高效木质素降解菌的复合诱变选育

从实验室保存的9株白腐真菌中筛选出1株降解玉米秸秆木质素性能优良的菌株YJ-9-1,在第14天时,其木质素降解率为41.74％.经ITS-5.8S rDNA序列同源性及系统发育树分析,初步鉴定该菌为变色栓菌(Trametes versicolor).对YJ-9-1进行紫外微波复合诱变,获得1株高效木质素降解菌株3-8,并利用其对玉米秸秆中的木质素进行降解.结果表明,在第14天时,菌株3-8对玉米秸秆木质素的降解率为48.43％,比出发菌株提高了16.03％.     

酸马奶中酵母菌5.8 S rDNA及ITS的基因序列分析

实验将两株从酸马奶中分离提纯的酵母菌,提取单菌株基因组DNA,用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR 扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因,连接入pMD19-T载体,克隆鉴定后,测定序列,将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析,并建立系统进化树.结合系统发育树及5.8 S rDNA和ITS的序列分析结果,将菌株J14和S33判定为Kluyveromyces marxianus(马克斯克鲁维酵母).酸马奶中传统的酵母菌分类主要依靠形态学和生理生化等鉴定方法,实验首次利用5.8S rRNA和ITS基因扩增和测序的分子生物学方法对其进行鉴定.     

四株马铃薯甲虫白僵菌菌株的鉴定

[目的]通过形态学特征明确四株马铃薯甲虫致病菌分类地位,探讨利用18S及ITS核酸序列鉴定四株致病菌的可行性.[方法]通过传统形态学特征及18S、ITS序列分别对四株马铃薯甲虫白僵菌1572、1573、1576和1577进行鉴定.[结果]孢子形态、产孢结构、菌落等形态学特征表明四菌株均为球孢白僵菌.四菌株18S rDNA序列分析获得1 665个共同碱基,在GenBank比对,从结果中选择相似度大于98;的序列与四菌株一起构建系统发育树I,发现白僵菌属归于一个分支,四菌株均归属于白僵菌属球孢白僵菌.剔除遗传关系比较远的、冗余的属外菌重新构建18S系统发育树Ⅱ,结果四菌株都与Beauveria bassiana(登录号为EU334676.1)分到一个枝上.ITS核酸序列分析获得513个共同碱基,在GenBank比对,显现的序列均属白僵菌属,下载这些序列与四菌株构建ITS系统发育树I,发现球孢与布氏白僵菌归属在一个分支.选取Stephen A.Rehner注册的白僵菌属六个分支的代表种及数据库中部分球孢和布氏白僵菌与四菌株一起构建ITS系统发育树Ⅱ,四菌株与代表种Cordyceps bassiana(AY532041.1)分到一个枝上,但在该枝上有三株布氏白僵菌,球孢与布氏白僵菌不能完全区分开.[结论]利用18S和ITS核酸序列均可将白僵菌鉴定到属,根据ITS序列可以确定四株白僵菌归属于球孢白僵菌的分支.     

基于ITS区序列的疑似野生双孢菇菌株的分子鉴定

通过提取新疆南疆疑似野生双孢菇基因组DNA,采用通用引物ITS1和ITS4扩增ITS区序列,在GenBank 中进行BLAST,对疑似菌株双孢菇进行初步分子鉴定.结果表明:在GenBank的核酸序列数据库中登陆的、与双孢菇ITS序列相似度为99％,达数十种之多,其中与登录号为EF460354的双孢菇同源性达100％,覆盖率达91％.根据rDNA ITS区序列分析准则和双孢菇的形态特征,鉴定新疆南疆疑似野生双孢菇为双孢菇(Agaricus bisporus).     

云南烟草靶斑病(Rhizoctonia solani Kühn)病原鉴定及其融合群研究

2016年云南省普洱市和临沧市烟草种植区大面积发生叶部病害,经鉴定为烟草靶斑病(Rhizoctonia solani Kühn),此病为云南烟区首次发现。广泛采集2个市的烟草靶斑病病叶标本59份,采用常规组织分离法获得58个菌株,将所获菌株分别与立枯丝核菌标准融合群菌株AG-1-IA、AG-2-1、AG-3、AG-4-HGⅡ、AG-5、AG-6GV、AG-8和AG-9进行载玻片对峙培养,并进行菌丝融合观察,结果表明:58个菌株均属于立枯丝核菌AG-3标准融合群,且不与其他标准融合群发生融合反应。随机选取云南省6个地区各1个代表性菌株,以待测菌株的基因组DNA为模板,利用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物ITS1和ITS4对病菌rDNA ITS序列进行PCR扩增,扩增产物序列在Gen Bank中进行BLAST同源性检索比对。应用MEGA 6.06软件和NeighborJoining法,分别计算遗传距离及构建系统发育进化树分析亲缘关系。基于5.8S rDNA-ITS区序列的系统发育树进一步分析,结果表明,Rhizoctonia solani菌株的ITS序列可明显的分为2个支系,同一菌株的不同ITS序列可分别存在不同的分支中,但所有菌株的序列均隶属相同的融合群即AG-3,且隶属相同融合群的不同菌株之间其序列的一致性可高达99%~100%。     

油茶白朽病菌ITS基因的克隆及序列分析

分离油茶白朽病的病原菌,并对该菌的ITS基因进行克隆和测序 将所得序列在Genbank中经B lastn搜索,构建分子系统发育树。结果表明：病原菌ITS序列与Genbank数据库中已有的序列同源性较低,最高仅为94%,系统发育树也显示该菌不与其他菌株聚类而是单独聚为1支。由于Genbank数据库有限,难以根据同源性来确定其属种关系。     

镰刀菌rDNA ITS序列的克隆及序列分析

[研究目的]为了利用rDNA ITS区的遗传变异的特点,为镰刀菌种内及种间的分类鉴定提供一定的分子技术辅助手段,[方法]试验以PMD18-T为栽体,对10个不同镰刀菌菌株的rDNA的ITS区及28S部分片段进行了克隆、测序,用DNAMAN4.0软件进行序列分析,分析了菌株间的同源性及遗传距离,并建立了分子系统进化树.[结果]试验结果表明:所测各菌种间的亲缘关系在92.2%～99.9%之间,反映了种间较大的遗传差异,这与形态学上把它们鉴定为不同的种相吻合,而从不同地区、不同寄主上分离的同一菌种的不同专化型,其同源性高达96.6%～100%,说明同一菌种的不同专化型,在rDNA基因序列上碱基差异甚微,同源性很高.[结论]利用ITS对镰刀菌进行种间的分类鉴定是稳定可行的,但对于种内及专化型的鉴定存在困难.     

产纤维素酶菌株Trametes sp.LYW-1的分离鉴定及产酶条件分析

为寻找新纤维素酶和纤维素酶基因资源,以羧甲基纤维素钠作为唯一碳源,从湿润木屑中分离和筛选获得1株高产纤维素酶目的菌株LYW-1。对该菌保守序列ITS进行扩增和测序后,提交NCBI并与相近物种ITS序列进行比对和分析,基于亲缘关系构建系统发育树。将ITS rDNA保守序列比较分析结果与形态学观察结果相结合,初步鉴定该菌株属于栓菌属(Trametes)。以羧甲基纤维素钠溶液为底物,采用3’5’-二硝基水杨酸(DNS)法测定纤维素酶活力,分析pH、温度及培养基中同碳源、氮源对该菌产纤维素酶活力的影响。结果表明,菌株LYW-1在pH 7.0、37℃、淀粉为碳源和乙酸铵为氮源时为最适培养条件,总酶活力达到最大。     

部分中国野生双孢蘑菇的DNA鉴定和遗传分析

对41株经同工酶初步鉴定的中国野生双孢蘑菇菌株及作为对照的8株国内外栽培菌株和14株国外野生菌株进行基因组DNA的SRAP和ISSR分析,并对部分菌株进行ITS序列的扩增与序列比对.结果发现中国野生双孢蘑菇与对照菌株的ITS序列同源性高达99%以上,为它们的进一步鉴定提供了DNA水平的依据,也表明同工酶鉴定和ITS序列...     

油茶叶枯病原的形态及ITS序列分析鉴定

对一株引起油茶落叶的叶枯病菌进行分离鉴定,为防治该病菌奠定基础。从油茶叶枯病斑中分离得到一株优势菌,通过对其形态特征的观察及rDNA的转录间隔区(ITS)序列测定,并与Genbank中同源性较高的菌株构建系统发育树,最后确定该菌株为拟盘多毛孢属菌,且与小孢拟盘多毛孢菌亲缘关系最近。     

福建栓菌多样性及分子系统学研究

在研究福建省福州市和闽南地区泉州市尧厦门市和漳州市木腐菌的过程中、获得6 种栓菌、共19 个样 品、此6 种栓菌在福州市均有发现、而云芝栓孔菌（Trametes versicolor）尧毛栓孔菌（T. hirsuta）和血红栓菌（T. sanguinea）是常见的种、至少在两个采样的地区均有出现。在总结前人对福建栓菌研究的基础上、从GenBank 里查找 到相关种已有的ITS 序列、并结合本研究中6 个种的19 条ITS 序列、通过PAUP 4.0尧MrModeltest尧MrBayes 和 Treeview 等软件进行系统发育学分析研究、结果发现17 个种的大部分种都可以形成自己独立的分支、但彼此间的关 系尚不明确。最后根据子实体的颜色和气味尧菌盖的特征尧孔口的形状尧数量和担孢子的大小等形态特征对目前已知 的福建的21 种栓菌进行了分类检索。     

基于rDNA-ITS和大亚基的甘蔗凤梨病菌分子鉴定及序列分析

【目的】分析甘蔗凤梨病菌[Ceratocystis paradoxa（de Seynes）Moreau]核酸r DNA-ITS和大亚基区域序列,为甘蔗凤梨病菌的快速、有效分子检测提供技术支持。【方法】从发生凤梨病的新台糖22号（ROC22）地下种茎分离获得1株菌株FL-1,根据柯赫氏法则测定其致病性;将该病菌在PDA培养基进行培养,观察其菌落形态特征,并在光学显微镜下观察分生孢子梗、厚垣孢子、分生孢子的形态特征。用引物ITS1/4和NL1/4分别对该菌株的核酸rD NA-ITS和大亚基序列进行扩增,以MEGA软件的Neighor-joining方法分别构建系统发育树,并用p-distance进行遗传距离分析。【结果】分离菌株FL-1为甘蔗凤梨病致病菌,具有典型的节孢子和厚垣孢子,形态特征与奇异长喙壳菌（C.paradoxa）一致。从菌株FL-1基因组DNA中分别扩增获得499 bp rD NA-ITS和563 bp大亚基片段,其序列均与C.paradoxa其他菌株的同源性为100.0%。系统聚类分析结果表明,两条序列均与C.paradoxa聚为一个独立簇。遗传矩阵分析结果表明,rD NA-ITS和大亚基均与C.paradoxa聚合在一起,种内遗传距离分别为0-0.017和0-0.008,而Ceratocystis属内种间遗传距离分别为0.015-0.106和0.002-0.059。结合分子检测结果和形态学特征,将FL-1鉴定为C.paradoxa。【结论】来自甘蔗的FL-1菌株是C.paradoxa复合群的成员,并被划分在进化复合群的分枝1上。rD NA-ITS和大亚基适合用于甘蔗凤梨病的PCR检测及分子标记。     

柳蘑生物学特性及ITS序列分析

对柳蘑生物学特性进行比较研究,结果表明:柳蘑菌丝生长适宜温度为20~30℃,最适温度为25℃;生长的最适光照条件是全黑暗;生It的pH为5～11,最适生长pH为6;最适碳源为蔗糖,葡萄糖次之;最适氮源为硝酸钾,谷氨酸次之.核糖体转录间隔区(Internal Transcribed Spacer)PCR扩增结果表明,其属...     

贵州苗药头花蓼rDNA ITS序列分析

以改良CTAB法提取头花蓼的基因组DNA,采用通用引物对不同来源头花蓼的rDNA ITS 序列进行PCR 扩增,测序 和聚类分析。结果表明,不同来源头花蓼有13 处变异位点,序列长度变异范围为661-666 bp,序列差异主要集中在ITS1 区与ITS2区。rDNA ITS 序列可作为分子水平鉴定头花蓼的参考依据。     

周口地区番茄白粉菌的鉴定

[目的]鉴定周口地区番茄白粉菌的形态学及分子生物学.[方法]通过显微学对周口地区的番茄白粉病菌分生孢子及孢子梗的形态、大小进行观察对比,并分析了核糖体DNA转录间隔区（ITS）和进化树.[结果]在扫描电子显微镜下病菌分生孢子呈圆柱形或椭圆形,无支链;目的序列同来自日本番茄上的O.neolycopersici（AB094991）和来自美国番茄上的O.neolycopersici（AB163915）同源性最高聚为一支,与来自韩国绣球花上的O.hortensiae（JQ669944）等由于寄主植物不同而另聚为一条分支.[结论]不同物种的白粉菌间的遗传距离较远,来自周口地区的番茄白粉菌为O.neolycopersici.     

猪圆环病毒Ⅱ型新疆分离株全基因组及ORF2基因的克隆与测序

根据GenBank中已发表的猪Ⅱ型圆环病毒(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对特异性引物。将PCV2新疆分离株(PCV2-XJ)用PK15细胞培养数代,从细胞培养物中提取病毒总DNA,并取其作为模板,PCR扩增出病毒全基因和结构基因(ORF2)。将PCR回收产物克隆到pMD18-T载体,成功构建了重组质粒pMD18-TPCV2和pMD18-T-ORF2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。应用序列分析软件对测序结果分析可知,克隆得到的PCV2-XJ基因组全长1 768 bp。通过序列分析结果显示,PCV2-XJ与国内外PCV1、PCV2参考毒株的核苷酸同源性分别为99.5%～99.7%和68.7%;与HuB08(FJ041151)参考株核苷酸同源性最高(99.7%)。PCV2-XJ株ORF2基因与参考株核苷酸和氨基酸同源性分别高达99.3%和98.8%。     

贵州地道药材淫羊藿rDNA ITS序列的分析研究

[目的]通过对贵州桐梓淫羊藿rDNA ITS序列（包括ITS1、5.8S和ITS2）的测序分析,获得地道药材淫羊藿在分子水平上鉴定的参考标准.[方法]用改良的CTAB法提取淫羊藿总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,并与Genbank中其他地区淫羊藿种的ITS序列进行序列同源性分析.[结果]淫羊藿rDNA ITS序列长约703 bp,其中ITS1长249 bp,ITS2长247 bp,序列间共有16个变异位点.[结论]淫羊藿rDNA ITS序列的确定可应用于地道药材淫羊藿的鉴定,可作为从分子水平进行鉴定中药淫羊藿的分子标记之一.     

ITS2序列作为DNA条形码在苍耳属中的应用

[目的]苍耳(属)(非中国种)植物为检疫性有害生物,该试验尝试以ITS2序列作为DNA条形码对从国外截获的7种苍耳属植物进行物种区分鉴定研究。[方法]试验应用通用引物对其ITS2基因进行扩增,测序得到7种苍耳属植物的ITS2序列,利用MEGA 5.1软件得到的ITS2序列进行比对和分析,并构建系统树。[结果]共发现变异位点242个,其中单突变位点12个。[结论]ITS2序列能从基因位点层面对苍耳属植物进行区分鉴定。     

灰紫香蘑的分离纯化及ITS序列鉴定

[目的]对采自内蒙古根河地区的灰紫香蘑进行组织分离与鉴定.[方法]分别选取菌盖处、菌褶与菌柄交界处和菌柄处进行组织分离,将分离物进行ITS序列分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统发育树.[结果]菌褶与菌柄交界处为最佳分离部位,菌丝生长速度快、洁白细密、污染率低;其次,子实体自然风干3d后再进行分离可有效降低菌丝污染程度;最后分离物经ITS序列测定,系统发育分析证实其为灰紫香蘑.[结论]该方法获得了灰紫香蘑的纯培养菌株,为进一步开发和利用灰紫香蘑提供了科学依据.