MSTN基因编辑牛肌肉转录组测序及生物信息学分析

为探究肌生长抑制素（myostatin,MSTN）基因对牛肌肉发育的具体调控机制,本研究选取同一牛场健康鲁西黄牛10头,其中通过转基因技术得到的基因编辑牛MSTN^-/-和同种非转基因野生型牛各5头。分别采集两组牛腿臀肌肉样品,利用IIlumina HiSeq高通量测序技术进行转录组测序分析,通过生物信息学方法比较两组样本间的差异表达基因,并进行GO和KEGG富集分析,最后利用实时荧光定量PCR验证转录组测序数据。结果显示,基因编辑型牛和野生型牛之间共检测到18 071个基因。在log₂|FoldChange|≥ 1.48条件下,筛选出406个差异表达基因,其中347个显著上调,59个显著下调。GO功能富集分析显示,MSTN基因编辑后显著影响915个功能类别（P<0.05）,差异基因主要参与结合、生物系统调节、免疫系统等相关功能。KEGG通路富集分析结果共涉及211个通路,差异基因主要富集在细胞黏附分子、趋化因子信号通路、细胞因子互作等信号通路上,进一步从中筛选出可能参与细胞生长、肌肉发育的差异基因（CD14、KIT、CSF1R、FBP1、DUSP4、ULBP21、PRKCB、SPN、CHAD、SRC）。实时荧光定量PCR检测结果显示,所选差异基因表达水平与转录组表达水平一致,证明测序结果的可靠性。本研究结果表明,MSTN基因发挥作用后可以介导多个下游基因表达,从而影响相关信号通路及生物学过程;同时,所筛选出的差异表达基因可作为进一步研究骨骼肌调控机制的候选靶标。     

玉米蛋白粉替代鱼粉对罗氏沼虾表观消化率和蛋白酶活性的影响

分别用0（对照组）、5%、10%、15%的玉米蛋白粉替代饲料中0、9.1%、18.2%、27.3%的鱼粉,配制4种等氮、等能的生长试验饲料。饲养罗氏沼虾53d后,以0.5%的Cr2O3为指示物,测定罗氏沼虾对试验饲料的表观消化率,研究玉米蛋白粉替代鱼粉对罗氏沼虾蛋白酶的影响。并按照70%基础饲料（对照组）加30%被测饲料原料的方法配制饲料,比较罗氏沼虾对豆粕、玉米蛋白粉和鱼粉的表观消化率。结果表明,罗氏沼虾对玉米蛋白粉的干物质和粗蛋白表观消化率分别为85.31%和92.28%,与豆粕、鱼粉的表观消化率没有显著差异;玉米蛋白粉替代鱼粉对罗氏沼虾肝胰腺、胃和肠道蛋白酶活性没有显著性影响（P〉0.05）;玉米蛋白粉替代鱼粉对罗氏沼虾干物质表观消化率没有显著影响（P〉0.05）,显著影响蛋白质表观消化率（P〈0.05）,其中,15%玉米蛋白组的蛋白质表观消化率最高（91.82%）,显著高于对照组（P〈0.05）,其他3组之间无显著性差异（P〉0.05）。     

罗氏沼虾营养需要研究进展

罗氏沼虾（Macrobrachiumrosenbergii）属长臂虾科,也称马来西亚大虾、金线虾、淡水长臂虾等,原产于印度洋、太平洋热带地区,生活于淡水或咸淡水水域。与国内其他养殖虾类相比,罗氏沼虾具有个体大、食性杂、生长快、易于养殖、肉质好、对饲料营养要求低等优点,是目前我国重要的水产经济虾类。此文就近年来国内外学者关于罗氏沼虾的营养研究结果进行综述,以期为罗氏沼虾的营养生理、饲料配制以及今后的相关研究提供科学参考。     

罗氏沼虾饲料试验

罗氏沼虾Macrobrachium rosonbergiiAeman又名马来西亚大虾,是一种大型长臂淡水虾,因其具有生产快,个体大、食性广、营养价值高、养殖周期短、抗病能力强等许多优良特性,引起了世界上许多国家的重视。1976年,自日本引进我国,已在全国10多个省、市、自治区推广养殖,1994年,我场购进罗氏沼虾虾苗20万尾,进行养殖试点。本试验目的是探讨罗氏沼虾在养殖期间对饲料的需求,解决罗氏沼虾饲料紧缺、价格昂贵问题。     

猪肉粉替代鱼粉对罗氏沼虾生长性能、饲料利用和免疫性能的影响

试验旨在研究饲料中使用猪肉粉替代鱼粉对罗氏沼虾生长性能、饲料利用和免疫性能的影响。随机挑选规格一致的罗氏沼虾900尾，随机分为6组，每组3个重复，每个重复50尾罗氏沼虾。猪肉粉分别等蛋白替代0、5%、10%、15%、20%、25%的鱼粉，分别标记为P0组、P5组、P10组、P15组、P20组、P25组。试验期90 d。结果显示，P20组和P25组罗氏沼虾增重率显著低于P0组（P<0.05），饲料系数显著高于P0组和P5组（P<0.05）。随着猪肉粉替代鱼粉水平提高，罗氏沼虾血清甘油三酯含量提高；P25组罗氏沼虾血清溶菌酶、免疫球蛋白M和碱性磷酸酶水平均显著低于P0组、P5组、P10组（P<0.05）。研究表明，以增重率为评价指标，罗氏沼虾饲料中猪肉粉替代鱼粉比例不宜超过15%。     

福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织比较转录组分析

试验旨在从分子遗传学角度探讨戴云山羊夏季维持较高繁殖力的遗传机制,从中发掘有用的遗传变异信息。利用转录组测序方法对福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,利用基因本体（gene ontology,GO）、蛋白相邻类的聚簇（cluster of orthologous groups of proteins,COG）和京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）数据库对筛选的差异表基因进行功能注释,并进行差异表达基因聚类分析,通过实时荧光定量PCR验证测序结果。结果显示,福清山羊和戴云山羊发情期卵巢的DEGs共357个,其中上调基因221个,下调基因136个。357个DEGs中的287个基因能够被GO数据库注释,78个DEGs能够被COG数据库注释,219个DEGs能够被KEGG数据库注释。KEGG数据库注释结果显示,这些差异基因显著富集的信号通路为蛋白消化吸收（protein digestion and absorption）、吞噬体（phagosome）、肺结核（tuberculosis）、胞外基质受体互作（ECM-receptor interaction）、金黄色葡萄球菌感染（Staphylococcus aureus infection）、同种异体移植物排斥（allograft rejection）等通路。经实时荧光定量PCR验证,所选基因（转录本）表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。本试验利用高通量测序获得大量山羊卵巢转录组信息,有助于从分子水平对山羊卵巢进行深入研究。     

罗氏沼虾饲料的研制

罗氏沼虾饲料的研制江苏省泰州市水产科学研究所彭爱明虾类配合饲料的研究与应用，始于７０年代初，而且当时侧重于海水对虾类。而对罗氏沼虾（淡水虾类）的配合饲料，仅近几年来才有零星报道，并处于试验阶段。本文就罗氏沼虾对饲料中各营养物质、饲料的科学配制及其加工...     

海藻在罗氏沼虾饲料中的应用研究

在以鱼粉、豆粕为主要蛋白源的饲料中添加不同浓度的海藻粉（0，3，6，9，12％），喂养体重为6．00－6．76g的罗氏沼虾。试验结果表明：饲料中添加3％组的罗氏沼虾体增重和成活率最高；饲料中未添加海藻组体增重最低。以生长为指标，罗氏沼虾饲料中海藻的适宜添加量为3％。     

罗氏沼虾的池塘饲养

罗氏沼虾的池塘饲养杨年春广西农业大学５３０００５罗氏沼虾又名马来西亚大虾，原产于马来西亚等东南亚国家，是一种大型淡水虾类。七十年代，我国引进该虾试养成功。综合各地池塘饲养结果表明，当年繁殖的虾苗，在正常情况下，经４￣６个月饲养，个体重一般达到１５￣２...     

多浪羊与小尾寒羊皮下脂肪组织转录组分析

旨在探索多浪羊（D组）与小尾寒羊（X组）皮下脂肪组织中的特异性表达基因,并研究其潜在的作用,为理解绵羊脂肪组织发育规律以及对脂代谢相关疾病的预防和治疗研究提供依据。本研究选取脂肪沉积能力存在差异、健康无病、体况良好、种内个体体重相近（约50 kg）的雌性成年多浪羊和小尾寒羊为试验材料,分为D组（试验组）和X组（对照组）,每组3个重复,采集位于背最长肌的皮下脂肪组织,应用RNA-Seq技术和生物信息学方法进行转录组测序并对结果进行分析。以|Fold change|≥2,P adjust≤0.05为标准筛选差异表达基因,通过对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,得到与脂肪沉积和脂代谢有关的差异基因。为了验证测序数据的可靠性,本研究随机选取了6个差异表达基因进行qRT-PCR验证。结果显示,在6个样本中共检测到38 672个已知的mRNAs,新的mRNAs为1 606个,在两组中共有839个差异表达基因,其中有320个差异基因在多浪羊组中上调表达,有519个差异基因在多浪羊组中下调表达。通过GO功能注释分析发现,差异表达基因主要参与脂质分解代谢过程、脂质生物合成过程、脂质分解代谢负调控过程、MAPK级联反应调控、对甘油三酯的反应等生物学过程。KEGG通路富集结果显示,差异表达基因显著富集到了PI3K-Akt、MAPK、胰岛素以及PPAR等信号通路中。qRT-PCR结果与测序结果一致,表明测序结果可靠。通过对多浪羊和小尾寒羊皮下脂肪组织进行转录组测序以及生物信息学分析,筛选到与脂肪沉积和脂代谢相关的差异表达基因,这些基因主要参与脂质生物合成、脂质代谢等过程,其中COL1A1、AKT2、SCD、LPL、PCK1与PPP2R5A可能在多浪羊与小尾寒羊的皮下脂肪组织的沉积与代谢中发挥重要作用。     

干扰lnc23后牛骨骼肌卫星细胞转录组测序的生物信息学分析

试验旨在分析lnc23在调控牛骨骼肌卫星细胞分化过程中转录组水平的变化,筛选出可能参与调节骨骼肌卫星细胞生长的调控通路及相关mRNAs。采用第二代测序技术（next-generation sequencing,NGS）基于Illumia hiSeq测序平台对成功构建的lnc23抑制模型及相应对照组的牛骨骼肌卫星细胞进行转录组测序,将数据整理、过滤及评估后,通过生物信息学方法分析样品间基因转录差异表达,对这些差异基因进行GO和KEGG富集分析,并应用实时荧光定量PCR技术对转录组数据结果进行验证。结果显示,转录组测序共鉴定到19 358个基因,筛选到1 297个差异表达基因,其中上调856个,下调441个。差异基因的GO功能分析共包括细胞组分、分子功能和生物学过程3大类222个分支,其中有大量的差异基因与催化活性、分子功能调节、信号转导、生物黏附、新陈代谢相关。KEGG分析显示,差异基因共涉及190个通路,显著富集在PI3K-Akt、P53、TNF、RIG-Ⅰ样受体、神经活性配体受体互作、细胞因子互作等信号通路上,进一步从中筛选出可能参与细胞生长、肌肉发育过程的差异基因,如CCNA2、RRM2、IL-6、MYL2等。实时荧光定量PCR结果显示,所选的11个差异基因中有9个与转录组测序结果变化一致,表明了测序结果的可靠性。本试验完成了干扰lnc23及其对照后牛骨骼肌卫星细胞的转录组测序分析,获取差异基因的功能注释信息,初步揭示lnc23调控牛骨骼肌卫星细胞分化的潜在基因和通路,为深入探究lnc23调控牛骨骼肌卫星细胞的分化机制打下良好的基础。     

罗氏沼虾的营养与饲料加工工艺（上）

罗氏沼虾的营养与饲料加工工艺（上）唐义武罗氏沼虾（Ｍａｃｒｏｂｒａｃｈｉｕｍｒｏｓｅｎｂｅｒｇｉｉ）是一种大型淡水虾，属于热水性甲壳类动物，其需要的营养物质种类与其它动物一样，分为蛋白质、脂肪、糖类、维生素和无机盐等。了解罗氏沼虾的营养需求，是饲料生...     

罗氏沼虾养殖的常见疾病及防治措施研究

罗氏沼虾是全球性优良的淡水虾种,由于其肉质营养丰富、食性广、生长迅速、养殖便利等优势,近几年内,我国罗氏沼虾养殖业迅猛发展.因为罗氏沼虾养殖有较好的经济收益,是有着广阔发展前景的淡水虾养殖品种.基于此,本文就罗氏沼虾养殖的常见疾病及防治措施进行研究.     

江苏:罗氏沼虾市场空间受挤压

罗氏沼虾是江苏省里下河地区主要养殖的虾品种,扬州和盐城等市有大规模养殖,据不完全统计,仅高邮市罗氏沼虾就已经形成具有10亿元产值的庞大产业群。2004年江苏省罗氏沼虾总产为43218吨,比2003年增加6464吨。这个产量与南美白对虾持平,但不到青虾总产的1/2。专家分析,近年来罗氏沼虾生产面积与其他虾相比,所占比例逐渐缩减,主要原因是:罗氏沼虾头大,可食部分少,只适合纯淡水养殖,又对水温敏感,适合养殖的水域少,另外罗氏沼虾的口味也不及青虾。罗氏沼虾消费市场受挤压,市场价格也难以走高,利润空间逐渐萎缩。然而也有业内人士认为,罗氏沼虾…     

罗氏沼虾的培殖及饲料问题初探

近两年广东的罗氏沼虾养殖一方面实行提早放养、提早收捕和扩大越冬虾，延长上市季节，使产品全年均衡上市，价格稳定；另一方面抓好人工育苗，培养大规格苗种，提高人工配合饵料的质量，使罗氏沼虾养殖保持较好的经济效益。今年在中山、斗门、新会、高要等县市有近10万亩罗氏沼虾养殖，粤东、粤西两地也初步形成新的养殖基地。今年广东沿海受赤潮影响，海水养殖受到大的挫折，促使了罗氏沼虾养殖的发展。幼虾培育和成虾养殖1．幼虾的培育（也叫中间培育）：变态后的幼虾一经淡化，即可在成虾池中直接进行养殖。但刚淡化的幼虾，体长不到0．…     

美国短毛黑水貂快速生长过程中转录组差异表达分析

旨在对美国短毛黑水貂快速生长过程中转录组差异表达进行分析。本试验将美国短毛黑水貂45、90日龄各3只健康公貂的胸肌组织作为试验材料,利用Illumina HiSeq~(TM)2500高通量测序平台建立转录组文库,对两个生长阶段差异显著性的基因进行GO功能富集和KEGG Pathway分析,寻找调控水貂快速生长期的相关候选基因和代谢通路,并利用qRT-PCR对转录组测序结果进行验证。结果表明,以P0.05,|log_2FC|1为条件筛选到279个显著差异基因,对这些差异基因进行GO和KEGG分析,筛选到与肌肉生长相关显著富集GO条目有66条、相关差异表达基因44个,其中上调20个,下调24个;与肌肉生长相关显著富集KEGG通路12条,如p53信号通路、PPAR信号通路、FOXO信号通路等。这些差异基因可能在水貂的快速生长过程中起到调控作用,可以作为后续研究水貂生长发育的候选基因。本研究结果为探究水貂生长发育调控机制及培育大体型水貂品种奠定基础。     

罗氏沼虾饲料配方和养殖技术的研究

<正> 河虾一般分两种,一种是罗氏沼虾,一种是日本沼虾(青虾)。罗氏沼虾是热带、业热带品种,具有生长快、个体大、食性广。生长周期短、易饲养等优点,是一种理想的养殖品种,而且营养丰富,可食部份含蛋白质20.5％,高于日本沼虾(16.4％)。罗氏沼虾的个体一般比青虾大8～10倍,有的甚至更大,是筵席上的珍品。现将我们对罗氏沼虾的饲养试验情况介绍如下: 1.试验材料与方法试验于1987年5月22日～10月23日在江苏省武进县前黄园艺场进行,全程154天。试验池塘为4个土地,其中0.68亩老池两个,0.35亩新池两个。虾苗由上海东海农场提供21300尾。饲料采用沉性膨     

禽巴氏杆菌环丙沙星耐药株转录组测序与分析

为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(Avian Pasteurella multocida,Pm)敏感株与环丙沙星(Cip)耐药株的差异表达基因,本研究采用高通量转录组测序的RNA-seq技术对敏感株与Cip耐药株进行检测,参考Pm70株基因组(NC_002663.1)进行拼接与质量评估,测序数据处理后获得表达差异基因,利用GO和KEGG数据库对表达差异基因进行注释与富集性分析,并利用荧光定量PCR对转录组测序中的差异表达基因进行验证。结果显示,所有样品测序数据参考Pm70全基因组匹配率均达到95.87%以上,对基因差异表达进行分析后鉴定得到19个差异表达基因,其中15个上调,4个下调。通过GO功能富集分析显示差异表达基因主要为转运运输功能,并对差异表达基因进行信号通路富集性分析,结果表明最具代表性的信号通路为"ABC转运蛋白"(ko02010)。推测禽源Pm中的ABC转运蛋白超家族可能在Cip耐药机制中具有重要作用。     

罗氏沼虾的营养需求研究

本文从蛋白质、脂类、碳水化合物、维生素和矿质元素等方面论述了罗氏沼虾的营养需求量,以期为罗氏沼虾的科学养殖以及饲料配制提供参考。     

基于瘤胃转录组探究双峰驼沙漠适应性分子机制

旨在比较胚胎期和成年期双峰驼瘤胃在组织形态、编码基因表达上的变化,挖掘影响双峰驼瘤胃发育的关键基因和通路,从消化系统探究双峰驼的沙漠适应性机制。本研究选取3峰10~12岁健康状况良好的成年期阿拉善双峰驼,以及3峰9~10月龄健康状况良好的胚胎期阿拉善双峰驼,采集瘤胃组织样品,制作石蜡组织切片,观察成年期与胚胎期双峰驼瘤胃,比较其组织结构之间的差异。分别提取成年期和胚胎期双峰驼的瘤胃组织总RNA,利用Illumination Hiseq 2000测序平台分别进行转录组测序,对转录组数据进行质控、比对、差异基因筛选、GO、KEGG富集分析。随机选择6个差异表达基因进行荧光定量试验,关联转录组数据与荧光定量试验的表达趋势。结果表明,胚胎期瘤胃组织中上皮细胞和肌纤维细胞清晰可见,分布密集,在成年期的瘤胃组织中,可见明显的肌纤维,肌纤维直径较宽,肌纤维间的空隙较大。转录组测序结果显示,每个样本获得至少10G的数据量,各样本的质控率都在90%以上,Q30数据都在88%以上。对测序数据进行分析,以胚胎期为对照组,成年期为试验组,筛选到1 207个差异表达基因,其中上调基因456个,下调基因751个;对差异表达基因进行层次聚类分析,结果显示,成年期的3个个体（M1、M2、M3）表达模式接近,胚胎期的3个个体（T1、T2、T3）表达模式接近。对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,结果显示,上调差异表达基因显著富集到62条显著的GO条目,下调差异表达基因显著富集到366条显著的GO条目,73条显著的KEGG通路。差异表达基因主要富集在代谢过程的负调控、RNA生物合成过程的负调控、基因表达的负调控等GO条目中,KEGG主要富集到MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号、胰岛素信号通路、醛固酮的合成与分泌等通路中。同时筛选到MAPK12、MAPK13、FABP5、PPARγ、CaMK1等与双峰驼沙漠适应性相关的基因。荧光定量结果显示,差异基因在成年期和胚胎期瘤胃组织中的表达模式与RNA-Seq的结果一致。上述结果表明,双峰驼的瘤胃组织可能与脂肪细胞分化有关。在沙漠环境中,双峰驼可能降低瘤胃组织代谢效率、通过胰岛素抵抗作用提高血糖耐受性以及促进醛固酮的合成与分泌以调节血压平衡,以更好地在沙漠干燥缺水的环境中生存。