烟叶基因组DNA提取方法研究

为探索适宜烟草叶片DNA提取的方法,对提取植物DNA的CTAB法和SDS法进行了优化,主要是在提取液的种类和浓度上做改进.以烟草叶片为材料,采用4种方法从烟草叶片中提取基因组DNA.结果发现,采用1%CTAB法可从烟草叶片中提取质量较高的基因组DNA,其分子量大于23 kb,以此方法提取的DNA为模板进行随机引物的PCR扩增,可获得清晰的RAPD条带,该研究初步建立了适合烟草叶片的RAPD技术体系.     

PCR-DGGE技术中不同DNA提取方法综述

DNA提取是PCR-DGGE技术中首要而关键的一个步骤,不同的方法提取的DNA产量和纯度等方面有差异,会对后续步骤产生很大影响。综述了目前广泛使用的DNA提取方法,以期为研究者提供参考。     

玉米基因组DNA的提取

玉米鲜叶不经冻干处理直接用ＣＴＡＢ法提取ＤＮＡ，其分子量和纯度均较高，可用于限制酶切、基因文库构建及基因组分析等。     

油菜基因组DNA的提取

采用一种新的方法从油菜（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ）中提取了基因组ＤＮＡ。其分子量、纯度和产率都较高，可用于限制性酶切和基因组文库的构建等。     

黄鳝体表粘液中基因组DNA的提取与分析

黄鳝基因组DNA一直采用抽血或剪取肌肉来提取,但是采血或剪取肌肉后黄鳝成活率很低。为了保留亲本,尝试从黄鳝体表粘液中提取DNA,并采用紫外分光光度计对提取到的DNA的纯度和浓度进行了检测。结果表明,用蛋白酶K消化,酚仿抽提后从粘液中得到的DNA的纯度与从肌肉中提取到的相差不大,但是提取到的量较少。为了验证提取的DNA是不是黄鳝基因组DNA,用黄鳝actin引物和18S r RNA基因引物扩增之后检测到了粘液中的较亮的DNA片段。为了进一步确认检测到的是黄鳝的DNA,我们又对得到的DNA进行了扩增,并得到的产物进行了克隆和测序。结果表明,粘液中提取到的DNA是黄鳝的基因组DNA。随后又选择了60尾黄鳝,提取其粘液之后对其成活率进行统计,养殖1个月后黄鳝的成活率都在95%以上。此黄鳝体表粘液提取DNA方法能提取高质量的DNA,可用于用于PCR鉴定。     

苦瓜基因组DNA提取和RAPD分析

采用4种CTAB法和改良SDS法对苦瓜的基因组DNA进行了提取，结果表明，改良SDS法提取的DAN质量较差，主要表现在多糖类物质去除不彻底；4种CTAB法都适合苦瓜DNA的提取，提取的DNA均适于RAPD分析，尤以改良CTAB法最为简单，快速。     

红掌基因组DNA提取方法的优化

[目的]采用改良的SDS法提取红掌基因组DNA。[方法]以4种不同花色的红掌品种为材料,分别采用改良SDS法和CTAB法提取红掌基因组DNA,用紫外分光光度计测定英DNA在A260nm和A280nm下的吸光值,根据A260nm/A280nm的比值检测DNA的纯度和浓度。[结果]用改良SDS方法提取的DNA透明且无杂质,A260nm/A280nm比值在1．6—2．0,DNA纯度较高,可满足红掌分子生物学试验的要求;用CTAB法提取的DNA呈褐色或淡黄色,A260nm/A280nm,比值小于1．6,DNA纯度较低并且浓度低,舍有大量蛋白,此方法不适于提取红掌基因组DNA。[结论J采用改良SDS法可以提取到高质量的红掌基因组DNA,所提取的DNA的纯度和浓度可以满足红掌分子生物学研究的要求。     

稻飞虱基因组DNA提取方法的比较

 以褐飞虱（Nilaparvata lugens Stal）为材料,分别采用SDS法,CTAB法,冰KAc法和饱和NaCl法提取褐飞虱的基因组DNA。通过电泳、紫外光谱分析和ISSR-PCR扩增等检测手段,比较分析了DNA数量与质量。结果表明： CTAB法和SDS法提取的DNA质量明显优于冰KAc法和饱和NaCl法,适于PCR扩增。并且SDS法提取的DNA经过PCR扩增后得到较多的多态性位点。因此,SDS法是实验室提取稻飞虱基因组有效,经济实用的方法。     

猕猴桃基因组DNA提取的研究

[目的]探讨猕猴桃属基因组总DNA的提取方法。[方法]以富含多糖和多酚次生代谢产物的猕猴桃为材料,比较不同品种在不同方法下的基因组DNA抽提效果,并对不同材料部位、抗氧化剂以及DNA纯化方法等对基因组DNA的获得进行研究。[结论]结果表明,以猕猴桃组培苗的茎部为材料,通过CTAB法,在裂解液中加入1％β巯基乙醇,以及在异丙醇沉淀前加入1／2体积的5mol／LNaCl,所得到的猕猴桃基因组DNA的质量较佳。[结论]该研究为今后猕猴桃分子生物学和基因工程研究奠定基础。     

不同数量猪毛中提取基因组DNA的比较

在进行分子生物学试验尤其是动物分子标记的研究中需要大量纯化的基因组DNA,这些DNA通常情况下是从动物的血液、耳组织、肝脏等组织中提取,所提取的基因组DNA质量较好.但是,在进行本地猪遗传多样性研究过程中,通常需要大量的血样,其获得和收集较为困难,尤其是野猪的血样更不易获得.因而,从猪的毛发中提取合格的DNA将解决上述难题.通常认为,从动物的毛发中提取DNA无论从数量还是质量上均明显低于从血样或其他组织中提取的DNA .但也有从脱落的狗毛中成功地提取基因组DNA的报道.为了探索从毛发中提取合格DNA的途径,本试验通过从不同数量的猪毛中提取的DNA进行质量比较分析,找出适合于做分子标记试验所需猪毛样本数量,为提高样本收集效率,降低劳动强度和减低试验成本提供依据.     

3种DNA提取方法对养殖池塘不同生境菌群PCR-DGGE分析的影响

比较3种DNA提取方法(溶菌酶法、CTAB法及珠磨法)对养殖池塘几种生境(底泥、饲料、草鱼肠道内容物及肠道壁)菌群PCR-DGGE分析的影响。结果表明,以3种提取方法获得的DNA为模板均能进行16S rDNA V3区特异性片段扩增;但不同DNA提取方法对池塘不同生境菌群DGGE指纹图谱存在显著影响。DGGE指纹图谱显示草鱼肠道内容物菌群(溶菌酶法)与肠道壁菌群(溶菌酶法)存在较高一致性,底泥菌群(CTAB法)及饲料菌群(溶菌酶法)与鱼体肠道菌群(包括内容物菌群和肠道壁菌群)则存在明显差异,但肠道菌群与底泥菌群的相似度相对更高。研究提示采用微生物分子生态学工具对养殖池塘不同生境进行菌群结构分析时,需提前优化DNA提取方法;在以投饲为主的养殖鱼塘中,草鱼肠道菌群更多源自于池塘底泥。     

DNA不同提取方法对养殖池塘底泥细菌多样性PCR-DGGE检测的影响

应用PCR-DGGE技术研究了养殖池塘底泥中细菌DNA 5种提取方法对细菌多样性检测的影响。结果显示:(1)DNA粗提液中腐殖酸与蛋白的纯度无正相关;(2)5种方法提取的DNA粗提液经过纯化后进行PCR均取得良好结果;(3)采用复合破壁方法提取养殖池塘底泥细菌DNA有利于显示细菌多样性;(4)DNA提取方法是影响池塘底泥细菌多样性PCR-DGGE结果的关键因素,与DNA的产量、纯度关系甚微;(5)5种方法相似性高达0.79,在对养殖池塘底泥细菌多样性进行粗略分析时均可使用;(6)本试验中,基于改进的Martin-Laurent法是用于养殖池塘底泥细菌多样性PCR-DGGE研究的较好的总DNA提取方法。     

不同花色铁棒锤基因组DNA提取及遗传差异分析

利用RAPD-PCR技术对不同花色的铁棒锤植物进行遗传差异分析,旨在为今后铁棒锤的引种驯化及品种选育提供参考。采用CTAB法,从铁棒锤植物不同材料提取基因组DNA,用琼脂糖凝胶电泳法和紫外分光光度法检测所得总DNA的浓度和纯度,并用20条RAPD随机引物进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析。结果表明,CTAB法从铁棒锤的新鲜叶片及干燥种子中均可提取出基因组DNA,但前者DNA的质量好、产量高;有3条引物可以扩增出条带,其中,引物E68629的扩增产物清晰稳定,可用于铁棒锤遗传差异分析。RAPD分析结果表明,2种花色铁棒锤在分子水平上具有遗传学差异。     

阳澄湖湖区与围网养殖区浮游细菌群落结构变化研究

通过对江苏阳澄湖20个采样点不同季节的浮游细菌采样调查,并结合PCR-DGGE技术对群落结构变化进行了分析。结果显示,阳澄湖东湖、中湖、西湖3个湖之间的异养细菌数量均在103～104个/mL之间,差异不明显,围网养殖区与非养殖区也无显著差异。细菌多样性由西湖、东湖、中湖逐渐降低,3个湖区多样性差别不大,但围网养殖区细菌多样性显著降低。相似性分析表明各湖区的细菌群落结构相似性较高,而围网养殖区的群落结构同时受到周边湖水和养殖环境的影响。相似性与样点距离相关性分析表明,细菌群落相似性与样点距离具有明显的负相关。     

革兰氏阳性与阴性细菌基因组DNA提取方法的优化

在分析现有提取微生物基因组DNA的原理和方法基础上,对SDS-NaCl法进行了改良,以商品化微生物基因组提取试剂盒提取的基因组结果为对照,利用改良的SDS-NaCl法,分别提取大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的基因组DNA.结果表明,改良的SDS-NaCl法提取的大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA的OD260/OD280分别为1.88、1.89、1.81,浓度分别为61.67、64.32、53.22μg/mL;而商品化试剂盒提取大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA OD260/OD280分别为1.85、1.87、1.83,浓度分别为64.07、58.43、52.34μg/mL.结果证明改良SDS-NaCl法提取的革兰氏阳性和阴性细菌的基因组DNA可用于后续试验如全基因组测序和PCR等,同时可快速获得大量的高质量微生物基因组.     

PVP对烟草基因组DNA提取的影响

为克服烟叶组织中蛋白质、糖类、色素、烟碱及酚类等物质对烟草基因组DNA提取的干扰,防止DNA产生褐变,获得质量高且适于SRAP-PCR反应需要的DNA,采用改良CTAB法探讨了在提取液中添加不同浓度PVP对烟草基因组DNA提取质量的影响.结果表明:在1%、2%、4%PVP浓度下提取烟草DNA样品的OD260/OD280值均在1.7～1.9之间,OD260/OD280值随着提取液中PVP浓度的提高而增大,DNA褐化程度明显降低,获得的DNA能满足SRAP分析要求.     

亚麻全基因组DNA的提取及分析

应用改良过的CTAB法提取亚麻基因组DNA,并对其进行了紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳分析.结果表明:得到的DNA结构较完整,杂质较少,浓度较高,可不经纯化直接用于进一步PCR和酶切等分子生物学研究,同时探讨了亚麻DNA提取过程中的一些技巧及注意事项.     

食源性致病菌基因组DNA的高效提取方法

研究高效提取食源性致病菌DNA的方法,以适用于变性高效液相色谱基因分型法的高通量快速检测.试验采用沸水浴法、酚/氯仿-CTAB法、chelex100法和酶解吸附膜法分别提取沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特菌、空肠弯曲菌、副溶血性弧菌、霍乱弧菌、溶藻弧菌、肠出血性大肠杆菌O157∶ H7、创伤弧菌中主要的食源性致病菌基因组DNA.并对基因组DNA的纯度和产量进行测定,通过定性、定量分析,确定了适用于食源性致病菌快速检测的DNA提取方法--酶解吸附膜法.     

陈化烟叶表面可培养寡营养菌多样性分析

通过低浓度营养培养基分离4种不同陈化烟叶表面的微生物,经过连续2～4周的培养,共获得55株不同的菌株,通过16S rDNA扩增和测序进行初步的分子鉴定后,进行BLAST比对分析,挑选每个菌株最大一致性的同源菌株16S rDNA序列一起进行系统聚类分析.结果表明,陈化烟叶中微生物存在着广泛的多样性,每种烟草中都拥有自己独特的微生物菌群,存在大量的兼性寡营养茵,专性寡营养菌较少,而且烟叶的品种和等级直接影响到微生物的种群和数量.     

黄瓜白粉菌基因组DNA 提取方法比较

以黄瓜白粉病菌为试验材料,比较分析了改良CTAB法、SDS法和真菌试剂盒法对黄瓜白粉病菌基因组DNA提取的效果。结果表明,CTAB法提取的黄瓜白粉菌基因组DNA在纯度(R=A_(260 nm)/A_(280 nm))和产量上均优于SDS法和真菌试剂盒法,且杂质少。CTAB法提取的黄瓜白粉菌基因组DNA产率为204.3μg/g,而SDS法和真菌试剂盒法分别为147.7、117.7μg/g,且方法产率之间差异极显著。采用CTAB法提取的DNA纯度较高,为1.969 6;SDS法和真菌试剂盒法提取的DND纯度较低,分别为1.832 2和1.507 9。