石斛属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

对24种石斛属植物的rDNA ITS序列进行克隆分析,以期为石斛属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以叶片基因组为模板,利用通用引物分别扩增24种石斛属植物的ITS序列,结果表明,ITS全长为634～646 bp,其中,58S序列的长度十分保守,均为164 bp;而ITS1和ITS2序列长度变异较大,分别为226～235 bp和241～247 bp。ITS1和ITS2序列具有丰富的变异位点,分别为176和166个;其中,信息位点分别为114和104个,发现了大量的转换、颠换和插入/缺失现象。而58S序列相对保守,有36个变异位点,其中信息位点16个。本研究表明,利用ITS序列可将本研究中的24种石斛属植物完全区分,这24种石斛属植物的遗传距离为0007～0302,其中鼓槌石斛和粟斑鼓槌石斛的遗传距离最小,亲缘关系最为接近;而金耳石斛与短棒石斛的遗传距离最大,亲缘关系最远。     

万代兰属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

通过测定7种万代兰属植物的rDNA ITS序列,为该属植物的分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础。以叶片基因组DNA为模板,利用PCR扩增7种万代兰属植物的ITS序列,在测序的基础上进行生物信息学分析。结果表明,ITS的全长为653~657 bp,其中5.8S和ITS2的长度十分保守,分别为163和260 bp,ITS1的长度为230~234 bp。7种万代兰属植物的5.8S序列完全一致,而ITS1和ITS2序列中存在转换、颠换、插入/缺失现象。系统发育分析结果表明,7种植物的平均遗传距离为0.021,它们在发育树上可分为3组。     

胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

濒危药用植物盘龙参rDNA ITS序列分析

采用改良CTAB法提取2份江西省盘龙参总DNA,利用通用引物对rDNA ITS序列进行PCR扩增,克隆后测序,应用MEGA 5.2软件进行序列分析和构建系统发育树,以研究盘龙参ITS片段遗传多样性,分析该片段在盘龙参DNA分子鉴别和绶草属植物系统学研究中的意义。结果表明,盘龙参样本的rDNA ITS长度为766~767 bp;该样本与GenBank中绶草属的rDNA ITS对比分析,ITS1、ITS2长度分别为214~245、256~367 bp,变异位点分别为16.17%、3.50%,ITS总变异位点为9.27%;基于ITS序列,用p-distances法计算遗传距离和NJ法建立系统发育树,2段序列在绶草属种内保守,中间有较大变异,可作为盘龙参分子鉴定标记,而绶草属的系统发生关系尚须进一步研究。     

小头飞虱属2个近缘种的ITS分析

为了更准确地鉴别飞虱科近缘种类,采用DNA测序的方法获得小头飞虱属2个近缘种类的ITS1部分序列,并对其进行了分子鉴定。结果表明,黄小头飞虱和四刺小头飞虱ITS1序列平均长度分别为802bp和1 044bp,可初步区分二者;二者遗传距离在种内为0.005～0.035,种间为2.725～2.833,差异显著;系统发育重建显示2个近缘种类各自聚为1支,二者互为姐妹群。研究结果初步证实,通过对ITS1序列信息、遗传距离和系统发育分析等研究,可以准确鉴定飞虱科的近缘种类,进而解决形态学分类时而无法准确鉴定等问题。     

几个中国大麦属物种核rDNAITS区序列分析

对8份来源于中国和7份国外的不同大麦属物种核rDNAITS区进行了序列分析,并采用邻接法构建了其系统发育树状图。结果表明,大麦属物种的ITS区序列长度为596～600bp,其中ITS1、5.8S和ITS2分别有43、4和54个变异位点。ITS区揭示的遗传分化距离变化范围为0～0.1121,平均值为0.0561。以雀麦属为外类群,采用邻接法进行系统发育关系分析发现,大麦属不同物种间聚类关系与其地理来源无关;各物种或亚种按照其亲缘关系与染色体组的划分进行聚类,其中具有H和I染色体组的物种各聚为一个分支。     

6份狼尾草属菌草的ITS和叶绿体matK序列分析

对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,信息位点2个,遗传距离为0-0.089,平均遗传距离为0.022;mat K序列长度为880-881 bp,其中变异位点(信息位点)1个,遗传距离为0-0.016,平均遗传距离为0.010.ITS系统树结果显示6份共菌草聚成四类,其中杂交狼尾草和象草(MQ)聚类在第I类的同一分支,巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支,表明其亲缘关系比较近;mat K序列系统树结果除了象草(MQ)外其余5份菌草均聚在了同一分支上,表明叶绿体mat K序列无法将供试的6份菌草区分开.     

基于nrDNA ITS对23种兜兰属植物的分子系统学分析

采用PCR直接测序法,测定23种兜兰属植物的内部转录间隔区(ITS)序列,并结合GenBank中所查到的德氏兜兰(AJ564372)、波瓣兜兰(AY530916)及麻栗坡兜兰(AJ564357)的核糖体DNA(nrDNA)ITS区序列进行比对,确定23种兜兰的ITS1、5.8S及ITS2的界限。结果表明:23种兜兰植物的nrDNA ITS序列长度为717～787 bp;G+C含量为48.6%～51.5%,其中ITS1和ITS2长度分别为393～451 bp及155～180 bp,包括211个变异位点;109个信息位点。基于贝叶斯法和最大简约法构建系统聚类树,结果表明,2种方法构建的树基本一致,整个树分为2个分支3个亚组,表明基于nrDNA ITS序列能够鉴定分析兜兰属植物种间的亲缘关系。     

基于ITS2条形码的人参属物种鉴定研究

人参属植物种类繁多,多数具有重要的生物学及药用价值。采用植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段鉴定人参属药用植物。结果表明,ITS2基因区通用性强,序列在人参属物种间差异较大,属内变异位点为41个,保守位点189个,种内遗传距离为0~0.004,种间遗传距离为0.006~0.098,平均遗传距离为0.044。基于K2P模型构建的系统发育树(NJ树)显示,同一物种均聚为一类。因此,ITS2作为DNA条形码能够有效地区别人参属物种,为人参属药材及其伪混品的鉴定提供基础。     

不同种源辽东冷杉rDNA ITS序列及其亲缘关系

对6个种源辽东冷杉的r DNA ITS序列进行了扩增、纯化和测序,比较分析了各种源r DNA ITS序列的长度、碱基变异位点、(G+C)含量和遗传距离,构建了系统发生树。结果表明:辽东冷杉6个种源的r DNA ITS序列总长度均为1 355 bp,其中ITS1、ITS2和5.8S r DNA序列长度分别为1 162、71和162 bp,种源间无长度差异;r DNA ITS序列中只有8个碱基变异位点,均位于ITS1序列上,碱基变异类型为碱基转换或颠换;ITS1和ITS2序列中的(G+C)含量分别为60.24%~60.59%和58.60%,种源间(G+C)含量差异极小;种源间遗传距离平均值仅为0.002 3,其中清原种源和宽甸种源的遗传距离最小(0),其他种源间的遗传距离在0.000 7~0.003 7。上述结果均表明辽东冷杉种源间亲缘关系较近,遗传变异程度较低。系统发生树将地理距离相近的种源聚在一起,表明辽东冷杉6个种源遗传距离与地理距离有明显的相关性。