青虾源维氏气单胞菌双重PCR检测方法的建立

根据NCBI已发表的维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)促旋酶B亚单位基因gyrB和编码细菌RNA聚合酶σ70因子基因rpoD的保守序列设计引物,建立了一种快速检测青虾源维氏气单胞菌的双重PCR检测方法。结果显示:青虾源维氏气单胞菌gyrB和rpoD基因PCR扩增产物大小分别为815 bp、554 bp,而对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、哈维弧菌(Vibrio harveyi)、副溶血性弧菌(Vibrio parahemolyticus)、需钠弧菌(Vibrio natriegens)、非O1霍乱弧菌(non-O1 Vibrio cholerae)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)扩增结果皆为阴性;灵敏性试验结果显示该方法检测到的最低菌体DNA量为1.8×10-2 ng/μL,且10份送检样本检测结果与传统细菌分离鉴定结果相一致。结果表明,双重PCR检测方法特异性好、灵敏性高,适用于青虾源维氏气单胞菌的快速检测。     

A bacterium with close genetic identity to Pseudomonas mandelii associated with spring fish kills in wild bluegill Lepomis macrochirus Rafinesque and pumpkinseed sunfish Lepomis gibbosus (Linnaeus)

Pseudomonas fluorescens are known bacterial pathogens in fish. The P. fluorescens group contains at least nine different bacterial species, although species from fish have rarely been differentiated. Two isolated fish kills affecting wild bluegills, Lepomis macrochirus Rafinesque, and pumpkinseed sunfish, Lepomis gibbosus (Linnaeus), occurred in the spring of 2015 during cool water temperatures (12.5°C–15.5°C). Disease signs included severe bacteraemia with rare gross external signs. Pure bacterial cultures isolated from kidneys of all affected fish were identified as P. fluorescens using the API 20NE system, while no bacteria were isolated from asymptomatic fish. To further identify the species of bacterium within the P. fluorescens complex, genetic analysis of the 16S rRNA, rpoD and gyrB genes was conducted. DNA sequences of bacterial isolates from both mortality events were identical and had close identity (≥99.7%) to Pseudomonas mandelii. Although likely widespread in the aquatic environment, this is the first report of a bacterium closely resembling P. mandelii infecting and causing disease in fish. The bacterium grew at temperatures between 5°C and 30°C, but not at 37°C. It is possible that infections in fish were a result of immunosuppression associated with spring conditions combined with the psychrotrophic nature of the bacterium.     

日本鳗鲡腐皮病病原菌的分离及鉴定

从患腐皮病的日本鳗鲡(Anguilla japonica)体表溃烂处分离到1株病原菌(322A),对其进行了人工感染实验和生理生化分析,测定了该菌株的16S rRNA基因序列和促旋酶(gyrase)B亚单位gyrB基因序列,并分别构建系统发育树。结果显示:感染实验证实菌株322A具有致病性;生理生化分析鉴定该菌株属于气单胞菌属(Aero-monassp.);16S rRNA基因分析显示,该菌株与气单胞菌属细菌的同源性均在99%~100%,构建的系统树显示,菌株322A与嗜水气单胞菌(A.hydrophila(FJ462702))亲缘关系最近;gyrB基因分析表明,该菌株与A.hydrophila种内序列的相似性为96%~98%,种间序列的相似性为94%~95%,构建的系统树结果显示,该菌株与A.hydrophila(FJ608553、FJ608552、AF208259)聚为一个分支。综合上述实验结果,菌株322A可鉴定为嗜水气单胞菌(A.hydrophila)。     

长薄鳅恶臭假单胞菌的分离鉴定及其感染的病理损伤

恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)是广泛分布于土壤、水体中的一种条件致病菌,可感染两栖类、鱼类和甲壳类等多种水生动物。2017年8月,四川省西昌市某养殖场的长薄鳅出现一种以体表溃烂、鳍条出血为主要特征的传染病。为探究其病因,本研究进行了病原菌分离、人工感染、分离菌表型特征测定、16S rRNA与gyrB基因序列分析。从病鱼肝、脾、肾中分离到优势菌株(BMH170820),人工感染试验证实了其病原性。根据其菌落形态、生理生化特性,结合16S rRNA与gyrB基因序列分析鉴定其为恶臭假单胞菌。组织病理学观察发现,其感染长薄鳅对鳃、肾、肝、心、脾与消化道等多处组织器官造成损伤,表现出明显的变性、坏死和炎症反应,致全身多器官功能障碍而死亡。药物敏感试验显示,该菌对新霉素、氧氟沙星以及强力霉素等敏感,而对阿莫西林、头孢氨苄与氟苯尼考等耐药。     

基于gyrB基因的SYBR Green I实时定量PCR检测病原灿烂弧菌

灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为62℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.338x+37.67,相关系数为0.999,扩增效率为0.99,最低能检测到20个拷贝。实验结果表明,该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对灿烂弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。     

利用16S rDNA结合gyrA和gyrB基因对生防芽孢杆菌R31的快速鉴定

克隆16S rDNA、DNA促旋酶A亚基编码基因gyrA和B亚基编码基因gyrB对分离自石斛兰（Dendrobiumsp.）叶片的广谱抗真菌生防芽孢杆菌R31进行鉴定。首先通过生理生化测定和克隆16S rDNA序列,分析显示其属于芽孢杆菌属（Bacillus）,但不能准确鉴定到种;然后分别利用克隆的gyrA基因和gyrB基因以及其BLAST分析结果构建系统发育树,最终将该菌株确定为枯草芽孢杆菌（B.subtilis）。结果显示利用16S rDNA与gyrA基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌,利用16S rDNA与gyrB基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌及其近缘种。     

草鱼铜绿假单胞菌的鉴定及药物敏感性分析

从患病草鱼C tenopharyngodon idella体表病灶上分离到一株优势菌,经分离纯化培养制成细菌悬液,分别以腹腔注射和浸泡两种方式感染草鱼。结果表明：该菌株能感染草鱼,且具较强毒力,腹腔注射0.2mL该菌液（3×109cfu/mL）,可导致受试草鱼100%死亡;创伤浸泡感染（3×108cfu/mL）,死亡率也达100%,受感染鱼出现与自然感染相似的类似赤皮病症状。对该病菌进行形态特征观察和主要理化特性分析,初步鉴定为铜绿假单胞菌Pseudom onas aeruginosa。进一步对该菌进行分子鉴定,共选用16S rRNA、RNA聚合酶β亚单位（rpoB）和促旋酶亚单位蛋白（gyrB）3个基因进行鉴定分析。序列克隆与BLAST分析结果显示,这3个基因均与GenBank上登录的铜绿假单胞菌的相应序列具有很高的同源性,16S rRNA、rpoB和gyrB基因与已知铜绿假单胞菌相应序列的同源性分别在99%、98%和93%以上。综合生理生化与分子鉴定结果,可判定所分离的菌株为铜绿假单胞菌。药敏试验结果显示：该菌对阿米卡星、菌必治、氟哌酸和妥布霉素等11种药物高度敏感,对链霉素和庆大霉素中度敏感,对罗红霉素、红霉素、四环素、苯唑青霉素、新霉素和头孢氨苄等16种药物具有耐药性。     

一种新发生的玉米细菌性叶腐病病原菌分离鉴定

为了明确一种引起玉米叶片腐烂的细菌性病害的病原菌种类, 于2021年7月在甘肃省景泰县条山农场玉米种植区采集病样, 经稀释分离法进行病原菌分离纯化, 并通过致病性测定?形态学观察?生理生化特征观察及16S rDNA和gyrB序列分析相结合的方法对病原菌进行鉴定?结果表明, 选取的代表性菌株B1-0和B2-1均能使玉米叶片发病, 为革兰氏阳性致病菌, 产芽胞; 该病原菌需氧性?运动性?明胶液化?接触酶试验?柠檬酸盐利用?马铃薯腐烂试验均为阳性; 甲基红试验阴性; 能利用D-甘露醇?麦芽糖和葡萄糖, 不能利用甘油和肌醇, 不能水解淀粉, 在4℃?40℃和5%NaCl条件下均能生长?构建基于16S rDNA和gyrB的系统发育树, B1-0和B2-1与短小芽胞杆菌Bacillus pumilus(ATCC7061?BKS1-108?AUEC29?BP-hd-1?NMTD17和17)亲缘关系最近, 聚在一个分支?因此, 将该病原菌鉴定为短小芽胞杆菌B. pumilus?研究结果将为玉米细菌性叶部病害的研究和综合防治提供基础数据?     

虾夷马粪海胆致病菌强壮弧菌的PCR检测方法

强壮弧菌Vibrio fortis是虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius的一种致病菌.为建立强壮弧菌的PCR检测方法,根据强壮弧菌gyrB基因的高度变异区序列设计引物,筛选出特异性强的3对引物VF-6、VF-7及VF-8,分别对强壮弧菌S0907及20株参比菌株进行PCR扩增,结果显示,3对引物均对强壮弧菌扩增出与预期大小一致的目的基因片段且参考菌株无扩增条带.以不同稀释度的菌悬液制备的DNA模板进行PCR扩增,结果显示,3对引物VF-6、VF-7及VF-8可检测的最低细菌浓度分别为4.1×104、4.1×103、4.1 ×102cfu/mL;对不同稀释度的细菌DNA模板进行PCR扩增,结果显示,3对引物VF-6、VF-7及VF-8可检测的最低DNA含量分别为1.4、0.14、0.014 pg/μL.试验结果表明:3对引物的特异性均较好,但灵敏度存在差异,其中以VF-8为引物的PCR检测方法最佳;使用以VF-8为引物的PCR检测方法对实验室养殖海胆及其生境样品进行初步检测,健康海胆、养殖海水及投喂的海带均为阴性,而自然海域海水中带有一定量的强壮弧菌.     

海水希瓦氏菌(Shewanella aquimarina)PCR检测方法

海水希瓦氏菌（Shewanella aquimarina）是虾夷马粪海胆的一种致病菌。为建立海水希瓦氏菌PCR快速检测方法,根据海水希瓦氏菌gyrB基因的高变区序列设计3对引物,随后进行了其特异性和灵敏度分析。结果显示引物SA-9可扩增出片段大小为815 bp的海水希瓦氏菌特异片段。引物可检测的最低细菌量为4.6×103 cfu/mL,最低DNA含量为3.15×10-4 ng/μL。表明以SA-9为引物的PCR检测方法特异性强,灵敏度高。 另外以该方法对海胆及其生境样品进行初步检测,发现健康海胆、养殖海水及投喂海带为阴性,而自然海域的海水具有一定量的海水希瓦氏菌。