对虾科线粒体基因组特征及基因差异位点分析

通过长PCR扩增获得凡纳滨对虾和中国明对虾的线粒体DNA,进而采用步移测序、序列拼接获得2个对虾类线粒体基因组的全序列.结合斑节对虾、日本囊对虾、细角滨对虾和加州美对虾的线粒体基因组,初步揭示了对虾科线粒体基因组的基本特征.6个对虾类线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列完全一致.对虾类线粒体基因组所有的主编码基因中,变异程度最高的是nad2和nad6基因.因此,nad2和nad6基因可以作为coxl基因辅助的分子标记,为对虾类生物多样性的保护及对虾类生物资源合理、高效利用等诸多方面提供参考.     

短尾派线粒体基因组特征及基因差异位点分析

分析了短尾派14个物种线粒体基因组全序列,初步揭示了短尾派线粒体基因组的基本特征。短尾派线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组相比,发生了大规模的基因重排;然而,trnH基因的易位是短尾派14个物种所共有的,从而可以视作短尾派线粒体基因组的一个共同衍征。绒螯蟹属和青蟹属所有13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值均远远低于1,显示出很强的纯化(负)选择。从线粒体基因组13个蛋白质编码基因和2个核糖体RNA基因的差异位点分析可以看出,在短尾派和青蟹属群体遗传学的研究中,nad5、nad4和nad2基因可以作为coxl基因辅助的分子标记;而在绒螯蟹属群体遗传学的研究中,nad5和nad4基因可以作为coxl基因辅助的分子标记。     

草鱼乙酰辅酶A羧化酶β基因全长cDNA分子克隆与表达分析

本试验采用反转录PCR(RT-PCR)和c DNA末端快速扩增(RACE)技术克隆获得草鱼乙酰辅酶A羧化酶β(ACC2)基因全长c DNA,并采用实时荧光定量PCR技术研究ACC2基因在肝胰脏、脾脏、大脑、前肠、中肠、后肠、肾脏、肌肉、心脏和肠系膜脂肪等组织中的表达,同时,还对饲喂不同脂肪源饲料12周后草鱼肝胰脏和肌肉中以及饥饿再次投喂后3、6、12和24 h肝胰脏中ACC2 mRNA的表达变化进行了研究。结果显示:草鱼ACC2基因c DNA全长7 533 bp,含1个7 149 bp的开放阅读框,编码2 382个氨基酸,ACC2蛋白计算分子质量为268.34 ku,等电点为6.13。草鱼ACC2基因存在可变剪接,形成另外1个同工型(isoforms),比分子质量为268.34 ku的ACC2蛋白少8个氨基酸。ACC2基因在所有检测组织中均有表达,ACC2 mRNA的相对表达量在肌肉中最高,为29.13,在肝胰脏中最低,仅为1.90。肌肉中ACC2 mRNA的相对表达量与大脑、前肠和心脏差异不显著(P0.05),但显著高于其他组织(P0.05)。投喂不同脂肪源饲料对草鱼肝胰脏及肌肉中ACC2 mRNA相对表达量无显著影响(P0.05);饥饿再投喂后草鱼肝胰脏中ACC2 mRNA相对表达量在12 h达到高峰值,为6.17,之后明显下降,24 h时仅为2.84。本试验成功克隆了草鱼ACC2基因全长c DNA,其主要的功能位点ATP结合位点、生物素结合位点与其他脊椎动物相比基本保守。草鱼ACC2基因主要在肌肉等脂肪分解活跃的组织中表达,投喂不同脂肪源饲料对草鱼肝胰脏中ACC2 mRNA的相对表达量无显著影响;饥饿再投喂后,肝胰脏中ACC2 mRNA的相对表达量在投喂12 h后最高。     

皱纹盘鲍4个群体与九孔鲍16S rRN A基因遗传差异分析

采用PCR方法扩增了皱纹盘鲍（4个群体）和九孔鲍（1个群体）共5个群体（53个样本）16S rRNA基因片段（16S）,测序获得了1000 bp核苷酸序列,其中669 bp核苷酸序列用于遗传差异分析,旨在评估我国皱纹盘鲍不同群体间及其与九孔鲍间的遗传差异。从52个序列中共检测到17种单倍型,其中皱纹盘鲍4个群体有13种单倍型,九孔鲍1个群体（9个样本）有4种单倍型。单倍型核苷酸序列比对显示,变异位点占比对位点的20．5％,基于单倍型的皱纹盘鲍4个群体间的遗传距离为0．002～0．011,平均为0．005;九孔鲍群体内的平均遗传距离为0．004,两种鲍间的平均遗传距离为0．218;两种鲍间的遗传分化系数 F‐统计量 FST平均为0．982,皱纹盘鲍4群体间的 FST值为0．0051～0．0065。本研究显示2种鲍群体内16S变异很小。系统发育分析鲍属11种鲍的聚类关系,显示皱纹盘鲍与盘鲍、日本鲍交叉聚为一支,九孔鲍与杂色鲍也交叉聚为一支,4个种类未聚成单系支。     

星虫动物线粒体基因组全序列的基因排列和特征比较

综合利用通用引物PCR和长PCR扩增,获得可口革囊星虫的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法获得可口革囊星虫的线粒体基因组。比较可口革囊星虫与方格星虫线粒体基因组,所有的37个基因均在同一条链上编码。2个星虫动物线粒体基因组蛋白质编码基因的起始、终止密码子及氨基酸长度存在差异。2个星虫动物的线粒体基因组,存在6个保守的基因区块:(1)nad6-cob-P-S2-C-M,(2)I-K-nad3-F,(3)nad4L-nad4-L2,(4)nad1-W-atp6,(5)nad5-S1及(6)nad2-cox1。去除转运RNA而仅比较蛋白质编码基因和核糖体RNA,则2个星虫动物线粒体基因组主编码基因的基因排列完全一致,均为:cox1-cox2-atp8-cox3-nad6-cob-srRNA-lrRNA-nad3-nad4L-nad4-nad1-atp6-nad5-nad2。星虫动物、环节动物和螠虫动物线粒体基因组共有5个保守区块:(1)cox1-cox2-atp8,(2)nad4L-nad4,(3)srRNA-lrRNA,(4)cox3-nad6-cob,(5)atp6-nad5。在15个主编码基因中,nad5基因和nad4基因变异位点数最多,因此可作为备选的分子标记,用于分析星虫动物不同物种和群体之间的生物多样性。     

10种软骨鱼线粒体基因组特征分析

综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等.软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同.真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1(0.019 1～0.156 4),显示出较强的纯化(负)选择.基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支:全头亚纲和板鳃亚纲.在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为:{[(真鲨目+鼠鲨目)+须鲨目)]+虎鲨目}+角鲨目.软骨鱼线粒体基因组差异位点分析表明,在软骨鱼群体遗传的研究中,had5和nad4基因是理想的分子标记,可以作为coxl基因辅助的分子标记,用于分析软骨鱼不同群体之间的遗传多样性,为其生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障.     

长臂虾科线粒体基因组特征分析及分子标记探讨

通过常规PCR和长PCR扩增获得脊尾白虾的线粒体DNA,采用鸟枪法测序、序列组装获得脊尾白虾的线粒体基因组全序列.结合罗氏沼虾和沼虾的线粒体基因组,分析了长臂虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因和基因变异程度等.与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,2个沼虾的线粒体基因组的基因排列完全一致;而脊尾白虾线粒体基因组却存在2个tRNA基因的易位.长臂虾科线粒体基因组主编码基因的变异特征分析揭示了coxl基因多态位点的比例最低,仅为25.5%;而3个基因(nad2、nad4和nad5)不仅多态位点的比例较高,而且基因的长度较长,从而拥有最丰富的多态位点.因此,nad2、nad4和nad5基因可以作为分子标记,用于分析长臂虾不同群体之间的遗传多样性,为长臂虾生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障.     

基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究

对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列A+T含量(62.4％-67.8％)明显高于G+C含量.物种间共有变异位点379个,其中简约信息位点334个;此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点100个.以COI基因片段序列为标记,用中国蛤蜊(Mactra chinensis)作外群,构建了35种帘蛤科贝类(其中14种贝类COI序列从GenBank下载)的系统发生树,结合拓扑结构分析和序列比对分析,结果表明:支持将短文蛤(Meretrix petechinalis)和丽文蛤(M.lusoria)订为文蛤(M.meretrix)的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤(Dosinia corrugata)和D.angulosa订为2个独立种的观点;认为将波纹巴非蛤(Paphia undulata)和织锦巴非蛤(P.textile)订为2个独立种是合适的.COI基因序列含有丰富的遗传信息,适合作为帘蛤科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记.     

草鱼脂酰辅酶A合成酶4基因全长cDNA分子克隆及表达调控

本试验采用反转录PCR(RT-PCR)技术克隆草鱼脂酰辅酶A合成酶4(ACSL4)基因全长cDNA,利用实时荧光定量PCR技术研究ACSL4基因在草鱼大脑、心脏、脾脏、肝胰脏、肌肉、肾脏、肠系膜脂肪、前肠、中肠、后肠10种组织中的表达情况,并对投喂不同淀粉源饲料以及饥饿再投喂0、3、6、12和24 h后草鱼肝胰脏中ACSL4基因表达情况进行研究。结果显示:草鱼ACSL4基因cDNA全长2 418 bp,其开放阅读框2 121 bp,共编码706个氨基酸;草鱼ACSL4蛋白的氨基酸序列包含1个跨膜结构域、1个脂肪酸绑定基序和1个ATP/AMP绑定基序。草鱼ACSL4 mRNA在大脑和脾脏中相对表达量较高,显著高于其他组织(P <0.05),在肌肉中相对表达量最低;投喂不同淀粉源饲料对草鱼肝胰脏中ACSL4 mRNA相对表达量无显著影响(P>0.05);饥饿再投喂12 h后,草鱼肝胰脏中ACSL4 mRNA相对表达量达到最高值,显著高于其他时间段(P<0.05),24 h后恢复至最初水平。本试验从草鱼10种混合组织中克隆了ACSL4基因全长cDNA,其所编码的氨基酸序列的主要功能性位点脂肪酸绑定基序和ATP/AMP绑定基序在不同物种间高度保守;草鱼ACSL4基因主要在大脑和脾脏中表达;饲料中淀粉源对草鱼肝胰脏中ACSL4基因的表达无显著影响;在饥饿再投喂12 h后,草鱼肝胰脏中ACSL4 mRNA相对表达量达到最高值,随后显著下降至最初水平。     

大庆某牛场牛舍环境中沙门氏菌的调查与分析

为了解沙门氏菌在大庆牛舍环境中的流行情况,本文采集大庆牛舍空气、水、饲料、垫土和粪便等样品共248份,进行沙门氏菌的分离、培养、PCR鉴定、致病性试验、药物敏感试验等检测。结果显示,从248份样品中分离出16株沙门氏菌,检出率为6.4%。分离的沙门氏菌全部来自水、饲料和垫土,其中水和饲料的检出率分别达到21.4%和22.2%。药敏试验结果表明,除对氟哌酸、阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、壮观霉素、依诺沙星、氧氟沙星和多粘菌素B完全敏感外,这些分离菌株均出现耐药和多重耐药,对利福平、克林霉素和阿莫西林的耐药率达到100%,本试验结果可为沙门氏菌的控制与干预提供依据。