利用RT-PCR检测黄瓜上的西瓜花叶病毒

根据西瓜花叶病毒2号(WMV-2)的外壳蛋白基因序列设计、合成引物,以感病组织和健康组织总RNA为模板,含WMV-2外壳蛋白基因的质粒DNA为阳性对照,进行cDNA合成和PCR扩增。结果从感病组织中扩增出与预期的382 bp大小一致的目标片段,而健康组织无此扩增产物。对2002和2003年采集的98份黄瓜病毒病样本进行了同样的RT-PCR检测,结果表明98份材料中77．55％检测到WMV-2。     

同时检测豇豆花叶病毒属与蚕豆病毒属病毒的通用RT-PCR检测方法

【目的】建立一个可同时检测豇豆花叶病毒属（Comovirus）和蚕豆病毒属（Fabavirus）病毒的通用RT-PCR检测方法。【方法】通过基因组序列的多重比对分析,在其保守区域设计简并引物,用于这2个病毒属病毒的通用RT-PCR检测,并进行灵敏性、特异性试验。为便于PCR产物直接测序,在简并引物中引入通用测序引物（RV-M和M13-47）,并通过序列分析对病毒种类鉴定。利用该方法对来自福建柘荣的太子参病毒进行检测验证。【结果】设计一对简并引物,建立了一个用于扩增豇豆花叶病毒属和蚕豆病毒属病毒部分依赖于RNA的RNA聚合酶（RdRp）基因的通用RT-PCR方法。该方法成功用于检测安第斯马铃薯斑驳病毒（ApMoV）、蚕豆染色病毒（BBSV）、蚕豆真花叶病毒（BBTMV）、菜豆荚斑驳病毒（BPMV）、豇豆花叶病毒（CPMV）、豇豆重花叶病毒（CPSMV）、南瓜花叶病毒（SqMV）、红三叶草斑驳病毒（RCMV）和萝卜花叶病毒（RaMV）9种豇豆花叶病毒属病毒;蚕豆萎蔫病毒1号（BBWV1）、蚕豆萎蔫病毒2号（BBWV2）2种蚕豆病毒属病毒共计17个分离物,而不能与同亚科的线虫传多面体病毒属病毒及健康寄主植物反应,显示出良好的广谱性和特异性。在简并引物的5′端分别加入一段非互补的通用测序引物序列（RV-M和M13-47）,不仅可以利用该通用测序引物进行PCR产物直接测序,而且检测灵敏度可以提高10-100倍。序列及系统发育分析表明,所扩增的序列可以把豇豆花叶病毒属和蚕豆病毒属病毒区分到种的水平。利用该方法测定了BBSV的部分RdRp基因序列,显示出与RCMV具有最近的亲缘关系。利用该方法在太子参中检出BBWV2。【结论】建立的通用RT-PCR方法可用于豇豆花叶病毒属和蚕豆病毒属病毒的广谱性检测,结合序列可进行病毒种类的快速鉴定,并且可能用于新病毒种类的检测鉴定。     

黄瓜上烟草花叶病毒的RT-PCR检测

根据烟草花叶病毒TMV的外壳蛋白基因序列设计、合成引物,以感病组织和健康组织总RNA为模板进行cDNA合成和PCR扩增,对2002年采集的75份黄瓜病毒病样本进行了检测,结果从感病组织中扩增出与预期的425bp大小一致的目标片段而健康组织无此扩增产物;29份材料检测到TMV,检出率达38.67%。     

四川省马铃薯病毒RT-PCR检测体系的建立

根据5种主要的马铃薯病毒外壳蛋白基因序列,分别合成了5对寡聚核苷酸引物,从马铃薯病叶组织中提取出病毒总RNA,进行cDNA合成和PCR扩增,得到了与预期片段长度一致的PCR特异扩增产物。建立了马铃薯病毒检测的RT-PCR体系,并将建立的体系应用于四川省的马铃薯病毒病的检测,在基因水平上为四川省的马铃薯检测提供了新的手段。     

柑橘主要病毒病的RT-PCR法鉴定

为建立主要柑橘病毒病准确、快速的分子检测体系，在表现柑橘衰退病（CTV）、柑橘裂皮病（CEV）和柑橘碎叶病（CTLV）典型症状的病树上采叶样提取总RNA进行反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）分析．病毒鉴定用的特异引物为CTV3对、CEV2对和CTLV1对．通过不同退火温度的测试，发现所有参试引物均能在56℃退火时扩增出相应的病毒特异带，从而在保证鉴定准确性的前提下，极大地简化了鉴定程序．用建立的RT-PCR体系对云南、重庆、湖南等地有衰退病、裂皮病和碎叶病症状的样品进行检测，结果表明该体系均能对相应病毒进行准确检测．     

RT-PCR检测菊花B病毒的研究

根据菊花B病毒(CVB)的外壳蛋白基因序列设计、合成引物,以感病组织和健康组织总RNA为模板,进行cDNA合成和PCR扩增,结果从感病组织中扩增出与预期的776bp大小一致的目标片段,而健康组织无此扩增产物;将PCR产物插入pGEM-T载体克隆并测序,序列分析表明与CVB的相应序列同源性达到85%;将感病组织总RNA以10 x梯度稀释成不同浓度,测出RT-PCR检测CVB的灵敏度为10-4x;PCR产物克隆作为RT-PCR反应的阳性对照,解决了毒源保存和传播的问题,从而建立了CVB快速、灵敏、准确的RT-PCR鉴定和检测技术.     

RT－PCR方法检测番茄环斑病毒的研究

 根据番茄环斑病毒（TomRSV）外壳蛋白基因序列设计的引物P1,P2,用感病及健康组织总RNA为模板,进行RT-PCR试验,结果从感病组织中扩增出了470 bp的目的片段,而健康组织中无此扩增带。摸索各项实验条件,建立了RT-PCR检测番茄环斑病毒（TomRSV）的方法。     

冬种马铃薯卷叶病田间调查及RT-PCR检测技术研究

对惠州市冬种马铃薯卷叶病发病情况进行调查研究,建立了马铃薯卷叶病毒(PLRV)RT-PCR检测技术。结果表明,马铃薯卷叶病发病率为3.0%～29.7%。比较LiCl、异硫氰酸胍和试剂盒3种方法提取马铃薯卷叶病毒总RNA,以异硫氰酸胍和试剂盒提取效果较好,LiCl次之;根据卷叶病毒外壳蛋白基因序列设计引物,从感染马铃薯卷叶病毒的马铃薯叶片中提取出病毒RNA,合成cDNA并运用RT-PCR技术进行体外扩增,得到一条长度约336bp的特异PCR扩增产物,与理论设计的外壳蛋白基因大小一致,而健康叶片RNA扩增未得到任何产物。应用RT-PCR技术对马铃薯试管苗和种薯进行了卷叶病毒检测。     

RT－PCR方法检测番茄环斑病毒的研究

根据番茄环斑病毒（TomRSV）外壳蛋白基因序列设计的引物P1，P2，用感病及健康组织总RNA为模板，进行RT-PCR试验，结果从感病组织中扩增出了470bp的目的片段，而健康组织中无此扩增带。摸索各项实验条件，建立了RT-PCR检测番茄环斑病毒（TomRSV）的方法。     

双重RT-PCR法快速检测多种马铃薯病毒的研究

为建立快速、简便、灵敏度高、特异性强的RT-PCR检测马铃薯病毒技术,依据马铃薯X病毒、马铃薯S病毒、马铃薯A病毒以及马铃薯卷叶病毒的基因组RNA保守序列设计特异性引物对,从反转录和PCR等方面优化双重RT-PCR反应条件,同步扩增出上述四4种病毒,分别得到620(PVX)、435(PVS)、300(PVA)、222 bp(PLRV)大小的扩增片段。结果表明,反转录反应中引物浓度比例、dNTPs浓度和PCR反应中Mg2+浓度对双重RT-PCR检测多种马铃薯病毒的影响较大。优化的双重RT-PCR反应体系可以同步快速检测田间自然感染的马铃薯病毒,此方法还适合检测马铃薯脱毒种薯及试管苗,对马铃薯病毒病早期监测有一定的作用。     

CSFV和PRRSV二联RT-PCR检测方法的建立

参照GenBank中猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)基因保守序列,设计2对特异引物,通过对最佳反应条件的优化,建立了CSFV和PRRSV的二联RT-PCR检测方法,该方法可同时扩增得到2条与试验设计相符的443 bp(CSFV)和246 bp(PRRSV)特异性条带。应用该二联RT-PCR方法检测猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)结果均为阴性,证明该方法有良好的特异性。将已知阳性病毒PCR模板最高稀释倍数作为PCR的敏感度,结果表明该二联RT-PCR体系扩增的敏感度为10-3,可对CSFV和PRRSV单个或混合感染的临床样品进行快速鉴别诊断。     

Monoclonal antibody-based serological detection of potato virus M in potato plants and tubers

Potato virus M(PVM) is one of the common and economically important potato viruses in potato-growing regions worldwide. To investigate and control this viral disease, efficient and specific detection techniques are needed. In this study, PVM virions were purified from infected potato plants and used as the immunogen to produce hybridomas secreting PVM-specific monoclonal antibodies(MAbs). Four highly specific and sensitive murine MAbs, i.e., 1 E1, 2 A5, 8 A1 and 17 G8 were prepared through a conventional hybridoma technology. Using these four MAbs, we have developed an antigen-coated plate(ACP)-ELISA, a dot-ELISA and a Tissue print-ELISA for detecting PVM infection in potato plants and tubers. PVM could be detected in infected potato plant tissue crude extracts diluted at 1:10 240(w/v, g mL~(–1)) by the dot-ELISA or at 1:163 840(w/v, g mL~(–1)) by the ACP-ELISA. The Tissue print-ELISA is the quickest and easiest assay among the three established serological assays and is more suitable for onsite large-scale sample detection. Detection results of the field-collected samples showed that PVM is currently widespread in the Yunnan and the Heilongjiang provinces in China. The field sample test results of the developed serological assays were supported by the results from RT-PCR and DNA sequencing. We consider that the newly established ACP-ELISA, dot-ELISA and Tissue print-ELISA can benefit PVM detection in potato plant and tuber samples and field epidemiological studies of PVM. These assays can also facilitate the production of virus-free seed potatoes and breeding for PVM-resistant potato cultivars, leading to the successful prevention of this potato viral disease.     

牛肠道病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

参照GenBank中登录的牛肠道病毒(BEV)全基因组序列,针对其3D基因设计合成了1对特异性引物,提取病毒RNA,逆转录为cDNA,进行PCR扩增,经条件优化,建立了BEV的RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性进行验证。结果显示,该方法从分离的牛肠道病毒中扩增出了732 bp的特异性目的片段;且对牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCoV)等相关病毒均无交叉反应;其检出敏感度达10-1TCID50。应用该方法对山东地区84份临床疑似发病牛样品进行检测,21份为阳性,阳性检出率为25%。     

RT-PCR检测CPIV方法的建立与应用

【目的】建立CPIV的RT-PCR检测方法。【方法】从临床上疑似犬副流感(CPI)的犬鼻腔分泌物中提取CPIV总RNA。根据Genebank中收录的CPIV(序列号AY581307)中NP基因保守序列,设计一对特异性引物,扩增出667 bp片段,以此建立CPIV的RT-PCR检测方法。【结果】特异性试验表明该引物不能扩增犬其它常见的传染病病毒基因。敏感性试验表明该引物能检测到10~(-6)的CPIV总RNA量。重复性试验表明该引物具有良好的稳定性和重复性。对临床采集的32份样品进行RT-PCR检测时,阳性率为53.12%。【结论】实验建立了CPI的RT-PCR检测方法,可适合于临床CPIV的早期快速诊断和小规模的分子流行病学调查。     

鸭出血性卵巢炎病毒RT-PCR检测方法的建立

参照(GenBank上登录的黄病毒科黄病毒属Ns5基因片段序列设计引物,建立能检测引起鸭出血性卵巢炎病毒的RT-PCR方法.该办法能从鸭出血性卵巢炎病毒扩增出1条约470 bp的特异性片段,从H9亚型禽流感病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒、鸭源禽Ⅰ型副粘病毒均不能扩增出目的片段;敏感性试验显示建立的RT-PCR...     

Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒RT—PCR检测方法的建立

参考GenBank中Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒（DHV-I）的基因序列,应用Primer Premier5．0软件设计了一对引物,建立了适合DHV—I快速检测的RT—PCR检测方法。以该方法对实验室分离并保存的DHV强毒株Z10株的RNA为模板进行RT—PCR扩增,得到了预期大小为699bp的目的片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果与GenBank中的DHV-I的相应基因序列比对分析,同源性均达90％以上．表明为DHV—I的基因序列,对NDV,IBDV,DPV和GPV等常见病毒扩增结果为阴性。该方法敏感性检测结果表明．最低RNA模板检出量为24pg。表明所建立的RT—PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒的快速诊断。     

新型鸭呼肠孤病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、敏感和特异性检测新型鸭呼肠孤病毒(novel duck reovirus,NDRV)的方法,本研究根据GenBank数据库中NDRV S3基因保守序列设计1对特异性引物和1条MGB荧光探针,建立了一种检测NDRV的一步法MGB荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通RT-PCR进行比较。结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.999,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰。该方法对经典鸭呼肠孤病毒、H9N2禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、A型鸭肝炎病毒、鸭新城疫病毒、鸭瘟病毒及番鸭细小病毒均未检测到信号,对NDRV的最小检出量为10拷贝·μL^-1。组内和组间变异系数均小于2%,重复性好。此外,利用该方法对239份疑似新型呼肠孤病毒病样品进行检测,常规RT-PCR检测时有75份为阳性,一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR方法检测时有100份为阳性,而且常规RT-PCR检测出的阳性样品用一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测时均为阳性,符合率为100%。该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法。     

盐渍肠衣猪瘟病毒实验室检测的相关性研究

参考GenBank中发表的猪瘟病毒（CSFV）序列,设计一对CSFV特异性引物;从CSFV感染猪盐渍小肠中提取总RNA,经逆转录后进行PCR扩增,在盐渍小肠中成功扩增出与预期大小（168bp）一致的特异性条带,而正常猪和感染猪伪狂犬病病毒的猪小肠扩增结果均为阴性．用此方法对40例盐渍猪肠衣样本进行检测,结果与经典抗原检测方法（抗原捕获ELISA法）一致,而兔体交叉反应试验的阳性检出率为RT-PCR的66．7％,表明本RT-PCR技术能应用于盐渍猪肠衣的CSFV检测．     

应用RT—PCR检测辣椒上的黄瓜花叶病毒

根据黄瓜花叶病毒（CMV）的外壳蛋白基因序列设计、合成引物,运用两步法RT—PCR与一步法RT—PCR都可以从感病组织中扩增出与预期的780bp大小一致的目标片段。两种方法相比,一步法的特异性强、灵敏度高、省时经济、程序简单,达到了快速检测的目的。应用一步法RT—PCR对采集于山东辣椒产区的病毒病样本进行检测,结果表明6个采样地点的样本中均检测到CMV,在所采集的30个病毒病样本中CMV所占的比例为33．3％,说明CMV是山东省辣椒病毒病主要毒源之一。     

一步法多重RT-PCR禽流感病毒分型诊断法的建立与应用

根据禽流感病毒(AIV)的M基因序列设计合成了1对AIVM基因的通用诊断引物AMDI／AMD2,针对H5N1、H9N2两种亚型的HA基因分型设计合成了2对分型诊断引物H15D1／H5D2,H9D1／H9D2。采用一步法多重RT-PcR技术建立了一种禽流感病毒快速分型诊断方法,并对其特异性和灵敏度进行验证。结果表明,该诊断方法速度快,一般只需要28～30 h即可鉴定出结果,比病毒分离鉴定(5～7 d)至少缩短4～6 d;特异性强,试验组53株AIV全部扩增出与预期同样长度的目的条带,与病毒分离及血清学鉴定方法的检测结果完全一致。对照组中新城疫病毒(NDV)、减蛋综合征病毒(EDS76V)、传染性支气管炎病毒(IBV)均未扩增出特异性基因条带,;灵敏度高,试验组将AIV接种SPF鸡胚,培养后的鸡胚尿囊液(AAF)进行10-2稀释后,仍可以检测到其中的AIV。