鹅细小病毒PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank中鹅细小病毒(GPV)的7株全基因序列,在相对保守的NS区域设计了一对引物,以GPV-98E株鹅胚尿囊液的核酸提取物为模板,经优化反应条件,建立了特异性检测GPV的PCR方法。敏感性试验结果显示,该方法对GPV核酸的最小检出量为4.194 pg,尿囊液的最小检出量为3.09个ELD50;特异性试验结果显示,采用该方法检测GPV能够扩增出与预期大小相符的476 bp的特异性片段,而对作为对照的鸭瘟病毒(DPV)、禽流感病毒(AIV)、鹅副粘病毒(GPMV)的核酸均未扩增出任何条带。在临床检测中,对52份雏鹅的心、肝、肠等组织进行PCR扩增,能够检测到相应的特异性病毒核酸片段,表明建立的鹅细小病毒PCR检测方法具有敏感性高、特异性强的特点,具有潜在的临床应用价值。     

鹅细小病毒与番鸭细小病毒PCR鉴别诊断方法的建立

根据GenBank上登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)的基因序列,针对两种病毒非结构蛋白(NS)和VP1基因序列的相同区段,分别设计两对引物GPV U·L-1和MDPV U·L-1,以GPV-GZ1株的鹅胚尿囊液和MDPV的番鸭胚尿囊液提取核酸作为模板,分别建立了检测GPV和MDPV的PCR方法.特异性试验结果显示,引物GPV U·L-1仅特异性扩增出GPV-GZ1和GPV-GZ2株分子长为622 bp核酸片段,引物MDPV U·L-1仅特异性扩增出MDPV分子长为624 bp核酸片段,而对DPV、GPMV的核酸扩增结果均为阴性;敏感性试验结果显示,建立的PCR方法能检测到0.144 Pg的GPV核酸和28.8 pg的MDPV核酸.结果表明,建立的PCR方法特异性强、敏感性高,可用于GPV或MDPV临床感染病例的鉴别诊断.     

鹅细小病毒LH株的分离鉴定

采用鹅胚接种方法从南京六合具典型鹅细小病毒病病变的死亡雏鹅体内分离到1株鹅细小病毒(LH 株).在电镜下观察到该病毒液具细小病毒样粒子;8 日龄健康易感雏鹅人工感染后100%发病、死亡,且具有典型鹅细小病毒病临床症状和剖检特征.在琼脂扩散试验中,用感染鹅胚液制备的待检沉淀抗原,能与鹅细小病毒阳性血清发生特异性反应.应用针对GPV VP3特异性引物对LH毒液进行PCR检测,扩增出的片段为1.6 kb,与目的条带大小相符.序列分析发现,扩增产物与已发表的GPV的VP3片段相比较,同源性达99%以上,表明所分离到的LH株是一株鹅细小病毒.     

荧光定量PCR检测鹅细小病毒体系的建立和应用

为解决在养殖过程中多种疫病混合感染造成鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)的临床及实验室诊断困难的问题,利用分离得到的GPV GDGZh1设计合成1对特异性引物GPV-rt PCRF/GPV-rt PCRR,建立了GPV SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法,并进行了临床样品及GPV在种鹅体内定植规律的检测.结果表明,该方法对质粒的检测灵敏度为3.5×10~2copies/μL,GPV具有组织广泛嗜性,种鹅的直肠、脾脏、心脏、肾脏和卵巢中病毒含量在攻毒后第5天最高,肝脏中病毒含量在攻毒后第9天最高,心脏和肾脏在攻毒后第17天检测不到病毒,直肠、肝脏、脾脏和卵巢在攻毒后第25天还能检测到病毒.这说明种鹅感染GPV后,病毒可以在其体内长期存在,并不断向外排毒,还能通过垂直传播的方式将病毒传递给雏鹅.     

DuCV和GPV与DEV三重PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中的序列,合成针对鸭圆环病毒(DuCV) REP基因、鹅细小病毒(GPV) NS1基因、鸭肠炎病毒(DEV) UL6基因的3对特异性引物,以病毒的克隆质粒作为模板,进行退火温度、引物终浓度的优化,建立一种能同时鉴别DuCV、GPV、DEV的三重PCR检测方法,并检验该方法的特异性、敏感性和重复性。结果显示：试验所建立的三重PCR检测方法的最适退火温度为58.5 ℃,引物DuCV REP、GPV NS1、DEV UL6的最适终浓度分别为0.9、0.6、0.7 μmol/L;该方法能够同时扩增出DuCV、GPV和DEV的特异性片段,而不能扩增出NDV、RA、AIV、DHV和TUMV,表明该方法特异性强;该方法对质粒DuCV、GPV和DEV模板的最低检测量分别为1、100、10 fg,表明该方法敏感性好;运用该方法对DuCV+GPV+DEV、DuCV+GPV、GPV+DEV、DuCV+DEV、DuCV、GPV、DEV进行检测,均能扩增出与预期一致的特异性片段,表明该方法重复性好;运用该方法对42份临床样本进行检测,其检出率分别为26.19%、30.95%和19.05%,与单一PCR的检出结果一致,表明该方法能适用于临床样本的检测。试验建立的方法具有快速、简便、特异性强、敏感性好、重复性好等特点,可用于DuCV、GPV和DEV临床样本混合感染的快速诊断及鉴别诊断。     

GPV·MDPV和FAdV-4三重PCR检测方法的建立

[目的]为快速地鉴别鹅细小病毒(GPV)、番鸭细小病毒(MDPV)和禽腺病毒血清4型(FAdV-4)3种病毒,建立一种特异强、敏感高、重复性好的三重PCR检测方法.[方法]根据Genbank登录的MDPV、GPV和FAdV-4的基因序列,设计3对特异性引物,以提取的核酸为模板,进行PCR特异性、敏感性和重复性试验.[结果]采用所建立的方法能够扩增出GPV、MDPV和FAdV-4特异性片段,且不能检出鸭黄病毒(DFV)、鸭I型肝炎病毒(DVH-Ⅰ)和禽呼肠孤病毒(ARV);GPV、MDPV和FAdV-4核酸模板的最低检测量分别为20、2、2 pg;对8份阳性临床病料进行检测,可见MDPV、GPV和FAdV-4的检出率均为100％.[结论]建立的三重PCR检测方法能够对MDPV、GPV和FAdV-4这3种病毒进行快速、准确的诊断.     

应用PCR方法检测鹅细小病毒感染

根据GenBank中发表的GPVB株全基因序列,应用生物学软件Primer5.0设计了针对鹅细小病毒VP3(574bp)的特异性引物,建立了小鹅瘟PCR诊断方法。对鹅细小病毒疫苗株和临床病料样品进行了PCR检测,结果从疫苗株和临床病料样品(7/9)中扩增到与预计大小一致的目的片段,而对照的鹅副粘病毒、新城疫病毒和鸭瘟病毒PCR结果均为阴性,敏感性检测结果表明,该PCR可以检测到0.124ng/L的GPV的核酸模板,因此,所建立的PCR方法特异性强,可用于临床病料的快速诊断。来源于黑龙江不同地区的送检样品检测结果表明,小鹅瘟分布广泛,仍是危害雏鹅的重要病毒性传染病。     

鹅细小病毒于番鸭成纤维细胞上的适应性研究

为进一步了解鹅细小病毒（GPV）在番鸭成纤维细胞（MDEF）上的适应性及病毒增殖情况,将GPV在MDEF上连续传12代培养,通过PCR、免疫荧光、流式细胞等方法分析其生物学特性。PCR检测结果显示,扩增到大小为734bp的非结构蛋白基因片段,将10倍梯度稀释的病毒悬液接种细胞培养65h后,10-6倍接种的细胞仍能检测到病毒核酸。免疫荧光检测显示,兔抗GPV阳性血清能对染毒的病灶产生特异性荧光染色。流式细胞试验结果进一步证实,GPV在MDEF上增殖速度比较慢,病毒的感染会造成MDEF的早期凋亡。说明该GPV株感染MDEF后虽未产生细胞病变,但病毒能在MDEF中增殖,为GPV开展细胞依赖性相关研究奠定基础。     

鹅细小病毒vp3基因PCR检测方法的建立及应用

本试验根据GenBank上发表的鹅细小病毒B株基因序列,针对vp3基因设计并合成了一对特异性引物,建立GPV vp3基因的PCR诊断方法。结果表明,该方法扩增的产物与预期大小相符(约654bp),而其他相关病毒均为阴性反应,敏感度为12.4pg。对15份GPV疑似病例检出的阳性率为100%,而琼脂扩散试验(AGP)检出的阳性率为60%。证明建立的PCR方法特异性强、敏感性高,可用于临床病料的快速诊断。     

鹅细小病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank发表的鹅细小病毒(GPV)NS1基因序列设计合成了1对引物,以构建的含有该引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了检测GPV核酸的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。检测结果表明,该方法线性关系良好,标准曲线的相关系数达到0.998;对初始模板的检出下限为30个拷贝/μL,比常规PCR方法高100倍;与鸭瘟病毒、犬细小病毒、新城疫病毒和鹅副粘病毒均不发生交叉反应;组内与组间的变异系数均小于2%。用建立的Real-time PCR检测13例GPV感染阳性病例,GPV阳性检出率为100%。表明建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于GPV的病原检测及定量分析。     

鹅细小病毒NS1基因植物真核表达载体的构建

根据发表的鹅细小病毒GPV B株全基因组设计一对引物,采用PCR方法扩增出鹅细小病毒扬州株(GPV YZ)非结构蛋白基因NS1,克隆到植物表达载体pBI121中,转化至大肠杆菌感受态细胞JM109。经菌液PCR、双酶切及质粒PCR鉴定后,将阳性重组质粒转化感受态农杆菌LBA4404。经菌液PCR及质粒PCR分析,获得了真核表达载体pBI121-NS1,该载体的构建为进一步研究鹅细小病毒NS1基因的分子生物学特性打下良好基础。     

Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒RT—PCR检测方法的建立

参考GenBank中Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒（DHV-I）的基因序列,应用Primer Premier5．0软件设计了一对引物,建立了适合DHV—I快速检测的RT—PCR检测方法。以该方法对实验室分离并保存的DHV强毒株Z10株的RNA为模板进行RT—PCR扩增,得到了预期大小为699bp的目的片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果与GenBank中的DHV-I的相应基因序列比对分析,同源性均达90％以上．表明为DHV—I的基因序列,对NDV,IBDV,DPV和GPV等常见病毒扩增结果为阴性。该方法敏感性检测结果表明．最低RNA模板检出量为24pg。表明所建立的RT—PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒的快速诊断。     

小鹅瘟的诊断及其病理组织学观察

对3例疑似小鹅瘟感染病禽进行临床观察和病理解剖,结果均发现小肠中后段膨大,小肠末端形成特征性的"肠栓"。针对鹅细小病毒VP3基因设计1对引物,对3例病死鹅的肝脏组织进行PCR检测,结果均扩增出与预想结果一致的331 bp鹅细小病毒特异片段;取病死禽的十二指肠、回肠、心、肝、脾、肾等组织制作石蜡切片,HE染色,进行病理组织学观察,结果显示其十二指肠肠绒毛脱落,回肠粘膜大片坏死脱落并与纤维素性渗出物混杂形成栓子,其他部位病变不明显。皖西白鹅还表现肝组织淤血、肝细胞脂肪变性,肾脏肾上皮细胞变性、坏死,淋巴细胞浸润。     

利用SRY基因鉴定山羊胎儿成纤维细胞的性别

根据GenBank中已发表的山羊SRY基因和β-乳球蛋白基因序列设计2对PCR引物,对来自3个1月龄山羊胎儿成纤维细胞的基因组DNA进行PCR扩增,分别以公羊、母羊的基因组DNA为阳性和阴性对照,同时对PCR产物进行序列测定和同源性分析。结果表明,阳性对照和GFF1细胞系有2条扩增带,阴性对照、GFF2和GFF3细胞系只有1条扩增带;序列测定结果表明,PCR扩增产物为SRY基因,利用该方法准确鉴定出1个雄性细胞系和2个雌性细胞系。     

鸡传染性支气管炎病毒HN99株膜蛋白基因的分子特征分析

根据GenBank中已经公布的鸡传染性支气管炎病毒株M基因序列,设计并合成1对特异引物,利用RT-PCR方法扩增出IBV河南分离株HN99株M基因的全长片段,然后进行克隆、测序,获得了长度为669 bp的HN99株M基因全序列,编码M蛋白222个氨基酸残基,其N端的前60 nt为前导序列,近N端含有1个潜在的N-糖基化位点,M基因编码的膜蛋白中含有9个高度保守的半胱氨酸;HN99株M蛋白点突变较多,且突变位点呈散在分布遍及整个ORF,主要表现为碱基的插入和缺失,在Glu 21～Leu 37,Set 45～Ile 68,Pro 74～Phe 94位氨基酸的区域内形成3个跨膜区域,在39 Try～43 Thr,171 Ile～176 Pro,183 Arg～193 Ser住氨基酸处含有3个潜在的抗原位点;与GenBank中的11个国内外参考毒株相比,IBV-HN99株M基因核苷酸同源性为87.0%～90.3%,推导的氨基酸同源性为89.7%～94.2%;在系统发生进化树中,HN99株M基因与其他参考毒株属于不同的分支,亲缘关系均较远.     

犬细小病毒巢式PCR诊断方法的建立及应用

[目的]以期建立犬细小病毒巢式PCR诊断方法.[方法]根据基因库已发表的CPV VP2基因序列设计二对巢式引物,以临床上疑似CPV感染的犬粪样品中提取的总DNA作为模板,用巢式PCR方法扩增出CPV VP2基因的目的条带.[结果]扩增出的目的基因与国际标准序列的同源性为99.3;～ 100;.特异性试验发现该引物不能启动犬其它常见病毒基因的扩增.敏感性试验表明该引物能检测到10-9的CPV总RNA量.重复性试验显示该引物具有良好的稳定性.对采集的26份样品进行CPV巢式PCR检测,20份样品为阳性,阳性率为76.9;.[结论]建立的CPV的RT - PCR检测方法可于临床CPV的快速诊断和小规模的分子流行病学调查.     

广东菠萝心腐病病原鉴定

为了鉴定广东湛江地区菠萝心腐病病原菌,研究了病原菌的致病性、菌丝体及孢子囊等形态特征,分析了核糖体DNA-ITS序列同源性。结果表明,该病原菌属于疫霉属真菌,同源性分析显示,该菌与GenBank中烟草疫霉ITS序列的同源性达99%以上;采用烟草疫霉特异性引物进行PCR检测,结果确认该病原菌为烟草疫霉菌(Phytophthora nicotianae)。     

兔多杀性巴氏杆菌株外膜蛋白A基因克隆及序列分析

参考GenBank中登录的多杀性巴氏杆菌序列设计了一对特异性引物,采用PCR方法分别扩增出兔多杀性巴氏杆菌C_51-2-499株、C_51-3-500株的OmpA全长片段,克隆到pMD18-T载体上进行序列测定和分析。结果表明：OmpA全长1068 kb,含有一个1068 kb的开放阅读框(ORF),编码353个氨基酸,相对分子量为37 969.8 kD,等电点pI为8.90。与6株参考菌株比较,核苷酸同源性为897%～99.1%,氨基酸同源性为82.9%～98.6%。