检测猪瘟病毒的商业化荧光PCR试剂盒比对验证

为了比较猪瘟病毒6种荧光PCR检测试剂盒的使用效果,本研究采用标准毒株、疫苗与猪瘟阳性组织3类样品,对这些试剂盒的敏感性、特异性、重复性及有效期符合率进行比较。结果显示,试剂盒差异较大,仅有国外试剂盒和2家国产试剂盒与预期的结果一致,其对猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型以及阴性猪样品的核酸无交叉反应,重复性与再现性均为理想,在有效期内检测结果没有发生变化。本研究开展检测猪瘟病毒试剂盒验证试验,这将为猪瘟的病原学诊断及实验室开展其它试剂盒验证提供参考。     

RT-PCR检测猪瘟病毒方法的建立与应用

建立RT PCR检测猪瘟病毒的方法。根据已发表的猪瘟病毒E2基因 (囊膜糖蛋白gP55基因 )序列 ,设计合成了一对特异性引物 ,扩增片段的大小为 50 7bp ,用RT PCR技术对石门系标准株和 1 0株分离株进行检测。结果这对引物对标准株和 1 0株分离株均能扩增出与预期大小相符 50 7bpRT PCR产物 ,而对其他 6种猪病病原核酸的扩增结果为阴性。该RT PCR可检出 1 0 0pg的猪瘟病毒RNA模板 ,对人工感染猪不同组织样品进行检测 ,结果对白细胞抽提的核酸样品检出率最高为 1 0 0 % (2 4 / 2 4 ) ,其次为扁桃体、脾、肾 ,检出率为 83 3 % (2 0 / 2 4 ) ,再者为淋巴结 ,检出率为66 7% (1 6/ 2 4 )。对送检的 1 9份疑似猪瘟的病死猪病料组织进行RT PCR检测 ,结果有 1 6份样品为猪瘟病毒阳性。兔体交叉反应试验结果RT PCR阳性的 1 6份病料中 ,有 1 4份样品被判为含有猪瘟病毒 ,其他病料兔体交叉反应试验结果全为阴性     

猪圆环病毒2型地高辛标记探针检测方法的建立与应用

根据GenBank中已发表的猪圆环病毒2型(PCV-2)基因序列,在ORF2内设计1对特异性引物,利用PCR反应扩增出371 bp的核酸片段,回收并纯化PCR产物,用地高辛标记,建立了地高辛标记核酸探针诊断PCV-2的方法。该探针与8个PCV-2重组菌的核酸抽提物均能发生特异性杂交,而与对照猪圆环病毒Ⅰ型(PCV-1)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)的核酸杂交均为阴性;对PCV-2 DNA的最低检测量为10 pg。     

微流控芯片环介导等温扩增技术检测3种猪圆环病毒

为建立快速区分3种猪圆环病毒（PCV2、PCV3和PCV4）的现场检测方法,采用微流控芯片环介导等温扩增技术（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）,收集3种猪圆环病毒临床阳性样本进行核酸提取,与市场上3种猪圆环病毒荧光探针法检测试剂盒进行灵敏度、特异性和重复性同步比对。结果显示：微流控芯片LAMP法在3种猪圆环病毒联检测试中具有非常高的灵敏度,可以在30 min内,实现不低于荧光定量PCR法的敏感性;与非洲猪瘟病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒临床阳性样本均无交叉反应,特异性好;测试3种猪圆环病毒重复性Ct值变异系数（CV）均在2%以下,稳定性好。结果表明：3种猪圆环病毒微流控芯片快速联检技术特异性好、灵敏度高、重复性强,检测速度快,环境要求低,可以满足现场检测的要求,适用于养猪场等场所的猪圆环病毒现场快速检测。本方法的建立为猪相关病原体的现场快速核酸检测提供了有力工具。     

微流控芯片法在非洲猪瘟病毒核酸快速检测中的性能分析

为评估微流控芯片法在非洲猪瘟病毒(ASFV)核酸快速检测中的各项性能,验证该方法的敏感性、特异性、重复性和临床效果,本研究将ASFV VP72质粒标准物质、猪瘟病毒(CSFV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和伪狂犬病病毒(PRV)培养物各1份以及临床样本43份进行核酸提取,用ASFV微流控芯片快速检测试剂盒进行测试研究,并与市场上某品牌ASFV荧光定量PCR检测试剂盒进行比对。结果表明:微流控芯片法可以在15～30 min内,实现2.5 copies/μL的最低检出限,与荧光定量PCR具有相同的敏感性和重复性;同时该方法对CSFV、PEDV、TGEV、PCV2和PRV病毒培养物均无交叉反应,特异性良好;通过对43份临床样本测试显示,微流控芯片法与荧光定量PCR的临床符合率为97.67%(42/43)。研究表明,微流控芯片法在ASFV核酸检测上性能良好。     

应用PCR技术检测伪狂犬病病毒

根据伪狂犬病病毒(PRV)的gE基因序列,设计并合成了一对引物,以闽A株DNA为模板,建立了检测PRV的PCR方法。该方法能从猪细小病毒闽A株和FB株中扩增出一条长度为1 808 bp的片段,对Bartha株、gE-株检测为阴性;而以猪圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪瘟病毒和正常细胞的核酸为模板的均为阴性;敏感性试验表明,该体系可检测到10pg的猪细小病毒基因组DNA。表明该方法适用于检测猪伪狂犬病病毒野毒株或非gE基因缺失弱毒株。     

PCR结合核酸斑点杂交检测猪伪狂犬病毒

本研究基于猪伪狂犬病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)gE基因,建立了一种PCR结合核酸斑点杂交检测方法来鉴别野毒株和疫苗株,并利用这一方法对山东省部分地区的猪临床病料中PRV进行了检测。结果显示,建立的PCR结合核酸斑点杂交检测方法只与PRV野毒株反应,而与PRV gE基因缺失疫苗、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒以及猪圆环病毒2型不反应。PCR结合核酸斑点杂交方法在53份病料中检出PRV阳性病料5份,阳性率为9.43%,高于单纯PCR的检出率(7.55%)。结果表明,本研究建立的PCR结合斑点杂交的方法特异性强,灵敏度高,适合PRV野毒的检测以及流行病学调查,可应用于PRV的鉴别诊断和净化。     

1只秦岭地区野外捕获野猪重要猪源病毒的检测及PCV2分离株基因序列分析

病毒病是严重危害养猪业的重要疫病,秦岭山中存在大量野猪,其携带猪源病毒的情况尚不明确。本研究对1只从秦岭山中救治的野生仔猪携带的几种猪重要病毒进行了检测。分别采集了野猪的血液、口腔拭子、眼拭子、鼻拭子及肛门拭子样品,通过PCR或RT-PCR方法分别检测了猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒1型(PCV1)和2型(PCV2)核酸,对检测阳性的病毒进行了分离。克隆了PCV2分离株的全基因序列,进行了全基因序列分析。结果显示,在所有类型样品中均未检出CSFV、PRRSV和PPV核酸;在血液中均检测到PCV1、PCV2和PRV核酸;在肛门拭子和口腔拭子中检测到PCV2核酸,口腔拭子中还检测到PCV1核酸;眼拭子和鼻拭子中未检出目标病毒核酸。将血液处理后接种PK15细胞进行病毒分离,细胞盲传8代后,可观察到细胞出现CPE,收集细胞后通过PCR可以检测到PCV1、PCV2和PRV核酸阳性。PCV2分离株的全基因序列长度1 767bp,序列分析表明该分离株与从发现该野猪地区养猪场分离的9个PCV2分离株的全基因同源性在99.3%以上,与GenBank上登录的PCV2陕西株的全基因同源性为96.0%~99.6%,从全基因的同源性分析,可以推测该PCV2野猪分离株极有可能来自家养猪。本研究初步发现,秦岭地区的野猪携带有来自家猪的重要病毒,在该地区家猪传染性病毒病的防控中应考虑通过野猪携带和扩散病毒的问题。     

鉴别猪伪狂犬病病毒强弱毒的高效纳米PCR 检测试剂盒及初步应用

试验建立了鉴别猪伪狂犬病病毒（PRV）强弱毒高效纳米PCR检测方法,并对相关条件进行优化,组装了试剂盒。根据PRV保守序列设计3对引物分别扩增PRV基因组的gB（431 bp）、gE（316 bp）和gG（202 bp）3个基因,用于区分PRV强毒与基因缺失毒株,优化反应条件后建立了纳米PCR检测PRV强弱毒的方法并组装试剂盒,对试剂盒进行了特异性、敏感性、批内批间可重复性及保存期评估试验,并对临床样品进行检测。特异性试验表明,此试剂盒对于PRV能够扩增出431（gB）、316（gE）和202 bp（gG）的目的片段,对于PRV-Bartha-K61能够扩增出431和202 bp的目的片段,对于猪捷申病毒、非洲猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒及大肠杆菌等DNA或cDNA均未扩增出条带。敏感性试验表明,此试剂盒的方法比常规PCR方法敏感100-1000倍,最低核酸拷贝数检出量可以达到101 copy/μL数量级。试剂盒的批内、批间检测结果无明显差异,稳定性良好。-20℃至少可保存12个月。在对中国黑龙江、吉林等7个省市的临床送检的117份样品进行检测,结果显示,PRV强毒阳性率为51%,阴性率为49%,未发现有弱毒感染。鉴别PRV强弱毒纳米PCR试剂盒的研制,对PRV感染的早期检测、野毒株和疫苗株的鉴别、疾病控制等都有重要意义,而且也可以用于其他动物PRV感染的检测和早期诊断。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒与副猪嗜血杆菌混合感染的诊治

通过对某猪场出现的疫情进行流行病学调查、临床症状、病理剖检、细菌分离培养鉴定及荧光定量PCR诊断,确诊为猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)与副猪嗜血杆菌(HPS)混合感染。现场采集疑似副猪嗜血杆菌病的典型病料,用TSA培养基分离细菌,经菌落形态观察、镜检、卫星现象及PCR检测,确定分离菌为副猪嗜血杆菌。药敏试验结果表明该分离株对先锋Ⅵ、阿莫西林、壮观霉素、庆大霉素均敏感。采用PRRSV核酸检测试剂盒对病料进行检测结果为阳性。综合判定该场为PRRSV和HPS混合感染。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-PCR检测方法的建立及应用

参照国内外已发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的ORF7的基因序列及其相关的RT—PCR检测方法设计一对引物,扩增目的片段为535bp。通过对RT—PCR检测方法的特异性、敏感性、重复性试验,建立了一种PRRSV的RT—PCR检测方法。该方法具有快速、敏感、特异等优点,可用于PRRSV的检测、流行病学调查等。应用此方法对临床样品进行了检测,阳性检出率达66．79／5。     

高致病性猪蓝耳病与经典猪蓝耳病二重RT—PCR检测方法的建立及应用

高致病性猪蓝耳病病毒（HP—PRRSV）（JX-EF112445）核苷酸序列与经典猪蓝耳病病毒（LP-PRRSV）（U87392）核苷酸序列,设计两对特异性引物,建立了HP—PRRSV和LP—PRRSV二重RT-PCR快速检测体系。应用此体系成功对1498份组织／血清进行了准确检测。同时,分别与商品化的HP-PRRSVRT-PCR检测试剂盒和LP—PRRSV检测试剂盒进行比对试验,结果吻合率达100％,该方法特异性好、敏感性高、克服了对两种病原进行分别检测所带来的耗时、耗试剂、增加污染几率等风险,为蓝耳病的快速诊断和流行病学调查奠定了基础。     

猪环曲病毒套式RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中猪环曲病毒N基因设计合成2对特异性扩增引物,成功建立了猪环曲病毒的套式RT-PCR快速检测方法。为验证本方法的特异性,以猪伪狂犬病病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、A群猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪嵴病毒、沙门菌及大肠杆菌作为阴性对照,结果显示只有在猪环曲病毒的核酸作为模板时才能扩增出预期的258bp和198bp 2条片段。敏感性试验显示,该方法能检测到的最低核酸含量为1pg。结果表明,建立的RT-PCR方法特异性强、灵敏度高,可用于猪环曲病毒的临床检测和流行病学调查。利用本方法对采集自四川省部分地区的50份临床样品进行检测,猪环曲病毒阳性率为30%。     

猪瘟病毒巢式RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、特异、灵敏的检测猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV）巢式RT-PCR（nested RT-PCR）方法,本研究参照GenBank中公布的CSFV E2基因保守区域序列设计2对特异性引物,以CSFV总RNA为模板,优化反应条件,建立CSFV nested RT-PCR方法,对其进行特异性、敏感性和重复性试验;利用所建立的方法对35份临床疑似CSFV感染样品进行了应用检测,并对阳性PCR产物进行克隆测序鉴定。结果表明,本研究成功建立了CSFV nested RT-PCR检测方法,能够特异性地扩增CSFV,但对ST正常细胞对照和其他8种病原对照未扩增出任何条带;稳定性和重复性好;敏感性高,最低检测病毒含量为1 TCID₅₀;自35份疑似CSFV感染样品中检出19份阳性样品,PCR阳性产物克隆测序结果表明均为CSFV E2基因片段。本研究成功建立了CSFV nested RT-PCR检测方法,可用于CSFV的快速检测,为CSF的早期检测诊断提供了特异、灵敏的方法。     

Detection of the genome of bovine viral diarrhea virus (BVDV) using the polymerase chain reaction after reverse transcription (RT-PCR): comparison of methods for the isolation of ribonucleic acid (RNA) from clinical samples

The RT-PCR is an in vitro technique that is increasingly being used for diagnosis of viral animal pathogens. Due to its high sensitivity it is considered as an alternative to current standard methods for detecting BVDV especially in pooled samples, e.g. from bulk tank milk. A prerequisite for the performance of RT-PCR is an efficient and simple method for sample preparation. The aim of this work was to compare the efficiency of three commercially available kits for RNA extraction, and their suitability for sample preparation for the detection of the BVDV genome by RT-PCR in blood, milk and tissue samples. The kits were based on different methods for extraction of RNA and differed in costs, labour and time consumption. The most sensitive RT-PCRs (exception: heparinised blood) were obtained when sample preparation was performed by acidic guanidinium-isothiocyanate-phenol-chloroform extraction with the Trizol (Gibco) reagent. Using a kit based on the binding of RNA to silica membrane in a spin column, positive results in RT-PCR were obtained from all samples, but with lower sensitivity. The advantage of the column-based kits is that they are less time-consuming, easier to handle and suitable for automatisation of sample preparation. A kit using salt precipitation of the desoxribose nucleic acid (DNA) and proteins was unsuitable for the isolation of viral RNA from the samples.     

绵羊肺腺瘤病毒SYBRGreenI实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank登录的绵羊肺腺瘤病毒gag基因序列设计1对特异性引物，经RT—PCR扩增出了276bp的片段。产物经回收与pMD18-TVector连接后转化到基因工程菌DH5a中，提取重组质粒，经PCR及测序鉴定后，作为阳性模板建立SYBRGreenI荧光定量PCR标准曲线，并做敏感性试验、特异性试验、重复性试验和临床检测应用。结果表明，标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系，产物Tm在82～82．5℃之间，灵敏度为2．22个拷贝／μL，特异性和重复性较好，较常规RT—PCR方法提前1h出检测结果。本试验建立了检测JSRV的SYBR—GreenI荧光定量PCR方法，为该病的早期快速诊断，并定量分析JSRV感染程度奠定了基础。     

猪蓝耳病病毒通用RT-PCR检测方法的建立及应用

参考Genbank发表的美洲型猪蓝耳病病毒（Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV）VR-2332、CH-1a、JXA1等毒株的主要结构蛋白基因序列,设计了一对引物,扩增目的片段为690bp,进行了RT—PCR检测方法的特异性、敏感性、重复性试验,建立了美洲型PRRSV通用RT—PCR检测方法。应用此方法对2009年1—12月收集的126份临床样品进行了检测,检出率达44．4％。符合性检测结果表明,该方法比高致病性PRRSV检测方法具有更广的监测范围。该方法具有特异、敏感、重复性好等优点,可用于PRRSV的临床发病检测及流行病学监测等工作。     

1型、2型牛病毒性腹泻病毒通用RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速检测1型、2型牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的通用RT-PCR方法,根据GenBank上收录的64株1型、2型BVDV以及1株猪瘟病毒(CSFV)的全基因组序列,应用Primer 6.0软件设计针对5'-UTR区域的1型、2型BVDV特异性通用引物对,扩增目的片段,并对该方法进行特异性、敏感性、重复性试验及利用该方法开展临床样品检测。结果显示:扩增的目的片段长度约为302 bp;该方法的灵敏度为2.09×102 copies/μL,无非特异性扩增,且重复性良好。对采自山东省发病牛场的13份鼻腔棉拭子和9份牛血清临床样品进行检测,发现有8份鼻腔棉拭子和8份血清为BVDV阳性,随机抽取4份阳性样品送测序,发现3份样品毒株为1型BVDV,1份样品还需进一步鉴定。本研究建立的RT-PCR方法可实现对1型、2型BVDV核酸的特异性检测,也可用于该病的流行病学调查研究。