4个品种鸡Toll样受体4基因第2内含子的多态性分析

本研究采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测了4个品种鸡(仙居鸡、白耳鸡、清远麻鸡和安卡鸡)Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)基因第2内含子的单核苷酸多态性。结果表明,4个品种鸡TLR4基因的第2内含子上均发现了G1894C的突变,共产生了AA、AB和BB 3种基因型,4个品种鸡该位点的多态信息含量(PIC)分别为0.570、0.597、0.583和0.588,均属于高度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);4个品种鸡G1894C多态位点的基因型在感染鸡白痢沙门氏菌阳性组和阴性组间的分布差异均不显著(P>0.05);G1894C多态位点在仙居鸡与白耳鸡2个品种间基因型分布差异极显著(P<0.01)。     

荷斯坦母牛TLR6基因多态性及其与体细胞评分关系的研究

本研究旨在阐明Toll样受体6(TLR6)基因的多态性与荷斯坦母牛乳房炎抗性之间的关系.采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术检测208头荷斯坦母牛TLR6基因多态性,用最小二乘法分析该基因多态性与荷斯坦母牛钵细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系.结果发现,TLR6基因mRNA序列中存在T853A、G855A、G1793A、C1859A、G1934A和A1980G 6个多态位点,其中T853A突变使编码氨基酸由缬氨酸变为谷氨酸,G855A突变使天冬氨酸变为天冬酰胺,A1980G突变使异亮氨酸变为缬氨酸.T853A和G855A突变位点经SSCP检测发现3种基因型AA、AB和BB,其频率分别为0.308、0.490和0.202;X~2检验表明荷斯坦母牛在该位点处于Hardy-Weinberg平衡;BB基因型SCS最小二乘均值极显著低于AB和AA基因型所对应的值(P<0.01);AB基因型SCS最小二乘均值极显著低于AA基因型所对应的值(P<0.01).G1793A突变位点经BsiY Ⅰ酶切产生2种基因型CC和CD,其频率分别为0.332和0.668;荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,CC和CD基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P>0.05).C1859A突变位点经BstX Ⅰ酶切产生2种基因型EE和EF,其频率分别为0.178和0.822;荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;EE和EF基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P>0.05).G1934A突变位点经BsiY Ⅰ酶切产生2种基因型GG和GH,其频率分别为0.356和0.644;荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;GG和GH基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P>0.05).A1980G突变位点经Bcl Ⅰ酶切产生3种基因型II、IJ和JJ,其频率分别为0.260、0.567和0.173,荷斯坦母牛在该位点处于Hardy-Weinberg平衡;JJ基因型SCS最小二乘均值极显著低于IJ和II基因型所对应的值(P<0.01);IJ基因型SCS最小二乘均值极显著低于II基因型所对应的值(P<0.01).对于奶牛乳房炎抗性,BB和JJ是有利基因型,AA和II是不利基因型.本研究结果初步表明TLR6基因T853A和G855A突变位点的B等位基因以及A1980G突变位点的J等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的2个潜在的DNA标记.     

清远麻鸡和白耳鸡TLR15基因多态与鸡白痢沙门菌天然感染率的相关性

以中国地方三黄鸡(清远麻鸡和白耳鸡)的种母鸡为研究对象,通过血清平板凝集反应对鸡白痢沙门菌(Salmonella Pullorum,SP)天然感染情况进行评估,通过PCR-SSCP的方法筛查Toll样受体15(Toll-like receptor15,TLR15)基因在2个鸡种中的多态性,并对TLR15基因单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与鸡SP天然感染率进行相关性分析。结果显示:清远麻鸡和白耳鸡的鸡SP感染率分别为37.50%和53.50%,清远麻鸡的SP感染率显著低于白耳鸡的SP感染率(P0.05);Ch TLR15基因的外显子区域检测到3个SNPs(G168A、C726T、A1166G),其中G168A和C726T为沉默突变,A1166G能引起编码氨基酸由赖氨酸(Lys)突变为精氨酸(Arg);C726T(P0.05)和A1166G(P0.01)在品种间基因型分布差异显著,C726T在白耳鸡的阴阳性感染鸡之间(P0.05)和两品种的阴性感染鸡之间(P0.01)的基因型分布差异显著;A1166G则在两品种的阴性或阳性感染鸡之间的基因型分布均差异极显著(P0.01)。C736T多态位点基因型和品种分布在鸡白痢沙门菌自然感染率性状上存在着显著的互作效应(P0.01)。结果表明:肉用型的中国地方鸡种对SP的抗性较强于蛋用型鸡种,TLR15的C726T多态位点可能与鸡的SP抗性具有相关性。     

Mx基因抗性位点在12个地方鸡种中的分布及遗传结构分析

通过PCR-RFLP技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在我国地方鸡种中的分布差异。结果表明：PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在12个地方鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.304,敏感性等位基因G的频率平均为0.696;12个地方鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.657 2,Shannon信息指数平均为0.524 0。在该位点上,12个地方鸡种除仙居鸡显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0.01）外,其余11个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）;经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内（除白耳鸡群体外）都属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将12个地方鸡种分为3大类,聚类结果反映了12个地方鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

鸡TLR4突变位点对蛋白结构的影响及其遗传多样性

为研究TLR4不同SNPs位点对TLR4蛋白结构的影响及其在不同鸡种中的遗传变异,采用直接测序法发掘TLR4基因外显子中的SNPs,分析每个SNP位点对TL尺4蛋白结构的影响,并检测对蛋白结构影响较大的两位点在不同鸡种中的遗传多样性。结果表明,在7个鸡群中共发现了17个SNPs;C77T和G247A位点对TLR4蛋白功能影响较大;C77T位点在汶上芦花鸡偏离Hardy—Weinberg平衡,在其它4个地方鸡种和2个商业品种都处于Har—dy—Weinberg平衡,其多态信息含量在寿光鸡最高;G247A位点在5个地方鸡种中均处于Hardy—Weinberg平衡状态,而在两个商业品种偏离Hardy—Weinberg平衡,其多态信息含量在寿光鸡最低。本研究表明,TLR4基因C77T和G247A位点在7个鸡群中具有不同程度的遗传多样性,推测与该基因的功能存在相关。     

不同鸡品种TYR基因遗传变异分析

采用PCR-SSCP方法,对中国宁夏固原鸡、海南文昌鸡、西藏藏鸡和国外引进海赛克斯鸡TYR基因5′侧翼区及外显子13个位点（P1、P2、P3）的遗传变异进行研究。结果表明,P2位点无多态,P1位点在3个中国鸡品种中均出现3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型;在引进的海赛克斯鸡中,只检测到BB型和AB型2种类型。4个鸡品种在该位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;P3位点在中国3个鸡品种中均检测到3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型,而海赛克斯鸡中只检测到AA和AB型,固原鸡和文昌鸡在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,藏鸡和海赛克斯鸡均处于极不平衡状态。进一步说明,中国地方鸡品种的TYR基因蕴藏丰富变异资源。经克隆测序分析,P1位点存在C→T的单碱基替换突变,P3位点存在G→A的单碱基替换突变,但未引起氨基酸突变。独立χ2分析显示,两位点基因型和等位基因分布在不同鸡品种之间存在显著或极显著差异（P〈0.05和P〈0.01）,提示TYR基因的基因型和等位基因分布与鸡品种因素显著相关。本研究为以后对鸡TYR基因5′侧翼区及外显子1的进一步研究提供基础依据。     

藏鸡、泸宁鸡POU1F1基因外显子2多态性与生长性能的关联研究

为研究POU1F1基因的多态性对鸡生长发育的影响,试验以藏鸡和泸宁鸡为研究对象,采用PCR-SSCP及测序方法对POU1F1基因的外显子2的多态性进行检测,并与其生长性能进行关联分析。结果表明:在藏鸡和泸宁鸡POU1F1基因外显子2处检测到1个多态位点(C/T)变异,呈现出CC、CT、TT三种基因型,其中C基因为优势基因,CC基因型为优势基因型;两个鸡群在该位点基因杂合度均较低,PIC0.25,属低度多态性;经卡方检验,在该位点藏鸡不处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);泸宁鸡则处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);泸宁鸡6周龄时,CC基因型个体体重显著高于CT型(P0.05),其他周龄之间无显著差异;藏鸡和泸宁鸡均表现出CT基因型的生长态势较纯合子好;泸宁鸡6~7周龄和10~11周龄CT型个体极显著高于CC基因型个体的周增重率(P0.01);9~10周龄CT基因型个体的周增重率显著高于CC型个体(P0.05);藏鸡和泸宁鸡POU1F1基因外显子2多态位点(C/T)中,C基因为优势基因,而CT基因型是控制泸宁鸡早期生长速度的优势基因型。说明POU1F1基因的多态性是鸡早期生长速度的一个潜在分子标记。     

北京油鸡喙畸形性状候选基因GLA多态性的研究

本实验旨在研究α-半乳糖苷酶(GLA)基因的多态性及其与北京油鸡喙畸形性状之间的关系。用直接测序的方法检测GLA基因的单核苷酸多态性。结果表明:该基因启动子的-524、-389、-242、-212 bp处,内含子6的4 494、4 505、4 552、4 691 bp处以及外显子7的4 815 bp处共发现9个突变位点。卡方检验显示,所有位点均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。群体遗传多态性结果显示,正常鸡所有位点为中度多态(0.25PIC0.5);喙畸形鸡中,C4494T、G4505A、C4691T 3个位点为低度多态(PIC0.25),其余位点为中度多态(0.25PIC0.5)。基因型差异比较发现,在外显子7的C4815T位点处,喙畸形鸡未发生突变,与正常鸡基因型差异显著(P0.05);在内含子6的A4552C位点处,正常鸡AA型频率较高,喙畸形鸡CC型频率较高,两者基因型差异极显著(P0.01),其余位点差异不显著(P0.05)。结果提示,GLA基因的多态性与喙畸形存在一定关联,C4815T和A4552C 2个位点的SNPs有望成为剔除喙畸形性状的潜在遗传标记。     

Ex-FABP基因5'UTR遗传变异及其与鸡脂肪性状关系的研究

以Ex-FA BP为候选基因,采用直接测序方法寻找贵妃鸡、怀乡鸡母鸡Ex-FA BP基因的SNP,在基因5'调控区筛查到3个多态位点G2707A、C2717A、T2725G,用生物信息学和PCR-RFLP方法分析并验证这3个位点.结果显示:只有位点G2707A存在一个SacⅡ酶切位点;三位点多态信息含量:其中贵妃鸡母鸡的PIC均为0,表现为单态;怀乡鸡母鸡的PIC分别为0.3723、0.3749、0.3727,处于中度多态.经过Χ2适合性检验,所有母鸡群体在该位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P＜0.05).比较G2707A位点的3种基因型GG、GA和AA对怀乡鸡母鸡群体脂肪性状的影响,结果基因型对皮脂厚、肌内脂肪没有显著影响;但在活重、屠体重性状方面,GA型显著高于GG型(P＜0.05);腹脂重和腹脂率,GG>GA型(P＜0.05),并有GG>AA>GA型的趋势.生物信息学分析显示,该突变位点没有处于转录因子结合位点,不会影响基因转录.     

马COMT基因第4外显子多态性分析

探讨COMT基因第4外显子(C4位点)多态性,进而探究不同品种马在该位点的遗传变异程度和选育强度。采用PCR-SSCP方法对不同品种马的COMT基因C4位点进行多态性分析。结果表明:第4外显子区域存在多态现象,发现AA、BB 2种基因型,并有3处突变分别是13处C突变为A、199处C突变为G的颠换、120处T突变为C的转换。不同品种间的基因型分布存在差异,纯血马的优势基因型和优势等位基因是BB型和B;而乌审马、锡尼河马、三河马、巴尔虎马、乌珠穆沁马的优势基因型和优势等位基因均为AA型和A;处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05)的只有巴尔虎马,其他品种马都没有处于哈代-温伯格平衡状态(P0.01)。纯血马C4位点的杂合度为0.499,多态信息含量为0.374,呈中度多态性。纯血马C4位点杂合度和多态信息含量较高,表明该群体的遗传物质基础一致性较高,该位点遗传性能趋于稳定。     

雏鸡不同组织TLR3、TLR7和TLR21 mRNA转录水平研究

参考GenBank登录的ChTLRs基因序列设计实时定量PCR特异性引物,建立检测鸡T011样受体（ChTLR）mRNA相对转录水平的实时定量PCR方法,分析ChTLR3、ChTLR7和ChTLR21在雏鸡不同器官组织中的转录水平。3种ChTLRs在脾脏、法氏囊、胸腺和各段肠道组织中均有转录。其中,ChTLR3 mRNA在肾脏、胸腺、盲肠、空肠、肝脏和十二指肠转录水平较高,在皮肤中未检测到转录;chTLR7 mRNA在脾脏、肾脏、盲肠、胸腺和十二指肠转录水平较高,在肝脏和皮肤中转录水平很低;ChTLR21 mRNA在所检测组织中均有转录,其中在脾脏转录水平最高,其次为法氏囊、胸腺和十二指肠。结果表明,ChTLRs mRNA在雏鸡各器官组织中转录水平差异较大,可能与雏鸡各器官组织对病原的识别和抵抗能力有关。     

鸡Toll样受体15单克隆抗体的制备及其初步应用

旨在制备鸡Toll样受体15 (ChTLR15)的特异性单克隆抗体(mAb),并初步应用.利用PCR技术扩增ChTLR15第162-386位氨基酸,克隆于载体pET-30a中进行诱导表达,获得高纯度的重组ChTLR15 (162-386 aa)蛋白.然后采用皮下多点注射方式将ChTLR15免疫6周龄的雌性BALB/c小...     

禽呼肠病毒感染鸡胚成纤维细胞后Toll样受体mRNA转录水平的动态变化

为分析禽呼肠病毒(ARV)标准毒株S1133株感染鸡胚成纤维细胞(CEF)后对相关鸡Toll样受体(ChTLRs)mRNA转录水平的影响作用,利用实时荧光定量PCR,测定和分析ARV-S1133感染CEF后ARV结构蛋白σC和ChTLRs的mRNA转录水平变化情况。结果表明,ARV-S1133感染CEF 10h后,ARVσC蛋白的mRNA相对表达量开始迅速上升,在48h达到峰值;同时,感染CEF中的ChTLR3、ChTLR5、ChTLR7、ChTLR15和ChTLR21mRNA表达量发生显著变化,在感染72h内各个受体的mRNA表达量呈波浪式变化。5个不同滴度的ARV感染CEF 24 h后,ChTLR3、ChTLR5、ChTLR7、ChTLR15、ChTLR21mRNA转录水平与病毒滴度均呈正线性相关。上述结果表明,ARV感染后可诱导CEF ChTLR3、ChTLR5、ChTLR7、ChTLR15、ChTLR21的mRNA转录水平发生变化,可能与禽呼肠病毒的复制和致病机制相关。     

用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系

利用20个微卫星座位对贵州12个地方鸡种和隐性白洛克进行遗传分析,得到各品种的等位基因频率、平均杂合度、多态信息含量及品种间的Nei氏标准遗传距离,并进行了聚类分析。结果表明:13个鸡种在各微卫星座位上的遗传杂合度均有差异,平均遗传杂合度为0.6885(贵州地方鸡种为0.6915);平均多态信息含量为0.6297(贵州地方鸡种为0.6326),说明贵州地方鸡种遗传多样性较隐性白洛克丰富。UPGMA聚类分析结果显示,13个鸡种分为2大类群,隐性白洛克独自构成一个类群,12个贵州地方鸡种为另一个类群,12个贵州地方鸡种进一步可分为4个小类群。研究结果对贵州地方鸡种资源的评估、保存和利用具有一定的指导意义。     

Genetic diversity of mtDNA D-loop sequences in four native Chinese chicken breeds

1. To explore the genetic diversity of Chinese indigenous chicken breeds, a 585 bp fragment of the mitochondrial DNA (mtDNA) region was sequenced in 102 birds from the Xichuan black-bone chicken, Yunyang black-bone chicken and Lushi chicken. In addition, 30 mtDNA D-loop sequences of Silkie fowls were downloaded from NCBI. The mtDNA D-loop sequence polymorphism and maternal origin of 4 chicken breeds were analysed in this study.

2. The results showed that a total of 33 mutation sites and 28 haplotypes were detected in the 4 chicken breeds. The haplotype diversity and nucleotide diversity of these 4 native breeds were 0.916 ± 0.014 and 0.012 ± 0.002, respectively. Three clusters were formed in 4 Chinese native chickens and 12 reference breeds. Both the Xichuan black-bone chicken and Yunyang black-bone chicken were grouped into one cluster. Four haplogroups (A, B, C and E) emerged in the median-joining network in these breeds.

3. It was concluded that these 4 Chinese chicken breeds had high genetic diversity. The phylogenetic tree and median network profiles showed that Chinese native chickens and its neighbouring countries had at least two maternal origins, one from Yunnan, China and another from Southeast Asia or its surrounding area.     

基于全基因组SNP分析8个地方鸡品种的遗传多样性

为揭示江西及周边地区地方鸡的遗传多样性信息,本研究采集了江西省5个地方鸡品种,广东省、浙江省以及江苏省各1个地方鸡品种共125个血样,利用全基因组SNP芯片分析地方鸡品种的群体结构、网络关系及系统进化情况.结果 表明,8个地方鸡品种45647个位点的多态信息含量大多为0.25＜PIC＜0.5,属于中度多态,表明这8个地...     

贵州部分地方鸡品种的血浆酯酶多态性研究

采用水平板聚丙烯酰胺凝胶电泳法,对贵州及河南,广东,江西部分地方鸡品种及有关外来鸡种类共１３个种群、１２２５只个体血浆酯酶－１（Ｅｓ－１）的多态性进行检测。结果：Ｅｓ－１位点存在Ａ、Ｂ和Ｃ３种谱带及ＡＡ、ＡＢ、ＢＢ、ＡＣ、ＢＣ、ＣＣ６种表型（基因型）。各鸡种的表型分布具有明显的地域性特点,同时还可见基因频率与各鸡种的经济用途之间具有一定的关系。Ｘ＾２检验表明,有９个鸡种的表型分布比例极显著偏离了Ｈ     

鸡Mx基因2032位点单核苷酸多态性研究

研究采用错配PCR-RFLP的方法对15个品种鸡的Mx基因进行筛查,旨在探索不同鸡品种MxcDNA第2032位点抗病基因A与易感等位基因G的多态性,为生产转基因鸡的可行性提供理论基础。结果表明:15个鸡品种Mx基因的2032位点存在A、G2个等位基因,AA、AG、GG3种基因型,其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡、红色原鸡未发现GG个体;携带Mx抗性基因A和易感基因G的比例分别是0.350、0.650;抗性等位基因A的检测比例为0.034~0.984。红色原鸡的抗性等位基因A基因频率(0.984)高于地方鸡种的抗性等位基因A的基因频率(0.321);地方鸡种中的观赏型、蛋肉兼用型、肉用型、蛋用型鸡种的抗性等位基因A的基因频率分别为0.221、0.297、0.425、0.462。χ2适合性检验表明,15个品种的鸡群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

地方鸡种与隐性白羽鸡遗传变异的AFLP指纹

利用6对AFLP引物组合对我国12个地方鸡种和引进鸡种隐性白羽鸡进行了遗传检测,统计了每个引物组合在各个品种中检测到的多态性条带和特异性条带,计算了13个鸡种的遗传相似系数和遗传距离,并据此构建了UPGMA聚类关系图,分析了所研究鸡种的遗传关系.结果表明:6对AFLP引物组合在13个鸡种中共检测到290条多态性条带,平均每个引物组合产生48.3奈多态性标记,同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带,其中寿光鸡和东乡黑鸡最多,为9条,旧院黑鸡、兴义矮脚鸡和隐性白羽鸡最少,为1条.13个鸡种聚为4类,其中隐性白羽鸡单独聚为一类,鸡种间的遗传相似系数及聚类结果与各个鸡种的地理分布、现实状况相吻合,从而表明AFLP指纹用于我国地方鸡种的遗传多态性分析、品种鉴定及品种间亲缘关系分析是可行的.