荣昌猪白细胞介素-6基因的克隆与序列分析

根据GenBank收录的猪白细胞介素-6(PIL-6)设计1对特异性引物,经刀豆蛋白素A(ConA)诱导猪淋巴细胞并提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出荣昌猪IL-6的cDNA。将扩增基因连接到PMD18-T质粒上,经酶切鉴定和序列测定证明该序列是PIL-6。序列分析结果表明:该基因cDNA全长741 bp,开放阅读框由639个核苷酸组成,推测产生的编码产物由212个氨基酸组成。核酸序列分析比对发现:荣昌猪IL-6与GenBank已发表的IL-6序列的同源性较高,为99.8%~100%,氨基酸的同源性为99.5%~100%。对荣昌猪IL-6基因氨基酸的亲水性和蛋白表面可能性进行分析,表明其与IL-6基因氨基酸序列性质一致。     

杂交猪IL-2和IL-6全基因克隆及序列分析

为研究杂交猪白细胞介素2(IL-2)和白细胞介素6(IL-6)在机体免疫应答中的作用,将杂交猪外周血淋巴细胞在伴刀豆球蛋白A(Con A)的刺激下进行体外培养后,提取淋巴细胞总RNA,应用RT-PCR技术扩增出杂交猪淋巴细胞IL-2和IL-6的cDNA,克隆到pMD18-T载体上并测序.测序结果表明:杂交猪IL-2基因核苷酸序列与参考序列的同源性为100%;IL-6基因核苷酸序列与GenBank登录的参考序列的核苷酸同源性在99.8%～100%之间,推导氨基酸同源性在99.1%～100%之间.     

白来航鸡IL-18和GM-CSF基因克隆与序列分析

根据GenBank中鸡白细胞介素18(IL-18)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)基因的序列设计2对特异引物,以白来航鸡脾淋巴细胞总RNA为模板进行RT-PCR扩增,克隆白来航鸡IL-18和GM-CSF工基因并进行序列分析.测序结果表明,白来航鸡IL-18基因开放阅读框为597 bp,编码199个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡IL-18基因与GenBank中鸡IL-18的核苷酸同源性为99.0%～99.8%,氨基酸同源性为97.5%～99.5%.白来航鸡GM-CSF基因开放阅读框为435 bp,编码145个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡GM-CSF基因与GenBank鸡GM-CSF的核苷酸同源性为99.3%～100%,氨基酸同源性为99.3%～100%,生物信息学分析表明,IL-18与GM-CSF基因编码的蛋白具有亲水性,都有很强的抗原性,IL-18共有2个潜在的N-糖基化位点,可能存在4个蛋白激酶C磷酸化位点,存在3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点;GM-CSF共有1个潜在的N-糖基化位点,可能存在1个蛋白激酶C磷酸化位点,存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点.     

广西巴马小型猪IL-4和IL-10基因的克隆和序列分析

为研究猪白细胞介素4（IL-4）和白细胞介素10（IL-10）在机体免疫应答中的作用,从ConA刺激的巴马小型猪的外周血淋巴细胞提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出IL-4和IL-10基因,将其分别克隆到PMD18-T 载体上,进行序列分析.结果表明,克隆的IL-4和IL-10基因的核苷酸和氨基酸序列与GenBank上登录的其它猪种的IL-4和IL-10基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.8%～100%、97.0%～99.3%和99.2%、97.7%.     

固始鸭白细胞介素-18全基因克隆与分子进化分析

根据GenBank发表的鸭IL-18cDNA基因序列设计、合成一对引物,应用RT-PCR技术,无需用非特异性免疫原如PHA等刺激脾淋巴细胞,直接提取脾淋巴细胞总RNA,扩增固始鸭IL-18基因,并克隆、测序。测序结果表明固始鸭IL-18基因全序列为610bp,包含1个完整阅读框,编码1条由200个氨基酸残基组成的多肽。序列分析发现,固始鸭IL-18基因与GenBank中两条鸭IL-18基因(AF336122和DQ490137)核苷酸同源性分别为98.8%、99.8%,与AF336122有5个碱基发生非同义变异,2个碱基为同义变异,氨基酸同源性为97.5%,与DQ490137有一个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为99.5%。固始鸭IL-18前体蛋白第30位谷氨酸处有一个IL-1β转换酶的caspase-1切割位点及在人和其他动物中已证实的IL-1标签序列,推测鸭IL-18成熟蛋白由170个氨基酸组成。固始鸭与人和其他动物的IL-18基因进化分析表明,IL-18基因存在着种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高。     

猪源隐孢子虫Hsp70基因的测定与种系发育关系分析

从河南两个地区猪的粪便中分离纯化了猪源隐孢子虫卵囊。参考隐孢子虫Hsp70基因属特异性引物,用PCR分别扩增了卵囊基因组DNA大小均为1 948 bp的片段,PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化,纯化后PCR产物直接测序。将测得的序列和推测出的氨基酸序列分别用ClustalX软件与已报道的相应序列比对,用DNASTAR中的MegAlign分析其同源性,并用PAUP绘制系统发育进化树。序列分析结果显示河南猪源隐孢子虫两个分离株Hsp70 DNA序列的同源性为99.9%,与其他隐孢子虫相应序列同源性介于81.9%~99.8%之间,其中与猪隐孢子虫(Cryptosporidium suis,AF221533)同源性最高分别为99.8%,97.9%;与安氏隐孢子虫(C.andersoni,AY954592)同源性最低。两个分离株推导Hsp70氨基酸序列的同源性为100%,同其他隐孢子虫相关序列的同源性在92.8%~99.8%之间。本研究为隐孢子虫诊断及流行病学研究打下了良好基础。     

荣昌猪自细胞介素-6基因的克隆与序列分析

根据GenBank收录的猪白细胞介素-6（PIL-6）设计1对特异性引物，经刀豆蛋白素A（Co—nA）诱导猪淋巴细胞并提取总RNA，用1it—PCR方法扩增出荣昌猪IL-6的cDNA。将扩增基因连接到PMD18-T质粒上，经酶切鉴定和序列测定证明该序列是PIL-6。序列分析结果表明：该基因cDNA全长741bp，开放阅读框由639个核苷酸组成，推测产生的编码产物由212个氨基酸组成。核酸序列分析比对发现：荣昌猪IL-6与GenBank已发表的IL-6序列的同源性较高，为99．8％。100％，氨基酸的同源性为99．5％-100％。对荣昌猪IL-6基因氨基酸的亲水性和蛋白表面可能性进行分析，表明其与IL-6基因氨基酸序列性质一致。     

广西沼泽型水牛IL-4和IL-5基因的克隆及其序列分析

从刀豆素A(Concanavalin A,ConA)刺激的广西沼泽型成年水牛外周血单个核细胞(Peripheralblood mononuclear cells,PBMCs)中提取总RNA,用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增出白细胞介素-4(Interleukin-4,IL-4)和白细胞介素-5(IL-5)基因,分别克隆到pMD18-T载体上,进行序列分析。结果表明,从培养9 h、17 h的单个核细胞中扩增得到的IL-4基因在核苷酸水平上与GenBank上登录的印度水牛IL-4 cDNA序列同源性为98.8%,与牛、绵羊、猪和马的同源性分别为99.3%、94.1%、84.8%和80.6%;氨基酸水平的同源性分别为96.3%、98.5%、90.4%、78.4%和59.6%。从培养12 h的单个核细胞中扩增得到的IL-5基因在核苷酸水平上与GenBank上登录的牛、绵羊、猪和马IL-5 cDNA序列同源性分别是99.0%、96.5%、89.6%和89.1%;氨基酸水平的同源性分别为97.8%、96.2%、85.9%和86.7%。本研究为进一步了解水牛IL-4和IL-5的结构和水牛免疫学特性奠定了基础。     

罗曼鸡胚脾细胞白介素-18基因的克隆与序列分析

根据国外已发表的鸡白细胞介素 18(IL- 18) c DNA基因序列设计了 1对特异性引物 ,应用 RT- PCR技术 ,从鸡新城疫 系病毒接种 4 8h左右的罗曼鸡胚脾细胞中扩增出鸡 IL - 18全基因 ,并进行了序列测定。结果表明 ,扩增片段全长 5 94 bp,共编码 198个氨基酸的前体蛋白 ,其中含有表达完整功能蛋白所必需的起始密码子和终止密码子。该序列与国外报道的鸡 IL - 18全基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为 99.8%和 10 0 % ;序列中编码成熟蛋白的这段基因与国内报道的源自白来航鸡编码 IL- 18成熟蛋白的基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为 99.8%和 99.4 %。本研究为鸡 IL - 18的扩增及其他细胞因子的扩增提供了一种简便易行的新方法 ,为进一步研究IL- 18基因的结构、功能、表达及表达产物的应用奠定了良好基础     

猪伪狂犬病毒原阳株gE全基因的克隆与序列分析

根据GenBank已经公布的猪伪狂犬病病毒(PRV)gE全基因序列,设计合成了1对引物,利用PCR技术对猪伪狂犬病河南原阳病毒株相关的毒力基因gE进行了扩增,将特异性DNA条带进行回收,回收的PCR产物克隆到pMD?18-T载体中,并转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞。运用蓝白斑筛选,挑取阳性菌落,提取重组质粒进行PCR、酶切和测序鉴定。测序结果表明,该序列全长为1 862 bp,将该基因核苷酸序列与从GenBank下载读取的马来西亚株(FJ176390)、爱尔兰Nia-1株(FJ605136)、湖北Ea株、韩国株(AY249861)、美国Becker株(AY368490)、广东SH株(EF55242 7)、西班牙株(EU502923)、河南焦作株(EU561349)等的gE基因进行同源性分析比较,得出的核苷酸同源性分别为99.4%、97.9%、99.7%、99.6%、98.0%、99.7%、97.8%、99.0%。通过对其序列进行的测定,有利于进一步从分子水平研究PRV在某些地区的流行、变异规律,也为PRV的诊断和预防奠定了基础。     

猪血清白蛋白基因的克隆与序列分析

血清白蛋白融合技术是一种开发长效重组蛋白药物的新技术.为了获得猪血清白蛋白(PSA)基因,根据GenBank(登录号:AY663543)中PSA的基因序列,设计一对引物,采用RT-PCR从新鲜猪肝组织中扩增出PSA基因的全长cDNA,产物纯化后连接至pBS-T载体,转化大肠埃希菌TG1,采用PCR法及酶切鉴定法筛选出阳性菌株后进行测序.序列分析结果表明,成功克隆了PSA基因的1 821 bp全长cDNA,与 GenBank中参照基因序列同源性为99.6%,氨基酸序列同源性为99.5%.本研究数据已提交至GenBank,并申请到一个登录号EF202601.     

植物乳杆菌α-半乳糖苷酶基因（melA）的克隆与序列分析

试验以L.plantarum1.557的基因组DNA为模板,通过PCR技术扩增α-半乳糖苷酶基因（melA）基因,PCR产物经纯化回收后克隆至pMD18-T载体中,转化E.coli DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆,提取质粒进行SacⅠ和Sph Ⅰ酶切及PCR扩增鉴定,并对melA基因片段进行序列测定。结果表明,测得的melA基因序列全长2240 bp,含有酶切位点、启动子、SD序列及编码738个氨基酸的开放阅读框,理论分子质量为84 ku;4种核苷酸中GC含量为47.45%、AT含量为52.55%;序列中有3个碱基发生了变化,均为无义突变,未导致其推导的氨基酸的改变;序列测定结果与GenBank中登录的序列进行比较,核苷酸和氨基酸序列的同源性除与AY873840相比分别为96.6%和92.2%外,其余均大于99%。试验成功克隆了melA基因,为进一步构建重组表达载体奠定了基础。     

牦牛IL-4基因的克隆及其遗传演化关系分析

克隆牦牛白细胞介素-4（IL～4）基因,并对其进行遗传演化分析。从刀豆素（ConA）和脂多糖（LPS）联合刺激培养的牦牛外周血淋巴细胞提取总RNA．利用RT—PCR方法扩增牦牛IL-4全长cDNA,将其克隆到pMD18～T载体上,测序后进行序列分析。成功克隆到牦牛IL-4基因全序列,序列分析表明,克隆的牦牛IL-4基因序列与GenBank所登录的牛IL-4核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别这99．8％和100％,与人、猕猴、猪、山羊、马等物种的核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别在44．4％～96．3％和27．4％～91．1％之间。在国内首次成功地从牦牛外周血淋巴细胞中克隆到IL-4的基因,其ORF为408bp,推导编码135个氨基酸。     

猪Toll样受体9基因的克隆、序列分析及其结构预测

本研究应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增技术,从猪脾脏淋巴细胞中,克隆了猪Toll样受体9基因(pTLR9).基因序列分析表明,克隆的pTLR9基因ORF为3 093 bp,编码1 030个氨基酸,含18.5%的亮氨酸,含有24个氨基酸的信号肤序列,属于Ⅰ型跨膜受体,具有富含亮氨酸的重复序列(LRR)和Toll/IL-1R同源区结构域;与GenBank上登载的pTLR9参考序列(AY859728)的同源性为99.3%,与牛、马、羊和人的同源性较高,与家鼠、褐鼠的次之,TLR9的演化关系与亲缘关系密切.     

家蚕质型多角体病毒RDRP基因的序列测定及同源性分析

应用分段RTPCR方法和分子克隆技术从家蚕质型多角体病毒(Bombyxmoricytoplasmicpolyhedrosisvirus,BmCPV)中国株的dsRNA中成功地分3段克隆了RDRP基因(RNAdependentRNApolymerase),大小分别为1442、827、1675bp,进行了基因全序列拼接,获得37kb的全长RDRP基因(GenBank序列号为AY496445)。通过在线blast分析,与BmCPV1、DpCPV1、LdCPV1、LdCPV14、TnCPV15核苷酸同源性分别为89%、81%、81%、541%和509%,氨基酸同源性分别为965%、931%、929%、411%和335%。根据核苷酸同源性与氨基酸同源性构建的进化树具有较好的一致性。通过ClustalX软件分析,定位了该病毒RDRP基因的3个保守区域(酸性区,核苷酸结合的核心区和催化功能核心区)。     

猪博卡病毒非结构蛋白NP1基因的克隆及基因分型研究

为明确猪博卡病毒福建株非结构蛋白NP1的特征,本研究根据GenBank中登录的非结构蛋白NP1的基因特征,设计特异性引物从一份患有断奶仔猪多系统衰竭综合征的仔猪肺脏和淋巴结基因组DNA中扩增到猪博卡病毒非结构蛋白NP1的全长基因序列。测序结果显示,本试验克隆的猪博卡病毒非结构蛋白NP1的基因全长为675bp,编码有224个氨基酸,其与美国株猪博卡病毒(OH110株)核苷酸同源性最高,达97.3%,但与美国株猪博卡病毒(IN109-1株)核苷酸同源性仅为81.8%;与英国北爱尔兰野猪博卡病毒(F41株和64-1株)同源性均不高,分别为82.5%和80.9%;与猪博卡病毒(H18株)核苷酸同源性最低,仅为43.8%。通过对猪博卡病毒代表株进行核苷酸同源性比对分析发现,猪博卡病毒存在3个主要的基因群,不同基因群非结构蛋白NP1的核苷酸同源性均低于50.0%。结果提示需对猪博卡病毒进行明确的划分,不同来源的猪博卡病毒可细分为3个明显的代表种。     

猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株编码复制酶聚蛋白 ORF1的克隆及结构特征分析

应用RT-PCR方法扩增了猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株编码复制酶聚蛋白的ORF1序列,将其进行克隆、序列测定和分析。确认SC-Y株ORF1全长20 053 nt(GenBank收录号DQ390461)。该序列包含2个ORF,其中ORF1a由12 053个核苷酸构成,可编码由4 018个氨基酸组成的多肽,ORF1b由8 036个核苷酸构成,可编码由2 678个氨基酸组成的多肽。对SC-Y与TGEV参考毒株及不同冠状病毒对应区进行序列比较,结果显示,SC-Y株与PUR46-MAD株的同源性最高,ORF1a的核苷酸同源性为99.5%,推导氨基酸同源性为99.2%,ORF1b的核苷酸及推导氨基酸同源性均为99.8%;不同冠状病毒之间ORF1b比ORF1a具有更高的保守性。