樱花基因组DNA提取及RAPD反应体系的优化

为确保樱花RAPD扩增结果的稳定性和重复性,对Mg2 、dNTP、引物、模板DNA浓度、Taq酶用量、退火温度,以及PCR循环次数等影响樱花RAPD结果的重要因素进行了初步探索。试验表明,樱花RAPD扩增最适反应体系为20μl反应液中:1×PCR buffer,2.5 mmol/L MgCl2,0.15 mmol/L dNTP,1 UTaq酶,0.2μmol/L 10bp随机引物,20~30 ng模板DNA。最佳扩增程序为:94℃预变性4 min,94℃变性30 s,38℃退火30 s,72℃延伸2 min,循环40次,最后72℃延伸10 min,12℃保存。     

长筒石蒜花被片DNA的提取及ISSR体系的建立

以长筒石蒜为例,探讨了花被片DNA的提取方法。并在此基础上,确立其ISSR反应程序及体系。反应程序为: 94℃预变性3min,进入38个PCR循环( 94℃变性30s, 58℃复性30s, 72℃延伸90s),最后于72℃延伸7min。扩增反应总体积为20μL: 1×Taq酶扩增缓冲液, 1. 5mmol/LMg2+, 200μmol/LdNTP, 0. 5μmol/L随机引物, 0. 5UTaq聚合酶,DNA模板10~30ng。     

披碱草属物种AFLP体系优化

试验对内切酶EcoRⅠ和MseⅠ的用量和酶切时间、预扩和选扩过程中模板稀释倍数以及扩增引物浓度分别进行了优化,并采用了Bassam法和Sanguinetti银染法进行了比较分析。结果表明:采用3UEcoRⅠ和MseⅠ这两种酶在37℃下酶切3 h,预扩模板稀释10倍和1.5 ng/μL引物进行预扩,选扩模板稀释20倍和2 ng/μL引物进行选扩,采用Bassam法进行银染,能够得到较好的试验结果,为AFLP进一步在披碱草属中的应用提供了参考。     

蓖麻RAPD-PCR反应体系的正交优化

以东北蓖麻为材料建立蓖麻RAPD反应优化体系,用于蓖麻遗传多样性分析.用CTAB提取蓖麻基因组DNA,采用正交试验对影响蓖麻RAPD-PCR扩增的反应组分浓度进行优化.结果表明最佳的蓖麻RAPD-PCR反应体系(25μ1)中含10xbuffer 2.5μ1,模板DNA 4ng/μ1,dNTP 0.4mmol/L,引物0.321μmol/L及Taq酶0.1U/μ1.扩增程序为94℃预变性2min;94℃变性30s,35℃退火30s,72℃延伸1min20s;40个循环;72℃延伸5min.通过正交体系优化,获得了较优的蓖麻凡RAPD-PCR反应体系,为蓖麻RAPD分子标记提供了理论基础.     

新疆野苹果SSR-PCR 反应体系的优化

以4个新疆野苹果株系为试材,利用CTAB法提取DNA,对影响SSR-PCR扩增结果的主要因子设计了多梯度的优化试验。结果表明:新疆野苹果SSR-PCR反应体系(25μL)中含Taq DNA聚合酶0.5 U、模板DNA 5.0 ng、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.2μmol/L、Mg2+1.0 mmol/L、退火温度为60℃时效果最佳。最佳扩增程序为:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,65℃退火1 min,72℃延伸1 min,4个循环;94℃变性30 s,60℃退火1 min,72℃延伸1 min,30个循环;72℃延伸5 min,4℃保存。利用此反应体系对30份新疆野苹果进行SSR-PCR扩增和电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,表明该体系适用于新疆野苹果的基因连锁图谱构建和QTL定位。     

花生SSR分子标记技术体系的建立和优化

本试验以8份花生种质资源为试材,摸索适宜的DNA提取方法,并通过大量文献的调研初步筛选出4套反应体系,并使用不同引物对其进行筛选,最终确立了适合花生SSR-PCR反应体系为10μL,其中各组分终浓度如下:25 ng DNA,1×buffer,0.15μmol/L引物,200μmol/L d NTP,0.5UTaq酶。最终确立的扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,55℃退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环,72℃延伸5 min。     

春兰ISSR-PCR反应体系的优化

以春兰为材料,对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如模板DNA、dNTPs、MgCl2、primer、TaqDNA聚合酶的浓度及引物退火温度、反应循环数进行了探讨,确立了适合春兰ISSR-PCR分析的最佳反应体系和PCR扩增参数:在15μL反应体系中含1×buffer,0.2 mmol/L dNTPs,2.0 mmol/L MgCl2,0.2μmol/L引物,0.3 UTaqDNA聚合酶,20 ng模板DNA。PCR扩增程序:94℃预变性2.5 min;94℃变性45 s,48~58℃退火(退火温度随引物不同而定)45 s,72℃延伸2 min,35个循环;72℃延伸5 min。     

山杏RAPD反应体系条件的优化

以山杏新鲜叶片为材料,研究了山杏RAPD分析过程中的影响因素,包括Taq酶、Mg2 、dNTP、引物、模板DNA浓度、变性时间、循环次数等,建立了适合山杏RAPD反应的PCR体系,即20μl反应体系中含有Taq酶1.0U、Mg2 2.0mM,四种dNTP各0.1mM,引物0.5μM,模板DNA50ng。扩增程序为:94℃预变性4mins;94℃变性1min,36℃退火1min,72℃延伸1.5mins,10个循环;94℃变性30s,36℃退火40s,72℃延伸60s,30个循环;最后72℃延伸5min。     

大蒜RAPD反应体系的建立及优化

该试验以弥渡紫皮大蒜叶片基因组DNA为试材,采用不同浓度MgCl2、引物、dNTP、TapDNA聚合酶对大蒜的RAPD体系进行单因素反应条件优化.结果表明,25μL总反应体积中,最佳浓度配比为模板DNA 40ng,MgCl2 2.0 mmol/L,引物12 pmol,dNTP 50μmol/L,Taq DNA聚合酶1 unit,10×反应缓冲液2.5μL.扩增程序为94℃变性3 min,94℃变性30 s,37℃退火30 s,72℃延伸1 min,共35个循环,72℃最终延伸10 min.     

龙眼ISSR反应体系的建立和优化

对影响龙眼ISSR-PCR扩增反应的各个参数进行优化,建立适合龙眼的ISSR反应体系:PCR反应体积为20μl,其中模板DNA 25ng,引物0.2μmol/L,dNTP 100μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5U,MgCl2 2.5mmol/L,10×PCR缓冲液2.0μl;扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性1min,退火温度1min,72℃延伸90s,40个循环;72℃延伸7min。     

兜兰属植物ISSR-PCR反应体系的优化

以兜兰为试材,用改进的CTAB法提取总DNA,采用正交试验设计,分析Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度和Taq DNA聚合酶用量对ISSR-PCR扩增的影响,并通过梯度PCR确定最佳退火温度,最终建立兜兰ISSR扩增反应体系。最佳反应体系为:25μL体系中,含10×PCR buffer 2.5μL、1.5mmol/L Mg2+、0.15mmol/L dNTP、0.6μmol/L引物、1.0 UTaq酶和40 ng模板DNA。反应程序为:94℃5 min,94℃30 s,56.2℃45 s,72℃1 min,共40个循环;72℃延伸7 min。     

枣树基因组DNA提取及其RAPD体系优化

以不同生长期的枣和酸枣为研究对象,采用CTAB法提取枣基因组DNA;通过单因素5水平试验,筛选模板、Mg2+、Taq酶、dNTPs和随机引物的浓度及其用量,建立了枣和酸枣RAPD技术最优体系,即25μl反应体系中各组分含量为10×Taq Buffer+KCl 2.5μl;Taq DNA聚合酶0.04 U/μl;MgCl22.0 mmol/L;模板DNA2 ng/μl;引物0.3μmol/L;dNTP为0.2 mmol/L。适宜的扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃循环变性50 s,36℃退火50 s,72℃延伸1.5 min,38个循环;72℃延伸10 min。     

小麦基因组SRAP扩增体系的初步研究

对影响SRAP扩增结果的各种因素包括DNA、引物、dNTPMixture、TaqDNA聚合酶的浓度及变性、复性、延伸的时间及温度进行了摸索。获得了能够稳定扩增小麦基因组的体系:20μL体系中DNA25ng,dNTP188mmol/L,TaqDNA聚合酶0 75U,引物25ng。扩增程序为:94℃1min,37℃1min,72℃10sec,5个循环;94℃1min,50℃1min,72℃10sec,35个循环;72℃1min。     

正交设计优化茄子SSR反应体系

以茄子基因组DNA为模板,利用正交设计方法对茄子SSR反应体系中的Mg^2＋、模板DNA、Taq聚合酶、dNTP、引物5个因素进行了优化,同时对反应程序中的退火温度及循环次数进行筛选。结果确定了茄子10μL体积SSR反应体系的最优条件为：Buffer为1μL,Mg^2＋为2．25mmol·L^-1,dNTP为400μmol·L^-1,上下游引物各为39.60ng,Taq聚合酶为0．75U,DNA约为100ng。PCR程序为94℃预变性2min：然后进行35个循环的94℃变性30s,52℃复性30s,72℃延伸45s;72℃延伸8min后4℃保存。     

葡萄基因组DNA的提取及RAPD条件优化

采用改良CTAB法提取葡萄属22种植物的基因组DNA,对其完整性进行了测定,通过单因素五水平试验,筛选模板、Mg2+、Taq酶、dNTPs和随机引物的浓度及其用量,建立了葡萄RAPD技术最优体系,即25 μL体积中模板DNA为40 ng·μL-1,MgCl２ 2.0 mmol·L-1,dNTP 0.8 mmol·L-1,Taq DNA 聚合酶1 U·μL-1,引物 0.8 μmol·L-1,建立了葡萄基因组DNA的RAPD 反应扩增程序,即94℃预变性4 min, 94℃循环变性 45 s,37℃退火 55 s,72℃ 延伸 80 s,40个循环,最后72℃ 延伸10 min。     

南瓜RAPD分析体系的优化*

 为确保南瓜RAPD反应结果的稳定性和重复性，对MgCl₂浓度、dNTPs浓度、Taq酶含量、引物浓度、模板DNA浓度、复性温度、PCR循环次数等影响南瓜RAPD结果的重要因素进行了初步研究。最终优化的南瓜 RAPD反应体系为25 μL反应液中：10×反应 buffer（100 mmol/L Tris-HCl,100 mmol/L KCl, 80 mmol/L (NH₄)₂SO₄ ,pH 9.0,NP-40）2.5 μL, 3 mmol/L MgCl₂，0.2 mmol/L dNTPs，Taq酶l.0 U,引物15 ng/μL ，DNA模板10 ng/μL 。本研究最终确立的PCR反应程序为: 94 ℃预变性5 min,然后按94 ℃变性30 s,37 ℃退火30 s,72 ℃延伸90 s，进行40个循环,最后72 ℃延伸5 min。在此条件下得到的RAPD图谱可为南瓜遗传多样性、分子标记及辅助育种等研究提供有效的手段。     

天麻PCR反应体系的建立

 通过对Mg²⁺,dNTP,随机引物、模板DNA,TaqDNA聚合酶浓度等反应参数的系统研究,建立了天麻RAPD分析体系。该体系反应总体积20 μL, 其中MgCl₂ 2.5 mmol/L, dNTP 0.25 mmol/L,模板20 ng,随机引物0.3 μmol/L,Taq酶1.5 U. 反应程序为94 ℃预变性5 min,94 ℃变性35 s,36 ℃退火35 s,72 ℃延伸1 min,40个循环,最后72 ℃延伸5 min. 结果表明该体系具有良好的稳定性和重复性,可应用于天麻的演化、系统分类、品种鉴定等研究。     

珙桐基因组DNA的提取及ISSR-PCR体系的优化

采用改良的CTAB法提取珙桐基因组DNA,并采用正交试验设计方法优化其ISSR-PCR反应体系。结果表明：改良CTAB法提取基因组DNA的质量符合ISSR-PCR扩增反应的要求。最佳反应体系为：20μL反应液中含有2.0μL10×buffer、2.75 mmol/L Mg^2＋、0.125 mmol/L dNTPs、0.7μmol/L引物、0.75 UTaq酶和40 ng模板;PCR反应参数为：94℃5 min;94℃30 s,53.2℃45 s,72℃1 min,共40个循环;72℃7 min。     

甜瓜SRAP-PCR程序和反应体系的优化

mmoL/L,primer 0.24 μmol/L,Taq polymerase 1.5 U.结果表明,该程序和体系能够较好的满足甜瓜基因组SRAP扩增的要求.     

土壤微生物总DNA的V_3可变区PCR反应体系优化

为了优化以土壤微生物DNA为模板的PCR反应条件,采用E.Z.N.A.soil DNA kit试剂盒提取土壤微生物总DNA,对16SrDNA V3可变区的PCR反应体系和反应条件进行优化。主要从DNA模板用量、引物浓度、退火温度、热启动方式4个方面进行筛选试验,最后得出最适宜的土壤DNA扩增体系为:10.5ng模板DNA、5μL 10×buffer、4μL 2.5mmol/L dNTP、10μmol/L引物各1.5μL,2.5UTaq酶,加无菌ddH2O补足至50μL;PCR循环程序为:94℃预变性5min;94℃变性1min,52℃退火1min,72℃延伸70s,29个循环;72℃延伸5min。试验结果表明:选择热启动方式和合适的退火温度是获得高质量PCR产物的关键。