银龙鱼烂鳃病病原的分离和鉴定

[目的]对患烂鳃病银龙鱼开展病原分离和鉴定。[方法]采用人工回归感染试验确定分离菌株的致病性,利用生理生化试验和16S r DNA基因序列分析对病原菌进行鉴定。[结果]分离菌株YY-2017-3对斑马鱼具有致病性,其生理生化试验结果与柱状黄杆菌相一致;YY-2017-3菌株的16S r DNA基因序列与柱状黄杆菌聚为一支,对多种药物显示耐药。[结论]菌株YY-2017-3被鉴定为柱状黄杆菌,这是柱状黄杆菌引起银龙鱼烂鳃病在国内的首次报道。     

斑点叉尾鮰烂鳃病病原柱状黄杆菌的分离及鉴定

[目的]对从斑点叉尾鮰烂鳃病中分离的病原菌进行分类学地位鉴定。[方法]采用人工感染确定其病原性,常规生理生化鉴定和16SrRNA基因序列分析方法进行分析。[结果]该菌株为革兰氏阴性杆菌,滑行运动,无鞭毛,菌体大小为(0.3～0.5)μm×(5～10)μm,过氧化氢酶反应阳性,不能发酵和利用葡萄糖等多糖,不水解酪氨酸,不产生吲哚。所测16SrRNA基因序列经BLAST分析表明,与GeneBank上登录的柱状黄杆菌的16SrRNA序列同源性最高,其相似性达98.2%。基于16SrRNA基因序列构建的系统进化树表明,菌株GHS061212与柱状黄杆菌(AY841899)聚为1个分支,且置信度较高,为71.0%。[结论]菌株GHS061212被鉴定为柱状黄杆菌,这是国内首次报道斑点叉尾鮰烂鳃病病原为柱状黄杆菌。     

用抑制性差减杂交筛选鸭疫里氏杆菌2型可能毒力基因

为寻找鸭疫里氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)可能的毒力基因,以鸭疫里氏杆菌2型(RA2)毒力株RAF2及弱毒力株LY-58为研究对象,通过抑制性差减杂交(SSH)试验,从RAF2株中获得14个特异性差异基因片段。经同源性分析,其中6个差异基因片段分别与外膜蛋白、ATP结合蛋白、转录调节因子、氨基酸通透酶、胞外蛋白编码基因有同源性,为可能的毒力基因;4个差异基因片段与功能未知蛋白或假定蛋白编码基因有关;另外4个差异基因片段未找到同源序列。利用PCR对上述10个可能与毒力相关的差异基因片段在13株分别属于8个不同血清型RA中的分布进行了检测,结果表明除8型外,以上差异基因片段在RA中分布普遍。     

柱状黄杆菌对草鱼TLRs基因表达水平的影响

用柱状黄杆菌Flavobacterium columnare G4株感染草鱼Ctenopharyngodon idella,分别在感染1、4、7d后提取感染组和对照组草鱼鳃、脾脏、肝脏、肠道和头肾5种组织的总RNA,并采用半定量RT-PCR方法检测不同组织中Toll样受体3(TLR3)、Toll样受体7(TLR7)和Toll样受体22(TLR22)3个抗病毒免疫基因的表达变化.结果表明:注射柱状黄杆菌7d后,TLR3在草鱼鳃、肝脏、肠道和头肾4种组织中的表达显著上调(P＜0.05);注射柱状黄杆菌4d和7d后,TLR7和TLR22在5种组织中的表达均显著上调(P＜0.05);而注射柱状黄杆菌1d后,TLR22在鳃、脾脏和肝脏组织中的相对表达量就显著上调(P＜0.05).研究表明,TLR3、TLR7和TLR22基因在机体应对细菌感染的免疫反应过程中发挥着重要的作用.     

陕西省猪流行性腹泻病毒S基因克隆与生物学信息分析

【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒（PEDV）主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株陕西省PEDV流行毒株S基因。利用生物信息分析软件,将获得的PEDV流行毒株S基因与GenBank中公开的57株PEDV序列进行比对分析。【结果】获得了10株陕西省PEDV流行毒株S基因全序列,长度为4 149～4 167 bp。将序列上传GenBank,获得相应的登录号为OL855978～OL855987。系统进化树分析显示,67个PEDV毒株分为G1a、G1b、G2a和G2b 4个亚群,10株PEDV流行毒株均属于G2b亚群,且遗传距离较近,与我国多个省区近年流行毒株亲缘关系较近。同源性分析结果表明,10株流行毒株之间S基因核苷酸序列同源性为95.4%～98.3%,氨基酸同源性为91.0%～98.1%;10株流行毒株与疫苗毒株S基因核苷酸序列同源性为91.7%～98.5%,氨基酸同源性为87.8%～98.5%。与G1a亚群的SD-M、CV777疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较低,而与G2b亚群的AJ1102、LNCT2、LW/L、XJ-DB2疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较高。与CV777 S蛋白相比较,共有88个氨基酸位点出现变异,变异位点占总位点数的6.36%（88/1 383）,其中在59～62位氨基酸有7株毒株出现了QGVN插入,在140位氨基酸有8株毒株出现N插入,在160～161位氨基酸有7株毒株出现DG缺失。S蛋白主要的中和表位、抗原表位和单抗识别表位出现多个变异位点。二级结构预测发现,与CV777相比较,多数流行毒株S蛋白的α螺旋、无规则卷曲占比稍有增加,β转角、延伸占比有所下降。S蛋白糖基化位点预测结果表明,与CV777株相比,流行毒株有多个引入或缺失的糖基化位点。【结论】陕西省PEDV流行毒株S蛋白抗原性发生了较大变化,推测疫苗免疫保护效果下降与此密切相关。     

免疫多糖对受免草鱼免疫应答的调节作用

在饲料中添加定量的免疫多糖,投喂经注射接种福尔马林灭活的柱状黄杆菌(Flavobacterium co-lumnare)菌苗的草鱼(Qerlopharyngodon idellus)28 d后,通过测定供试鱼的增重量、血清中凝集抗体效价、溶菌酶活性、谷丙转氨酶活性、血清总蛋白含量、白细胞吞噬活性以及活菌攻毒后的免疫保护率,探讨了免疫多糖对受免草鱼免疫应答的增强作用.结果表明,用添加200.0 nag/(kg.d)免疫多糖的饲料投喂受免草鱼,不仅可以使受免草鱼对灭活柱状黄杆菌的免疫应答水平提高,增强抵抗柱状黄杆菌人工感染的能力,而且还具有一定的促进生长和改善肝功能的作用.     

嗜水气单胞菌相关毒力基因的研究进展

嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）是人、畜和水生动物共患的条件致病菌。目前发现其致病性与多种毒力因子相关。主要对外毒素、外膜蛋白和信号相关蛋白等毒力因子相关基因的研究进展作一综述,为嗜水气单胞菌病的鉴定、预防和治疗提供参考。     

烟草甲虫高毒力苏云金杆菌的分离与筛选

对云南7个优质主产烟区收集的450份烤后烟样,运用4%NaCl培养基选择分离法,分离出苏云金芽孢杆菌475株。其中对含毒蛋白基因cryⅠ及cryⅤ的18个Bt菌株用2龄烟草甲虫进行生物毒力测定,试验9 d后,9个Bt菌株生物毒力测定校正死亡率均超过80%;试验12 d后,5个Bt菌株生物毒力测定校正死亡率均超过95%。同时对分离出的Bt菌进行PCR毒素蛋白基因鉴定,含cryⅠ毒素蛋白基因的Bt菌有7株,出菌率为1.47%;含cryⅤ毒素蛋白基因的Bt菌11株,出菌率为2.32%;没有含cryⅢ毒素蛋白基因的Bt菌。因此,为进一步用苏云金芽孢杆菌防治烟叶仓贮害虫提供了科学依据。     

斑点叉尾鮰柱形病病原的分离鉴定及药敏试验

从网箱患柱形病的斑点叉尾鮰病灶中分离到一株细菌(YZ130310),经回归感染试验证实其具有高度致死性.经形态学观察、生理生化特性和16S rRNA基因序列分析鉴定,其主要特征为:革兰氏阴性,菌体细长、两端钝圆、弯曲或直的杆状,菌落浅黄色,边缘不整齐呈根须状;氧化酶、过氧化氢酶阳性,分解酪素和明胶,不分解纤维素、几丁质、酪氨酸、七叶灵和淀粉,硝酸盐还原阳性,吲哚和葡萄糖产气阴性.菌株的16S rRNA基因序列分析结果表明,菌株YZ130310与GenBank上登录的柱状黄杆菌(Flavobacterium Columnare)ATCC 49512株的16S rRNA序列同源性最高,其相似性达99.6％;在基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树中,菌株YZ130310与柱状黄杆菌(AY095342)聚为一支.综合形态及生理生化特点和分子生物学的分类鉴定结果,菌株YZ130310可鉴定为柱状黄杆菌(F Columnare).16种抗菌药物的敏感性试验结果表明,菌株YZ130310对头孢哌酮等7种药物敏感,对阿米卡星和氧氟沙星2种药物中度敏感,对头孢氨苄等7种药物存在不同程度的耐药性.     

食用菌异迟眼蕈蚊苏云金芽孢杆菌筛选及杀虫蛋白基因鉴定

苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis, Bt)杀虫谱广,活性高,可以很好地应用于双翅目眼蕈蚊科的防治。为了筛选出对食用菌异迟眼蕈蚊(Bradysia difformis)有高毒力的苏云金芽孢杆菌菌株,并进行杀虫蛋白基因鉴定,采用醋酸钠-抗生素法,从江苏省南京市紫金山土壤中分离产晶体芽孢杆菌,通过室内毒力测定和对食用菌菌丝影响试验逐步进行筛选,同时进行Bt杀虫蛋白基因型聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restricted fragment length polymorphism, PCR-RFLP)扩增鉴定。结果从分离到的17株产晶体芽孢杆菌中筛选出7个对异迟眼蕈蚊杀虫活性的校正死亡率在50%以上且不影响食用菌菌丝生长的菌株。经16S rDNA基因序列同源性分析,这7株菌与公共数据库中苏云金芽孢杆菌菌株的同源性可达99%以上,初步认定为苏云金芽孢杆菌(B. thuringiensis)。Bt杀虫蛋白基因型鉴定发现,这7个菌株含有cry4/10、cry11、cyt1、cyt2等4个不同的毒蛋白基因型。筛选出的这7株Bt菌株对于防治食用菌异迟眼蕈蚊具有较好的开发利用潜力。     

种蛋孵化早期蛋黄蛋白质组学比较分析

卵黄为发育胚胎提供脂肪、蛋白质等营养物质,直接影响胚胎发育。研究旨在探索胚胎发育早期卵黄蛋白质变化,采用2-DE结合MALDI-TOF MS/MS分析孵化0和10 d种蛋卵黄蛋白质组成。共鉴定出代表10种蛋白质的57个蛋白点丰度存在显著差异(P<0.05),其中8个蛋白点仅存在于0 d卵黄;24个蛋白点仅存在于孵化10 d卵黄;另有25个蛋白点共同存在于0和10 d卵黄中,其中9个点丰度上调、16个点丰度下调。首次检测出卵黄膜外层蛋白1存在于胚胎孵化0和10 d卵黄中。2-DE凝胶图像分析表明,39个蛋白质相对分子质量低于其理论值。生物信息学富集分析表明,4种蛋白质与脂质转运和脂质定位有关,2种蛋白质与抗原结合有关。孵化10 d后卵黄差异蛋白主要参与脂质转运以维持胚胎发育。研究结果有助于进一步了解卵黄蛋白质对胚胎发育的调控机理。     

可结合Caco-2细胞表面蛋白的副溶血弧菌外膜蛋白的筛选与鉴定

[目的]筛选可结合Caco-2细胞表面蛋白的副溶血弧菌外膜蛋白。[方法]筛选副溶血弧菌外膜中的黏附蛋白,将Caco-2细胞表面蛋白生物素化并固定于中性卵白素树脂上,进一步利用亲和层析技术来筛选副溶血弧菌的外膜蛋白。[结果]通过LC-MS/MS质谱技术鉴定出3个候选蛋白:ATP synthase subunit alpha、ATP synthase subunit beta和outer membrane protein U。通过对这3个蛋白进行克隆基因和原核表达,成功纯化得到相应重组蛋白。通过进一步的间接免疫荧光试验,发现3种蛋白对于Caco-2细胞均有黏附作用。[结论]推测ATP synthase subunit alpha、ATP synthase subunit beta和outer membrane protein U这3种蛋白可能是潜在的黏附因子。     

橡胶树死皮病黄色体蛋白质组差异分析与初步鉴定

应用双向凝胶电泳技术（two—dimensional gel electrophshiya／oresis,2-DE）,比较橡胶树死皮株与健康株胶乳黄色体蛋白质组表达的差异。采用TCA／丙酮沉淀法提取橡胶树死皮株与健康株黄色体蛋白质,并采用固相pH梯度（immobilized pH gradient,IPG）双向凝胶电泳分离两种材料蛋白质,凝胶经银染显色后,用PDQuest图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质。成功获得了橡胶树死皮株与健康株胶乳黄色体的双向凝胶电泳图谱。鉴定出24个蛋白差异点,其中17个上调表达,7个下调表达。并应用质谱技术鉴定了其中部分表达差异的蛋白质点,对渗调蛋白进行了功能分析,其在死皮株中表现下调的情形可能与死皮病的发生有一定的关系。     

PEG分级法检测绿竹叶片双向电泳中的低丰度蛋白

蛋白质组学研究的关键问题之一是双向电泳(2-DE)中低丰度蛋白的分析,主要是因为相关高丰度蛋白的存在,导致IPG胶条无法吸胀低丰度蛋白,使得低丰度蛋白在2-DE中很难被检测出来。利用梯度浓度的PEG4000沉淀方法来富集绿竹叶片中不同丰度的蛋白质,从而使得低丰度蛋白在凝胶中显现出来。在PEG分级法和传统的全蛋白提取法的2-DE比较中,发现采用PEG分级沉淀法提取的蛋白质的数量以及类别明显增加,高丰度蛋白主要富集在8%和16%的PEG浓度组分中,使得其他组分中的低丰度蛋白与高丰度蛋白组分分别进行2-DE分析。经过对图像和数据的比较、分析,PEG分级法得到的5个组分蛋白点总数超过了1032个,大约是传统蛋白提取方法制备蛋白样品的3倍。     

Combining Phytate/Ca2+ Fractionation with Trichloroacetic Acid/Acetone Precipitation Improved Separation of Low-Abundant Proteins of Wheat (Triticum aestivum L.) Leaf for Proteomic Analysis

Proteomic assessment of low-abundance leaf proteins is hindered by the large quantity of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) present within plant leaf tissues. In the present study, total proteins were extracted from wheat (Triticum aestivum L.) leaves by a conventional trichloroacetic acid (TCA)/acetone method and a protocol first developed in this work. Phytate/Ca²⁺ fractionation and TCA/acetone precipitation were combined to design an improved TCA/acetone method. The extracted proteins were analysed by two-dimensional gel electrophoresis (2-DE). The resulting 2-DE images were compared to reveal major differences. The results showed that large quantities of Rubisco were deleted from wheat leaf proteins prepared by the improved method. As many as (758±4) protein spots were detected from 2-DE images of protein extracts obtained by the improved method, 130 more than those detected by the TCA/acetone method. Further analysis indicated that more protein spots could be detected at regions of pI 4.00–4.99 and 6.50–7.00 in the improved method-based 2-DE images. Our findings indicated that the improved method is an efficient protein preparation protocol for separating low-abundance proteins in wheat leaf tissues by 2-DE analysis. The proposed protocol is simple, fast, inexpensive and also applicable to protein preparations of other plants.     

意大利蜜蜂工蜂毒腺内蜂毒与电取蜂毒蛋白质组比较

【目的】对意蜂工蜂毒腺蜂毒和电取蜂毒蛋白质组成的特点和差异进行探究,为进一步了解蜂毒的化学组成和合理利用提供理论依据。【方法】采用凝胶电泳和非凝胶技术对直接从毒腺内获取蜂毒（毒腺蜂毒）和电取蜂毒的蛋白质组进行比较,对差异蛋白进行质谱分析、功能鉴定和生物信息学分析。【结果】在毒腺蜂毒中,一维凝胶电泳（1-DE）鉴定19种蛋白,双向凝胶电泳（2-DE）鉴定11种蛋白,非凝胶法鉴定14种蛋白,3种方法在毒腺蜂毒中共鉴定30种非冗余蛋白质,它们是蜂毒毒素成分（50%）和保护腺体细胞免受毒素损伤的抗氧化类蛋白和蛋白成熟加工相关的蛋白折叠、分子转运类等（50%）。在电取蜂毒中,1-DE鉴定12种蛋白,2-DE鉴定3种蛋白,非凝胶法鉴定7种蛋白,3种方法共鉴定14种非冗余蛋白质,它们主要是蜂毒毒素成分（93%）。其中类磷脂酶A2在2种蜂毒中首次鉴定,肽基辅氨酰顺反异构酶在毒腺蜂毒中首次发现。蜂毒明肽前蛋白原、镇静肽在毒腺蜂毒中的含量显著高于电取蜂毒。磷脂酶A-2、毒液二肽基肽酶Ⅳ前体、毒液过敏性酸性磷酸酶和肥大细胞脱粒肽在电取蜂毒中含量较高。【结论】毒腺蜂毒中蛋白种类丰富,但电取蜂毒中主要毒素成分含量不低于毒腺蜂毒。由于蜂毒中的主要药物成分在毒素中,因此,电击取毒可有效利用蜂毒的功能成分。新发现的蜂毒蛋白对进一步认识蜂毒组成成分具有一定意义,这为蜂毒合理利用提供理论依据和实践基础。     

牛支原体蛋白质组学双向电泳技术的建立及初步分析

为了建立M.bovis蛋白质组学技术,试验采用M.bovis湖北分离株为实验材料,对样品处理、固相pH梯度胶条、上样量及染色等影响双向电泳图谱质量的关键因素与环节进行一系列的探索,2D Clean-up试剂盒处理的样品400μg在13 cm干胶条(pH 4~7)中进行双向凝胶电泳,考马斯亮蓝R350染色的方法,结果获得了能较好展示大部分蛋白点,分辨率及重复性均很好的双向电泳图谱,应用Image Master 2D Platinum version 6.0软件对图谱进行初步分析,不同重复图谱之间的平均匹配率达80.95%,随机取重复性好的20个蛋白点进行质谱分析,获得19蛋白质点的肽质量指纹图谱,鉴定成功率为95%。质谱鉴定结果与自建M.bovis蛋白库对比,蛋白点匹配率高于82分值限值(P<0.05)的不同蛋白有12个,初步分析这些蛋白多为酶类。说明该技术平台能有效用于M.bovis蛋白质组学的后续研究之中。     

氮饥饿环境中稻瘟病不同致病力菌株分泌蛋白的双向电泳图谱分析*

 采用双向电泳技术研究了稻瘟病菌株Y99-63和Y98-16在氮饥饿条件下分泌蛋白群的组成及差异。在稻瘟病菌株Y99-63和菌株Y98-16分泌蛋白的2 DE图谱中分别检测出 262±10和253±10个蛋白质点。其中有130个蛋白质点为菌株Y99-63特异表达,121个蛋白质点为Y98-16特异表达,132个蛋白质点为两菌株共同表达。在两菌株共同表达的表达量相差达5倍以上的有38个蛋白质点,其中有25个蛋白质点在菌株Y99-63表达量较大,有13个蛋白质点在菌株Y98-16表达量较大。生物信息学预测稻瘟病菌分泌蛋白的分子量在10-20kDa以及等电点在5.0-5.5范围内蛋白质点数最多。菌株Y99-63特异表达分泌蛋白的分子量10-20kDa范围内蛋白质点最多, 菌株Y98-16特异表达分泌蛋白的分子量在20-30kDa范围内蛋白质点数最多,两菌株共同表达的分泌蛋白分子量在10-20kDa范围内蛋白质点数最多。菌株Y99-63特异表达分泌蛋白的等电点在5.5-6.0范围内蛋白质点数最多,菌株Y98-16特异表达分泌蛋白的等电点在4.5-5.0范围内蛋白质点数最多,两菌株共同表达分泌蛋白等电点在5.0-5.5范围内蛋白质点数最多。稻瘟病菌不同菌株在氮饥饿条件下产生的分泌蛋白有较大差异。     

梨叶片总蛋白提取及双向电泳体系的建立

【目的】探索建立有效的梨叶片蛋白质组双向电泳体系,为梨蛋白质组的后续研究提供参考。【方法】以早酥梨叶片为材料,比较蛋白质提取方法、蛋白质裂解时间、IPG胶条的pH梯度和长度、等电聚焦程序及SDSPAGE电泳参数对梨叶片蛋白双向电泳结果的影响。【结果】采用第2种改良的三氯乙酸（TCA）/丙酮沉淀法提取梨叶片总蛋白,蛋白质裂解1 h,选用长17 cm、pH 4～7的IPG 胶条及聚焦程序Ⅱ进行等电聚焦,于100 V 30 min、180 V 6 h条件下进行SDS-PAGE垂直电泳,可以获得背景清晰、重复性好的双向电泳图谱。【结论】建立并优化了适用于梨叶片蛋白质组分析的双向电泳体系。     

Antimicrobial Susceptibility and Characterization of Outer Membrane Proteins of Aeromonas hydrophila Isolated in China

Aeromonas hydrophila isolates from clinical cases （n=43） were tested against 8 antimicrobial agents and typed by outer membrane protein （OMP） pattern by using sodium dodecyl sulfate gel electrophoresis. All isolates were resistant to ampicillin （MICs, ≥16 μg mL-1） and sulfamonomethoxine （MICs≥64 μg mLl）, but susceptible to norfloxacin （MICs,≤0.5 μg mL-1）. There was a high incidence of resistance to erythromycin （90.70%） and tylosin （93.02%）, while a low incidences of resistance to ciprofloxacin （2.33%）, enrofloxacin （2.33%） and florfenicol （4.65%）. Six different outer membrane protein patterns were found among 34 isolates by analyzing proteins in the range of 22 to 50 kDa, other than 9 isolates with their respective profiles. The strains with the similar OMP profiles had similar resistances. Compared with the other strains from the same OMP patterns, NB-1, A.Pun and MR-1 had lacked the proteins in the range of 30 to 45 kDa and their resistance to florfenicol substantially increased. It is speculated that the outer membrane protein changes might correlate with decreased susceptibility to florfenicol in the three strains. Some strains which showed completely identical OMP types had a little difference in their resistance to fluoroquinolones, indicating that there might be other factors that were involved in the antimicrobial resistance of A. hydrophila.