PCR-DGGE技术在水产养殖中的应用

介绍了变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术的原理、优点和应用程序,概述了PCR-DGGE技术在底泥微生态、水环境微生态、水产动物肠道微生态和水产养殖系统微生态的应用现状和应用前景.     

DGGE技术在土壤微生物群落研究中的应用

现代分子生物学的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrqphoresis,DGGE)技术是土壤微生物群落研究的有效工具,它直接分离土壤微生物的DNA片段,比传统的培养方法更具明显的优势,已成为研究土壤微生物的重要手段之一。对DGGE技术的原理及其在土壤微生物群落研究中的应用情况、优点和局限性进行了介绍。     

蜜蜂肠道微生物研究概况

微生物与人、动物和植物健康和疾病息息相关,微生物组计划已经成为近几年国内外研究的热点。蜂类具有重要经济价值,但对探究微生物存在于蜂类肠道的情况尚不明确。本文综述了蜜蜂肠道菌群的主要组成及其分布,为肠道微生态制剂的应用提供参考和依据。     

微生态制剂在动物生产中的应用

微生态制剂可通过保持动物机体肠道内正常微生物区系平衡,改善畜禽生产性能和提高动物产品品质,在动物生产中具有非常广阔的应用前景.文章主要根据微生态制剂的作用,论述了其在动物生产中的应用研究进展.     

益生素作为饲料添加剂在生产上的应用

益生素又称为益生元,是指可以直接饲喂动物并通过调节肠道微生态平衡达到预防疾病、促进动物生长和提高饲料利用率的活性微生物或其培养物。益生素具有无毒、无抗药性、无残留等优点,其应用受到了普遍关注,它主要是通过改善动物消化道微生态平衡,抑制肠道有害微生物,帮助动物建立有利     

微生态制剂在断奶仔猪生产中的应用

微生态制剂是抗生素的理想替代品之一,其可以补充动物肠道内缺乏的正常微生物数量或种类,能够调整和维持肠道微生态平衡,使营养物质更好的消化吸收,可以增强免疫力,以达到"无病防病,有病治病"的目的。微生态制剂具有提高断奶仔猪生产性能、减少腹泻、调节肠道菌群数量、维持肠道微生态平衡等功能,对断奶仔猪肠道微生态体系的调节起着重要作用。文章综述了微生态制剂对断奶仔猪肠道的影响及其在仔猪生产中的应用。     

饲用微生态添加剂的研究进展

饲用微生态添加剂对动物肠道微生物有特殊影响，具有防病治病、提高畜禽生产性能的作用，且无残留、无抗药性、无污染，是近年来饲料添加剂研究和应用的热点，文章就微生态添加剂的发展、应用概况、作用机理和发展趋势作一综述。     

微生态功能性营养物质寡果糖的研究和应用

肠道稳定的微生态区系的形成，能使动物免受感染尤其胃肠道的感染。可见，动物微生态与动物营养和保健等有重要的联系。动物营养学家从微生态理论出发,通过维持动物正常的胃肠道微生物区系的方法来维持动物的胃肠道微生态系统的平衡,最终达到保健和促生长的目的。目前,常用的是益生素和微生态功能性物质调节两种方法。Ｆｕｌｌｅｒ（１９９２）根据以往使用活菌调节的情况提出了益生素概念,指出其能通过高宿主肠道微生物平衡,对宿主产生有益影响。但由于益生素为活菌制剂,对生产、贮存和使用过程中的条件要求较高,限制了使用。实践中人们很…     

活性酵母益生素在畜牧业上的应用

活性酵母益生素在畜牧业上的应用黑龙江省生物制品二厂董传发，廖文酶，肖盛林，米春桃益生素是近年来发展起来的新型微生物添加剂，也称生菌剂、竞生素、微生态制剂等，它是一类能够改善动物肠道内微生物区系平衡的活性微生物制剂。国内外研究生产的益生素大多是利用动物...     

PCR-DGGE技术及其在环境微生物领域中的应用

变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术目前已被广泛应用于环境微生物领域。介绍了DGGE的基本原理和技术步骤,分析了该方法的主要影响因素及其优点和存在的问题;概述了PCR-DGGE技术在环境微生物领域,包括在微生物处理技术、微生物生态多样性研究和功能菌种优化筛选中的应用现状,并展望了其应用前景。     

粘虫肠道细菌群落多样性的PCR DGGE指纹图谱分析

研究东方粘虫[ Myth imna se parata (Walker)]肠道细菌的多样性.采用常规分离培养与分子鉴定相结合的方法,并以16S rDNA作为分子标记的变性梯度凝胶电泳(DGGE)对肠道细菌进一步分离,DGGE分离样品是研磨提取粘虫中肠组织DNA、提取培养混合菌DNA及直接以培养混合菌为模板进行PCR扩增的产物.结果表明,共得到DGGE条带19条,其中肠组织研磨提取DNA的DGGE条带最多,为17条;直接以培养混合菌液为模板进行PCR扩增次之,为13条;培养混合菌液提取DNA的条带最少,为12条.传统方法和分子生物学方法相结合研究肠道微生物多样性时能获得更全面的微生物信息,可采用培养混合菌提取DNA再结合其他方法进行后续研究.     

动物肠道放线菌的研究展望

动物肠道作为一个典型的、独特的环境,其肠道微生物的优势菌群是放线菌。过去将动物粪便为对象开展肠道放线菌资源研究的极少。本文对动物肠道放线菌的研究价值、菌种的多样性及其生物活性物质做了简要概述,其中肠道放线菌中具有抗肿瘤活性的菌株较多,所产生的生物活性物质还具有抗菌性,且酶活性比例较高。因此,动物肠道放线菌是开发药物和其他产品的重要来源,是一种新的微生物资源,具有巨大的开发潜力。     

赤松根际土壤微生物PCR—DGGE反应体系优化

为建立赤松根际土壤微生物的PCR-DGGE反应体系,以赤松根际土壤为材料,利用PCR—DGGE技术,对反应体系中的几个重要因素不同梯度进行优化,包括模板DNA、dNTPs、引物及Mg2＋的用量。在25μL PCR反应体系中,模板DNA浓度为10ng,dNTPs浓度为0．15mM,引物浓度为0．32μM,Mg2＋浓度为1．0mM时,其PCR效果最佳。用该反应体系扩增出来的PCR产物,在DGGE凝胶上能够清晰地分辨出赤松根际土壤细菌和真菌多样性。这为进一步研究赤松根际土壤微生物,特别是研究赤松外生菌根奠定了基础。     

3种DNA提取方法对养殖池塘不同生境菌群PCR-DGGE分析的影响

比较3种DNA提取方法(溶菌酶法、CTAB法及珠磨法)对养殖池塘几种生境(底泥、饲料、草鱼肠道内容物及肠道壁)菌群PCR-DGGE分析的影响。结果表明,以3种提取方法获得的DNA为模板均能进行16S rDNA V3区特异性片段扩增;但不同DNA提取方法对池塘不同生境菌群DGGE指纹图谱存在显著影响。DGGE指纹图谱显示草鱼肠道内容物菌群(溶菌酶法)与肠道壁菌群(溶菌酶法)存在较高一致性,底泥菌群(CTAB法)及饲料菌群(溶菌酶法)与鱼体肠道菌群(包括内容物菌群和肠道壁菌群)则存在明显差异,但肠道菌群与底泥菌群的相似度相对更高。研究提示采用微生物分子生态学工具对养殖池塘不同生境进行菌群结构分析时,需提前优化DNA提取方法;在以投饲为主的养殖鱼塘中,草鱼肠道菌群更多源自于池塘底泥。     

家兔肠道微生物ERIC-PCR指纹图谱构建及分析

[目的]构建不同周龄健康家兔及腹泻家兔肠道微生物的ERIC-PCR指纹图谱,分析二者肠道菌群结构的多样性及其差异性,为优化家兔饲养和疾病防治打下基础.[方法]收集l~8周龄健康家兔与腹泻家兔粪便样本,分离肠道微生物并提取其基因组DNA,PCR扩增其16S rDNA与ERIC,构建ERIC-PCR指纹图谱,对不同同龄健康家兔及腹泻家兔肠道菌群结构进行分析.[结果]肠道微生物迅速在1周龄仔兔肠道中定植且总量达最高值,其后不断减少,5周龄后总量趋于稳定,且l周龄仔兔与5周龄后(断奶后)家兔的肠道微生物总量间均存在显著差异(P<0.05).随着周龄的增加,肠道微生物ERIC条带特征发生明显变化,各周龄出现了不同的特征性ERIC条带.与同一周龄健康家兔相比,腹泻家兔肠道微生物ERIC条带明显减少,条带特征存在明显差异,菌群多样性低于健康家兔.[结论]随着周龄的增加,健康家兔的肠道微生物菌群结构和多样性发生明显变化.与同一周龄健康家兔相比,腹泻家兔肠道微生物菌群结构明显改变,多样性明显降低,且出现健康家兔中未出现过的优势菌群,进一步证明肠道微生物菌群结构与家兔生长发育和腹泻存在关联性.     

陈化烟叶中细菌基因组DNA的提取及其多样性分析

以陈化10个月的河南襄城NC89烟叶为材料提取烟叶中细菌的基因组总DNA,并通过PCR—变性梯度凝胶电泳技术(DGGE),研究烟叶中细菌的多样性。结果发现,烟叶中细菌基因组16SrDNA V3区的PCR—DGGE图谱至少存在25条可分辨条带,其中4条亮度较强,表明陈化烟叶中细菌区系组成较多,优势种群可能有4种。     

土壤微生物多样性的主要影响因子及其效应

农田土壤类型、农业耕作方式以及农业植被类型等都是影响土壤微生物多样性的主要因素。长期种植不同作物以及实行不同的轮作方式对改变土壤微生物类群及其主要组成有显著影响；植被的破坏可直接导致土壤微生物多样性的丧失和微生物生物量的下降。以往对土壤微生物多样性的研究仅限于可培养的微生物类群而具有较大的局限性。分子生态学技术的发展，为微生物多样性的研究开辟了新的途径。     

双齿围沙蚕消化道共栖微生物菌群多样性的PCR-DGGE分析

将采自青岛市沿海潮间带的双齿围沙蚕Perinereis aibuhitensis(体质量为4～5 g)置于无菌海水中暂养24 h后,分别从5条双齿围沙蚕消化道中提取微生物基因组总DNA,应用细菌16S rDNA通用引物341f/534r进行细菌16S rDNA基因V3高变异区的PCR扩增,再将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),从而获得样品消化道共栖微生物群落特征的DNA指纹图谱。通过对指纹图谱半定量分析发现,采集的双齿围沙蚕消化道共栖微生物菌群多样性丰富,优势条带明显,不同个体间既存在共同的微生物种属,也有各自特异的种属。其中存在一条共同的优势条带,但优势条带含量存在个体间差异。分别对DGGE指纹图谱中公共条带序列进行测序比对,结果表明,产丙酸菌属Propionigenium分别为5个样品中的优势菌群,假交替单胞菌属Pseudoalteromonas广泛分布于双齿围沙蚕消化道中。研究表明,基于16S rDNA的PCRDGGE图谱技术是分析双齿围沙蚕及其他海洋沉积食性无脊椎动物消化道微生物菌群结构较为有效的手段。     

特异性敲除肠道miR-146a对小鼠肠道菌群的影响

【目的】miR-146a作为抑炎因子,仍然不清楚其是否参与宿主与微生物间的互作,进而影响肠道稳态,因此本文旨在研究miR-146a对小鼠肠道菌群的影响。【方法】以肠道miR-146a特异性敲除小鼠(CKO鼠)及对照小鼠(Flox鼠)为研究对象,利用16S rRNA高通量测序法检测2组空肠段的微生物菌群分布。【结果】测序共获得1 134个用于物种分类的OTUs,包括37门、80纲、161目、198科、261属、117种的细菌;Flox组和CKO组小鼠的空肠微生物中共有46个相同的OTUs;各组肠道微生物中厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidota、疣微菌门Verrucomicrobiota、变形菌门Proteobacteria和脱硫杆菌门Desulfobacterota是优势菌门;2组肠道微生物群落组成整体相似,但CKO组梭状芽孢杆菌纲Clostridia的平均相对丰度高于Flox组(P=0.067),毛螺菌目Lachnospirales平均相对丰度显著高于Flox组(P<0.05),其他层级组成无显著差异。【结论】miR-146a敲除可改变宿主肠道梭状芽孢杆菌...