葛属11份种质基于核rDNA ITS序列的亲缘关系分析

在对葛属11份种质核r DNA ITS序列克隆测序的基础上,用MEGA 6.0软件对11份种质及其近缘种进行聚类分析。结果表明,葛属11份种质的ITS序列在长度和G+C含量上相差较大,长度变化在669~765 bp之间,最大相差96 bp,G+C含量在52.98%~59.89%,最大相差6.91%;藤县粉葛(Tengxian Pueraria thomsonii)、常德粉葛(Changde Pueraria thomsonii)、武隆苦葛(Wulong Pueraria peduncularis)这3个种的ITS序列特点相近,G+C含量都在53.74%左右,长度小于700 bp,在发育树上聚为1类,种质亲缘关系很近;合川粉葛(Hechuan Pueraria thomsonii)和蒙自粉葛(Mengzi Pueraria thomsonii)ITS序列相似性较高,G+C含量与序列长度都相差不大,在发育树上聚为1类;通道山葛(Tongdao Pueraria montana)聚为1类,与其他物种存在较远的距离;德兴宋氏超级粉葛(Dexing Soong Super Pueraria thomsonii)与常宁野葛(Changning Pueraria lobata)ITS序列和G+C含量一样,在发育树上聚为1类,但与会同山葛(Huitong Shange)、大卫粉葛(Dawei Pueraria thomsonii)处于不同的分支上,亲缘关系相对较远。     

我国部分区域链格孢属 rDNA ITS区序列分析

[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属（AlternariaNees）34个菌株进行ITS基因（ITS1-5.8S-ITS2）的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明：5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。     

狮体内蛔虫的分子生物学鉴定

对采自哈尔滨北方森林动物园美洲狮体内蛔虫进行分子生物学鉴定。首先提取狮体内蛔虫基因组DNA,以特异性引物扩增虫体核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列并进行测序,然后与其他蛔科线虫比对,分析亲缘关系。结果显示狮体内蛔虫ITS及5.8S rDNA序列总长为925 bp,其中ITS1序列长为423 bp,5.8S序列长为157 bp,ITS2序列长为345 bp。与狮弓蛔虫、犬弓首蛔虫、猫弓首蛔虫和犊弓首蛔虫间的同源性分别为96%,70.7%,70.7%,75.2%,因此鉴定该虫为狮弓蛔虫。     

海南黑山羊鞭虫rDNA-ITS片段的克隆及序列分析

采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

浙江地区不同寄主来源的炭疽菌ITS序列PCR-RFLP多态性分析

应用核糖体DNA (ribo-somal DNA,rDNA)的ITS( internal transcribed spacer,ITS)区的RFLP序列的多态性,分析32个不同寄主来源的炭疽菌株的遗传多样性.利用ITS1及ITS4通用引物对扩增各菌株的rDNA的内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)获得长约600 bp片段.ITS-RFLP共迁带UPGMA聚类分析的结果表明所有来自不同寄主的炭疽菌菌株(含福建及云南菌株)都以较高的相似系数(＞0.60)聚为一类,具有较近的 亲缘关系;同时试验中所有酶切位点的综合Gst系数达到0.82,说明不同菌株间的ITS具有丰富的多态性.     

香蕉枯萎病菌1号和4号生理小种rDNA-ITS的比较

对采自福建省香蕉枯萎病菌(Fusarium.oxysporumf.sp.cubense)3个1号生理小种(Foc1)菌株和17个4号生理小种(Foc4)菌株的ITS区进行PCR扩增,将Foc1代表菌株FOCABB361和Foc4代表菌株FOCAAA315的rDNA-ITS序列提交GenBank,获得的GenBank登录号分别为EU395428和EU332405.序列分析结果表明:Foc4号生理小种的ITS2区长度为151 bp;Foc1号生理小种的ITS2区长度为152 bp;Foc1号和4号生理小种的ITS1区完全一致,长度都为147 bp.Foc1号生理小种与4号生理小种的ITS序列差异不大.表明ITS区对于镰刀菌属内种间差异鉴别具有参考价值,但不能用于Foc生理小种的鉴别.     

日本荚蒾ITS序列的克隆与分析

为日本荚蒾的分子鉴定及遗传多样性研究提供参考,在克隆日本荚蒾rDNA ITS全长的基础上,利用生物信息学手段明确其序列特征和系统发育关系。结果表明:日本荚蒾的ITS全长为617bp,ITS1、ITS2和5.8S序列长度分别为226bp、227bp和164bp;荚蒾属18种植物的ITS全长为607～617bp,其中ITS1为224～230bp,ITS2为219～227bp;ITS1和ITS2的变异位点各有86个和74个,其中信息位点分别为41个和29个;荚蒾属植物的平均遗传距离为0.062,日本荚蒾和宜昌荚蒾之间的遗传距离最小,在系统发育树上处于同一分支,支持率达99%。     

江苏连云港沿海蛤蜊科贝类18S-ITS1序列分析

利用PCR技术扩增了江苏连云港海域3种贝类(西施舌、中国蛤蜊,四角蛤蜊)核糖体RNA基因18S-ITS1区域序列.用DNAStar和MEGA 3.1软件分析序列的碱基组成、进行序列比对,构建系统发育树.结果显示,西施舌、中国蛤蜊、四角蛤蜊18S-ITS1部分序列长度分别为1 052 bp、1 017 bp、1 013 bp,ITS1部分序列长度分别为910bp、875 bp、871 bp,G+C含量为58.90%～60.23%;18S区序列保守,种间仅存一个碱基变异位点.序列分析显示,中国蛤蜊与四角蛤蜊的ITS1同源性为70.1%～71.1%.西施舌与中国蛤蜊、四角蛤蜊的同源性为44.7%～46.3%;18S-ITS1序列适于蛤蜊科种间特别是蛤蜊属内种间的分子系统发育分析.     

中国不同地区杜仲rDNA的ITS序列分析

运用克隆测序法,对分布于中国不同地区的杜仲(Eucommia ulmoides)的核糖体DNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S和ITS-2)进行测定.结果表明,杜仲植物的ITS区序列总长度为587-589 bp,长度变异仅为2 bp,其中ITS-1区为218～219 bp,在ITS-2区为205～206 bp,5.8SrDNA均为164bp,且高度保守,无变异位点.采用DNASTAR软件进行系统发育分析表明,来自不同地区的杜仲样品同源性均在96.9以上.根据ITS序列特征构建的系统树,来自同一地区的样     

进境黄盖鲽鱼寄生的异尖科线虫rDNA-ITS序列的PCR扩增及分析

以俄罗斯进境的冻黄盖鲽鱼体内分离出的异尖科线虫为研究对象,采用寄生虫通用引物NC5和NC2 PCR扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列,并进行克隆,转化、测序和序列分析,对样品进行分子鉴定。结果表明,扩增的异尖科线虫样品的ITS序列片段大小为1 034 bp。包含部分的18S、28S及全部的ITS1(431 bp)、5.8S(157 bp)和ITS2(349 bp)序列,ITS1和ITS2序列与GenBank已登记的Hysterothylacium aduncum同源性均在99.5%以上,与其他科线虫的相似性较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从黄盖鲽鱼中分离到的线虫ITS1和ITS2均与H.aduncum处于同一分支。研究结果为异尖科线虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

一年生葛茎的化学成分与纤维特性研究

为充分利用葛麻纤维,采用化学法分析湖南和江西不同地区一年生野葛茎和人工栽培粉葛茎及葛麻的化学成分,探讨制麻技术对纤维性能的影响,并通过电镜扫描、显微镜观察等对葛麻表面形态结构、单纤维特性进行表征。结果表明:野生鲜葛茎的干物质总含量高于粉葛的,且干物质总量、不溶性纤维含量均随生长期延长而增加,粉葛的各项指标在地域和品种间均存在差异,在12月采收的3个粉葛中,太空粉葛茎的粗脂肪、粗蛋白、灰分和可溶性纤维的质量分数均较高,江西粉葛的均较低;碱处理法所得葛麻的残胶率明显小于自然发酵法的残胶率,其断裂强度较大,且葛麻表面的纤维结构较清晰;碱处理法所得不同原料葛麻的理化特性和化学成分在地域间、品种间均表现出明显差异,总体上野葛麻的断裂强度较高,野葛和粉葛均有随生长期延长而断裂强度增加的趋势,胶质等非纤维成分达17.5%～33.3%;野葛的纤维素含量均达80%以上,且不同生长期间的纤维素含量没有明显差异,粉葛的纤维素含量低于野葛的,且12月采收的样品纤维素含量显著低于9月采收样品的;葛麻单纤维的公制支数为3 098.2～3 866.7 m/g,单纤维线密度为2.6～3.2 dtex,野葛麻的平均直径和公制支数优于粉葛麻的;葛麻的纤维素含量、半纤维素含量与葛麻单纤维的理化特性具有密切关联。     

葛根膨大相关基因表达的cDNA-AFLP分析

为从本质上揭示葛块根膨大的分子机理,将cDNA-AFLP技术运用于葛块根膨大的野生型和突变型发育过程的基因表达差异的分析,筛选出5个特异表达片段,其中野生型Y0、Y1和突变型T0、T14个成功测序,结果显示:DNA片段大小分别为384、248、241和161 bp;BLAST搜索结果表明:Y0与大豆假拟蛋白相关的未知mRNA同源性99%;Y1与罗伊乳杆菌木糖异构酶基因序列同源性95%;T0与豇豆小分子热休克蛋白mRNA序列同源性87%;T1与番茄的类胡萝卜素异构酶基因同源性98%;Y0翻译的蛋白质与拟南芥亚种赤霉素结合蛋白β-2亚基有一定同源性,Y1和T0、T1翻译的蛋白质在核酸蛋白数据库中均未搜索到同源序列。     

番木瓜棕榈疫霉核糖体DNA-ITS序列分析

采用真菌核糖体转录间隔区通用引物ITS1和ITS4,PCR扩增了2株分离自广州的番木瓜疫霉菌(Phytoph-thorasp.)的核糖体基因ITS序列,并对PCR产物进行了克隆测序.供试菌株C0506071、C0506072分别克隆出814 bp、830 bp的序列,两菌株ITS序列间的相似同源率为99.62%.将供试菌株的ITS序列与GenBank中登陆的20株疫霉菌株的ITS序列进行聚类分析,结果表明,供试菌株与GenBank注册的AF467093、AJ517463聚在同一分枝上,均为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora),其他不同的疫霉种聚在不同的分支上,系统学关系较远.这表明分离自广州的2株番木瓜疫霉菌为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora).     

不同来源辣椒疫霉菌的系统发育分析

运用PCR直接测序法,对9个辣椒疫霉菌株和1个外类群大豆疫霉菌株的nrDNA的ITS区(包括ITS1、5.8SrDNA和ITS2)进行序列测定。结果表明,不同来源的辣椒疫霉菌的ITS序列总长度为750~753bp。采用PAUP软件进行系统发育分析表明:来自辣椒寄主和土壤的辣椒疫霉菌各自聚为一组,与其地理来源没有明显的相关性。     

木薯SAD基因片段的克隆及其序列分析

通过比较拟南芥和蓖麻的SAD基因同源区域,设计引物并以木薯基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到长度为240 bp的基因片段,命名为木薯SAD.序列相似性检索结果表明,木薯SAD基因的核苷酸序列与基因库中登陆的大戟科植物蓖麻、千年桐的mRNA序列同源性达94%,与大豆、芝麻、葵花等油料作物的mRNA序列同源性分别达到87%、86%和82%:系统进化分析进一步表明,木薯SAD基因与大戟科植物蓖麻、麻疯树和千年桐的亲缘关系最近,该结果与传统分类学将木薯与蓖麻、千年桐和麻疯树归于大戟科的结论相符,而木薯SAD基因与芝麻、大豆、莲花、葵花等植物种仁不饱和脂肪酸含量较高的植物在进化上具有较高的保守性.     

福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析

PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。     

Identification and Preliminary Analysis of the Genetic Diversity of Cenococcum geophilum Fr.

To identify Cenococcum geophilum Fr., estimate their genetic diversity and study the effects on their genetic variation, 27 Chinese C. geophilum isolates from 6 host plant species and 5 French C. geophilum isolates were analyzed using morphological and molecular methods. The universal primers ITS1/ITS4 were used in PCR-RFLP to amplify the rDNA internal transcribed spacer （ITS） of tested C. geophilum isolates. The amplified products were digested with EcoR Ⅰ, Hinf Ⅰ, and Mbo Ⅰ, and the digested fragments of PCR products showed that there were obvious differences. A random primer （5′-CGCACCGCAC-3′） was employed in RAPD to amplify the genomic DNA of C. geophilum, and 19 detectable and reliable DNA bands of 300-2000 bp size were observed. According to the number, position, and strength of the DNA bands in agarose gel, the genetic distance and the genetic similarity among C. geophilum isolates were calculated using the PopGen Ver. 1.31 dendrogram analysis software. A phylogenetic tree was constructed based on the genetic distance by the Neighbor-Joining/UPGMA in PHYLIP. The results suggest the high level of genetic diversity among C. geophilum isolates from the same or different hosts. The effects of geographical factors or host plant species on C. geophilum genetic variation are not obvious.     

ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究

采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明:产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2(ITS2)作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。     

珠海淇澳岛4种红树植物ITS区段的序列测定

以改良的CTAB法提取珠海淇澳岛4种红树植物的总DNA,使用通用引物分别对其ITS区段的序列进行PCR扩增及测序,并对所测序列进行比对分析.结果表明,桐花树、木榄、杨叶肖槿和海漆的ITS1长度分别为404、362、460、439 bp;ITS2长度分别为219、208、231、226 bp;将4种红树植物ITS区段的序列测定结果提交到GenBank,获得了登录号.     

葛根总黄酮的提取及其抗氧化性能研究

[目的]优化提取葛根总黄酮的最佳工艺条件,研究其抗氧化性能。[方法]用乙醇提取葛根总黄酮,通过正交试验,研究影响葛根总黄酮提取率的因素,确定最佳提取工艺参数;用硅胶柱层析法纯化葛根总黄酮提取物,采用BPCL法测定葛根总黄酮的抗氧化性能。[结果]正交实验表明,影响葛根总黄酮提取率的4个因素的强弱顺序为:温度>乙醇浓度>固液比>提取次数。提取葛根总黄酮的最佳工艺条件为:乙醇浓度70%,固液比为1∶8,提取次数3次,每次3h,温度80℃,葛根总黄酮的提取率为22.9%,样品纯度为15.5%。[结论]利用BPCL法测定葛根总黄酮对超氧自由基(O2-·)和羟基自由基(·OH)的抑制率,结果证明葛根总黄酮具有一定的抗氧化作用。