动物性中药材地龙DNA条形码初步研究

利用通用引物对中药材地龙的COI、16S rDNA片断进行PCR扩增、测序、分析,并构建系统进化树,将获得的中药材地龙CO Ⅰ、16S rDNA片断序列提交到GenBank中的DNA Barcoding数据库进行分析.结果显示:(1) 中 药材地龙CO Ⅰ片断的长度为682 bp.其中变异位点(SNP多态位点)有179个,多态位点约占片断总长的26％.碱基A+T的含量为58.8％、G+C的含量为41.2％.16S rDNA片断的长度为503 bp.其中变异位点有70个,多态位点约占片断总长的14％,碱基A+T的含量为62.4％、G+C的含量为37.6％;(2)获得CO Ⅰ序列的登录号为HQ405769-HQ405776,16s rDNA序列的登录号为HQ405777 -HQ405783;(3)中药材地龙DNA中CO Ⅰ序列的基因多态性比16S rDNA序列更显著,适合做为中药材地龙的DNA条形码.     

白木香rDNA ITS序列测序鉴定的初步研究

以改良的CTAB法提取白木香的基因组DNA,运用通用引物对其rDNA的ITS区进行PCR扩增,并对扩增产物分别进行直接测序和克隆测序。结果表明,白木香rDNA的ITS区序列存在稳定而又明显的差异,白木香rDNA序列差异可能主要集中在ITS1区,存在5处变异位点,ITS2区存在1处变异位点。     

贵州地道药材淫羊藿rDNA ITS序列的分析研究

[目的]通过对贵州桐梓淫羊藿rDNA ITS序列（包括ITS1、5.8S和ITS2）的测序分析,获得地道药材淫羊藿在分子水平上鉴定的参考标准.[方法]用改良的CTAB法提取淫羊藿总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,并与Genbank中其他地区淫羊藿种的ITS序列进行序列同源性分析.[结果]淫羊藿rDNA ITS序列长约703 bp,其中ITS1长249 bp,ITS2长247 bp,序列间共有16个变异位点.[结论]淫羊藿rDNA ITS序列的确定可应用于地道药材淫羊藿的鉴定,可作为从分子水平进行鉴定中药淫羊藿的分子标记之一.     

广东孑遗植物水松 rDNA ITS 序列分析

为鉴定广东水松的遗传多样性,应用改良 CTAB 法分别提取广东不同地区的孑遗植物水松基因组 DNA,以真核生物 rDNA ITS 序列的通用引物分别对其 ITS 区进行 PCR 扩增及测序后进行比对、分析,将得到的序列申请登录入 GenBank 核苷酸数据库。结果表明：广东地区不同来源水松的 rDNA ITS 序列长度均为988 bp,相互之间仅有2～3个碱基差异,说明该序列可作为从分子水平鉴别水松种质资源的参考标记。珠海、中山和广州地区孑遗植物水松 GenBank 核苷酸数据库登录号分别是 KF977874、KF977876和 KF977875。     

黄芪种子rRNA基因间隔区序列测定及分析

[目的]通过对黄芪种子进行rRNA基因内转录间隔区碱基序列的测定,建立其分子水平的鉴定标记。[方法]以改良CTAB法提取黄芪种子DNA,利用合成的通用引物对其rRNA基因内转录间隔区进行nPCR扩增,将扩增产物进行碱基序列测定。[结果]琼脂糖凝胶电泳证实黄芪种子中rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物存在,经测序后得到了黄芪种子rRNA基因内转录间隔区的碱基序列。[结论]rRNA基因内转录间隔区碱基测序技术可作为分子水平鉴定植物性中药材的又一有效途径。     

高良姜与混淆品大高良姜的rDNA ITS区序列分析

利用改良的CTAB法提取药材的基因组DNA,运用通用引物对高良姜及混淆品大高良姜rDNAITS区进行PCR扩增,对产物进行直接测序并对测序结果进行聚类分析。结果表明,经ClustalX软件序列比对后发现二者ITS的长度范围在568～576bp,有32处变异位点,主要集中在ITS1区和ITS2区,聚类分析表明高良姜与大高良姜各聚为一支,表明高良姜与大高良姜两种植物碱基序列有较大的差异。     

中药材地龙DNA提取方法的比较分析

以地龙为例,对中药材DNA的几种常用提取方法进行了比较分析,为中药的鉴定提供参考。     

matK序列作为DNA条形码在中药鸡骨草中的应用

采用改良的CTAB法提取来自不同地区的9种中药鸡骨草的总DNA,利用豆科植物通用引物对matK序列进行PCR扩增,将扩增得到的序列提交到GeneBank中获得登录号.最后将所有序列进行聚类分析,计算种间及种内遗传距离,建立系统发育邻接树.结果表明,matK序列的全长为889～895 bp;不同植物之间的遗传距离较大,同种植物之间的遗传距离较小,且最大的种内遗传距离小于最小的种间遗传距离.因此,matK序列可以作为豆科植物的DNA条形码.     

不同地区毛鸡骨草与鸡骨草rbcL 序列差异分析

应用改良CTAB法提取不同产地毛鸡骨草与鸡骨草的总DNA,PCR 扩增其rbcL 序列并测序,应用MEGE5.1 软件作 序列同源性分析,计算遗传距离并构建系统发育邻接树。结果表明,毛鸡骨草与鸡骨草各具为一支,有亲缘关系,可见rbcL 序列可成功区分两者,因此,rbcL 序列可以作为鸡骨草的DNA 条形码。     

3种药用红树植物rDNA ITS序列初步研究

应用改良CTAB法分别提取生长于珠海和海南的3种药用红树植物秋茄、老鼠簕和桐花树的基因组DNA,以真核生物rDNA ITS区的通用引物分别对其rDNA ITS区进行nPCR扩增及测序,并对测序结果进行对位排列.结果表明,不同来源的药用红树植物的rDNA lTS序列上存在扩增碱基差异,rDNA ITS测序结果可作为鉴定药...