武定乌骨鸡MC1R基因多态性与黑色素沉积的关联研究

旨在探究武定鸡乌骨品系和非乌骨品系黑素皮质素受体1(MC1R)基因多态性与黑色素沉积的相关性，以期为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的武定鸡提供理论参考。试验通过测定300日龄武定鸡乌骨品系和非乌骨品系的血浆真黑色素、褐黑色素和碱溶性黑色素含量，分析了MC1R基因外显子的多态位点(SNPs)与黑色素的关系，并检测组织中MC1R基因表达差异。结果发现：武定鸡乌骨品系血浆中3种黑色素指标均高于非乌骨品系。在MC1R外显子区域检测到4个突变位点(T133C、T244C、G460A和C833A),除武定鸡非乌骨品系C833A位点偏离Hardy-Weinberg平衡以外，其余位点均未偏离；武定鸡非乌骨品系G460A位点呈低度多态，其余突变位点均呈中度多态，其中T244C位点CC基因型和G460A位点AA基因型的真黑色素和碱溶性黑色素含量均高于其他基因型，属于优势基因型。此外，武定鸡乌骨品系各组织中MC1R基因表达量均显著高于非乌骨品系，且各组织间的表达趋势为皮肤>肾脏>肝脏>心脏>肌胃>脾脏>腿肌>胸肌。本试验结果表明，MC1R基因T244C位点和G4...     

12个地方品种鸡TLR4基因多态性分析

为了探究我国地方鸡种TLR4基因的多态性和群体遗传特性,本研究采用PCR-SSCP及DNA测序方法,对我国12个地方品种鸡TLR4基因部分序列的单核苷酸多态性进行分析.结果显示,在所有鸡种TLR4基因的第二内含子上均发现了G1894C的突变.除了固始鸡极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01)外,其他品种均处于Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05).12个鸡品种该位点的多态信息含量均属于高度多态,其中皖南三黄鸡该位点的多态信息含量和杂合度最高,北京油鸡次之,文昌鸡最低;12个品种间的基因型分布存在极显著差异(P＜0.01).本研究表明,中国地方鸡种TLR4基因G1894C位点多态丰富,为深入开展鸡TLR4基因抗病育种的研究提供了一定的理论基础.     

清远麻鸡和白耳鸡TLR15基因多态与鸡白痢沙门菌天然感染率的相关性

以中国地方三黄鸡(清远麻鸡和白耳鸡)的种母鸡为研究对象,通过血清平板凝集反应对鸡白痢沙门菌(Salmonella Pullorum,SP)天然感染情况进行评估,通过PCR-SSCP的方法筛查Toll样受体15(Toll-like receptor15,TLR15)基因在2个鸡种中的多态性,并对TLR15基因单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与鸡SP天然感染率进行相关性分析。结果显示:清远麻鸡和白耳鸡的鸡SP感染率分别为37.50%和53.50%,清远麻鸡的SP感染率显著低于白耳鸡的SP感染率(P0.05);Ch TLR15基因的外显子区域检测到3个SNPs(G168A、C726T、A1166G),其中G168A和C726T为沉默突变,A1166G能引起编码氨基酸由赖氨酸(Lys)突变为精氨酸(Arg);C726T(P0.05)和A1166G(P0.01)在品种间基因型分布差异显著,C726T在白耳鸡的阴阳性感染鸡之间(P0.05)和两品种的阴性感染鸡之间(P0.01)的基因型分布差异显著;A1166G则在两品种的阴性或阳性感染鸡之间的基因型分布均差异极显著(P0.01)。C736T多态位点基因型和品种分布在鸡白痢沙门菌自然感染率性状上存在着显著的互作效应(P0.01)。结果表明:肉用型的中国地方鸡种对SP的抗性较强于蛋用型鸡种,TLR15的C726T多态位点可能与鸡的SP抗性具有相关性。     

奶牛隐性乳房炎抗性相关基因多态性与体细胞评分关联分析

为了探讨中国荷斯坦奶牛隐性乳房炎相关基因NOD2c.4500、CXCR1+777、SPP1-1301、 TLR4+2021、CXCR2+777、 BRCA1c.46126单核苷酸多态性(SNPs)位点与体细胞评分的关联性，试验利用PCR-SSCP及Sanger测序技术对135头中国荷斯坦奶牛的6个SNPs位点进行基因分型，分析SNPs位点与中国荷斯坦奶牛体细胞评分的相关性，并运用多座位外显方差分析法(MPVA)对不同多基因聚合与奶牛体细胞数的相关性进行研究。结果表明：在6个SNPs位点上均检测到碱基突变，在NOD2c.4500 C>A、CXCR1+777 G>C、SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点上均检测到3种基因型，其中优势基因型分别为CA、CC、AA、CC,优势等位基因分别为A、G、A、C。在CXCR2+777 G>C、BRCA1c.46126 G>T位点上均检测到2种基因型，其中优势基因型均为GG,优势等位基因均为G。SPP1-1301 G>A、TLR4+2021 C>T位点均处于低度多态(PIC<0....     

贵州小香鸡生长激素基因单核苷酸多态性分析

本研究采用直接测序法对贵州小香鸡生长激素(growth hormone gene,GH)基因的2~3外显子区域进行多态性分析。结果显示,在第2内含子处出现4个SNPs位点:G47A、T170C 、T334C和G393A。卡方检测结果表明,T33C处显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P＜0.05),其它3个SNPs位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。     

CTGF、Gprin3基因多态性及其与牦牛体尺性状的关联分析

【目的】 检测牦牛结缔组织生长因子（CTGF）和G蛋白调节诱导神经突增生家族亚型因子3（Gprin3）基因的单核苷酸多态性（SNP），并分析多态位点与牦牛体尺性状的关联性。【方法】 以西藏的斯布牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛及四川的麦洼牦牛5个类群260头个体为研究对象，利用基因池筛选技术检测CTGF、Gprin3基因SNP位点，分析其多态信息含量、有效等位基因数、纯合度及杂合度等指标，利用最小二乘线性模型分析不同基因型与牦牛体尺性状的关联性。【结果】 牦牛CTGF基因存在3个SNPs位点，分别为T1537A、C2195T和C2421T，均位于内含子区，其中T1537A位点在斯布牦牛和麦洼牦牛中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，而在帕里牦牛、类乌齐牦牛和申扎牦牛中均偏离Hardy-Weinberg平衡状态，该位点与牦牛体高呈显著相关（P<0.05）；C2195T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，且处于中度多态（0.25<PIC<0.5）；C2421T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，该位点与牦牛体重、体斜长、胸围、管围和前肢长均呈显著相关（P<0.05）。牦牛Gprin3基因共发现4个SNPs，分别为G310C、C414T、C1100T和G1213A，其中G310C、C414T及C1100T位点在5个牦牛类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态；G1213A位点在类乌齐牦牛中偏离Hardy-Weinberg平衡状态，在其余4个类群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态；G310C位点在5个牦牛类群中均处于低度多态（PIC<0.25），C414T和C1100T位点在类乌齐牦牛、斯布牦牛中均处于中度多态，G1213A位点在类乌齐牦牛中处于中度多态，在其余牦牛类群中为低度多态；C414T位点与牦牛体重、体高、体斜长和胸围均呈显著相关，而在斯布牦牛和申扎牦牛中C1100T位点与其胸围和前肢长均呈显著相关（P<0.05）。【结论】 牦牛CTGF和Gprin3基因具有丰富的多态性，CTGF基因T1537A、C2421T位点及Gprin3基因C414T、C1100T位点均与牦牛体尺性状有关，可作为影响生长发育性状的候选基因及基因座用于牦牛定向选育。     

茶花鸡PRLR基因多态性与产蛋性状的相关性研究

为探究茶花鸡PRLR基因多态性与茶花鸡产蛋性状的相关性,挖掘影响茶花鸡产蛋性状的分子遗传标记,研究以300只300日龄的茶花鸡为研究对象,通过测序检测PRLR基因是否存在SNPs位点,并与茶花鸡产蛋性状进行关联分析,再通过实时荧光定量PCR验证PRLR基因在不同组织中的表达情况。研究结果显示:在茶花鸡PRLR基因中发现两个SNPs位点(C-40T和A+47G),在C-40T的位点中,优势等位基因为T,属于低度多态;关联分析显示该位点与300日龄产蛋数显著相关(P0.05)。在A+47G位点中,优势等位基因为G,属于中度多态;关联分析显示该位点与开产日龄显著相关(P0.05)。两个位点均显著偏离哈迪-温伯格平衡(P0.05)。PRLR在茶花鸡高产组卵巢中的表达显著高于低产组(P0.05),在高产组卵巢中的表达显著高于垂体(P0.05)。综上所述,茶花鸡PRLR基因位点C-40T和A+47G可能分别是茶花鸡43周龄产蛋数和开产日龄的分子标记,为茶花鸡产蛋性能的选育提供参考依据。     

梅山猪与从江香猪杂交后代的FSH-β基因遗传变异分析

为探究FSH-β基因遗传变异对MX猪的影响,实验以从江香猪(♂)×梅山猪(♀)杂交后代为研究对象,利用PCR扩增技术结合直接测序,对FSH-β基因SNPs位点进行筛选。结果:FSH-β基因135 bp和231 bp处分别发生了单核苷酸突变135 G/T、231A/G,遗传学分析显示这2个突变位点所对应的纯合子基因型频率均为0.884 6,杂合子基因频率均为0.115 4,多态信息含量(PIC)为0.112 1,属于低度多态,遗传多样性并不丰富;经χ2适合性检验表明,2个位点均不处于Hardy Weinberg平衡状态(P0.05)。     

3个贵州地方鸡种NKX2-5基因多态性及生物信息学分析

以高脚鸡、威宁鸡、乌蒙乌骨鸡(含白壳蛋鸡和绿壳蛋鸡)3个贵州地方鸡种为研究对象,构建品种DNA池,扩增NKX2-5基因第1外显子全部序列及第2内含子部分序列,采用直接测序法对3个品种(4个群体)的NKX2-5基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构的影响.结果表明,在3个品种(4个群体)中共检测到G108A、T288C、C400T、T420G和G429A 5个SNPs位点,其中,G108A位于非编码区;T288C、C400T位于第1外显子区;T420G和G429A位于内含子区.T288C和C400T均为错义突变,T288C突变导致丝氨酸(Ser)变为脯氨酸(Pro)、C400T突变导致丙氨酸(Ala)变为缬氨酸(Val),SNPs位点对于NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响.     

百宜黑鸡PRL基因多态性与产蛋性能关联分析

为了探究PRL基因多态性与鸡产蛋性能的相关性,试验以95只百宜黑鸡为研究对象,利用PCR扩增技术结合直接测序方法对鸡PRL基因SNP位点进行筛选.结果:在试验群体中找到4个SNPs,分别为g.6171 C>T、g.6232 C>G、g.6306 C>T、g.6440 T>C,且4个SNPs均处于第5外显子,g.6171 C>T和g.6232 C>G位点之间属于完全连锁平衡;χ2检验发现,该基因座的位点并不处于Hardy-Weinberg平衡状态;遗传参数分析发现,除了g.6306 C>T属于低度多态,其余位点均属于中度多态;关联分析表明,各SNP位点与产蛋性能之间不存在显著相关关系(P>0.05).     

4个品种鸡Toll样受体4基因第2内含子的多态性分析

本研究采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测了4个品种鸡(仙居鸡、白耳鸡、清远麻鸡和安卡鸡)Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)基因第2内含子的单核苷酸多态性。结果表明,4个品种鸡TLR4基因的第2内含子上均发现了G1894C的突变,共产生了AA、AB和BB 3种基因型,4个品种鸡该位点的多态信息含量(PIC)分别为0.570、0.597、0.583和0.588,均属于高度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);4个品种鸡G1894C多态位点的基因型在感染鸡白痢沙门氏菌阳性组和阴性组间的分布差异均不显著(P>0.05);G1894C多态位点在仙居鸡与白耳鸡2个品种间基因型分布差异极显著(P<0.01)。     

Identification of single-nucleotide polymorphisms in 5' end and exons of the PRKAG3 gene in Hubbard White broiler, Leghorn layer, and three Chinese indigenous chicken breeds

5′‐AMP‐activated protein kinase plays an important role in regulating the level of ATP in the presence of metabolic stress. Previous studies revealed that polymorphisms in 5′‐AMP‐activated protein kinase gamma 3 subunit (PRKAG3) gene are associated with meat quality in pigs. In the present study, single‐nucleotide polymorphisms (SNPs) in the 5′‐end and exons of chicken PRKAG3 gene were identified with the method of single‐strand conformation polymorphism in Hubbard ISA White broiler, Leghorn layer, and three Chinese indigenous chicken breeds, Tibet Chicken, Shouguang Chicken and Beijing Yellow Chicken. Two SNPs in the 5′‐end of the gene and 10 SNPs in exons 3, 4, 9 and 11, of which three caused amino acid substitutions, were identified in the PRKAG3 gene of the five chicken breeds. The results will facilitate further study on the association between the mutations of PRKAG3 and chicken meat quality.     

褪黑激素受体MTNR1B5′调控区多态及其与鸡产蛋性状的关联分析

为研究褪黑激素受体基因MTNR1B对鸡产蛋性状的影响,本试验用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B5′调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5′调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处于哈代温伯格平衡状态。-836位点（C→T）,-778位点（G→A）和-629位点（G→A）完全连锁,群体中有CGA和TAG 2种单倍型。CGA使产蛋数增加,在前、中、后期和总产蛋数上,加性效应值分别为1.0、2.5、1.4和4.9枚。在中期、后期和总产蛋数上2种单倍型存在正向互作效应,显性效应分别达到了2.7、2.3和5.6枚。构建的包含TAG、CGA和TGG 3种单倍型启动活性试验表明,-778位点突变是单倍型效应差异的关键。综上所述,MTNR1B的5′调控区有丰富的SNPs位点,-836、-778和-629位点SNPs及单倍型对寿光鸡的产蛋量有显著影响,可作为寿光鸡产蛋量辅助选择的具有潜在应用价值的分子遗传标记。     

江苏地方山羊品种H-FABP基因的SNPs检测及群体遗传学分析

采用PCR-SSCP和DNA测序技术对2个江苏地方山羊品种的心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid binding protein,H-FABP)基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测和群体遗传学分析。结果表明,在所扩增的片段中,仅在H-FABP基因外显子2的第132位检测到G/C碱基突变,形成GG和GC基因型,2个山羊群体均是纯合GG基因型占主导优势,且该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;黄淮山羊群体的杂合度、有效等位基因数和多态信息含量指标均高于长江三角洲白山羊群体,表明其群体内的遗传变异程度相对较大、遗传多样性也更为丰富。     

布莱凯特黑牛心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR-SSCP方法测定96头布莱凯特黑牛H-FABP基因外显子2和内含子2的部分序列多态性,并对含有多态序列的片段进行了序列分析。结果表明,引物1、3的扩增序列不存在多态性,引物2、4的扩增序列存在多态性;引物2在内含子第323位点处存在G→A突变,在群体中产生了AA、AB、BB 3种基因型,基因型频率分别为0.448、0.146、0.406,多态信息含量(PIC)为0.375,属于中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率不处于Hardy-Weinberg平衡状态;引物4在内含子2第872位点处存在C→G的突变,产生了HH、Hh、hh3种基因型,基因型频率分别为0.104、0.417、0.479,多态信息含量(PIC)为0.337,为中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

崇明岛山羊群体H-FABP基因多态性的研究

以崇明岛53只崇明白山羊、30只徐淮山羊、37只杂山羊为实验材料,利用直接测序寻找心脏型脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)部分exon2及intron2序列上的SNPs,PCR-RFLP分析其多态性。结果表明:存在3个SNP位点(A1017G、C1115T、G999-)。A1017G通过HaeⅡ-RFLP得到BB、Bb、bb 3种基因型,除徐淮山羊外,崇明白山羊和杂山羊处于Hardy-Weinberg非平衡状态,3个群体均为低度多态(PIC<0.25)。C1115T未引起酶切位点改变。G999-通过SauⅠ-RFLP得到DD、Dd、dd 3种基因型,崇明白山羊处于Hardy-Weinberg非平衡状态,为低度多态(PIC<0.25);徐淮山羊和杂山羊只有DD基因型,呈严重的偏态,没有多态性。本研究表明H-FABP在不同山羊品种中具有单核苷酸多态性,可进一步作为候选基因分析其与肌内脂肪含量性状的关联性。     

鸡GPC1基因外显子8的SNPs与部分免疫性状的相关性分析

采用PCR-SSCP对12个不同鸡种glypican-1(GPC1)基因外显子8的单核苷酸多态性进行检测,同时检测如皋鸡、安卡鸡和文昌鸡3个鸡种56日龄的5个免疫性状,进一步分析SNP位点与免疫性状的关系。结果表明:12个鸡种中均出现3种带型,存在g.155 C>A错义突变,引起苏氨酸突变为精氨酸。12个鸡种群中,AA、AB和BB基因型平均频率分别为0.259、0.545和0.211;平均观察杂合度为0.466,平均Shannon信息指数为0.671。除乌骨鸡、大骨鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余群体均处平衡状态。基于该位点构建的UPGMA聚类图将12个鸡种分为3大类,反映了12个鸡种在抗性方面存在的差异。经过关联分析,如皋、安卡鸡中AB型个体的IL-1浓度、H/L值与BB型存在显著差异,与AA型差异不显著;在其他免疫性状中各基因型之间均无显著差异。安卡鸡的一般抗性总体低于如皋鸡和文昌鸡。     

鸭多巴胺受体D1基因CDS区多态性与生长性状的关联性分析简

本研究采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合对兴义鸭和樱桃谷鸭多巴胺受体D1 (dopamine receptor D1,DRD1)基因编码序列(coding sequence,CDS)区130－587 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态性对樱桃谷鸭生长性状的影响。结果表明,在樱桃谷鸭和兴义鸭DRD1基因编码区130－587 bp区域内均检测到3种基因型：AA、BB和AB,2个等位基因：A和B;AA基因型均为优势基因型,频率分别为0.7416和0.5643,等位基因A均为优势等位基因,频率分别是0.8539和0.7204;多态信息含量分别为0.2184和0.3217,分别处于低度多态和中度多态位点,樱桃谷鸭群体中该座位基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,兴义鸭群体则偏离了Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）;序列比对发现2个SNPs位点,其中c.189 T＞C为同义突变,c.507 T＞A为错义突变,导致丝氨酸（S）变成精氨酸（R）。关联分析结果显示,BB基因型樱桃谷鸭个体的8周龄重和12周龄体斜长显著高于AB基因型（P<0.05）,10周龄重、12周龄重和12周龄胸深显著高于AA和AB基因型（P<0.05）。研究结果揭示该多态座位可能是影响鸭生长性状的一个标记辅助选择位点。