香猪皮肤转录组衰老相关病毒源基因的筛选和鉴定

皮肤是哺乳动物抵御致病因素的第1道防线，在皮肤衰老的过程中，整合到哺乳动物基因组中的病毒源基因序列会被重新激活，影响宿主基因的表达，激起细胞对病毒的反应，引起慢性炎症、促进细胞衰老。本研究旨在探究病毒源基因表达与皱皮香猪皮肤皱纹形成的关系，选取12～18月龄皱皮香猪和普通香猪各5头进行转录组测序和生物信息学分析，采用RT-qPCR方法对皱皮香猪中差异表达的病毒源基因进行验证。2组中皮肤组织差异表达基因与病毒整合位点数据库进行比对分析，筛选出612个差异表达的病毒源基因。以普通香猪为对照，得到上调基因182个，下调基因430个，这些差异表达的病毒源基因主要富集在皮肤发育、炎症反应等GO条目，以及长寿调控途径、FoxO信号通路、细胞衰老等KEGG通路。经猪-人同源基因转换，与免疫、衰老、人类皮肤相关的基因取交集，筛选出高表达的候选基因6个：AGT、CAT、CTNNB1、JUP、KRT75和LIPE，采用RT-qPCR验证了皮肤中这6个基因的差异表达，与转录组测序结果趋势一致。研究结果表明，皱皮香猪皮肤皱纹的形成与病毒源基因的异常表达有紧密联系，本研究可为后期皱皮香猪皮肤褶皱形成的分子机制及...