10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析

[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。     

黄瓜黑星病菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析

为了探讨枝孢霉属的系统发育情况,采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增3株来自不同地方的黄瓜黑星病菌核糖体基因的ITS序列,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果表明:3株黄瓜黑星病菌之间同源性为100%,ITS全长463bp,其中ITS1长154bp,5.8S rDNA长159bp,ITS2长150bp,各碱基的个数分别为G 119个、C 118个、A 120个、T 106个,GC含量为51.2%。利用MEGA4软件中的NJ法和ME法,对3个样品序列以及GenBank中登陆的枝孢霉属其他25个种构建ITS聚类分析树状图,NJ法和ME法构建的结果基本相同,枝孢霉属可以分为5个聚类组,所测的3个样品和Cladosporium cucumerinum在一个聚类组中。     

基于ITS的贵州省30个树种的DNA条形码研究

本文对贵州省19科26属30种林木树种植物ITS序列进行PCR扩增及测序,用MEGA 5. 0软件对序列进行比对分析序列信息,用最近距离法计算种内及种间遗传距离,通过邻接法构建系统发育树。结果表明,供试树种的DNA总长度为506～684 bp,其中平均G+C含量为64%,种内平均遗传距离为0. 013,种间平均遗传距离为0. 236;基于ITS序列构建的聚类树显示,对30种林木树种的鉴定成功率为83%,因此,推荐ITS序列作为林木树种DNA条形码的候选序列。     

22个毛木耳菌株ITS序列分析

以22个不同来源的毛木耳菌株为材料,采用MEGA4.0软件对ITS序列进行分析,构建系统发育树.试验结果显示22个菌株的ITS序列长度为620 bp左右,GC含在50.6%～51.1%,被聚为5个分支,其中黄耳10号和781系统发育关系较近,共同聚在第一个分支,而琥珀聚在第二分支.ITS序列分析试验结果从系统发育角度反映出了研究菌株的遗传关系,是进行毛木耳菌株遗传分析及科学鉴定的重要工具.     

基于ITS序列的薄荷种质资源遗传关系鉴定研究

为分析薄荷的遗传关系及对薄荷优良品种进行开发利用,对收集的11个薄荷种质进行了DNA提取、PCR扩增和测序,获得了ITS全序列,再利用软件MEGA 5.0计算了物种种内种间K2P遗传距离,并应用最近距离法、构建NJ(邻接)系统聚类树方法,对薄荷种质进行了遗传关系分析。结果表明,11个薄荷种质的遗传距离为0.001～1.365,平均值为0.456 6,系统发育树可将11个薄荷种质分成三大类,体现了较好的遗传多样性。     

仲彬草属植物ITS序列PCR产物直接测序与克隆测序比较分析

通过PCR产物克隆测序和直接产物测序的方法对禾本科小麦族仲彬草属10个物种的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA进行了序列测定和系统发育分析。结果表明:该属植物ITS区直接产物测序与克隆测序存在较大差异,克隆测序序列反映的系统发育关系与形态学、地理分布、细胞学、分子标记分析结果基本一致。因此,采用克隆测序的方法对仲彬草属植物系统发育分析比直接测序方法更为可靠。     

6份狼尾草属菌草的ITS和叶绿体matK序列分析

对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,信息位点2个,遗传距离为0-0.089,平均遗传距离为0.022;mat K序列长度为880-881 bp,其中变异位点(信息位点)1个,遗传距离为0-0.016,平均遗传距离为0.010.ITS系统树结果显示6份共菌草聚成四类,其中杂交狼尾草和象草(MQ)聚类在第I类的同一分支,巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支,表明其亲缘关系比较近;mat K序列系统树结果除了象草(MQ)外其余5份菌草均聚在了同一分支上,表明叶绿体mat K序列无法将供试的6份菌草区分开.     

福建正红菇遗传多样性分析

以采自福建省山区的正红菇Russula griseocarnosa为研究材料,进行ITS(internal transcribed spacer)、RPB2(the second largest subunit of the nuclear RNA polymerase enzyme II)保守区段克隆测序和序列同源性比对。将从GenBank中获得的部分红菇属物种ITS和RPB2序列与正红菇序列通过最大简约法进行系统发育分析。基于ITS序列构建的系统发育树表明,福建正红菇与云南大红菌Russula griseocarnosa X.H.Wang,Zhu L.Yang&Knudsen,sp.nov.间序列差异较小,亲缘关系较近,以99%的支持率聚为一簇。福建正红菇与欧洲红菇Russula vinosa及玫瑰红菇Russula rosea间序列差异较大,亲缘关系较远,在系统发育树上聚为不同分枝。基于RPB2序列构建的系统发育树也表明福建正红菇与云南大红菌聚为一簇(支持率94%),而与玫瑰红菇聚为不同分支。     

基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

基于ITS2条形码的人参属物种鉴定研究

人参属植物种类繁多,多数具有重要的生物学及药用价值。采用植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段鉴定人参属药用植物。结果表明,ITS2基因区通用性强,序列在人参属物种间差异较大,属内变异位点为41个,保守位点189个,种内遗传距离为0~0.004,种间遗传距离为0.006~0.098,平均遗传距离为0.044。基于K2P模型构建的系统发育树(NJ树)显示,同一物种均聚为一类。因此,ITS2作为DNA条形码能够有效地区别人参属物种,为人参属药材及其伪混品的鉴定提供基础。     

西藏3种疯草中合成苦马豆素内生真菌的鉴定

 【目的】从西藏毛瓣棘豆、冰川棘豆、茎直黄芪中分离内生真菌。【方法】应用薄层色谱法、气相色谱、气相色谱-质谱联用法检测内生真菌中的苦马豆素（swainsonine,SW）,筛选可生成SW的内生真菌;应用聚合酶链反应对真菌的ITS序列和IGS序列进行扩增,并根据ITS序列信息构建系统发育树,确定其种属分类;对IGS序列进行限制性酶切,并分析酶切产物。【结果】从3种疯草中分离到可以产生SW的4株内生真菌,各菌的形态、ITS序列的同源性与埃里格孢属真菌较为接近,系统发育分析表明4株真菌均为棘豆埃里格孢菌。ITS序列和IGS序列的限制性片段的分析表明,4株真菌遗传距离较近,但仍存在种间变异,可能为棘豆埃里格孢菌的不同亚种。【结论】本研究结果为探讨内生真菌合成SW机理研究奠定了基础,为动物疯草中毒病的防除和疯草资源的合理利用提供了新思路。     

核rDNA ITS分子标记在兰科植物研究中的应用

在植物基因组中核rDNA是高度重复的串联序列,其中18S rDNA与5.8S、26S rDNA共同构成一个转录单位。ITS(基因内转录间隔区)分布在18S-5.8S-26S区域,该区域包括3个部分:ITS1和ITS2以及位于它们之间高度保守的5.8S rDNA外显子区。兰科(Or-chidaceae)是单子叶植物中的第一大科,进化程度较高。文中介绍了ITS序列的结构特点,重点对ITS序列在兰科植物近缘种亲缘关系鉴定、系统进化及分子系统地理学研究中的应用及前景进行了综述。     

利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系(英文)

[目的]利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系。[方法]以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae(Adens)Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。[结果]锦鸡儿植物ITS序列长度在611-614bp之间,与外类群排序后长度为655bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish.exDC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacanthoides的种在MP和ME进化树中位置分散,其组的分类有待进一步研究。卷叶锦鸡儿(C.ordosica,新种)虽然形态上与垫状锦鸡儿(C.tibetica)相似,但它与荒漠锦鸡儿(C.roborovskyi)遗传学关系紧密;C.davazamcii是一个独立的种。[结论]ITS序列在锦鸡儿属内及属间的系统学研究中具有重要的参考价值。     

锦香草及其近缘种的亲缘关系ITS序列分析

为厘清锦香草及其近缘种的亲缘关系,为其杂交育种提供数据基础,收集我国锦香草及其近缘种短毛熊巴掌与长柄熊巴掌等样品46份,对供试样品核糖体基因(nrDNA)的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行分析,并构建系统进化树,对其系统发育关系进行研究。结果表明:供试材料的ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为246、230、160~161 bp;ITS1与ITS2序列存在变异位点426个,信息位点232个;5.8S序列存在202个变异位点,信息位点84个。根据ITS序列构建进化树:供试材料可分为2支,锦香草与短毛熊巴掌在进化树中聚为一支,分支内部互相嵌入;长柄熊巴掌单独聚成一支。以上结果显示,锦香草、短毛熊巴掌亲缘关系较近,它们与长柄熊巴掌亲缘关系较远,该结果支持《Flora of China》将短毛熊巴掌处理为锦香草的异名,长柄熊巴掌为独立种。     

传统中药材麦冬的DNA条形码鉴定

该文分析了DNA条形码序列(ITS、psb A-trnH、matK、rbcL和trn L-F)对采自10个不同产区的麦冬进行PCR扩增及测序。结果表明,ITS序列变异位点为11 bp且较稳定。叶绿体序列的变异位点较低。本研究构建了ITS及联合叶绿体片段与ITS的系统发育树,4个叶绿体片段各自构建的系统发育树结果不理想,以ITS构建的系统发育树为主。广西桂林、贵州贵定与浙江余杭聚为一支;四川什都、四川珙县与广东肇庆聚为一支;云南麻栗坡与云南石林聚为一支;江西庐山与湖南桑植聚为另一分支,位于发育树基部;以上分支均得到G+C含量和遗传距离的支持,种内具有较近的亲缘关系。ITS序列具有稳定的变异位点和鉴定位点,能够准确的鉴定不同产地的麦冬,基于ITS构建的系统发育树能够较好的区分其亲缘关系。     

甘蔗近缘属种23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列分析

【目的】探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100%,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出一定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。     

基于nrDNA ITS序列东北地区丁香属植物的系统发育关系

通过nrDNA ITS测序分析,对东北地区的丁香属内11个种的系统发育关系进行了初步的研究。依据ITS序列中的信息位点,应用系统发育分析软件MEGA2.1构建的分子系统树,在一定程度上支持了传统的依形态特征进行的分类。但该系统树对于属下各分支间的关系作出了与传统的形态分类方法不同的推断:与在形态分类中不同,短花冠亚属(Ligustrina)并未与其余种构成姐妹群关系,而是和巧玲花系(Pubescentes)关系最近,二者组成的分支与欧丁香系(Vulgares)形成姐妹群关系;顶生花序系(Villosae)是系统树中的基部分支。     

Elymus wawawaiensis编码乙酰辅酶A羧化酶Acc-1基因序列的分析及系统学意义

质体乙酰辅酶A羧化酶(ACCase)催化长链脂肪酸的合成。编码小麦质体ACCase的基因(Acc-1)已用于一年生小麦的系统与进化研究,但还未有多年生物种相应的研究报道。本研究发现,Elymus wawawaiensis的Acc-1基因第8外显子和第7内含子与其他已知该序列相比除核苷酸替代外,多了176个碱基,从而与现有已知的一年生小麦相应序列有显著差异。在NCBI中对该序列和已报道的Acc-1基因相应序列blast比对后,结果表明与Hordeum vulgare Acc-1具有87.15%的最高相似性。以Panicum virgatum、Zea mays和Lolim rigidum为外类群,最大简约法(MP)和邻接法(NJ)对该基因和已报道的Acc-1基因分别构建系统进化树,其中E.wawawaiensis和H.vulgare形成一个分支,自展支持率100%。研究同时表明该基因在小麦族多年生物种系统与进化研究中有重要的应用前景。     

葛拟锈病菌rDNA-ITS的序列分析

分别从罹拟锈病的野葛Pueraria lobata(Willd.)Ohwi、粉葛P.thomsonii Benth.和山葛P.montana(Lour.)Merr.获得病原物拟锈病菌(集壶菌)Synchytrium sp.的孢子囊堆,用其作材料进行了不同DNA提取方法的效果比较,同时对来自以上3种不同植物菌株的核糖体DNA(rDNA)-ITS进行了克隆和序列分析.结果表明:改良的氯化苄法提取基因组DNA的效率最高,但单孢子囊直接进行PCR扩增也可以满足ITS的克隆和分析;来源于野葛和粉葛菌株的ITS1-5.8S-ITS2分别为856 bp和907 bp,两者同源性为92%;而山葛菌株的ITS1-5.8S-ITS2为1 148 bp,与野葛和粉葛菌株的同源性分别为54%和55%.由此推断,粉葛与野葛上的菌株可能为相同种的不同变种,而山葛上的菌株为另一个种;或者3种植物上的菌株分别为3个不同的集壶菌种.     

Phylogenetic Relationships of Sorghum and Related Species Inferred from Sequence Analysis of the nrDNA ITS Region

Analysis of phylogenetic and evolution in six species of Sorghum was based on internal transcribed spacer （ITS） sequences in nuclear ribosomal DNA. Results showed that the length of the ITS regions among the six species ranged from 588 to 589 bp and the contents of G＋C in ITS （ITS1 ＋5.8S＋ITS2） regions ranged from 60.27 to 61.05%; the length of ITS1 ranged from 207 to 208 bp and the contents of G ＋ C in the ITS 1 regions ranged from 53.91 to 61.54%. The length of the 5.8S rDNA and ITS2 regions in the six species was 164 and 217 bp respectively, and the contents of G ＋ C ranged from 56.10 to 58.54% in the 5.8S rDNA region and 66.36 to 67,28% in the ITS2 region. Among regions of ITS, ITS1, ITS2, and 5.8S, the best sequence for genetic relationship analysis in the six species was the ITS region. On the basis of the Jaccard coefficient and phylogentic tree, S. sp. was more related to S, propinguum than to other species. This was consistent with the fact that S. sp. is derived from S. propinguum. From the phylogenetic tree based on ITS1, S. halepense, silk sorghum and S. sudanense, are identical in the ITS 1 sequence, whereas the phylogenetic tree based one shows that S. sudanense has a closer genetic association with S. almum rather than with S. halepense and silk sorghum.