低温胁迫对冰菜转录组水平响应分析

利用二代高通量测序技术对低温胁迫处理的冰菜进行测序,构建冰菜转录组数据库.分别得到24.13 Gb有效数据和24045条Unigene的注释,得到DEGs 1902个(T0 vs T1)和2134个(T0 vs T2).T0 vs T1组和T0 vs T2组分别有40和41个功能小类化归GO数据库;分别有20和24个功能分类注释到KOG数据库;155和272条基因注释到KEGG数据库,并分别富集在74和105条代谢通路.T0 vs T1组DEGs主要注释到植物信号转导等4个代谢通路;T0 vs T2组DEGs注释到苯丙醇类生物合成等11个代谢通路,其中正向影响代谢途径:丙酮醇类生物合成、嘌呤代谢、谷胱甘肽代谢、脂肪酸代谢、类黄酮代谢、氨基酸的生物合成代谢途径等;负向影响代谢途径:植物-病原互作、植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢等途径.通过对淀粉和蔗糖代谢途径关键基因分析表明:低温胁迫1 h (T1),海藻糖6-磷酸合酶、海藻糖-6-磷酸酯酶、β-淀粉酶、葡萄糖-1-磷酸腺苷酰转移酶、糖原磷酸化酶等5个关键基因表现为上调表达,未见下调表达基因;低温胁迫36 h (T2),海藻糖-6-磷酸合酶、己糖激酶、β-淀粉酶等3个关键基因上调表达,葡萄糖内酯-1,3-β-葡萄糖苷酶基因下调表达.选取淀粉和蔗糖代谢途径中8个DEGs,经RT-qPCR分析,8个DEGs的相对表达量与转录组表达水平相符.     

部分一化性柞蚕品种对微粒子病食下感染的抵抗性研究

<正>不同类型的柞蚕,对核型多角体病存在着不同的抵抗性[1],而对微粒子病的抵抗性如何,至今未见报导。近几年,柞蚕微粒子病的危害日趋严重,查明不同类型柞蚕对微粒子病的抗性差异,对养蚕防病和抗病育种等将会起到一定的指导作用。2002～2003年,我们用一化性柞蚕作材料,测定了部分蚕品种(生产种)和不同发育阶段的柞蚕对微粒子病的抵抗性。现将结果初报如下： 1 试验材料和方法 1．1 供试品种 三三、三九、一○一、河四一、早一、六号,均由本场柞蚕育种室品保组提供。 1．2 供试病原 取新鲜的柞蚕微粒子病蛹,加入适量灭菌水,通过研磨、过滤和离心提纯,将提纯的微孢子稀释、查数,配成一定浓度,保存于冰箱中备用。 1．3 测定方法 取不同类型的柞蚕作材料,在各龄起蚕时,将目的病液用微量进样器进行经口(蚁蚕     

高温季节草地早熟禾草坪质量与叶片抗氧化酶活性的变化

为探讨高温伏旱胁迫下草地早熟禾草坪质量的下降与其植物体生理活性的关系,本试验在南京夏季田间调查了6个草地早熟禾品种的草坪盖度、密度、综合质量、叶片叶绿素含量及叶片组织含水量、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)活性和丙二醛(MDA)含量的变化。结果表明,随着夏季高温伏旱强度的增加和持续时间的延长,各品种的草坪盖度、密度、综合质量、叶片叶绿素含量和组织含水量均持续显著下降,8月中旬的草坪综合质量和叶片组织含水量分别比6月中旬降低了12.1%~27.6%和14.2%~27.6%;8月中旬叶片组织的SOD和POD活性分别比6月中旬下降了36.5%~55.0%和46.9%~65.7%,而MDA含量则增加了19.8%~88.7%。田间高温伏旱胁迫下草坪综合质量和叶片叶绿素含量、组织含水量、SOD与POD活性的降低幅度,以及叶片组织MDA含量的增加幅度均存在显著的品种间差异。较耐高温的“南农选系”和Midnight(W)在胁迫下的变化幅度明显小于不耐热的品种Bluechip、Sobra,以及耐热中等的品种America和Midnight(B),夏季草坪综合质量显著高于其它品种。相关分析结果表明,田间高温伏旱胁迫下草坪综合质量与叶片组织POD活性的下降幅度呈显著负相关。田间高温伏旱期间叶片组织保持较高的含水量和POD活性可能是草地早熟禾品种抗高温伏旱的重要标志之一。     

美洲红鹮种鸟繁殖管理技术初探

<正>美洲红鹮(学名:Eudocimus ruber)具有世界最红的鸟类之称。它体态玲珑,行为乖巧,具有极高的观赏价值。美洲红在野外的寿命大约为15年,人工饲养下可达到20年。2012年被列入《世界自然保护联盟》(IUCN)濒危物种红色名录ver3.1——低危(LC)。美洲红属于极高神经质的鸟类,由于自然环境和人工饲养环境差异极大,因此驯养和繁殖难度较高,成功率极低。本文针对美洲红的种鸟繁殖管理技术进行了初步探讨:1美洲红鹮的生物学特性体长56~61cm,翼展     

捻转血矛线虫感染性三期幼虫gst基因的筛选及抗干燥功能分析

为研究干燥作用对捻转血矛线虫L3期幼虫mRNA表达的影响,筛选并分析干燥相关表达基因,本试验利用mRNA差异显示技术得到了捻转血矛线虫干燥相关基因,通过相对荧光定量PCR验证所获基因的表达情况,并在秀丽隐杆线虫中通过RNA干扰抑制相关同源基因的表达检测干燥后复苏虫体生存率以研究基因抗干燥功能。结果显示,差异表达序列GH-U02A与已知捻转血矛线虫谷胱甘肽-S-转移酶(GST)氨基酸同源性为94%。对秀丽隐杆线虫Ce-gst-7基因进行RNA干扰后,虫体在干燥后的生存率降低,证明gst基因在线虫中有抗干燥功能。     

香猪皮肤转录组衰老相关病毒源基因的筛选和鉴定

皮肤是哺乳动物抵御致病因素的第1道防线,在皮肤衰老的过程中,整合到哺乳动物基因组中的病毒源基因序列会被重新激活,影响宿主基因的表达,激起细胞对病毒的反应,引起慢性炎症、促进细胞衰老。本研究旨在探究病毒源基因表达与皱皮香猪皮肤皱纹形成的关系,选取12～18月龄皱皮香猪和普通香猪各5头进行转录组测序和生物信息学分析,采用RT-qPCR方法对皱皮香猪中差异表达的病毒源基因进行验证。2组中皮肤组织差异表达基因与病毒整合位点数据库进行比对分析,筛选出612个差异表达的病毒源基因。以普通香猪为对照,得到上调基因182个,下调基因430个,这些差异表达的病毒源基因主要富集在皮肤发育、炎症反应等GO条目,以及长寿调控途径、FoxO信号通路、细胞衰老等KEGG通路。经猪-人同源基因转换,与免疫、衰老、人类皮肤相关的基因取交集,筛选出高表达的候选基因6个：AGT、CAT、CTNNB1、JUP、KRT75和LIPE,采用RT-qPCR验证了皮肤中这6个基因的差异表达,与转录组测序结果趋势一致。研究结果表明,皱皮香猪皮肤皱纹的形成与病毒源基因的异常表达有紧密联系,本研究可为后期皱皮香猪皮肤褶皱形成的分子机制及...     

基于脾脏转录组筛选北京油鸡和广明白鸡抗热应激相关功能基因

旨在通过对北京油鸡(BY)和“广明2号”白羽肉鸡B系(广明白鸡,GM)在热应激和正常饲养条件下的脾脏转录组进行分析,鉴定两鸡种在应对热应激时的差异表达基因和信号通路,解析不同鸡种耐热性能差异的分子调控机制。试验动物采用相同饲养条件下的25日龄北京油鸡和广明白鸡,测定异嗜性粒细胞与淋巴细胞的比值(H/L)、超氧化物歧化酶(SOD)和总抗氧化能力(T-AOC)等表型数据,采集脾脏组织进行转录组测序(RNA-Seq)。基于RNA-Seq数据,结合表型进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),筛选出与性状相关性较高的模块与基因。脾脏转录组测序结果表明,热应激组相比于对照组,北京油鸡中共鉴定到313个差异表达基因,其中169个上调表达,144个下调表达;广明白鸡中鉴定到235个差异表达基因,其中152个上调表达,83个下调表达。利用WGCNA分析,在北京油鸡中筛选出2个与H/L相关性较高的模块,在广明白鸡中筛选出4个与H/L和T-AOC强相关的模块。通过筛选模块中的Hub基因,发现两品种中均存在TRIM29基因,说明该基因可能在抗热应激方面发挥重要作用。本研究通过转录组分析,揭示了不同鸡种在热应...     

从罗氏沼虾肝胰腺转录组角度阐述罗氏沼虾对动植物蛋白利用的差异

为了探究罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）对动植物蛋白利用的差异,从肝胰腺转录组角度出发,采用IlluminaHiSeqTM4000高通量测序平台对罗氏沼虾肝胰腺组织进行转录组测序。然后将所测序列经质控,组装后对比到GOKEGG等数据库中进行注释（梁华芳等,2013）,并对其进行差异基因等的聚类分析。试验将健康的初始均重为0.448g的罗氏沼虾分为两组,分别以鱼粉为动物蛋白源（FP组）,豆粕、玉米蛋白粉和谷朊粉为植物蛋白源（PP组）进行饲喂,每组3个重复,养殖周期为8周。结果显示,两组样本6个样品共产生160783350个Cleanreads,分别对两组样本6个样品进行两两比较,一共检测到518个差异表达基因,其中显著上调基因有460个,显著下调基因有58个,GO功能分析表明,差异表达的基因对比到GO数据库共37098个GOterm,这些term分别对应细胞组分,分子功能以及生物过程等三大类59个分支,差异基因主要涉及到糖类转运、氨基酸合成、酶活性细胞膜组成等。通过KEGG富集分析结果表明,两组样本之间的差异表达基因主要富集在139条通路上,主要涉及代谢、遗...     

不同品种(配套系)黄羽肉鸡皮肤毛囊密度性状发育规律

研究旨在探讨不同品种黄羽肉鸡毛囊密度性状的发育变化规律和品种间差异。试验以花山鸡、817肉鸡、清远麻鸡、溧阳鸡、瑶鸡和广西三黄鸡等为素材,测定不同周龄各品种毛囊密度。结果显示：各品种背部和腿部毛囊密度随着日龄的增长呈逐渐下降的趋势;3～9周龄时,花山鸡、清远麻鸡、溧阳鸡、瑶鸡和广西三黄鸡背部和腿部毛囊密度在不同周龄之间均呈显著差异（P<0.05）。处于上市日龄品种间的比较,除溧阳鸡、广西三黄鸡、花山鸡和817肉鸡,其他品种的背部和腿部毛囊密度显著高于罗斯308肉鸡、毛囊直径低于罗斯308肉鸡（P<0.05）;文昌鸡、狼山鸡、鹿苑鸡和崇仁麻鸡的背部和腿部毛囊直径显著低于其他品种（P<0.05）。品种内公母之间比较,瑶鸡和崇仁麻鸡的腿部毛囊密度在公母间存在显著差异（P<0.05）。各品种的体重分别与背部毛囊密度和腿部毛囊密度呈极显著负相关（P<0.01）,背部和腿部毛囊密度呈极显著正相关（P<0.01）。结果提示,可以通过对体重的选择间接调控毛囊密度性状,性别可能会影响不同品种腿部毛囊密度的大小,研究结果为培育适合冷鲜上市的黄羽肉鸡配套系提供基础。     

基于iTRAQ技术挖掘德保猪睾丸内调控繁殖的关键蛋白

为了筛选德保猪性成熟前后睾丸中差异表达蛋白(differentially expressed proteins, DEPs),试验选取相同饲养环境下的健康且无亲缘关系的1月龄(性成熟前)与6月龄(性成熟后)德保公猪各3头,采集它们的睾丸并提取蛋白质,利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification, iTRAQ)技术对性成熟前后德保猪睾丸中DEPs进行分析,并对DEPs在GO、KOG、KEGG数据库中进行功能注释及通路分析。结果表明：在性成熟前后德保猪睾丸中共鉴定7 767个蛋白,筛选出611个DEPs,其中在性成熟后德保猪中显著上调的DEPs 347个,显著下调的DEPs 264个;397个蛋白在GO数据库中得到注释,并富集到53条GO term中,包括细胞过程、生物调节、代谢过程、催化活性等信号通路;409个蛋白在KOG数据库中得到注释,并富集到24种功能,包括信号转导机制、翻译后修饰、蛋白周转、监督等功能;329个蛋白在KEGG数据库得到注释,并富集到287条通路中,包括代谢途径通路、吞噬体...