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相似文献
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1.
[目的]分析亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性。[方法]分别从西藏亚东河与亚东鲑养殖站采集野生与养殖亚东鲑各15尾样品,对其线粒体DNA COⅠ、COⅡ基因全序列进行PCR扩增、测序比对。[结果]序列长度分别为631、634 bp。序列分析结果显示:30条亚东鲑线粒体DNA COⅠ、COⅡ序列分别检测到1种、3种单倍型,均无碱基插入、缺失,COⅡ序列有2个位点出现碱基替换;COⅠ、COⅡ序列T、C、A和G碱基平均含量分别为29.5%、28.97%,30.6%、28.47%,22.5%、27.03%和17.4%、15.53%,其中A+T的含量(52.0%、56.0%)均显著高于G+C含量(48.0%、44.0%),均表现出明显的碱基偏倚;COⅠ、COⅡ单倍型多态性(h)与核苷酸多态性(π)值分别为0、0.80与0、0.000 1;根据Kimura双参数模型构建基于线粒体COⅠ、COⅡ序列的系统进化树,两亚东鲑鱼遗传距离分别为0、0.002 4。[结论]西藏亚东鲑的遗传多样性水平较低,且养殖和野生群体无遗传分化。  相似文献   

2.
运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540~560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602~604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且(A+T)含量高于(G+C)含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。  相似文献   

3.
核桃举肢蛾(Atrijuglans hetaohei)是危害核桃果实的主要害虫,严重影响核桃的产量和商品价值。在最新的形态学分类上,核桃举肢蛾属于鳞翅目、麦蛾总科、黑展足蛾属。通过同源序列比对探讨利用DNA条形码技术(DNA barcoding)对核桃举肢蛾进行分类鉴定的准确性。运用2对通用引物分别扩增核桃举肢蛾线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(CO I)基因和细胞色素b(Cytb)基因片段,并与鳞翅目麦蛾总科、巢蛾总科、凤蝶总科、螟蛾总科等昆虫的同源片段进行碱基组成多样性和系统进化分析,扩增得到核桃举肢蛾CO I基因664 bp片段和Cytb基因479 bp片段。结果表明:核桃举肢蛾线粒体CO I基因片段中,A、T、G和C 4种核苷酸的含量分别为29.5%、39.4%、15.1%和16.1%,A+T的含量(68.9%)明显高于G+C含量(31.1%),存在显著的AT使用倾向性。在Cytb基因片段中, A、T、G和C 4种核苷酸的含量分别为33.4%、41.5%、10.2%和14.8%,A+T的含量为74.9%,也明显高于G+C含量(26%)。两段序列都以T-A间颠换和T-C间转换为主要替换方式,且密码子第2位点保守性最强,第3位点变异率最高。基于CO I和Cytb基因片段构建的NJ系统进化树均显示核桃举肢蛾与麦蛾总科昆虫处于同一个分支之下。利用DNA条形码技术得到的核桃举肢蛾分子生物学分类结果与传统的形态学分类结果一致。  相似文献   

4.
为探究虫酰肼和灭幼脲对锈色粒肩天牛Apriona swainsoni(Hope)生理机制的影响,用经灭幼脲(T1)和虫酰肼(T2)处理的木屑饲喂锈色粒肩天牛幼虫,测定天牛幼虫的过氧化氢酶(CAT),超氧化物歧化酶(SOD),谷胱甘肽S转移酶(GSTs)和羧酸酯酶(CarE)活性,每12 h取样,持续72 h。结果显示:T1处理CAT活性先升高,24 h后降低;T2处理CAT活性降低;与对照组相比,T1和T2处理SOD活性、GSTs活性显著增高(P < 0.05),CarE活性则无明显差异。推测锈色粒肩天牛幼虫GSTs活性和虫体抗性的产生有关,GSTs活性可能是天牛幼虫的抗性标识物。  相似文献   

5.
采用PCR扩增和序列测定等技术,对岩扇贝(Crassadoma gigantea)线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因片段进行初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613.0~634.0 bp之间,A、T(U)、G、C的平均含量分别为26.5%、29.7%、24.5%、19.3%;COⅠ基因片段的大小为660 bp,碱基A、T、G、C的平均含量分别为17.2%、40.3%、27.2%、15.3%。16S基因在岩扇贝中偏好使用GUU、UUG、AUU、ACG、UAU、CAA、GAG、UUU、UCU、GAU、GGU、GAG、AGG和GGA等25个密码子。COⅠ系统进化树表明,与岩扇贝亲缘关系最近的是柿孔扇贝(Azumapecten farreri),其次是冰岛扇贝(Chlamys islandica)。16S系统进化树亲缘关系由近到远依次是北美扇贝(Patinopecten caurinus)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)、Chlamys islandica。  相似文献   

6.
【目的】建立基于线粒体COⅠ和COⅡ基因序列的沙果小食心虫、梨小食心虫分子鉴定方法。【方法】田间采集试虫,利用PCR和基因测序技术,扩增2种食心虫的线粒体COⅠ和COⅡ基因,将获得的COⅠ和COⅡ基因序列在GenBank中进行BLAST比对,并通过GeneDoc软件分析基因序列相似性,利用Mega 5.05软件分别计算基于COⅠ和COⅡ基因序列的遗传距离,并分别构建COⅠ和COⅡ基因的系统发育树。【结果】在分析的2种食心虫样本中,沙果小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.4%以上,梨小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.6%以上,2种食心虫COⅠ基因的种间相似度为95.0%~95.6%;沙果小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.0%以上,梨小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.3%以上,2种食心虫COⅡ基因的种间相似度为94.6%~95.5%;2种食心虫COⅠ基因种间存在30个稳定变异位点,COⅡ基因种间有26个稳定变异位点。2种食心虫种内遗传距离为0.001~0.006(COⅠ)和0.001~0.010(COⅡ),种间遗传距离为0.046~0.052(COⅠ)和0.047~0.057(COⅡ),基于COⅠ和COⅡ基因的种间遗传距离均显著大于种内遗传距离。分别构建COⅠ和COⅡ基因单倍型的系统发育树,结果显示,在2个基因的系统发育树上,2种食心虫的基因序列分别位于不同的进化支,且置信度均达到100%,同种食心虫的基因序列位于相同的进化枝。【结论】可以根据本研究所用的COⅠ和COⅡ基因序列的差异性,进行沙果小食心虫和梨小食心虫的分子鉴定。  相似文献   

7.
线粒体CO I基因是研究昆虫遗传多样性的理想材料,其序列长度在不同样品材料中不完全一致,序列长度与基因差异分析结果的相关性有待研究比较。本文以2019年和2014年危害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌雄成虫的CO I基因共8个样品为研究对象,拼接获取8个样品CO I基因的初始序列和剪切序列,利用初始序列和剪切序列分别分析比较危害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌雄成虫CO I基因在2019年和2014年之间基因差异,以此验证序列长度与基因差异的相关性。结果表明,2019年和2014年危害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌雄成虫CO I基因序列的碱基含量方面,剪切序列和初始序列获得碱基含量不一致,但变化较小,A+T的含量和四个碱基含量分布规律没有变化;碱基相似度方面,剪切序列分析所得CO I基因的碱基相似度较初始序列变大,但不同样品间的相似度差异规律没有变化。综上,云斑白条天牛不同样品CO I基因的碱基序列长度统一剪切后,碱基差异的统计分析结果会发生改变,但变化的幅度较小,对定性分析的结果影响不大,是否需要将碱基序列剪切统一,根据研究需要自行判断。  相似文献   

8.
对海南的3 种土白蚁15 个不同地理种群的线粒体CO域基因进行了克隆鉴定和序列分析,并结合 GenBank 中的数据,构建进化树进行遗传变异分析。结果表明,3 种土白蚁种间同源性为92.5%~95.1%,遗传分歧为 5.1%~8.1%;黑翅土白蚁和海南土白蚁CO域基因不同种群之间的同源性分别为97%~99.9%和98.4%~100%,遗传分 歧分别为0.1%~3.0%和0%~1.6%。崖城的一个未知种群Odontotermes sp. 与来自日本的O. javanicus 同源性最高 (95.4%)。土白蚁CO域基因序列中AT 含量为61.4%,高于CG 含量,碱基变异的主要形式为颠换。  相似文献   

9.
[目的]分析亚东鲑线粒体COI与COⅡ基因遗传多样性。[方法]分别从西藏亚东河与亚东鲑养殖站采集野生与养殖亚东鲑各15尾样品,对其线粒体DNACOI、COⅡ基因全序列进行PCR扩增、测序比对。[结果]序列长度分别为631、634bp。序列分析结果显示:30条亚东鲑线粒体DNACOI、COⅡ序列分别检测到1种、3种单倍型,均无碱基插入、缺失,COⅡ序列有2个位点出现碱基替换;COI、COil序列T、C、A和G碱基平均含量分别为29.5%、28.97%,30.6%、28.47%,22.5%、27.03%和17.4%、15.53%,其中A+T的含量(52.O%、56.0%)均显著高于G+c含量(48.O%、44.0%),均表现出明显的碱基偏倚;COI、COⅡ单倍型多态性(h)与核苷酸多态性("iT)值分别为0、0.80与0、0.0001;根据Kimura双参数模型构建基于线粒体COI、COU序列的系统进化树,两亚东鲑鱼遗传距离分别为0、0.0024。【结论】西藏亚东鲑的遗传多样性水平较低,且养殖和野生群体无遗传分化。  相似文献   

10.
为研究直额裸腹溞Moina rectirostris线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因的特点,使用WizardTM基因组DNA纯化试剂盒提取直额裸腹溞DNA,以其DNA为模板,用线粒体COⅠ基因通用引物进行PCR扩增、测序。结果表明:直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因部分cDNA序列长度为709 bp,其中碱基A、G、T、C含量分别为26.23%、19.89%、38.50%、15.37%,A+T含量(64.74%)明显高于G+C含量(35.26%);将该基因的cDNA序列与裸腹溞科5个种的同源序列进行比对,并用邻接法(NJ)构建系统进化树,结果显示,直额裸腹溞与短型裸腹溞的遗传距离最小,同属于一个分支,亲缘关系最近。研究表明,应用COⅠ基因序列可以有效地区别裸腹溞科各个种类,与传统形态学分类学的结果基本一致。  相似文献   

11.
对鳗鲡属(Anguilla)的美洲鳗鲡(A. rostrata)、欧洲鳗鲡(A. anguilla)、太平洋双色鳗鲡(A. bicolor pacifica) 、花鳗鲡(A.marmorata)、澳洲鳗鲡(A. australis )、日本鳗鲡(A.japonica)6种鱼类54个体COⅠ和COⅡ基因片段中1 179 bp和633 bp的序列特征、分子分类的有效性、以及构建的系统关系进行了比较分析,结果表明:(1)COⅠ和COⅡ基因可变位点、简约信息的百分比分别为17.98%、16.45%和12.16%、10.11%,COⅠ较COⅡ基因的变异率高;(2)两种基因序列均表现出明显的反G偏倚(在COⅠ和COⅡ中G的百分含量分别为18.45%,16.67%);(3)基于COⅠ基因种间遗传距离均高于COⅡ基因,且均大于2%(欧洲鳗鲡和美洲鳗鲡基于COⅡ基因序列的种间遗传距离为1.8%除外),种内遗传距离都小于1%;(4)以两序列构建的系统树,各物种所有个体均形成独立、高支持率单系,但两序列构建的系统关系并不完全一致。由此说明,COⅠ和COⅡ都能对鳗鲡属鱼类进行有效的物种分子鉴定,但在探讨鳗鲡属鱼类系统进化关系上还需要联合其它基因。  相似文献   

12.
[目的]通过克隆泰山螭霖鱼的COⅠ基因序列,研究其与鲤科几属鱼类的进化关系,确定泰山螭霖鱼的分类地位。[方法]以泰山螭霖鱼30个个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的部分序列进行PCR扩增和序列对比,检测泰山螭霖鱼的遗传多样性;计算泰山螭霖鱼不同单倍型与Gen Bank中鲤科5个属鱼类的遗传距离,采用聚类分析方法,构建NJ和UPGMA系统进化树。[结果]30个个体泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因片段长度约1 600 bp,无碱基的插入和缺失,纯化并去除引物序列后获得约1 493 bp的核苷酸序列,存在6种单倍型,共检测到6个多态位点,包括4个转化、2个颠换,其单倍型多样性(Hd)为0.460,核苷酸多样性(Pi)为0.000 78,平均核苷酸差异数(K)1.163。遗传距离和NJ和UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的COⅠ序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与金线鲃属、倒刺鲃属、华鲮属的亲缘关系较远。[结论]该研究为其种质资源的管理与保护及遗传育种提供分子生物学依据。  相似文献   

13.
为探究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象3种鲌类遗传资源状况,利用线粒体DNA COⅠ基因序列评价3种鲌类的遗传多样性及种群历史动态.通过PCR技术和测序技术,获得长度为630 bp COⅠ基因片段.序列分析结果表明,3种鲌类COⅠ基因序列碱基组成相似,且具有明显碱基组成偏向性,A+T的含量高于G+C的含量.翘嘴鲌的46条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义了4种单倍型(Hq1-Hq4),翘嘴鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.422和0.00085;蒙古鲌的20条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义4种单倍型(Hm1-Hm4),蒙古鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.695和0.00190;达氏鲌的41条COⅠ基因片段发现4个变异位点,定义5种单倍型(Hd1-Hd5),达氏鲌的单倍型和核苷酸多样性指数分别为0.230和0.00053.中性检验和歧点分布分析显示,3种鲌类在历史进化过程中经历了不明显的种群扩张.整体来看,滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌类的遗传多样性水平较低,种群遗传组成趋于单一化,需要采取措施增加鲌类种群数量,提高其遗传多样性水平.  相似文献   

14.
为了解江苏省骆马湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)和太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)遗传多样性水平,科学管理保护大银鱼和太湖新银鱼种质资源,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列作为分子标记,研究了骆马湖大银鱼和太湖新银鱼的遗传多样性。采用PCR扩增和序列测定获得长度为1 141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。64条大银鱼Cytb基因序列检出10个多态性位点,定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.824±0.025和0.001 49±0.000 13,碱基平均差异数为1.696;64条大银鱼COⅠ基因序列检出5个多态性位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.753±0.025和0.001 98±0.000 13,碱基平均差异数为1.247。大银鱼遗传多样性具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。35条太湖新银鱼Cytb基因序列检出11个多态性位点,定义8个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.449±0.103和0.000 92±0.000 30,碱基平均差异数为1.045;35条太湖新银鱼COⅠ基因序列检出5个多态性位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.361±0.103和0.000 62±0.000 20,碱基平均差异数为0.393。太湖新银鱼遗传多样性具有低单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。大银鱼及太湖新银鱼的Cytb和COⅠ基因单倍型间的遗传距离较小,分子系统进化树聚为一支,说明大银鱼和太湖新银鱼单倍型未出现遗传分化。大银鱼和太湖新银鱼的Tajima’s D和Fu’s F_s中性检测结果为负值,且核苷酸错配分布图呈现单峰型,表明骆马湖大银鱼和太湖新银鱼进化历史上经历过种群扩张,研究结果为骆马湖银鱼资源可持续发展和利用提供了科学依据。  相似文献   

15.
张广骅 《农技服务》2014,(4):114-114
<正>国槐是宿州的乡土树种,是园林绿化的常用树种。但近几年普遍严重遭受锈色粒肩天牛的危害。该虫以幼虫钻蛀树干,危害木质部,破坏树木输导系统为主,危害隐藏,防治困难,是国槐的毁灭性虫害。为有效防治锈色粒肩天牛的发生与危害,全面系统地研究了锈色粒肩天牛的形态特征、生活习性、危害特点、发生规律和防治措施,取得了初步成效。1、形态特征成虫雄虫体长26.4~33.6mm,体宽9.3~11.2mm;雌虫体长  相似文献   

16.
以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。  相似文献   

17.
对3个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系(埃及、无锡、吉富)和奥利亚罗非鱼(Oreochromis au-reus)以及杂交种奥吉(奥利亚♀×吉富♂)的线粒体16SrRNA和细胞色素b(Cytb)的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并分析了其序列差异。结果表明:PCR产物纯化后测序,16S rRNA扩增产物得到长度为596bp的基因片段,其碱基组成G+C平均含量为47.5%,序列比对分析显示变异位点13个,没有碱基的插入/缺失变异,转换/颠换比率为3.33;Cytb扩增产物测序得到659bp的同源片段,其碱基组成G+C含量平均为45.2%,无插入/缺失变异,变异位点共2个,都为转换,2处变异都发生在密码子第3位上,编码的氨基酸未发生变异。序列分析表明,尼罗罗非鱼3品系的序列完全相同,奥利亚的序列则与奥吉相同。这表明在罗非鱼线粒体DNA中,16S rRNA进化速率相对较快,而Cytb基因则高度保守,不适于研究罗非鱼种内和种间的亲缘关系和种类鉴别标记。  相似文献   

18.
利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象.  相似文献   

19.
基于线粒体COⅠ基因15个鸡种的DNA编码研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
 【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因部分序列。【结果】选择的这段COⅠ基因序列有38个突变位点,15个鸡种单倍型多样度平均为0.963,核苷酸多样度平均为0.00518,其中引进鸡种明显低于地方鸡种(除藏鸡外);15个鸡种品种间Kimura双参数遗传距离为0.056%—0.917%,种内遗传距离为0—0.346%,15个鸡种的DNA分类和形态学分类基本一致,引进鸡种与地方鸡种分歧较远。【结论】利用线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定,具有可行性和有效性。  相似文献   

20.
为了研究闽桂地区尖凹大叶蝉不同地理种群的遗传分化程度,对闽桂地区尖凹大叶蝉5个不同地理种群的线粒体COⅡ基因部分片段进行了扩增、测序及序列分析。结果表明,获得的COⅡ基因590bp的序列中,碱基A,T,C,G平均含量分别为38.8%、33.8%、16.4%和11.1%,A+T含量明显高于G+C含量,表现出强烈的A、T偏向性,密码子第3位点的A+T含量高达87.6%。碱基替换主要发生在密码子第3位,转换大于颠换,且转换多发生在T-C间。尖凹大叶蝉群体内COⅡ基因具有丰富的遗传多态性,且各地理种群间已产生不同程度的遗传分化。中性检测显示尖凹大叶蝉进化遵循中性模型,且在过去呈现种群扩张趋势。尖凹大叶蝉不同地理种群之间的遗传距离在0.002~0.042。种群系统发育树显示出尖凹大叶蝉各地理种群的遗传距离符合所处的地理区划,与地理距离间不具有明显的相关性,推断遗传分化的产生主要取决于所处的生态环境。  相似文献   

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