亚洲系百合九个品种的亲缘关系研究--来自nrDNA ITS证据

对亚洲系百合9个品种的nrDNA的内转录间隔区（ITS）进行了PCR扩增和产物直接测序，扩增出约670bp的序列（ITS1、5．8S和ITS2及部分18S和26S rRNA基因片段）。选取亚洲系百合祖先种泸定百合和岷江百合等6个野生种序列为参考外类群，确定其ITS全序列（ITS1、5．8s和ITS2）的长度约为627bp。并根据nrRNA ITS区碱基序列差异计算品种间的遗传距离和构建UPGMA系统树，探讨了9个百合品种之间的亲缘关系。     

有齿食道口线虫ITS及5.8S DNA片段的PCR扩增、克隆及序列分析

 运用PCR方法以保守引物NC5及NC2扩增了从广东阳江地区猪体分离的食道口线虫rDNA 的内转录间隔区（ITS）及5.8S序列。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体，用PCR技术及酶切鉴定阳性菌落，对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明，扩增的片段大小为828 bp，包含部分的18S、28S及全部的ITS-1（362 bp）、5.8S(153 bp)及ITS-2（217 bp）序列。序列比较表明，该食道口线虫为有齿食道口线虫。本研究在国际上首次报道了中国猪有齿食道口线虫的ITS及5.8S序列，为食道口线虫的分子生物学的进一步研究奠定了基础。     

基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

中国不同地区杜仲rDNA的ITS序列分析

运用克隆测序法,对分布于中国不同地区的杜仲(Eucommia ulmoides)的核糖体DNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S和ITS-2)进行测定.结果表明,杜仲植物的ITS区序列总长度为587-589 bp,长度变异仅为2 bp,其中ITS-1区为218～219 bp,在ITS-2区为205～206 bp,5.8SrDNA均为164bp,且高度保守,无变异位点.采用DNASTAR软件进行系统发育分析表明,来自不同地区的杜仲样品同源性均在96.9以上.根据ITS序列特征构建的系统树,来自同一地区的样     

卡氏住白细胞虫rDNA ITS-2的POR扩增与测序

运用PCR方法扩增了卡氏住白细胞虫rDNA的ITS-2及部分5．8S和28S序列(ITS2 )，并对该序列进行了克隆和测序。采用巨型裂殖体为材料，并根据Saccharomyces cerevisiae rDNA中的5．8S、28S保守序列所设计的通用引物ITS3、ITS4，进行了虫体ITS2 的PCR扩增，将所扩增片段纯化后成功地克隆于pGEM-T easy和PMDl8-T载体的T-T窗口。经双向自动测序显示，该ITS2 片段的大小为270bp；经NCBI Blast联机检索，结果显示，所扩片段中5．8S序列与S．cerevisiae的5．8S序列有部分相同，而ITS-2序列为虫体所特有；同时经wDNA-SIS软件分析，显示该ITS-2序列与S．cerevisiae间同源性相对较远，而与柔嫩艾美耳球虫间同源性相对较近，故而本试验中所测序列为卡氏住白细胞虫的ITS-2特有序列。     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.     

黄鳝胃瘤线虫ITS及5.8SrDNA的克隆及序列分析

为了解渝西地区黄鳝胃瘤线虫的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA 序列的遗传变异情况,本研究利 用PCR扩增胃瘤线虫rDNA的片段,将目的片段克隆至pMDTM19-T Vector载体,对阳性克隆进行测序,序列用 BLAST和MEGA4.0进行相似性和种系发育分析.结果表明6株胃瘤线虫分离株扩增的序列总长存在差异(890~ 892bp),其中ITS-1序列长度为350~351bp、5.8S序列长度为102~103bp及ITS-2序列长度为343bp.渝西地 区胃瘤线虫ITS序列与不同宿主胃瘤线虫的相似性最高为98.3%,表明ITS可作为分子标记用于胃瘤线虫与其他 线虫的种间鉴定.     

木耳属菌株 ITS 序列作为 DNA 条形码的可行性1）

以木耳属22个菌株为供试材料,研究了rDNA-ITS序列作为木耳属条形码的可行性。结果表明：ITS序列作为木耳属条形码的有效长度为420 bp左右,片段长度大小适宜,扩增与测序成功率均为100％。种内ITS序列差异度为0．5％～2．5％,种间序列差异度为4．8％～10．8％,种间序列差异显著高于种内序列差异。在此基础上,以黑耳属为外群构建系统树,结果表明ITS序列可以区分木耳属不同的种。综上所述,ITS序列作为木耳属的DNA条形码是可行的。     

几种槭属植物亲缘关系的ITS序列分析

为了选择适宜挪威槭"皇家红"嫁接的砧木,笔者对槭属植物的8个种(含变种)核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行了PCR扩增和序列分析,扩增出约750bp左右的的序列(包含完整的ITS1、5.8S和ITS2序列及部分18S和26S rRNA基因片段.各样品的ITS1长度为221～236bp,ITS2为231～237bp,含有多个特异性信息位点.并利用ITS序列为依据对8种槭属植物系统发育进行分析,从分子水平上阐明了8种槭属植物的亲缘关系,为挪威槭"皇家红"嫁接生产中适宜砧木的选择提供了理论依据.     

细胞核rDNA序列分析5种罗非鱼的亲缘关系

[目的]探索五种罗非鱼的亲缘关系。[方法]从尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、杂交种尼奥罗非鱼、莫桑比克罗非鱼和红罗非鱼基因组中提取DNA,通过PcR扩增其ITS1基因序列及18S、5．8S部分序列并进行序列分析。[结果]扩增片段大小约700bp。测序结果显示获得的序列包括完整的ITSI区以及18S和5．8S部分序列。序列长度变异主要在ITS1区,18S和5．8S片段的序列长度没有发生变化。罗非鱼5个种的ITS1序列的碱基组成差别不大。从UPGMA聚类结果上看,尼罗罗非鱼与尼奥罗非鱼聚为一支;莫桑比克罗非鱼与奥利亚罗非鱼聚为一支,红罗非鱼再与莫-奥聚合。[结论]五种罗非鱼的ITS1及18S、5．8S部分序列分析结果表明,尼罗和尼奥罗非鱼亲缘关系较近,奥利亚与莫桑比克罗非鱼亲缘关系较近,红罗非鱼可能与奥利亚和莫桑比克罗非鱼有一定的亲缘关系。     

明党参和川明参种间遗传分化和系统关系的分子标记和ITS序列分析

    为了阐明明党参(Changium smyrnioides)和川明参(Chuanminshen violaceum)种间遗传分化和系统关系,利用RAPD、ISSR和ITS序列分析方法对明党参和川明参不同居群,以及芹亚科(Apioideae)6个族的一些代表种进行研究.RAPD和ISSR分析表明,明党参与川明参种间在全基因组水平出现明显的遗传分化.ITS序列分析则表明,明党参的6个居群在ITS序列上稍有差异,ITS-1的GC含量为58.3%～59.2%,ITS-2的GC含量为54.3%～56.6%.ITS-1的长度范围为215～219 bp,ITS-2的长度范围为224～227 bp.川明参与明党参种间的ITS序列也出现明显分化.芹亚科6个族一些代表种的ITS序列系统发育分析结果支持明党参置于美味芹族(Smyrnieae Koch)的分类地位.在ITS系统树上,川明参与明党参为姐妹类群的置信度为100%,因此,提出将川明参置于美味芹族的分类学处理.     

海南黑山羊鞭虫rDNA-ITS片段的克隆及序列分析

采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

[目的]从分子水平上实现对铁皮石斛及其混淆品快速准确的鉴别。[方法]通过对铁皮石斛及其混淆品的rDNA ITS区序列进行分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统树。[结果]8个来自不同产区的铁皮石斛rDNA ITS区序列全长636 bp;铁皮石斛及其6个常见混淆品药材ITS序列长度范围为636～641 bp,其中ITS区(不包括5.8S)片段长度为483 bp,含信息位点60个(12.4%),变异位点185个(38.3%);各样品间遗传距离范围为1.108%～2.594%,NJ系统树也表明铁皮石斛与其混淆品的亲缘关系较远。[结论]ITS序列可对铁皮石斛及其混淆品进行快速简便的鉴别。     

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析

1材料与方法 1．1菌株来源菌株来源见表1。 1．2菌丝体培养将链格孢菌株接种到PDA培养基上,25℃恒温、倒置培养7d左右,用灭菌的刀片将菌丝从培养基上刮下,以备DNA提取用。     

西瓜炭疽菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增4个来自不同地方的西瓜炭疽病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列分析.结果表明:西瓜炭疽病菌的ITS全长481 bp,其中ITS1长163 bp,5.8 S长153 bp,ITS2长165 bp,各碱基A、T、G、C的个数分别为110、106、118、147,GC含量为55.1%.用Mega3软件对此4个序列以及GeneBank中登录的炭疽属其他24个种的ITS1和ITS2聚类分析,结果显示:Colletotrichum 属可以分为13个聚类组,各聚类组间存在着一定的遗传多样性,其中Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana在ITS1、ITS2上都聚为一组,这就为用ITS作为靶序列来设计特异性引物将Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana与其他种分开提供了分子依据.     

基于rDNA ITS序列和RAPD分子标记的桑黄菌遗传多样性分析

[目的]分析桑黄菌的遗传多样性。[方法]利用ITS序列分析和RAP／）分子标记技术对16株不同来源的桑黄菌株进行遗传多样性分析。[结果]16株桑黄菌株的ITSl_5．8s-ITS2序列长度在590～714bp,其中5．8S序列最为保守,均为160bp：ITSl长度为220～310bp,ITS2长度为210-245bp。基于ITS序列构建的系统进化树分析结果,同属不同种的桑黄菌株遗传距离较远,对相同种的杨树桑黄一瓦尼木层孔菌进行RAPD分子标记,表明10株瓦尼木层孔菌（Phellinusvaninii）遗传多态性丰富,10株杨树桑黄菌主要分布在我国东北三省的东部山区,区域相对集中,RAPD的聚类分析结果与地域分布差异关系不明显,没有表现出地域性的遗传多样性差异。[结论]试验研究了菌株的分类地位及系统发育进化关系,并首次在桑黄菌物资源库内积累到杨黄分类学地位和遗传多样性的基础信息,对掌握和积累区域桑黄菌物资源的基础信息,并对将来更好地开发利用这一珍稀菌物资源具有重要的学术价值和现实意义．