柑橘溃疡病菌PCR快速检测技术研究初报

应用柑橘溃疡病菌独有的保守基因设计并合成了引物对,建立柑橘溃疡病菌PCR检测技术.PCR检测结果表明,来源于不同产地的病菌菌株均可扩增出靶标带,而水稻白叶枯病菌不能扩增出靶标带;2×10~2×105 个·ml-1的溃疡病病菌悬浮液也均可扩增出靶标带,说明该PCR技术具有很强的特异性和检测灵敏度.研究结果也表明,来源于福建、四川和安徽的柑橘溃疡病菌具有同源性.     

利用双重PCR技术检测柑橘溃疡病菌

建立了柑橘溃疡病菌的双重PCR检测方法.根据柑橘溃疡病菌的基因片段OPM-12SCAR fragment(AF312370),设计特异性PCR检测引物,并结合rpf基因设计的引物对柑橘溃疡病菌和其近缘菌株、植物原性细菌的DNA进行了双重PCR检测方法的研究.该方法特异性强,菌液浓度检测灵敏度达到102CFU/mL,能够满足快速、准确诊断柑橘溃疡病菌的要求.     

以cytC基因为靶标的LAMP快速检测番茄溃疡病菌方法的建立

以番茄细菌性溃疡病病菌的特异性基因cytC为检测靶标,以番茄溃疡病病菌等8种病原细菌为供试菌株.根据检测靶标设计环介导等温扩增(LAMP)引物并进行特异性和灵敏度检测.结果显示,引物cytC-170能特异性检测出番茄溃疡病病菌,检测灵敏度高达5×105 copy/μL,环引物的加成将试验进程缩短为33.06 min,使整个反应控制在50 min内.研究建立的LAMP检测方法操作简单,结果可视,非常适用于番茄细菌性溃疡病病菌的现场快速检测.     

柑橘溃疡病菌检测方法及防治技术研究进展

从核酸杂交技术、DNA指纹图谱分析、PCR检测方法等方面对柑橘溃疡病菌检测方法及柑橘溃疡病的防治技术进行综述,并对柑橘溃疡病菌今后的研究方向进行展望,以供参考。     

基于环介导等温扩增技术检测大豆北方茎溃疡病菌

[目的]传统的以ITS(内转录间隔区)为靶序列对大豆北方茎溃疡病菌(Diaporthe phaseolorum var.caulivora,DPC)的分子检测无法区分大豆南方茎溃疡病菌(D.phaseolorum var.meridionalis)和大豆拟茎点种腐病菌(Phomopsis longicolla)等近似种。笔者在大豆北方茎溃疡病菌靶标序列筛选中,发现了翻译延伸因子(translation elongation factor 1α,tef1α)序列。通过目标病原菌与其相似种比对发现,大豆北方茎溃疡病菌在tef1α序列上有很好的特异性,适合作为分子检测的靶标。[方法]基于环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),以tef1α为靶序列,设计LAMP特异性引物,建立了一种基于颜色判定的简单、快速和灵敏的DPC检测方法,并进行特异性、灵敏度、植株接种试验和进口大豆夹带大豆病残体检测。[结果]该方法仅需60 min,即可通过肉眼直接目测试验结果。64℃等温条件下进行核酸扩增反应60 min,反应结束后,加入SYBR greenⅠ染料,根据染料颜色变化判定扩增结果。特异性试验中,在DPC菌株中扩增到梯形条带,同时加入SYBR greenⅠ染料后可观察到绿色荧光的阳性反应;而在其他供试菌株中均没有出现梯形条带,加入SYBR greenⅠ染料后则保持橙色的阴性反应。该技术最低检测限为1 pg·μL-1目标菌纯DNA。tef1α-LAMP技术能够检测出所有人工接种发病豆苗中的目标菌。在口岸截获的大豆病残体检测中,tef1α-LAMP技术能够在10 g进口大豆中夹带的大豆植株残体中最低检测出10个子囊孢子。[结论]该方法的建立为大豆北方茎溃疡病菌的检疫以及其所致病害的快速诊断提供了新的技术。     

台湾柠檬上柑橘溃疡病菌的分离鉴定

从送检台湾柠檬样品上发现疑似柑橘溃疡病病斑,对病原菌进行了分离纯化,并且通过形态学特征观察、致病性测定、特异性引物扩增和gyr B序列比对分析,对其进行了鉴定。结果显示,菌株6503在NA培养基上菌落呈黄色,圆形,全缘,有光泽,微隆起,黏稠;致病性测定结果显示,分离物6503能够导致柑橘叶片产生明显的溃疡病斑;柑橘溃疡病菌种特异性引物Xac01/Xac02从菌株6503的DNA中扩增得到581 bp的特异性条带;基于gyr B序列构建的系统发育树中6503和柑橘溃疡病菌处于同一分支,亲缘关系最近。根据试验结果,菌株6503被鉴定为柑橘溃疡病菌。     

利用qPCR技术检测柑橘溃疡病菌的灵敏度分析

以常规PCR为对照,分析了实时荧光定量PCR(q PCR)检测柑橘溃疡病菌DNA和柑橘溃疡病菌菌量的灵敏度,并对接种柑橘溃疡病菌后的冰糖橙样品进行了动态监测。结果显示,q PCR检测柑橘溃疡病菌DNA和柑橘溃疡病菌菌量的灵敏度比常规PCR高1~3个数量级,且常规PCR对柑橘溃疡病菌DNA的检测会受到寄主植物DNA的干扰,q PCR不受寄主植物DNA影响;对接种后冰糖橙样品的分析,q PCR即时就能检测到柑橘溃疡病菌,并能实时观察到柑橘溃疡病菌在寄主叶片的增殖情况,而常规PCR要接种后2 d才能检测到柑橘溃疡病菌。     

油菜茎基溃疡病菌LAMP-HNB 检测方法的建立

油菜茎基溃疡病菌是油菜上最严重的真菌病害之一,是我国重要的检疫性有害生物。因此为防范其危害我国油菜产业生产安全,建立油菜茎基溃疡病菌的快速筛查方法具有重要意义。基于环介导等温扩增法(LAMP),以ITS(内转录间隔区)为靶序列并结合指示剂羟基萘酚蓝(HNB)建立了一种基于颜色判定的简单、快速和灵敏的油菜茎基溃疡病菌的快速检测方法,并对其特异性、灵敏性进行评价以及实际样品进行检测。结果显示,该方法在62℃等温条件下仅需80 min即可通过肉眼直接目测试验结果。LAMP-HNB法与标准PCR检测方法对比显示其具有良好的特异性以及更高的灵敏度,利用该方法对10批油菜籽样品进行检测,共检出5批阳性样品,与标准中PCR检测方法结果一致。该方法的建立为油菜茎基溃疡病菌的检疫鉴定提供了新途径。     

羊口疮LAMP诊断方法的建立及其初步应用

根据GenBank中的羊口疮B2L基因序列,设计合成2对引物,通过对环介导等温扩增条件的优化,敏感性、特异性试验,成功建立了羊口疮LAMP诊断方法.敏感性结果显示,建立的LAMP诊断方法最低核酸检测量为0.50pg/L,而PCR诊断方法最低核酸检测量为50pg/L,特异性结果显示,羊大肠杆菌、羊沙门氏菌、口蹄疫病毒、山羊痘病毒的扩增结果均为阴性.对195份自然感染病羊样品的检测结果表明,该LAMP方法检测结果与PCR检测结果符合率为96.4％.整个扩增反应可在30min内完成,结果肉眼可见,为羊口疮的现场快速诊断提供了一种简便快速的方法,从而满足基层现场快速检疫需要.     

苹果壳色单隔孢溃疡病菌TaqMan实时荧光PCR检测方法

目的 针对我国检疫性植物病原真菌苹果壳色单隔孢溃疡病菌Botryosphaeria stevensii,建立实时荧光PCR检测方法。方法 根据苹果壳色单隔孢溃疡病菌及其近似种的β微管蛋白基因(β-tubulin基因)保守序列设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,分别以病菌DNA和β-tubulin基因靶标序列重组质粒DNA为阳性标准品检验探针的特异性和灵敏度。结果 探针BsP267对苹果壳色单隔孢溃疡病菌菌株表现出特异性阳性扩增,且与近缘种及其他常见的果腐病菌无交叉反应,扩增效率为105.858%,探针检测DNA的灵敏度达到1 fg/μL。结论 本研究建立的苹果壳色单隔孢溃疡病菌实时荧光PCR检测法具有高特异性和灵敏度,可用于该病害的防控检测和检疫工作。     

菜豆晕疫病菌环介导等温核酸扩增检测方法的建立

为了建立菜豆晕疫病菌的环介导等温扩增方法,本试验利用菜豆晕疫病菌arg K特异性序列设计环介导等温核酸扩增(LAMP)引物,进行反应条件和反应体系的优化,并进行特异性和灵敏度验证。特异性检测结果显示,5株菜豆晕疫病菌的LAMP产物呈阳性结果,而参试的其他病原菌不产生扩增反应。LAMP检测基因组DNA和菌悬液时,其灵敏度分别达到0.632×10-4ng/μl和7.3×102CFU/ml,该方法比常规PCR灵敏度高100倍。表明本研究所建立的LAMP检测方法简便、快速、准确、灵敏,可有效应用于口岸菜豆晕疫病菌的检测。     

EMA-qPCR方法快速检测番茄溃疡病菌活菌研究

将叠氮溴乙锭(EMA)与实时荧光定量PCR技术相结合(EMA-q PCR),建立一种有效快速检测番茄溃疡病活菌的方法。以番茄溃疡病菌Pat-1基因为检测靶标,菌体经EMA渗透处理,再进行q PCR特异性扩增。结果显示,q PCR检测灵敏度为1.0×101CFU/m L;当EMA的浓度为2.0μg/m L时,能有效抑制1.0×107CFU/m L灭活死菌的扩增,对活菌的扩增没有影响。当活菌数在1.0×101~1.0×105CFU内,每个q PCR反应体系中活菌CFU数与Ct值呈线性相关(R2=0.987)。不同温度处理后EMA-q PCR检测番茄溃疡病菌的存活情况并与平板计数法进行比较,表明待检样品可在4和20℃短期保存。对疑似带病番茄种子样品进行EMA-q PCR检测,发现EMA-q PCR方法能减少番茄溃疡病菌PCR检测的假阳性结果。本研究建立的EMA-q PCR方法是一种能有效检测番茄溃疡病活菌的方法,并能有效避免PCR检测实际样品可能造成的假阳性结果。     

柑橘黑点病菌(Diaporthe citri)快速分子检测技术

柑橘黑点病是一种严重危害柑橘生产的世界性真菌病害,快速及时地检测出柑橘黑点病病菌(Diaporthe citri)对柑橘黑点病早期诊断和科学防控具有重要的实践意义。本研究基于β-微管蛋白序列,设计柑橘黑点病病菌的特异引物对,基于常规PCR和SYBR Green I实时荧光定量PCR(qRT-PCR)建立了快速分子检测体系,对柑橘黑点病病菌的菌丝和典型带病叶片进行检测验证。结果发现,在常规PCR检测中,该引物可从柑橘黑点病病菌获得244 bp的特异性扩增片段,检测灵敏度达0.78 ng·μL^-1;在实时qRT-PCR中,该引物也只有在柑橘黑点病病菌中获得唯一的产物吸收峰,检测灵敏度达0.35 ng·μL^-1。利用PCR检测体系对发病黑点叶片进行检测,结果显示,常规PCR的阳性检出率为30%,qRT-PCR的阳性检出率为60%,表明qRT-PCR比常规PCR的灵敏度更高。因此,研究设计的柑橘黑点病病菌特异性引物,以及所建立的常规和实时qRT-PCR检测方法具有速度快、特异性强等特点,可以用于柑橘黑点病病菌的分子鉴定,对病害诊断具有参考价值。     

草莓角斑病菌PCR检测研究

[目的]研究草莓角斑病菌的快速检测方法。[方法]根据草莓角斑病菌的hrp基因,设计了1对引物XF-F/R,进行该病菌PCR特异性扩增。[结果]该引物可特异性地扩增草莓角斑病菌的DNA、菌悬液、人工接种样品。[结论]该检测方法特异性强、灵敏度高,可适用于草莓角斑病菌的检测。     

利用环介导等温扩增技术检测黑白轮枝菌

[目的]黑白轮枝菌(Verticillium albo-atrum)能够危害苜蓿等多种作物,是我国重要的检疫性病原真菌。我们基于环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),建立基于颜色判定的简单、快速和灵敏的黑白轮枝菌检测方法。[方法]基于LAMP技术,通过比对分析黑白轮枝菌与其相似种不同靶标序列间的差异,选取Tub(β-tublin,编码β-微管蛋白)基因作为靶标基因,设计并筛选了4条特异性强、灵敏度高的LAMP引物和1条环引物,在此基础上建立了检测黑白轮枝菌的LAMP体系,并进行特异性、灵敏度试验及田间发病组织的检测。该方法在62℃等温条件下进行核酸扩增反应70 min,扩增前加入染料HNB(羟基萘酚蓝),反应后根据染料颜色变化判定扩增结果。[结果]特异性试验中,仅黑白轮枝菌菌株DNA扩增后呈天蓝色的阳性反应,而在其他真菌的供试菌株中均呈紫色的阴性反应。该方法的最低检测限为1 pg·μL~(-1)。Tub-LAMP技术能够检测出发病苜蓿植物组织中的目标菌,在采自新疆的7份疑似样本中检测到3份阳性。在土壤中人工添加孢子的试验中,Tub-LAMP技术能够从每0.25 g土壤含有10个孢子和每10 g苜蓿种子含有50个孢子中检测出该病菌。[结论]该方法的建立为黑白轮枝菌的检疫及其所致病害的诊断提供了新的技术。     

基于环介导等温扩增技术快速检测瓜果腐霉菌

[目的]建立一种快速、准确的检测瓜果腐霉菌(Pythium aphanidermatum)的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法,为诊断和防治瓜果腐霉菌引起的植物病害提供技术支撑。[方法]通过比较基因组学方法,在瓜果腐霉菌基因组上筛选有序列特异性的基因作为检测的靶标基因,设计LAMP特异性引物,建立一种基于颜色判定的快速、准确的LAMP检测方法,随后对该检测方法的特异性、灵敏度和发病组织实际检测等进行分析评价。[结果]鉴定到1个编码Trypsin蛋白酶的基因是瓜果腐霉菌特异的基因,以该序列作为靶标建立了LAMP检测方法。在扩增前加入染料羟基萘酚蓝(HNB)作为指示剂,在等温条件(64℃)下进行核酸扩增反应60 min,即可通过肉眼直接观察结果,HNB显示天蓝色即为阳性反应;同时,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳验证为梯形条带,也可判定为阳性反应。特异性试验中,建立的LAMP检测方法能将瓜果腐霉菌和其他病原菌区分开。灵敏度试验中,LAMP检测方法的最低检测限为100 pg·μL-1,与Real-time PCR反应灵敏度一样,是普通PCR反应灵敏度的100倍。发病组织实际检测试验中,该LAMP方法能检测出人工接种发病植株中的瓜果腐霉菌。[结论]成功建立了一种适用于基层使用的针对瓜果腐霉菌的快速检测技术,为该菌所致病害的准确诊断奠定了技术基础。     

以omp基因为靶标的3 种检测方法对 柑橘黄龙病菌检测效果比较

为了比较以omp 基因为靶标的常规PCR、LAMP 检测方法（Loop-mediated isothermal amplification）和实 时荧光定量PCR 方法在实际检测中对柑橘黄龙病的检测效果,比较了3 种检测方法对柑橘黄龙病菌omp 基因检测 的灵敏度,并运用3 种检测方法对采自广东省田间11 个本地柑橘品种上疑似感染黄龙病的多个病样进行实际检 测。结果显示院3 种检测方法的灵敏度有所不同,依次为常规PCR相似文献   

柑桔溃疡病菌基因组DNA的微波法抽提及快速检测

利用微波热震惊提取固体表面柑桔溃疡病基因组DNA并加以优化,所得到的基因组DNA可作为PCR反应的模板进行16SrDNA基因有效扩增。与柑桔溃疡病基因组DNA其他抽提方法相比较,微波法更适用于该病的快速检测,具有快速、简便、费用低廉等特点,且对设备的要求不高,用特异性引物XCF/XCR可实现柑桔溃疡病菌的快速鉴定。     

家蚕核型多角体病毒LAMP可视化检测技术的建立

[目的]建立针对家蚕核型多角体病毒(BmNPV)的环介导等温扩增(LAMP)可视化检测技术,为生产现场进行家蚕血液型脓病早期诊断提供技术支持.[方法]以BmNPV多角体蛋白基因po如为扩增靶标,分别设计5组内/外引物和5条环引物,根据扩增效率筛选最佳引物组合;优化LAMP反应条件,并进行LAMP检测的特异性、敏感性及临床样本检测试验;使用羟基萘酚蓝(HNB)染色对结果进行比色观察,对简化样品处理的条件进行摸索.[结果]使用环引物后LAMP对BmNPV基因组DNA的最低检测浓度为7fg/μL,检测灵敏度得到有效提高,且反应时间缩短.建立的LAMP检测方法对靶标DNA扩增具有特异性,对样本的检出率高于常规PCR,其最低检测限是常规PCR的100倍.在反应前加入HNB,结果易判断且能减少交叉污染.感染家蚕血淋巴进行100℃煮沸处理后即可直接用于LAMP反应,既简化了操作步骤,又降低了检测成本.[结论]针对BmNPV建立的LAMP可视化检测技术具有灵敏、快捷、可靠的特点,适合用于生产现场的BmNPV感染早期诊断.     

双基因联合PCR检测水稻叶鞘网斑病菌

[目的]建立水稻叶鞘网斑病的快速PCR检测体系,为该病害的早期诊断提供技术支持。[方法]以水稻叶鞘网斑病病原菌帚梗柱孢霉(Cylindrocladium scoparium Morgan)DNA为模板,分别以factor 1-α(tef1)和β-tubulin gene两个保守性极强的特定区域序列作为检测靶标,针对C.scoparium设计了EF-S-4/EF-A-4和BT-S-9/BT-A-9两对特异性引物,建立了水稻叶鞘网斑病的双基因联合PCR检测技术。[结果]该体系的最佳退火温度为58℃,DNA灵敏度检测限达到550 fg·μL-1,病原菌可扩增出大小分别为272 bp和157 bp的2条条带,而其他对照组均未有扩增条带。[结论]田间时效检测结果显示:该体系能准确检测出不同发病地区的水稻叶鞘网斑病病原菌,为农业生产早期诊断水稻叶鞘网斑病害提供技术支持。