油茶叶枯病原的形态及ITS序列分析鉴定

对一株引起油茶落叶的叶枯病菌进行分离鉴定,为防治该病菌奠定基础。从油茶叶枯病斑中分离得到一株优势菌,通过对其形态特征的观察及rDNA的转录间隔区(ITS)序列测定,并与Genbank中同源性较高的菌株构建系统发育树,最后确定该菌株为拟盘多毛孢属菌,且与小孢拟盘多毛孢菌亲缘关系最近。     

10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析

[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。     

暗紫红毛菜ITS序列的测定与分析

[目的]对暗紫红毛菜rDNA内转录间隔区（ITS区）进行序列测定,为其系统发育研究提供新资料。[方法]以产于山西娘子关泉的一株暗紫红毛菜为材料,提取DNA,设计引物,进行PCR扩增,进而测定其ITS区基因序列。[结果]暗紫红毛菜与同科的少精紫菜ITS区同源性为75%,与条斑紫菜ITS区同源性为79%。[结论]ITS区序列进化速率相对较快,种类和地理分布的差异是其序列差异产生的原因。     

三疣梭子蟹感染血卵涡鞭虫PCR检测方法的建立

血卵涡鞭虫病是近年来三疣梭子蟹养殖过程中发生的一种危害较大的流行性疾病,患病蟹的体液和肌肉组织中有大量的血卵涡鞭虫寄生.该病多发生于每年9～11月份的夏秋季节,会在短时间内出现死亡高峰.因该病流行范围广、死亡率高、危害严重,对三疣梭子蟹养殖业发展影响很大.本文根据GenBank中登陆的血卵涡鞭虫18S rDNA和ITS1基因序列设计了1对特异性引物,建立了血卵涡鞭虫病的PCR检测方法,从感染血卵涡鞭虫的三疣梭子蟹组织DNA中扩增出产物大小为585 bp的DNA片段.本方法可快速、特异地检测出三疣梭子蟹感染和携带血卵涡鞭虫的状况,为三疣梭子蟹的健康养殖和血卵涡鞭虫病的流行病学调查提供了快速、简便的手段.     

黄鳝胃瘤线虫ITS及5.8SrDNA的克隆及序列分析

为了解渝西地区黄鳝胃瘤线虫的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA 序列的遗传变异情况,本研究利 用PCR扩增胃瘤线虫rDNA的片段,将目的片段克隆至pMDTM19-T Vector载体,对阳性克隆进行测序,序列用 BLAST和MEGA4.0进行相似性和种系发育分析.结果表明6株胃瘤线虫分离株扩增的序列总长存在差异(890~ 892bp),其中ITS-1序列长度为350~351bp、5.8S序列长度为102~103bp及ITS-2序列长度为343bp.渝西地 区胃瘤线虫ITS序列与不同宿主胃瘤线虫的相似性最高为98.3%,表明ITS可作为分子标记用于胃瘤线虫与其他 线虫的种间鉴定.     

侧耳属蕈菌的分子系统发育研究

侧耳属蕈菌是具有重要经济价值的食用大型真菌。侧耳属种类繁多,系统发育关系一直不甚明确,给科学研究和学术交流带来困难。可用于侧耳属蕈菌分子系统发育研究的基因片段很多,核糖体DNA(rDNA)的部分序列已成为国际公认的较为理想的系统发育标记。rDNA的内转录间隔区(Internal transcribed spacers,ITS)、大亚基(Large subunite rDNA,LSU rDNA)片段(即28S rDNA)等是在侧耳分子系统发育与分类研究中采用较多的序列,为侧耳属系统发育研究提供了可靠的标记手段。更深入的分子系统发育研究将为侧耳的分类工作奠定坚实的基础。     

一种马勃属野生真菌分离鉴定及生物学特性研究

采用形态鉴定与ITS分子序列鉴定相结合的方法,对采集的一株马勃属野生真菌进行鉴定,并对该菌种菌丝生物学特性进行研究.结果表明,初步通过形态鉴定法鉴定为梨形马勃,后进一步用ITS分子序列鉴定法鉴定,分离株rDNA ITS片段长度为697 bp,测序结果登录NCBI与GenBank中已知菌种进行BLAST比对,采用MEGA 2.0软件构建系统发育树,鉴定分离菌种为网纹马勃,结合形态特征,最终鉴定该菌种为网纹马勃(Lycoperdon perlatum).生物学特性研究结果表明,可溶性淀粉为该菌丝生长的最适碳源,硝酸铵为最适氮源,7.0为最适pH,菌丝最适温度为25℃.     

进境黄盖鲽鱼寄生的异尖科线虫rDNA-ITS序列的PCR扩增及分析

以俄罗斯进境的冻黄盖鲽鱼体内分离出的异尖科线虫为研究对象,采用寄生虫通用引物NC5和NC2 PCR扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列,并进行克隆,转化、测序和序列分析,对样品进行分子鉴定。结果表明,扩增的异尖科线虫样品的ITS序列片段大小为1 034 bp。包含部分的18S、28S及全部的ITS1(431 bp)、5.8S(157 bp)和ITS2(349 bp)序列,ITS1和ITS2序列与GenBank已登记的Hysterothylacium aduncum同源性均在99.5%以上,与其他科线虫的相似性较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从黄盖鲽鱼中分离到的线虫ITS1和ITS2均与H.aduncum处于同一分支。研究结果为异尖科线虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

濒危药用植物盘龙参rDNA ITS序列分析

采用改良CTAB法提取2份江西省盘龙参总DNA,利用通用引物对rDNA ITS序列进行PCR扩增,克隆后测序,应用MEGA 5.2软件进行序列分析和构建系统发育树,以研究盘龙参ITS片段遗传多样性,分析该片段在盘龙参DNA分子鉴别和绶草属植物系统学研究中的意义。结果表明,盘龙参样本的rDNA ITS长度为766~767 bp;该样本与GenBank中绶草属的rDNA ITS对比分析,ITS1、ITS2长度分别为214~245、256~367 bp,变异位点分别为16.17%、3.50%,ITS总变异位点为9.27%;基于ITS序列,用p-distances法计算遗传距离和NJ法建立系统发育树,2段序列在绶草属种内保守,中间有较大变异,可作为盘龙参分子鉴定标记,而绶草属的系统发生关系尚须进一步研究。     

油茶根腐病病原菌分子鉴定及其生物学特性研究

从油茶腐根中分离得到病原菌,通过对其形态特征的观察及该菌rDNA转录间隔区（ITS）序列的测定,与Genbank中经Blastn搜索获得的部分菌株构建分子系统发育树．基于形态特征和分子系统发育树,确定引起油茶根腐病的病原菌为镰刀属李瑟组层生镰刀菌（Fusarium proliferatum）．还对该菌的生物学特性进行了研究,发现其最适生长温度为25℃,最适pH值是6．0～7．0,最适碳源为可溶性淀粉,最适氮源为NH4Cl．     

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析

1材料与方法 1．1菌株来源菌株来源见表1。 1．2菌丝体培养将链格孢菌株接种到PDA培养基上,25℃恒温、倒置培养7d左右,用灭菌的刀片将菌丝从培养基上刮下,以备DNA提取用。     

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析(英文)

[Objective] The study aimed to identify Alternaria Nees. from some areas of China at molecular level by analyzing the rDNA ITS sequence.[Method] The DNA sequences coding for the 5.8S rDNA and the flanking internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) were amplified by PCR with universal primers ITS4 and ITS5 and subsequently sequenced for 34 Alternaria isolates from different areas of China.[Result] Sequences analysis showed that 5.8S rDNA was 159 bp and no variation in tested 34 isolates. There had variables sites in ITS. The isolates that had same sequences as A.tenuissima or A.alternata all put up eurytopicity to area and host. The variables sites of the isolates showed the diversity of Alternaria in the hosts of Oleaceae, Rosaceae and Solanaceae. At the same time that ITS could not clearly separated the isolates was indicated. The results indicated that the phylogenetic relationship were not closely related to the geographical origin and hosts of these isolates.[Conclusion] The sequence analysis of ITS region could provide theory basis for the identification of Alternaria Nees..     

我国部分区域链格孢属 rDNA ITS区序列分析

[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属（AlternariaNees）34个菌株进行ITS基因（ITS1-5.8S-ITS2）的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明：5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。     

不同来源辣椒疫霉菌的系统发育分析

运用PCR直接测序法,对9个辣椒疫霉菌株和1个外类群大豆疫霉菌株的nrDNA的ITS区(包括ITS1、5.8SrDNA和ITS2)进行序列测定。结果表明,不同来源的辣椒疫霉菌的ITS序列总长度为750~753bp。采用PAUP软件进行系统发育分析表明:来自辣椒寄主和土壤的辣椒疫霉菌各自聚为一组,与其地理来源没有明显的相关性。     

基于分子分类学对菌株027的鉴定及系统发育分析

对1株实验室标号027、种名标为红肉拟层孔菌(Fomitopsis rosea)的菌株进行了分子鉴定和系统发育分析,分别以ITS序列与mt SSU rDNA部分序列为目标基因构建了系统发育树,并对相关菌株的ITS-1区与ITS-2区进行了二级结构预测。结果表明,两个系统树均显示菌株027可以与Fomitopsis rosea明显分开而与肉色迷孔菌(Daedalea dickinsii)紧密相连,对ITS-1及ITS-2区的二级结构分析显示菌株027与Daedalea dickinsii的二级结构构型基本相同而能与Fomitopsis rosea明显区分开来,依此为基础,认为菌株027实际上应是Daedaleadickinsii的1株菌株。进一步对Daedalea dickinsii进行系统发育分析认为,Daedalea dickinsii与栓菌属菌物的系统发育关系较远,因此,Daedalea dickinsii不属于栓菌属菌物。     

基于rDNA ITS序列和RAPD分子标记的桑黄菌遗传多样性分析

[目的]分析桑黄菌的遗传多样性。[方法]利用ITS序列分析和RAP／）分子标记技术对16株不同来源的桑黄菌株进行遗传多样性分析。[结果]16株桑黄菌株的ITSl_5．8s-ITS2序列长度在590～714bp,其中5．8S序列最为保守,均为160bp：ITSl长度为220～310bp,ITS2长度为210-245bp。基于ITS序列构建的系统进化树分析结果,同属不同种的桑黄菌株遗传距离较远,对相同种的杨树桑黄一瓦尼木层孔菌进行RAPD分子标记,表明10株瓦尼木层孔菌（Phellinusvaninii）遗传多态性丰富,10株杨树桑黄菌主要分布在我国东北三省的东部山区,区域相对集中,RAPD的聚类分析结果与地域分布差异关系不明显,没有表现出地域性的遗传多样性差异。[结论]试验研究了菌株的分类地位及系统发育进化关系,并首次在桑黄菌物资源库内积累到杨黄分类学地位和遗传多样性的基础信息,对掌握和积累区域桑黄菌物资源的基础信息,并对将来更好地开发利用这一珍稀菌物资源具有重要的学术价值和现实意义．     

贵州苗药头花蓼rDNA ITS序列分析

以改良CTAB法提取头花蓼的基因组DNA,采用通用引物对不同来源头花蓼的rDNA ITS 序列进行PCR 扩增,测序 和聚类分析。结果表明,不同来源头花蓼有13 处变异位点,序列长度变异范围为661-666 bp,序列差异主要集中在ITS1 区与ITS2区。rDNA ITS 序列可作为分子水平鉴定头花蓼的参考依据。     

海南黑山羊鞭虫rDNA-ITS片段的克隆及序列分析

采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

宁夏苦豆子中产苦参碱内生真菌的分离与鉴定

【目的】从宁夏野生苦豆子中分离内生真菌,筛选能够产生苦参碱、氧化苦参碱、氧化槐果碱或槐定碱4种喹诺里西啶类生物碱的内生真菌。【方法】应用光学显微镜和扫描电子显微镜对分离菌株显微形态进行观察,根据形态对各菌株进行初步分类;应用薄层色谱法、气相色谱-质谱联用法和酸性染料比色法检测各分离菌株的生物碱成分。对能够产生生物碱的真菌ITS和SSU rDNA序列进行扩增和测序,根据序列信息进行同源性比较和系统发育树构建;结合形态特征,对其进行种属分类。【结果】从苦豆子中共分离到27株真菌,其中23株分属于青霉属、曲霉属、链格孢属、镰刀菌属、Simplicillium属真菌,4株为不产孢菌;筛选出E1、E3和E5这3株能够产生苦参碱的内生真菌,均属于Simplicillium属真菌,其菌丝中苦参碱的含量分别为20.4、17.4和37.6 μg•g-1。【结论】根据真菌形态特征、同源性比较和遗传进化分析结果,确定该3株产苦参碱内生真菌均为Simplicillium lanosoniveum。     

Molecular Identification and Characterization of Cryptosporidium spp. from Mainland China

Three isolates of the genus Cryptosporidium, namely, Guangdong isolate, Anhui isolate and Jiangsu isolate from Mainland China, were identified and characterized genetically utilizing nuclear DNA regions of the small subunit of ribosomal RNA (SSU rRNA) and heat shock protein 70 gene (HSP70) as genetic markers. These two regions were amplified by PCR from DNA extracted from oocysts and amplicons of approximately 290 bp and 450 bp were produced, respectively. The amplicons were purified, cloned and sequenced. Sequences of 446 bp and 290-292 bp were obtained for the SSU rRNA and HSP70 regions, respectively. The obtained SSU rRNA and HSP70 sequences representing the three Cryptosporidium isolates were compared with those retrieved from the DNA database. Genetic analyses using either DNA region revealed that members of Cryptosporidium formed two clusters, with C. parvum, C. wariri, C. felis and C. meleagridis clustered together, while C. andersoni, C. muris and C. serpentis belong to the other cluster. Based on SSU rRNA and HSP70 sequences, both Guangdong and Anhui isolates of Cryptosporidium were identified as C. muris of the calf genotype (i.e., C. andersoni), whereas the Jiangsu isolate was identified as C. parvum of the calf genotype. The findings of the present study should have important implications for the diagnosis and control of Cryptosporidium infections in both humans and animals in China.