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1.
颜标  李思发  蔡完其 《水产学报》2007,31(3):411-415
微卫星(microsatellite)技术是近年来广泛应用的DNA标记,具有重复性好、较易操作和共显性的特点。在硬骨鱼类中表现出高度多态性,已在家系鉴定、遗传作图、群体遗传分析、育种以及系统发生研究等多个领域得到应用。尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)是我国主要淡水养殖鱼类,生长快,耐盐能力一般;萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)耐盐能力强,适合咸淡水养殖,但生长较慢。[第一段]  相似文献
2.
为对不同鳊鲂鱼类进行群体鉴定和遗传多样性分析,从60对微卫星标记中筛选出18对多态性高的引物,构建了6个鳊鲂鱼类群体的微卫星DNA指纹图谱。结果显示,东江三角鲂、钱塘江三角鲂、厚颌鲂、广东鲂、团头鲂和长春鳊6群体的平均等位基因数(Na)分别为5.17、6.11、3.50、6.56、5.22、5.22,平均期望杂合度(He)分别为0.634 2、0.720 4、0.546 2、0.681 2、0.675 2、0.559 7,平均多态信息含量(PIC)分别为0.575 6、0.666 9、0.472 0、0.630 6、0.606 4、0.517 0,表明钱塘江三角鲂的遗传多样性最高,厚颌鲂的遗传多样性最低;聚类分析表明,钱塘江三角鲂和团头鲂首先聚为一支,遗传距离较近,为0.560 6;厚颌鲂与长春鳊的遗传距离最远,为1.759 2。引物Mam03和EST37产生的特异条带可将鲂属和鳊属鱼类区分,鉴定出鳊属鱼类长春鳊;引物TTF3、EST37、TTF2/TTF10、EST66依次组合可区分出鲂属东江三角鲂、厚颌鲂和广东鲂这3个群体。研究结果为我国鳊鲂鱼类种质资源保存、种群鉴定和良种选育奠定了基础。  相似文献
3.
牙鲆3个养殖群体遗传结构的微卫星分析   总被引:7,自引:2,他引:5       下载免费PDF全文
采用微卫星标记分析技术,用5个多态性的微卫星标记对来自3个不同国家(中国、日本和韩国)的牙鲆养殖群体进行了遗传多样性研究。研究结果表明,3个牙鲆群体平均等位基因在4.8~5.6之间,平均观测杂合度(H0)在0.3917~0.5643之间,平均期望杂合度(HE)在0.5981~0.6264之间。有多个位点在不同的群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明,中国群体与日本群体遗传距离最近,韩国群体与日本群体遗传距离最远。分子方差分析(AMOVA)表明,群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的92.44%和7.56%,固定系数(R)为0.0752(P〈0.001),表明牙鲆3个养殖群体遗传分化显著。  相似文献
4.
长江不同江段青虾的遗传多样性   总被引:6,自引:2,他引:4       下载免费PDF全文
利用20个微卫星分子标记对长江不同江段共6个青虾群体进行了遗传多样性分析,采样点包括重庆、万州、宜昌、武汉、九江和江阴。结果表明,6个青虾群体平均等位基因数(A)为5.25,平均有效等位基因数(Ne)为3.4622;20个位点平均多态信息含量(PIC)为0.5894;期望杂合度(He)由高到低依次为江阴群体(0.6308)、九江群体(0.6096)、宜昌群体(0.5945)、武汉群体(0.5934)、万州群体(0.5844)、重庆群体(0.5821),平均值为0.6296。分子方差分析(AMOVA)结果表明长江青虾6群体间遗传变异6.92%来自群体间,93.08%来自群体内部,两两群体间FST值在0.0253~0.0838(P<0.05)之间,表明群体间已明显出现分化,但分化程度中等,与湖泊青虾群体相比,长江各群体间遗传分化程度较弱,可能是由于流动的江水增加了群体间的交流。Hardy-Weinberg遗传平衡分析表明,6群体均出现杂合子缺失现象,可能是由于稀有等位基因缺失或无效等位基因造成;6群体间遗传距离为0.0620~0.1809,UPGMA聚类分析表明,江阴群体单独聚为一类,其余5个群体聚为另一类,其中...  相似文献
5.
FIASCO法筛选鳜鱼微卫星标记   总被引:6,自引:0,他引:6       下载免费PDF全文
通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集文库。对其中100个阳性克隆进行测序,60个(60%)含有微卫星序列(GenBank Accession Number:DQ789247~DQ789306)。成功设计了47对鳜鱼微卫星引物,并合成21对引物进行PCR扩增,结果筛选出18个多态性微卫星标记。结果表明:FIASCO法能有效提高筛选微卫星标记的效率。本研究筛选的微卫星标记可以用于鳜鱼遗传背景分析和遗传连锁图谱构建,并将为鳜鱼基因组结构分析、标记辅助育种以及数量性状位点(QTL)基因的定位等研究提供候选微卫星标记。  相似文献
6.
选用5个瓦氏雅罗鱼(Leuciscus waleckii Dybowski)微卫星标记和13个草鱼微卫星标记,对分别采白内蒙古境内的达里湖和乌苏里江抚远江段的各15尾野生瓦氏雅罗鱼个体进行STR-PCR分析.结果显示,18个微卫星标记共检测到111个等位基因,平均每个基因座扩增得到6.1667个等位基因,观测杂合度(H_0)0.1000~0.933 3,平均为0.531 5;期望杂合度(H_e)0.0966~0.932 8,平均为0.629 8;多态信息含量(PIC)0.0905~0.911 3,平均为0.5774;乌苏里江群体的平均等位基因数和平均观测杂合度分别为5.555 6和0.577 8,达里湖群体的平均等位基因数和平均观测杂合度均低于乌苏里江群体的平均等位基因数和平均观测杂合度,分别为4.388 9和0.485 2.2个群体间的遗传距离(D_c)为0.255 0.个体聚类结果显示,达里湖雅罗鱼所有个体聚为一簇,乌苏里江雅罗鱼所有个体聚为一簇.群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.085 5,数值介于0.05~0.15,N_m值为2.6749,表明这2个群体处于中等分化,存在一定程度的基因交流.对2个群体的基因型进行了Hardy-Weinberg平衡的卡方检验,结果表明两群体均在一定程度上偏离了平衡.  相似文献
7.
微卫星DNA标记对乌苏里江哲罗鱼遗传多样性的分析   总被引:3,自引:3,他引:33  
梁利群 《水产学报》2004,28(3):241-244
从网上查询获得鳟微卫星标记30对,并对乌苏里江哲罗鱼的基因组进行遗传多样性分析,结果筛选出10对具多态性的微卫星标记。并用其中6对微卫星引物对17尾乌苏里江哲罗鱼进行基因组DNA扫描检测。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析,计算了6个基因座的等位基因频率、杂合度等。结果表明,乌苏里江哲罗鱼等位基因频率为0.0455~0.7857,多态信息含量(PIC)为0.2801~0.6351,杂合度(H)为0.3368~0.6563。统计结果初步表明乌苏里江哲罗鱼的遗传多样性程度处于中等偏下水平。同时,结合资源量下降的事实,建议在保护遗传多样性的前提下对其采取人工繁殖和放流的方法增加其种群数量。  相似文献
8.
大黄鱼微卫星多重PCR体系的建立及其应用   总被引:3,自引:2,他引:1       下载免费PDF全文
利用本实验室开发的微卫星标记,通过优化退火温度、引物浓度、循环次数等条件,建立了3组大黄鱼微卫星多重PCR体系,每组包含3个微卫星位点。用3组微卫星多重PCR分析了一个大黄鱼选育群体JD-01的遗传多样性,结果显示该群体的平均等位基因为12.111,平均有效等位基因为7.408,平均多态信息含量为0.846,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.825、0.868,香农多样性指数为2.165。运用Cervus 3.0软件,对已知系谱关系的9个大黄鱼家系及对应亲本进行了亲子鉴定分析,以验证3组微卫星多重PCR在亲子鉴定中的准确性。结果显示:使用该3组微卫星多重PCR体系进行亲子鉴定准确率为100%。大黄鱼微卫星多重PCR体系的建立为分析群体的遗传多样性、亲子鉴定和辅助家系管理提供了一种高效的技术手段。  相似文献
9.
利用微卫星标记对文蛤4个壳色花纹品系的遗传分析   总被引:3,自引:1,他引:2       下载免费PDF全文
利用9个微卫星位点对文蛤红壳(RS)、黑斑(BS)、细纹(TC)、暗纹(DF)4个壳色花纹品系共120个个体进行遗传差异分析。结果共检测到105个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为11.7个,其中WG07位点等位基因数最多(21个),WG11位点最少(7个)。每个品系均具有特异等位基因类型,不同品系中相同微卫星位点的等位基因分布规律不同。4个文蛤品系的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.110~1.000、0.486~0.867、0.433~0.834,均属高度多态性位点。Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,大多数位点偏离平衡状态;聚类分析表明,4个品系间存在较明显的遗传差异,TC品系与其它品系的遗传距离最大,DF品系和RS品系的遗传距离相对较小。  相似文献
10.
为改良马氏珠母贝养殖群体性状,2010年4月,从马氏珠母贝选育系F3选择性腺成熟个体为亲本,建立了36个家系,按照常规技术进行幼体培育和海区养成.2010年11月,从36个家系中随机选取4个家系,每个家系取样30个个体,利用13对微卫星引物进行家系遗传结构和系谱鉴别分析.结果显示,(1) 13个微卫星引物在4个家系中共检测到39个等位基因,每个位点的等位基因数为2~5,4个家系的平均观测杂合度(Ho)为0.531 ~0.597,平均期望杂合度(He)为0.474 ~0.507;(2)根据子代基因型成功地推断出4个家系的亲本基因型,据此鉴别各个家系;用UPGMA法对120个样本进行聚类分析,98.3%的同一家系的子代个体能够聚到一起,分类结果与系谱来源基本一致.结果说明,这4个家系具有较高的遗传多样性和家系间具有明显的遗传分化;微卫星标记能有效地为马氏珠母贝群体的系谱分析提供技术支持.  相似文献
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