基于SSR与AFLP指纹的4个鸡品种及其杂交后代的遗传特征分析

利用20对微卫星引物和6种AFLP引物组合对狄高黄鸡(T1、T2)、安卡红鸡(A)、石岐杂鸡(S)、隐性白羽鸡(D1、D2)4个鸡品种及其F1代、F2代计9个群体进行遗传特征分析,研究4个鸡种亲本间及其与F1代、F2代不同群体间的遗传关系.结果显示20个微卫星座位在9个鸡群体中共检测到126个等位基因,等位基因数最多达9个,最少为4个,获得的平均等位基因数为6.3个.9个群体平均杂合度在0.281～0.695之间,多态信息含量在0.245～0.664之间;亲本4个品种6个群体平均杂合度在0.281～0.391之间,多态信息含量在0.245～0.367之间;F1代与F2代的平均杂合度在0.601～0.695之间,多态信息含量在0.553～0.664之间;4个亲本之间的遗传距离为0.4882～0.6230,亲本与F1代的遗传距离在0.1238～0.1714,亲本与F2代的遗传距离在0.2631～0.3104, F1与F2的遗传距离为0.1322和0.1442;6种AFLP引物组合在9个鸡群体中检测到了数量不等的特异性条带,其中F2最多,为5条,亲本隐性白羽鸡最少,为1条.表明分子遗传检测结果与鸡品种(群体)的选育状况基本一致,为预测品种(系)之间的杂种优势,配套系的培育提供了科学依据,同时为从分子水平鉴定鸡品种奠定了研究基础.     

RAPD技术对地方鸡种群体遗传结构的分析

利用ＲＡＰＤ技术对４个地方鸡种和１个引进鸡种的群体遗传结构进行分析，通过筛选的５个随机引物ＯＰＨ－０２、ＯＰＨ－０５、ＯＰＨ－１３、ＯＰＨ－１６、ＯＰＧ－０７对５个鸡种的池ＤＮＡ进行多态性研究，结果表明：５个引物共产生条带６１个，扩增产物片段的长度一般从１５０ｂｐ－４ｋｂ。     

12个中国地方鸡种群体遗传结构及遗传多样性分析

利用29对微卫星引物对我国的12个地方鸡种进行群体遗传结构及遗传多样性评估，结果表明：每个座位的等位基因数从2到23不等，所有的12个群体均显示较高水平的杂合度，固始鸡最低，为0．4532，大骨鸡最高，为0．6271。鸡种间存在较大的遗传分化，16．7％的遗传变异源于品种间的差异。基于Reynolds’遗传距离的邻近（NJ）聚类图显示，12个群体可以分为2个主要的类群：重体型的鸡种首先聚在一起，然后轻体型鸡种加入。structure程序同时也被用于评价鸡种间的遗传关系，结果与NJ聚类法相似，重体型的鸡种首先与轻体型鸡种分成两类。     

基于微卫星标记的安徽省四个地方鸡种群体遗传多样性及其遗传结构分析

研究对安徽省四个地方鸡种遗传资源淮南麻黄鸡、霍邱鸡(固始鸡)、黄山黑鸡、金寨黑鸡的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。利用基因组扫描技术检测21个微卫星标记在四个群体中的基因型,统计分析各群体的遗传多样性指标。结果显示:21个微卫星标记在四个群体中表现出中高度多态性;观察杂合度最高的是金寨黑鸡,最低的是霍邱鸡,分别为0.621和0.587;Nei′s标准遗传距离最近的是淮南麻黄鸡和霍邱鸡,为0.0212,最远的是淮南麻黄鸡与黄山黑鸡,为0.2187;聚类分析显示淮南麻黄鸡和霍邱鸡聚为一类,黄山黑鸡和金寨黑鸡聚为一类;遗传结构分析表明淮南麻黄鸡和霍邱鸡群体极为相似,黄山黑鸡和金寨黑鸡有较大差异。安徽四个地方鸡种均表现出较高的遗传多样性,黄山黑鸡与金寨黑鸡遗传结构有较大差异,淮南麻黄鸡与霍邱鸡非常相似,在以后的选育开发中应充分利用这些遗传特性。     

RAPD技术分析不同壳色蛋鸡品种间的遗传结构

运用RAPD技术,对青壳蛋鸡、泰和鸡、狼山鸡、海兰鸡以及青壳蛋鸡自交F1代进行了群体遗传结构分析。结果表明:青壳蛋鸡与其他鸡种在表型上有较大的遗传差异,其中青壳蛋鸡与海兰鸡相似性指数最低为32.17%,这为青壳蛋鸡生产上杂交优势的利用提供了一定的理论依据。此外,OPH-13、OPH-07随机引物可作为区别青壳蛋鸡与泰和鸡、狼山鸡、海兰鸡的候选标记引物。     

基于线粒体控制区的鸡不同杂交组合遗传多样性研究

旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区（mtDNA D-loop区）的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度（Hd）在0.496~0.729之间,核苷酸多样度（Pi）在0.003 40~0.005 41之间,Hd值和Pi值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。     

5个选育系鸡群体遗传结构的微卫星分析

利用筛选出的鸡基因组10个微卫星,对福建永安融燕公司的5个鸡配套选育系的群体遗传结构进行测定,计算各群体平均杂合度、多态信息含量,群体间的遗传距离,并进行聚类。结果表明,10个微卫星标记在各群体中均具有高度的多态性;各群体结构的遗传参数符合各群体的结构状况。     

2020年地方鸡种遗传资源研究动态

掌握地方鸡种遗传资源起源与驯化、开展遗传多样性和群体结构研究、解析各资源优势特色遗传性状,是进行地方鸡种有效保护和新品种培育的关键。文章通过查阅NCBI、Highwire等数据库,搜集了2020年全球地方鸡种遗传资源研究相关文章100余篇,从鸡的起源与进化、遗传多样性研究、优势特色性状研究与分子标记筛选等对该领域相关研究热点和进展进行了综述。     

枣庄黑盖猪与引进猪遗传关系分析

枣庄黑盖猪是存养历史悠久的一个山东地方猪群体,对其遗传多样性、群体结构及其杂交特性缺乏了解。研究针对枣庄黑盖猪核心群体,采用Illumina Porcine SNP55芯片检测全基因组范围内SNP遗传标记,分析枣庄黑盖猪的遗传多样性、群体结构及其与山东省主要引进猪之间的遗传关系。研究结果表明:1)枣庄黑盖猪群体内多样性较高,群体内遗传多样性丰富;2)枣庄黑盖猪与5个引进猪种存在大的遗传分化,枣庄黑盖猪与巴克夏猪群体遗传距离和净遗传距离最大,与长白猪的遗传距离和净遗传距离最小;3)群体结构分析表明,枣庄黑盖猪在系统发生树上单独聚类成一个分支,特征性亚群在群体中所占比例为0.826,故枣庄黑盖猪具有自己独特的遗传特征,是一个受引进猪影响较小的地方猪群体。     

地方鸡种与隐性白羽鸡遗传变异的AFLP指纹

利用6对AFLP引物组合对我国12个地方鸡种和引进鸡种隐性白羽鸡进行了遗传检测,统计了每个引物组合在各个品种中检测到的多态性条带和特异性条带,计算了13个鸡种的遗传相似系数和遗传距离,并据此构建了UPGMA聚类关系图,分析了所研究鸡种的遗传关系.结果表明:6对AFLP引物组合在13个鸡种中共检测到290条多态性条带,平均每个引物组合产生48.3奈多态性标记,同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带,其中寿光鸡和东乡黑鸡最多,为9条,旧院黑鸡、兴义矮脚鸡和隐性白羽鸡最少,为1条.13个鸡种聚为4类,其中隐性白羽鸡单独聚为一类,鸡种间的遗传相似系数及聚类结果与各个鸡种的地理分布、现实状况相吻合,从而表明AFLP指纹用于我国地方鸡种的遗传多态性分析、品种鉴定及品种间亲缘关系分析是可行的.     

肉用型隐性白羽鸡的研究与利用

洛克型隐性白羽鸡因其特别的羽色遗传基础、良好的体型外貌及产肉性能而成为黄鸡配套系中必不可少的品系。为适应黄鸡生产发展的要求，国内先后育成了京星黄鸡、“８８２”、新兴２号、康达尔黄鸡、“苏禽９６”等鸡种；它们的制种模式都是以隐性白羽鸡为母本，用优质地方鸡种作第一父本，Ｆ１代再配以第二父本，生产优质鸡，为此国内每年需引进隐性白羽母雏近１０万只。深入开展隐性白羽鸡的研究，提高国内现有品系的生产性能；筛选出特定羽色修饰基因及羽性基因的纯合群体；生产自别雌雄的隐性白羽鸡，满足国内优质黄羽肉鸡制种企业对隐性白羽鸡的需求；研究国内饲养面广、量大，能代表地区消费习惯的地方鸡种的羽色修饰基因的基因型，提高杂交后代的白羽隐性率；提高地方鸡种保种场鸡蛋的利用价值，从而促进我国地方鸡种的研究与保存，推动我国优质鸡产业健康、稳定地发展。     

利用微卫星标记对地方鸡种群体遗传结构的聚类分析

利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度（Hs）、总群体杂合度（Ht）、遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）,并基于Reynolds遗传距离、Nei遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种（仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、萧山鸡）间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星座位的总群体杂合度、亚群体杂合度的平均值为0.642,0.551;平均遗传分化系数为0.142。7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为5.832 7;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为0.805 3;基于Reyonalds遗传距离运用NJ聚类法获得的7个鸡种间的亲缘关系聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。     

运用模型分类法分析9个地方鸡品种间遗传结构和亲缘关系

以16个中度或高度多态性微卫星标记,运用基于模型分类法的Structure程序推断9个地方鸡品种群体遗传结构,构建聚类图分析相互间亲缘关系,并鉴定群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布。结果表明：Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出9个地方鸡种群体所属类别,揭示按照体型外貌、地理分布等为依据划分的9个地方鸡品种类型,也真实反映了其在遗传上的差异。Structure聚类图在K=2时将9个地方鸡种分为轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）两个类别;K=4、5、6时北京油鸡、固始鸡、大骨鸡分离出来形成独立类群;仙居鸡与白耳鸡在K=6、萧山鸡与鹿苑鸡在K=7、藏鸡与茶花鸡在K=8时仍聚在同一类别中,这与9个地方鸡种的地理分布及形成历史相吻合。9个地方鸡品种群体中均有具有复杂遗传基础的个体分布,迁移个体只分布在藏鸡、萧山鸡和鹿苑鸡群体中。     

运用模型分类法分析9个地方鸡品种间遗传结构和亲缘关系

以16个中度或高度多态性微卫星标记,运用基于模型分类法的 Structure程序推断9个地方鸡品种群体遗传结构,构建聚类图分析相互间亲缘关系,并鉴定群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布.结果表明:Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出9个地方鸡种群体所属类别,揭示按照体型外貌、地理分布等为依据划分的9个地方鸡品种类型,也真实反映了其在遗传上的差异.Structure聚类图在K=2时将9个地方鸡种分为轻体型的鸡种(包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡)和重体型的鸡种(包括大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡)两个类别;K=4、5、6时北京油鸡、固始鸡、大骨鸡分离出来形成独立类群;仙居鸡与白耳鸡在K=6、萧山鸡与鹿苑鸡在K=7、藏鸡与茶花鸡在K=8时仍聚在同一类别中,这与9个地方鸡种的地理分布及形成历史相吻合.9个地方鸡品种群体中均有具有复杂遗传基础的个体分布,迁移个体只分布在藏鸡、萧山鸡和鹿苑鸡群体中.     

遗传距离聚类法和模型聚类法在地方鸡种群体遗传结构分析中的比较

利用16个微卫星标记,计算品种间DA遗传距离和基因流（Nm）,并基于DA遗传距离运用NJ算法和基于Structure程序构建2类聚类图,比较分析10个地方鸡品种群体间的遗传结构和亲缘关系。结果表明：基于DA遗传距离运用NJ算法构建的聚类图将10个地方鸡品种总体上分为2大类：轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）;在轻体型的类别中,茶花鸡和藏鸡、仙居鸡和固始鸡聚为一类;在重体型的类别中,鹿苑鸡和萧山鸡聚为一类,狼山鸡、大骨鸡和北京油鸡则表现为独立分支,聚类结果与品种问基因流动相一致。Structure程序在预先未标识个体品种来源的条件下,准确推断出10个地方鸡种群体所属类别,构建的聚类图与遗传距离聚类结果基本一致。Structure程序还根据个体基因组分数,指出了10个地方鸡种群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布,这是遗传距离聚类法所不能揭示的。     

中国养鸡业的生产现状与前景展望

纵观我国蛋鸡养殖业，我国蛋鸡遗传育种采用引进与自繁相结合、双向发展的方式。蛋鸡业基本建成了由曾祖代、祖代、父母代和商品代鸡场构成的蛋鸡良种繁育体系，育种公司推出了适合国内需求的产品，在市场竞争中占有重要地位，如京白系列、新杨蛋鸡、节粮小型蛋鸡等，虽然这些鸡种在我国蛋鸡业中占有一定的份额，但是到2005年为止仍以国外引进配套为主，     

余干黑羽乌鸡血型基因种群遗传差异分析

应用中国科学院遗传研究所研制的１１个抗鸡红细胞抗原单价血清，对江西省余干黑乌鸡进行了血型测定和群体遗传学分析，并与江西其他三个地方良种鸡（泰和鸡、白耳鸡、崇仁麻鸡）的血型测定资料一起进行分析。结果表明：余干黑羽乌鸡群体的均一性好，整齐度高，达到了较高的选育水平；余干黑羽乌鸡的血型基因分布频率除与崇仁麻鸡没有显著差异，遗传距离最近外，与泰和鸡和与白耳鸡之间遗传距离均较远，遗传差异较大，说明余干黑羽乌鸡是一个具有突出特点的独立地方鸡种     

四个地方鸡种保种群遗传多样性分析

地方鸡种资源是鸡育种和生产的物质基础,开展地方鸡种资源遗传多样性的评价是开展品种保护的基础[1].微卫星标记为共显性标记,多态性丰富,稳定性和可重复性较好,广泛应用于禽类遗传多样性、群体遗传结构、遗传距离分析等研究[2].本试验利用微卫星标记对安徽省4个地方鸡种的保种群遗传多样性现状进行分析,为保种场的保种工作提供参考. 1 材料与方法 1.1 血样采集 淮南麻黄鸡、淮北麻鸡、皖南三黄鸡和五华鸡分别来自安徽省各个保种场,每个品种采集60只鸡的血样(其中公鸡12只,母鸡48只),肝素纳抗凝.     

利用微卫星标记检测仙居鸡保种效果

研究利用28对微卫星标记检测仙居鸡第九和第十世代两个保种群体的遗传结构,通过2个世代间的遗传差异分析仙居鸡的保种效果。结果,2个世代28个位点共检测到172个等位基因,其中7个为0世代所特有,2个世代各座位平均等位基因数为5.5和5.9个,10世代等位基因数有所上升,但差异不显著(P0.05);2个世代选取的28个微卫星位点的平均多态信息含量(PIC)分别为0.5828和0.5856,平均期望杂合度(He)分别为0.6165和0.6174,2个世代间均无显著差异(P0.05);2个世代间相似性系数为0.9735,Nei氏遗传距离为0.0269,表明2个世代间群体遗传结构相似性很高;经检验,9世代存在11个不平衡位点,10世代存在13个不平衡位点,表明哈代-温伯格平衡趋于下降趋势。研究结果表明仙居鸡采用家系等量留种轮回交配法进行保种可行,但要注意避免群体遗传结构处于不平衡状态。     

我国蛋鸡育种的策略探讨

我国约有20亿只蛋鸡，除规模较大的鸡场饲养的是国外引进的配套系商品代蛋鸡外，在广大农村饲养的还是当地鸡种及其与外来鸡种的杂交种。2002年国鸡蛋总产量为2400万吨，每只蛋鸡(包括地方鸡种)的平均产蛋量为12千克。我国规模化鸡场饲养的配套系，每只蛋鸡72周龄产蛋量约为17千克，而在性能测定站测定的水平是18千克，国外测定站可达19千克。这里说明两个问题：一是育种水平的提高，改进了鸡种的遗传质量；二是营养、环境和疾病控制水平的提高，因此在测定站条件下，更充分地表现出了鸡种的遗传潜力。下面对我国蛋鸡育种和生产的策略问题进行探讨。