甜橙核糖体DNAITS序列分析

以18个甜橙品种为材料,采用克隆测序法对其核糖体 DNAITS进行序列测定,并用 DNAStar软件进行序列分析.结果显示,甜橙ITS序列的长度为693~694bp,其中ITS1长272bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为257~258bp.甜橙品种间ITS序列的相似性较高,相似率为97.7%~100%.同时发现18个甜橙品种ITS序列中存在20个碱基变异位点,其中ITS1和ITS2序列中各含10个,而5.8S序列中没有碱基变异.根据这些碱基变异位点可鉴别出供试材料中的12个甜橙品种.     

基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

基于ITS条形码的云南丹参及其近缘种鉴定研究

选取来自8个产地的材料,进行DNA提取、PCR扩增、测序。通过ITS条形码及其二级结构对云南丹参和正品药用丹参进行鉴定和聚类分析。采用DNAMAN 8.0进行碱基统计和序列比对;应用软件MEGA 6.0构建NJ系统进化树;并应用软件RNAstruct 6.0对各样品序列的ITS1和ITS2进行二级结构预测。结果表明:云南丹参和正品药用丹参ITS序列之间存在明显的差异,在NJ系统树上分为两支,其中5.8S r DNA序列基本一致,表现出高度的保守性。2级结构预测结果显示ITS1和ITS2区表现出了较大的种间差异。因此ITS序列可以作为云南丹参、正品药用丹参及其他近缘种的鉴别方法。     

传统中药材麦冬的DNA条形码鉴定

该文分析了DNA条形码序列(ITS、psb A-trnH、matK、rbcL和trn L-F)对采自10个不同产区的麦冬进行PCR扩增及测序。结果表明,ITS序列变异位点为11 bp且较稳定。叶绿体序列的变异位点较低。本研究构建了ITS及联合叶绿体片段与ITS的系统发育树,4个叶绿体片段各自构建的系统发育树结果不理想,以ITS构建的系统发育树为主。广西桂林、贵州贵定与浙江余杭聚为一支;四川什都、四川珙县与广东肇庆聚为一支;云南麻栗坡与云南石林聚为一支;江西庐山与湖南桑植聚为另一分支,位于发育树基部;以上分支均得到G+C含量和遗传距离的支持,种内具有较近的亲缘关系。ITS序列具有稳定的变异位点和鉴定位点,能够准确的鉴定不同产地的麦冬,基于ITS构建的系统发育树能够较好的区分其亲缘关系。     

药用石斛rDNA ITS序列分析

为准确进行药用石斛资源鉴定,阐明属内的种间关系,以32个药用石斛样品基因组DNA为模板,采用rDNA ITSPCR扩增、测序、分子遗传进化分析等方法,研究了供试药用石斛间的遗传多样性.结果表明:32个石斛样品的ITS序列(只包含ITS1、5.8S rDNA ITS和ITS2)长度变化范围在632～645 bp之间,ITS1长度为225～234 bp,GC含量为43.8％～53.1％,变异位点198个、占总位点81.48％,简约信息位点138个、占总位点56.79％;ITS2长度为240～247 bp,GC量为47.0％～55.9％,变异位点183个、占总位点72.90％,简约信息位点123个、占总位点49.00％.建立了28种药用石斛(共32份)rDNA ITS区碱基全序列数据库,为石斛的分子鉴定提供了依据.     

基于ITS序列分析探讨大兴安岭地区野生黑木耳菌株的遗传多样性

通过ITS序列对大兴安岭地区采集的14株野生黑木耳菌株和6株对照栽培种黑木耳菌株进行亲缘关系分析,以揭示不同菌株之间的遗传关系。利用软件Clustal X 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析。结果表明:①黑木耳ITS区(ITS1+5.8S+ITS2)信息位点比例达到52.1%,遗传位点丰富,证明ITS序列可以为黑木耳菌株的亲缘关系问题提供较强的证据。②在MP系统树中,黑木耳菌株明显聚为2类,聚类结果表明黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。     

胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

无籽刺梨及其近缘种ITS序列分析

为探讨无籽刺梨及其近缘种的关系,对采自贵州兴仁的无籽刺梨(Rosa sterilis S.D.Shi)、贵州安顺的光枝无籽刺梨(Rosa sterilis S.D.Shi var.leioclada M.T.An,Y.Z.Cheng et M.Zhong)及采自贵州遵义、兴仁的缫丝花(Rosa roxburghii Tratt.)以及从美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上下载的长尖叶蔷薇(Rosa longicuspis Bertal.)进行内转录间隔区(ITS)序列分析。利用MEGA6.0软件对ITS序列进行分析,ITS序列总长为629 bp,其中ITS1序列长度为253 bp,5.8S长度为164 bp,ITS2长度为212 bp;对无籽刺梨、缫丝花、长尖叶蔷薇进行组合分析,组合1(无籽刺梨、长尖叶蔷薇、兴仁缫丝花)和组合2(无籽刺梨、长尖叶蔷薇、遵义缫丝花)中整个ITS序列共有26个变异位点,占序列总长度的4.10%,组合3(光枝无籽刺梨、长尖叶蔷薇、兴仁缫丝花)、组合4(光枝无籽刺梨、长尖叶蔷薇、遵义缫丝花)中共有30个变异位点,占序列总长度的4.76%。4个组合中ITS1变异位点数都为7个,占ITS1序列长度的2.76%,占序列总长度的1.11%;5.8S序列均没有变异位点;组合1、2中ITS2的变异位点数为19个,占ITS2序列长度的8.96%,占序列总长度的3.02%;组合3、4中ITS2的变异位点数为23个,占ITS2序列长度的10.8%,占ITS序列总长度的3.65%。4个组合中无籽刺梨与光枝无籽刺梨都含有2种碱基叠加的变异位点,叠加的2种碱基中1个来自长尖叶蔷薇,1个来自缫丝花,无籽刺梨同时具有缫丝花、长尖叶蔷薇的2种ITS序列。通过最大简约法(MP)进行聚类分析,结果显示,无籽刺梨与长尖叶蔷薇聚为1支,通过形态学比较发现,无籽刺梨与贵州缫丝花、缫丝花较为接近。研究结果为进一步探讨无籽刺梨的物种起源提供了一定的理论基础。     

基于nrDNA ITS对23种兜兰属植物的分子系统学分析

采用PCR直接测序法,测定23种兜兰属植物的内部转录间隔区(ITS)序列,并结合GenBank中所查到的德氏兜兰(AJ564372)、波瓣兜兰(AY530916)及麻栗坡兜兰(AJ564357)的核糖体DNA(nrDNA)ITS区序列进行比对,确定23种兜兰的ITS1、5.8S及ITS2的界限。结果表明:23种兜兰植物的nrDNA ITS序列长度为717～787 bp;G+C含量为48.6%～51.5%,其中ITS1和ITS2长度分别为393～451 bp及155～180 bp,包括211个变异位点;109个信息位点。基于贝叶斯法和最大简约法构建系统聚类树,结果表明,2种方法构建的树基本一致,整个树分为2个分支3个亚组,表明基于nrDNA ITS序列能够鉴定分析兜兰属植物种间的亲缘关系。     

不同产地川芎种质与藁本、辽藁本的ITS2序列分析

对6省9个不同地区川芎种质、藁本及辽藁本样品的ITS2序列进行分析,并采用NJ法构建分子系统树。结果显示:9个川芎种质、藁本与辽藁本的ITS2序列共有220个保守位点和8个变异位点,其中信息位点4个,单一变异位点4个。藁本、辽藁本与川芎间GC含量相近,变异位点相似,平均K2P遗传距离分别为0.008,0.011,小于川芎种内遗传距离0.013。NJ进化树分析显示,各地川芎种质、藁本、辽藁本间有着极为亲密的亲缘关系。结合前人本草考证的结果,对川芎的起源、川芎种质间的亲缘关系进行了讨论,首次提出辽藁本也可能是非主栽川芎种质野生种源的观点。     

绿僵菌ACCC30104菌株的分子鉴定

通过测定原定名为金龟子绿僵菌小孢变种的ACCC30104菌株的ITS1-5.8S-ITS2 rDNA区域序列,为该菌株正确归属提供了重要的分子依据.依据形态学和分子生物学的证据可将该菌株重新鉴定为金龟子绿僵菌鳞鳃金龟变种.     

基于nrDNA ITS序列东北地区丁香属植物的系统发育关系

通过nrDNA ITS测序分析,对东北地区的丁香属内11个种的系统发育关系进行了初步的研究。依据ITS序列中的信息位点,应用系统发育分析软件MEGA2.1构建的分子系统树,在一定程度上支持了传统的依形态特征进行的分类。但该系统树对于属下各分支间的关系作出了与传统的形态分类方法不同的推断:与在形态分类中不同,短花冠亚属(Ligustrina)并未与其余种构成姐妹群关系,而是和巧玲花系(Pubescentes)关系最近,二者组成的分支与欧丁香系(Vulgares)形成姐妹群关系;顶生花序系(Villosae)是系统树中的基部分支。     

利用ITS序列探讨谷精草属5个种的系统发育

以谷精草属(Eriocaulon)的尼泊尔谷精草（Eriocaulon nepalense）、白药谷精草（E. cinereum）、高山谷精草（E. alperstre）、华南谷精草（E. sexangulare）、南亚谷精草（E. oryzetorum）等5个种为研究对象，通过PCR扩增技术获得了谷精草属5个种的内转录间隔区序列，并对ITS序列进行分析. 结果发现，供试谷精草属植物的ITS区长度并不完全一致，其ITS1的长度范围为171～306 bp，G+C含量为38.24%～55.04%；ITS2的长度范围为184～288 bp，G+C含量为 36.46%～57.02%. 在此基础上，采用Clustal W version 1.7对所得的ITS序列进行排序与分析，以灯心草属（Juncus）的一个种J. dregeanus为外类群，并使用PAUP 4.0 10 b软件采用最大简约法分析获得最简约的系统发育树. 结果表明，在检测的ITS序列的738个位点中稳定位点174个、变异位点564个 (包括276个信息位点). 另外，从发育树上平行分出两个大的总分支，其中E. nepalense、E. oryzetorum、E. alpestre和E. cinereum（云南宣威）为一支；E. sexangulare为一支. 上述二个分支与外类群聚在一起，bootstrap值为100％.      

利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系(英文)

[目的]利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系。[方法]以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae(Adens)Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。[结果]锦鸡儿植物ITS序列长度在611-614bp之间,与外类群排序后长度为655bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish.exDC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacanthoides的种在MP和ME进化树中位置分散,其组的分类有待进一步研究。卷叶锦鸡儿(C.ordosica,新种)虽然形态上与垫状锦鸡儿(C.tibetica)相似,但它与荒漠锦鸡儿(C.roborovskyi)遗传学关系紧密;C.davazamcii是一个独立的种。[结论]ITS序列在锦鸡儿属内及属间的系统学研究中具有重要的参考价值。     

辣椒细菌性果实条斑病病原鉴定

【目的】研究鉴定2018年在新疆巴音郭楞蒙古自治州和硕县辣椒种植区内新发现一种辣椒细菌性果实条斑病病原,为该病田间病害规律研究和病害防治提供依据。【方法】采用组织分离法、柯赫氏法则回接证病、形态学观察、生理生化特性测定、16S rDNA分子鉴定等方法,鉴定该病病原菌,运用针刺接种法对辣椒果面进行致病性回接测定。【结果】从田间采集的发病辣椒果面上分离、纯化共获得30个单菌落;获得了4个致病性强的菌株,4个菌株形态特征及生理生化测定结果一致。4个致病菌株均与已报道的阿根廷假单胞菌Pseudomonas argentinensis聚在一个进化发育分支中,并且与模式菌株P. argentinensis CH01T (登录号:AY691188)的相似性达到99.2%。【结论】新疆和硕县辣椒细菌性果实条斑病的病原菌鉴定为P. argentinensis。     

周口地区番茄白粉菌的鉴定

[目的]鉴定周口地区番茄白粉菌的形态学及分子生物学.[方法]通过显微学对周口地区的番茄白粉病菌分生孢子及孢子梗的形态、大小进行观察对比,并分析了核糖体DNA转录间隔区（ITS）和进化树.[结果]在扫描电子显微镜下病菌分生孢子呈圆柱形或椭圆形,无支链;目的序列同来自日本番茄上的O.neolycopersici（AB094991）和来自美国番茄上的O.neolycopersici（AB163915）同源性最高聚为一支,与来自韩国绣球花上的O.hortensiae（JQ669944）等由于寄主植物不同而另聚为一条分支.[结论]不同物种的白粉菌间的遗传距离较远,来自周口地区的番茄白粉菌为O.neolycopersici.     

斑石鲷卵鞭虫病病原的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对严重危害斑石鲷鱼苗的卵鞭虫病病原——渤海分离株(Bohai-1407 isolate)进行分子生物学鉴定和系统发育分析。[方法]设计4对特异性引物,应用PCR方法克隆并测定渤海分离株的核糖体DNA(rDNA)序列;应用Blast比对分析渤海分离株rDNA的结构;依据rDNA序列,分别构建10种胚沟科鞭毛虫和19株眼点淀粉卵涡鞭虫分离株/克隆的系统发育树,分析渤海分离株的系统分类地位。[结果]扩增出了渤海分离株的4个DNA片段,拼接出长度为6 530 bp的r DNA操纵子序列;该操纵子由74 bp的部分外转录间隔区(ETS)、1 813 bp的小亚基(SSU)、352 bp的内转录间隔区1(ITS1)、159 bp的5.8S、698 bp的内转录间隔区2(ITS2)和3 388 bp的大亚基(LSU)串联而成,3'端还有46 bp的部分非转录间隔区(NTS);渤海分离株与眼点淀粉卵涡鞭虫宁德株(Ningde1412)的rDNA序列相似性高达99.5%;依据SSU序列建立了包含10种胚沟科鞭毛虫的系统发育树,渤海分离株与世界各地分离到的眼点淀粉卵涡鞭虫聚类在一起,将其鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫;依据ITS1和ITS2序列建立了包含19株眼点淀粉卵涡鞭虫的2个系统发育树,渤海分离株与从美国弗罗里达盐水池塘中分离到的墨西哥湾分离株FL_21(DQ490260.1)总是聚类在一起。[结论]斑石鲷卵鞭虫病的病原——渤海分离株可以鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫,该分离株与墨西哥湾分离株FL_21的亲缘关系最近。     

一株分离自水稻种子的真菌的鉴定及系统进化分析

真菌病害是制约水稻高产稳产的重要障碍因素之一。为了研究水稻种子中真菌发生情况,对分离自水稻种子中的一株真菌进行系统发育分析及功能评价。在形态学鉴定基础上,以通用引物ITS1/ITS4对目标真菌序列进行PCR扩增、序列对比分析、邻接法(NJ)构建系统发育树。通过菌落培养特征、孢子形态特征观察,分离菌株S-51的形态特征与文献中雪霉叶枯病菌(Microdochium nivale)的描述极为相似;序列比对结果表明,目标真菌与雪霉叶枯病菌(M. nivale)相近,相似率为100%;系统发育树显示,其与雪霉叶枯病菌株在同一条分支上,雪霉叶枯病菌M. nivale和M. musae的亲缘关系最近。利用ITS片段开展的序列分析和系统进化树构建,结合形态特征,能够确定分离自水稻种子中的S-51菌株为雪霉叶枯病菌(M. nivale)。     

ITS2序列作为DNA条形码在苍耳属中的应用

[目的]苍耳(属)(非中国种)植物为检疫性有害生物,该试验尝试以ITS2序列作为DNA条形码对从国外截获的7种苍耳属植物进行物种区分鉴定研究。[方法]试验应用通用引物对其ITS2基因进行扩增,测序得到7种苍耳属植物的ITS2序列,利用MEGA 5.1软件得到的ITS2序列进行比对和分析,并构建系统树。[结果]共发现变异位点242个,其中单突变位点12个。[结论]ITS2序列能从基因位点层面对苍耳属植物进行区分鉴定。