QTL)控制的。本文综述了QTL定位的群体设计、标记的选择、绵羊遗传连锁图谱及QTL定位的研究现状。     

鸡QTL定位的研究进展

近年来,对鸡的染色体上QTL定位工作有了迅猛的发展,成为动物基因定位工作中一个异常活跃的领域。对鸡数量性状的研究也已发展为直接将研究目标指向各个数量性状位点,借助各种遗传标记,构建遗传连锁图谱,通过一定的统计分析方法,从而将影响数量性状的多个基因剖分开来,将其定位于特定的染色体区域。作者重点介绍了QTL定位的方法及鸡QTL定位的现状。     

微卫星标记在猪遗传育种中的应用进展

本文简要介绍了微卫星标记的原理和优点,以及微卫星标记在制作猪DNA指纹图、鉴定亲缘关系、分析群体遗传结构及遗传多样性、构建遗传连锁图谱、定位QTL和功能基因、标记辅助选择、群体近交分析、基因鉴定等等方面的应用新进展。     

微卫星标记技术在猪遗传育种中的应用

文章简要介绍了微卫星标记的原理和优点以及微卫星标记在制作猪DNA指纹图、鉴定亲缘关系、分析群体遗传结构及遗传多样性，构建遗传连锁图谱，定位QTL和功能基因，标记辅助选择，群体近交分析，基因鉴定等方面的应用和新进展。     

龙眼SNP高密度遗传图谱的构建及单果重QTL定位

本研究以‘凤梨朵’ב大乌圆’的F1群体（FD）200 株杂交后代作为作图群体，结合父母本，利用RAD-seq技术开发大量SNP标记。采用Joinmap4.1软件构建遗传图谱，使用Mergemap进行整合获得整合图谱。并采用MapQTL软件对单果重进行QTL定位，确定QTL位点的数量、位置。结果表明：使用MergeMap软件对父母本连锁群进行整合，整合图谱共形成15个连锁群，总的遗传距离为2 873.39 cM，平均遗传距离为0.36 cM，包含8 014个SNP位点。在该图谱上监测到65 个与单果重性状相关的QTL位点，分布于lg1，lg3，lg4，lg5，lg8，lg10，lg14 连锁群上。本研究所构建的遗传图谱是目前龙眼上所建立的标记数量最多，密度最高的遗传图谱，为未来龙眼数量性状精细定位、图位克隆以及功能基因挖掘等研究提供了有力的依据。     

RAPD分子标记在蜜蜂遗传育种中的应用

利用RAPD分子遗传标记，估测蜜蜂性别决定位点（x)与低幼虫存活率位点的标记序列位置（STS）之间的遗传距离为1．6c.M；构建蜜蜂的遗传连锁图，确定蜜蜂的性基因位点（x)，黑色体色基因位点（blk)，苹果酸脱氢酶I(Mdh-l)位点分别位于第三，六，十八个连锁群，确定了影响蜜蜂采粉，报警信息素水平，螯刺行为和体长等数量性状的基因座位，筛选出5种引的，这些引物所扩增的RAPD标记可作为鉴别欧洲蜜蜂和非洲蜜蜂的分子标记；蜜蜂高产性状RAPD标记的研究取得一定进展。     

回交群体QTL定位的最大似然分析法

现有二个双纯系MQ/MQ与mq/mq，其中M与m为遗传标记位点一对等位标记，Q与q为数量性状位点一对等位基因，它们杂交后得到F1代，F1代再与双纯系mq/mq回交得到回交一代(B1)，已知遗传标记与数量性状基因位点紧密连锁，那么对该群体进行最大似然分析的步骤如下： 1 似然函数的构建 当个体j具有表型值为(yj)及遗传标记基因型为(Mi)时，那么其似然函数表示如下：     

群体遗传变异的测度方法 综述

群体中存在着大量的质量性状和数量性状变异。数量性状的变异是遗传和环境因素互作的结果,其遗传变异用遗传力来度量。而质量性状如血液多态型的变异几乎完全由遗传因子所控制,表现为DNA水平上的基因差异。对群体遗传变异的分析,最早是通过对数量性状的研究来实现,但由于数量性状的表型与基因之间的关系复杂,即使在人工选择的条件下,也不能在基因水平上对变异有更深刻的认识。其次是通过对群体内有害基因频率的测定来研究群体的遗传变异。而有害基因大多为隐性遗传,且频率很低,只有在高度近交的情况下才能识别和鉴定,这一过程本身就对群体的表型产生强烈的影响,所以难以对其遗传变异进行确切和全面     

基于高通量测序技术挖掘分子遗传标记及其在蛋鸡生产中的精准应用

高通量测序技术是研究物种复杂生物性状遗传机制的基础,随着高通量测序技术的不断优化提升,一些与生物表型性状密切相关的基因组变异被精准地挖掘出来,其中包括单核苷酸多态位点(SNP)、小片段的插入或缺失(Indel)、拷贝数变异(CNV)以及结构变异(SV)为代表的分子标记。与传统遗传标记相比较,分子遗传标记具有多态性高、遍布整个基因组、检测手段简单快捷以及成本低廉的特点。通过检测覆盖全基因组范围内的分子标记,利用基因组水平的遗传信息对个体或群体遗传资源进行评估,能够缩短世代间隔、提高选种的准确性,进而在短期内取得较大的遗传进展。作者从高通量测序技术挖掘分子遗传标记角度入手,综述了三代测序技术发展历程和应用领域以及三代分子遗传标记检测技术在蛋鸡种业创新中的应用,并详细阐述了高通量测序技术与分子遗传标记相结合在蛋鸡群体遗传多样性及进化分类、群体遗传图谱的构建和功能基因定位、数量性状形成的遗传机制解析和质量性状形成的遗传机制解析等4个方面的精准应用,以期为蛋鸡基因组选择进入实质应用阶段提供科学依据和指导。     

不同遗传群体在数量性状基因定位分析中的应用概述

在农业动植物中，许多重要的经济性状都是数量性状或具有明显的数量性状特征。因此，解析数量性状的遗传基础，对基于现代生物技术的农业育种及遗传改良具有十分重要的意义。数量性状的遗传效应主要由单基因效应(包括加性效应和显性效应)、上位性、杂种优势及环境效应等共同组成。为了解析这些遗传效应的分子基础，研究人员构建了大量的遗传定位群体，并开发了相应的分析模型。特定的定位分析群体是解析数量性状遗传方式的基础，其应用推动了该研究领域的发展。本文针对数量性状遗传定位群体的发展进行综述，并讨论今后的研究重点，以期能为该领域的研究及应用提供参考。     

中俄猪16个遗传标记基因位点的多态与繁殖性状的相关研究

检测了俄罗斯大白猪及萍乡华中二头乌猪１６个遗传标记基因位点的多态性,分析了二个猪种群体间在上述１６个基因位点上的遗传变异,探讨了所测遗传标记基因位点与种猪繁殖性状的相关性。同时,对两个猪种母猪体内抗红细胞抗原“天然抗体”的存在种类及效价与其繁殖性状的相关性进行了研究;