基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.     

银杏核糖体DNA内转录间隔序列初步分析

为研究银杏Ginkgo biloba种内核糖体DNA内转录间隔（ITS）区序列的多样性，以具有代表性的10个银杏嫩叶样本为材料，提取基因组DNA后用特异性引物进行PCR扩增，并直接测定其ITS区序列。结果表明，银杏ITS区（内含5．8S）总长度为1224～1226bp，其中ITS-1长度为821—823bp，5．8S长度为162bp，ITS-2长度为241bp。在全序列范围内，可变位点有28个，占总核苷酸的2．3％，但简约信息位点仅6个，变异量仅有0．5％。银杏的不同样本之间ITS区序列表现出高度一致。     

黄鳝胃瘤线虫ITS及5.8SrDNA的克隆及序列分析

为了解渝西地区黄鳝胃瘤线虫的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA 序列的遗传变异情况,本研究利 用PCR扩增胃瘤线虫rDNA的片段,将目的片段克隆至pMDTM19-T Vector载体,对阳性克隆进行测序,序列用 BLAST和MEGA4.0进行相似性和种系发育分析.结果表明6株胃瘤线虫分离株扩增的序列总长存在差异(890~ 892bp),其中ITS-1序列长度为350~351bp、5.8S序列长度为102~103bp及ITS-2序列长度为343bp.渝西地 区胃瘤线虫ITS序列与不同宿主胃瘤线虫的相似性最高为98.3%,表明ITS可作为分子标记用于胃瘤线虫与其他 线虫的种间鉴定.     

栉江珧核糖体转录间隔区的初步研究

[目的]对栉江珧的核糖体转录间隔区(ITS)序列进行分析研究。[方法]利用特定引物对栉江珧(Atrina pectinta)转录间隔区ITS-1和ITS-2的序列片段进行PCR扩增及测序,并分析片段的碱基序列特征。[结果]栉江珧ITS-1序列长度为570 bp(含20.2%T、30.0%C、22.3%A、27.5%G)、ITS-2长度为618 bp(含22.3%T、27.3%C、23.5%A、26.9%G);与魁蚶、栉孔扇贝、牡蛎、菲律宾蛤仔进行比对,栉江珧ITS-1的相似性在25.6%～38.1%之间,ITS-2的则在24.5%～38.9%之间,说明栉江珧与试验所选的4种贝类之间的进化关系较远,种间变异很大,ITS序列可用于该纲物种的分类及鉴别。[结论]该研究为我国栉江珧的种质资源保护和利用提供了一定的分子生物学依据和参考。     

明党参和川明参种间遗传分化和系统关系的分子标记和ITS序列分析

    为了阐明明党参(Changium smyrnioides)和川明参(Chuanminshen violaceum)种间遗传分化和系统关系,利用RAPD、ISSR和ITS序列分析方法对明党参和川明参不同居群,以及芹亚科(Apioideae)6个族的一些代表种进行研究.RAPD和ISSR分析表明,明党参与川明参种间在全基因组水平出现明显的遗传分化.ITS序列分析则表明,明党参的6个居群在ITS序列上稍有差异,ITS-1的GC含量为58.3%～59.2%,ITS-2的GC含量为54.3%～56.6%.ITS-1的长度范围为215～219 bp,ITS-2的长度范围为224～227 bp.川明参与明党参种间的ITS序列也出现明显分化.芹亚科6个族一些代表种的ITS序列系统发育分析结果支持明党参置于美味芹族(Smyrnieae Koch)的分类地位.在ITS系统树上,川明参与明党参为姐妹类群的置信度为100%,因此,提出将川明参置于美味芹族的分类学处理.     

5份金荞麦核糖体基因内转录间隔区(ITS)序列分析

以5份金荞麦为材料,对其核糖体基因内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增,均获得长约700 bp左右的特异性产物.测序结果表明,金荞麦样品中ITS序列在638～797 bp之间.经软件Clustal X2.0和MEGA 4.0分析结果表明,当空位作为缺失处理时,ITS区全序列包括488个保守位点,248个变异位点,6...     

铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

[目的]从分子水平上实现对铁皮石斛及其混淆品快速准确的鉴别。[方法]通过对铁皮石斛及其混淆品的rDNA ITS区序列进行分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统树。[结果]8个来自不同产区的铁皮石斛rDNA ITS区序列全长636 bp;铁皮石斛及其6个常见混淆品药材ITS序列长度范围为636～641 bp,其中ITS区(不包括5.8S)片段长度为483 bp,含信息位点60个(12.4%),变异位点185个(38.3%);各样品间遗传距离范围为1.108%～2.594%,NJ系统树也表明铁皮石斛与其混淆品的亲缘关系较远。[结论]ITS序列可对铁皮石斛及其混淆品进行快速简便的鉴别。     

胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

无籽刺梨及其近缘种ITS序列分析

为探讨无籽刺梨及其近缘种的关系,对采自贵州兴仁的无籽刺梨(Rosa sterilis S.D.Shi)、贵州安顺的光枝无籽刺梨(Rosa sterilis S.D.Shi var.leioclada M.T.An,Y.Z.Cheng et M.Zhong)及采自贵州遵义、兴仁的缫丝花(Rosa roxburghii Tratt.)以及从美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上下载的长尖叶蔷薇(Rosa longicuspis Bertal.)进行内转录间隔区(ITS)序列分析。利用MEGA6.0软件对ITS序列进行分析,ITS序列总长为629 bp,其中ITS1序列长度为253 bp,5.8S长度为164 bp,ITS2长度为212 bp;对无籽刺梨、缫丝花、长尖叶蔷薇进行组合分析,组合1(无籽刺梨、长尖叶蔷薇、兴仁缫丝花)和组合2(无籽刺梨、长尖叶蔷薇、遵义缫丝花)中整个ITS序列共有26个变异位点,占序列总长度的4.10%,组合3(光枝无籽刺梨、长尖叶蔷薇、兴仁缫丝花)、组合4(光枝无籽刺梨、长尖叶蔷薇、遵义缫丝花)中共有30个变异位点,占序列总长度的4.76%。4个组合中ITS1变异位点数都为7个,占ITS1序列长度的2.76%,占序列总长度的1.11%;5.8S序列均没有变异位点;组合1、2中ITS2的变异位点数为19个,占ITS2序列长度的8.96%,占序列总长度的3.02%;组合3、4中ITS2的变异位点数为23个,占ITS2序列长度的10.8%,占ITS序列总长度的3.65%。4个组合中无籽刺梨与光枝无籽刺梨都含有2种碱基叠加的变异位点,叠加的2种碱基中1个来自长尖叶蔷薇,1个来自缫丝花,无籽刺梨同时具有缫丝花、长尖叶蔷薇的2种ITS序列。通过最大简约法(MP)进行聚类分析,结果显示,无籽刺梨与长尖叶蔷薇聚为1支,通过形态学比较发现,无籽刺梨与贵州缫丝花、缫丝花较为接近。研究结果为进一步探讨无籽刺梨的物种起源提供了一定的理论基础。     

黄艾美耳球虫纯种分离及ITS-1序列测定

为建立一种有效鉴定兔球虫的分子生物学方法,采用单卵囊分离技术,分离纯化黄艾美耳球虫.根据GenBank中发表的艾美耳属球虫18S rDNA和5.8S rDNA序列,设计特异性引物,建立PCR方法并针对黄艾美耳球虫第一内转录间隔区进行扩增,PCR产物直接测序.结果分离出黄艾美耳球虫,并扩增出包含黄艾美耳球虫第一内转录间隔...     

有齿食道口线虫ITS及5.8S DNA片段的PCR扩增、克隆及序列分析

 运用PCR方法以保守引物NC5及NC2扩增了从广东阳江地区猪体分离的食道口线虫rDNA 的内转录间隔区（ITS）及5.8S序列。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体，用PCR技术及酶切鉴定阳性菌落，对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明，扩增的片段大小为828 bp，包含部分的18S、28S及全部的ITS-1（362 bp）、5.8S(153 bp)及ITS-2（217 bp）序列。序列比较表明，该食道口线虫为有齿食道口线虫。本研究在国际上首次报道了中国猪有齿食道口线虫的ITS及5.8S序列，为食道口线虫的分子生物学的进一步研究奠定了基础。     

基于rDNA ITS序列和RAPD分子标记的桑黄菌遗传多样性分析

[目的]分析桑黄菌的遗传多样性。[方法]利用ITS序列分析和RAP／）分子标记技术对16株不同来源的桑黄菌株进行遗传多样性分析。[结果]16株桑黄菌株的ITSl_5．8s-ITS2序列长度在590～714bp,其中5．8S序列最为保守,均为160bp：ITSl长度为220～310bp,ITS2长度为210-245bp。基于ITS序列构建的系统进化树分析结果,同属不同种的桑黄菌株遗传距离较远,对相同种的杨树桑黄一瓦尼木层孔菌进行RAPD分子标记,表明10株瓦尼木层孔菌（Phellinusvaninii）遗传多态性丰富,10株杨树桑黄菌主要分布在我国东北三省的东部山区,区域相对集中,RAPD的聚类分析结果与地域分布差异关系不明显,没有表现出地域性的遗传多样性差异。[结论]试验研究了菌株的分类地位及系统发育进化关系,并首次在桑黄菌物资源库内积累到杨黄分类学地位和遗传多样性的基础信息,对掌握和积累区域桑黄菌物资源的基础信息,并对将来更好地开发利用这一珍稀菌物资源具有重要的学术价值和现实意义．     

Phylogenetic Relationships of Sorghum and Related Species Inferred from Sequence Analysis of the nrDNA ITS Region

Analysis of phylogenetic and evolution in six species of Sorghum was based on internal transcribed spacer （ITS） sequences in nuclear ribosomal DNA. Results showed that the length of the ITS regions among the six species ranged from 588 to 589 bp and the contents of G＋C in ITS （ITS1 ＋5.8S＋ITS2） regions ranged from 60.27 to 61.05%; the length of ITS1 ranged from 207 to 208 bp and the contents of G ＋ C in the ITS 1 regions ranged from 53.91 to 61.54%. The length of the 5.8S rDNA and ITS2 regions in the six species was 164 and 217 bp respectively, and the contents of G ＋ C ranged from 56.10 to 58.54% in the 5.8S rDNA region and 66.36 to 67,28% in the ITS2 region. Among regions of ITS, ITS1, ITS2, and 5.8S, the best sequence for genetic relationship analysis in the six species was the ITS region. On the basis of the Jaccard coefficient and phylogentic tree, S. sp. was more related to S, propinguum than to other species. This was consistent with the fact that S. sp. is derived from S. propinguum. From the phylogenetic tree based on ITS1, S. halepense, silk sorghum and S. sudanense, are identical in the ITS 1 sequence, whereas the phylogenetic tree based one shows that S. sudanense has a closer genetic association with S. almum rather than with S. halepense and silk sorghum.     

基于ITS-1序列的部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系研究

通过PCR扩增获得了3种中国黄渤海海域的鳚亚目鱼类的线粒体ITS-1基因,并以条斑马鲛为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统发育树。结果表明:在鳚亚目鱼类的ITS-1片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入缺失现象,共有49 bp变异位点,转换/颠换值为1.0;3种鱼ITS-1长度为375~562 bp,其中方氏云鳚的最长,为532~562 bp,六线鳚的最短,为375 bp;锦鳚科的方氏云鳚和云鳚聚为一支;方氏云鳚和云鳚种间遗传距离只有0.02,亲缘关系最近。     

PCR Amplication and Sequencing of ITS-2 rDNA of Leucocytozoon caulleryi

The second internal transcribed spacer (ITS-2) of Leucocytozoon eaulleryi was amplified byPCR using a pair of conserved primers and cloned into the T-T windows of plasmid pGEM-T easy vector. Theinserts were successfully sequenced and the results revealed that the ITS-2 plus flanking sequence (ITS2-+-) wascomposed of 270 nucleotides, and the ITS-2 was 113 bp in length. The ITS-2 of L. eaulleryi was analysed byNCBI Blast, and the degree of homology of the ITS-2 of L. caulleryi was compared with that of Eimeriatenella, Candida tropicalis and Saccharomyces kluyveri and others by wDNASIS. The results showed that theITS-2 of L. caulleryi is characteristic and has the greatest similarity with E. tenella (21.2%).     

鸽蛔虫ITS rDNA的克隆与序列分析

以采自广东省佛山市的鸽蛔虫(Ascaridia columbae)为研究对象,利用保守引物BD1和BD2扩增鸽蛔虫基因组DNA的ITS rDNA片段,对扩增产物进行克隆和序列测定。结果成功扩增出大小为1045bp的ITS rDNA序列。获得的鸽蛔虫的ITS rDNA序列(AC001、AC002)的5.8S rDNA与GenBank收录的鸡蛔虫5.8S rDNA序列(GenBank登录号为AJ001508)相似性分别为95.5%和94.3%,而与澳大利亚鸽蛔虫5.8 S rDNA序列(GenBank登录号为AJ001509)相似性分别为96.8%和95.5%。将获得的序列与蛔目不同科的代表性蛔虫的5.8SrDNA序列进行比对和系统进化分析,结果表明鸽蛔虫与鸡蛔虫处于同一进化分支上,也表明ITS rDNA是蛔虫分子鉴定的有效遗传标记,这对蛔虫分子分类学及分子流行病学的进一步研究打下了基础。