利用线粒体D-loop区分析家鸭品种遗传多态性与系统进化

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究我国家鸭的遗传多态性与系统进化。利用DNA测序技术测定了我国9个家鸭品种106个个体线粒体DNA控制区多变序列。序列分析结果显示:A、C、T、G碱基的平均含量分别为25.6%、33.3%、15.2%和25.9%。检测到34个变异位点,约占分析位点总数的5.1%,有转换、颠换、插入/缺失4种类型的变异。确定了31种单倍型,其中单倍型A7为家鸭的主体单倍型,品种之间有9种共享单倍型。9个家鸭品种单倍型多样度(Hd)平均为0.798,核苷酸多样度(Pi)平均为0.28%,单倍型多样度在荆江麻鸭中最高,其次是攸县麻鸭和恩施麻鸭,在文登黑鸭中最低。9个品种家鸭之间双参数距离范围为0.001 3~0.004 4。31个家鸭单倍型序列的系统发生分析表明,9个家鸭品种只有1个母系起源,没有发现东亚斑嘴鸭对9个家鸭品种起源有贡献的证据。     

不同类型肉鸡线粒体单倍型与遗传起源研究

旨在探讨鸡线粒体D-loop区单倍型特性以及与生长速度的相关性,并分析其遗传起源。选取不同类型肉鸡品种（配套系）6个,测定其生产性能,并对6个群体共计314个个体线粒体D-loop区全长进行测序,分析其单倍型特性;同时与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列共检测到37个突变位点,构成40种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中AA肉鸡、罗斯308、禽雁麻鸡和裕禾1号肉鸡主要为E单倍型,占比分别为85.92%、50.00%、100.00%和70.21%;园丰麻鸡2号和港丰瑶黑麻鸡E单倍型占比相对较低,分别为15.00%和22.39%,园丰麻鸡2号B单倍型含量最高,占比66.67%,港丰瑶黑麻鸡C单倍型含量最高,占比40.30%。相关性分析显示,初生重与E单倍型比例之间呈极显著正相关（P<0.01）,与A、B和C单倍型比例之间均呈负相关;E单倍型比例与公母平均体重约1.8 kg时日龄之间呈显著负相关（P<0.05）,而与公母平均体重约1.8 kg时饲料转化比之间呈极显著负相关（P<0.01）。聚类分析显示,A、B单倍型所有个体均与原鸡滇南亚种聚为一枝;E单倍型所有个体均与原鸡印度亚种聚为一枝;C单倍型所有个体与原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一类。结果提示,线粒体单倍型与肉鸡生长速度之间相关显著,E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的正相关;我国家鸡群体母系起源丰富,但主要起源于原鸡滇南亚种。     

Allele‐specific polymerase chain reaction typing and sequencing of mitochondrial D‐loop region in broiler chickens in Japan

This study aimed to comprehend a feature of single nucleotide polymorphism (SNP) in mitochondrial DNA (mtDNA) mainly of general broiler chickens in Japan. We typed two SNP sites (199C/T and 792A/G) of the D‐loop region in mtDNA by allele‐specific PCR (AS‐PCR) in 359 broiler (182 chunky and 177 cobb) and 506 layer (233 White Leghorn, 140 Barred Plymouth Rock and 133 Rhode Island Red) chickens. The SNP of 199C or 792A by AS‐PCR was observed in the chunky and cobb chickens, and not in the layers. The haplotype 199T/792G was observed in a part of cobb and all layers. By the result of AS‐PCR haplotyping and the broiler brands, the D‐loop region was sequenced in 44 broiler chickens (20 chunky and 24 cobb) and compared with the layers’ sequence data. Among the broiler and layer chickens, 21 SNP sites (including one insertion) and 11 sequence haplotypes were observed. Haplotype variation or correspondence was observed in and between the broiler brands. This study provides important information to establish a chicken meat traceability system by SNP haplotyping of mtDNA in Japan.     

猪RXRB基因SNPs检测及其与生长育肥和繁殖性状的关联分析

旨在研究猪RXRB基因多态性位点,并筛选与猪生长育肥和繁殖性状显著相关的SNPs,为种猪的遗传改良提供新的遗传标记位点。本研究通过采集962头健康大白猪（美系大白459头,法系大白503头）的血液DNA,利用直接测序法和PCR-RFLP技术分别检测两个品系大白猪RXRB基因SNP位点,并进行遗传多态性分析。利用SAS 8.0软件中的混合线性模型（Mixed）对RXRB基因SNP位点与表型性状值进行关联分析。利用Haploview 4.2软件对RXRB基因SNP位点进行连锁不平衡分析。结果显示,在两个品系大白猪群中共检测到10个SNPs,其中,美系大白有5个SNPs,法系大白有5个SNPs。经X²适合性检验,该10个SNPs在大白猪群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,rs340542491、rs330162688和rs326226767与达100 kg体重日龄达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs330162688、rs336609453和rs332169586与活体背膘厚达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs325538588、rs691889709和rs323107853与初生重达到显著相关（P<0.05）;在体长中,仅rs324141460的GA基因型个体显著大于GG基因型（P<0.05）;rs325538588和rs80789331与眼肌面积达到显著相关（P<0.05）;在乳头数中,rs340542491和rs330162688与左乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs324141460与左、右乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs336609453和rs332169586与右乳头数达到显著相关（P<0.05）。连锁不平衡分析结果显示,在美系大白中,rs326226767-rs325538588处于强连锁不平衡状态（D’=0.96,r²=0.91>0.33）,rs330162688-rs324141460处于完全连锁状态（D’=1）,rs324141460-rs340542491处于完全连锁状态（D’=1）,单倍型组合关联分析结果与单个SNP关联分析结果一致,单倍型组合与达100 kg体重日龄、活体背膘厚、初生重和乳头数等性状存在极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关;在法系大白中,rs691889709-rs323107853处于完美连锁状态（D’=1,r²=1）,单倍型组合关联分析结果显示,单倍型组合与体长和乳头数达到极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关。以上结果提示,RXRB基因内的10个SNPs可以作为猪育种改良的分子标记,同时对深入研究该基因功能具有一定的参考意义。     

中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎的相关性研究

 【目的】通过研究中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎性状间的相关性,为奶牛乳腺炎抗性选育提供参考。【方法】采用巢式PCR、降落PCR和DNA测序等技术,研究分析771头牛SLC11A1基因外显子10、内含子9和11的基因多态性,采用SHEsis和PHASE软件进行配对连锁不平衡和单倍型分析。【结果】发现4个不连锁的SNPs,分别为内含子9的6 067（A/G）、6 358（C/T）,外显子10的7 155（A/G）和内含子11的7 809（A/T）;其中,6 067（A/G）、6 358（C/T）和7 809（A/T）为新SNPs。不同基因型与乳腺炎相关性分析结果表明,SLC11A1基因的6 358（C/T）和7 155（A/G）对SCS和产奶量有显著影响（P＜0.05）,6 358（C/T）的CC基因型和7 155（A/G）的AA基因型是优良基因型;单倍型分析表明,群体中共发现16种单倍型组合,其中CAAA是优良的单倍型组合,其个体的SCS低、产奶量高。【结论】SLC11A1基因CAAA单倍型组合可能是奶牛SCS和产奶量的优良基因型和单倍型组合,可作为分子标记应用于奶牛乳腺炎抗性筛选。     

PPARγ基因5'侧翼区单倍型与鸡生长和体组成性状的相关研究

 【目的】研究PPARγ基因5'侧翼区多态性及其单倍型效应对鸡生长和体组成性状的影响,寻找影响肉鸡生长和体组成性状的QTL,为分子标记辅助选择提供相应依据。【方法】以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系第8、9和10世代肉仔鸡为试验材料,采用测序、PCR-RFLP等方法进行多态性位点检测及基因型分析。利用基因型信息重构单倍型并分析不同单倍型与生长和体组成性状的关系。【结果】PPARγ基因5'侧翼区存在3个多态性位点（g.-1784_-1768del17,c.-1241G＞A及c.-75G＞A）,利用其构建的单倍型对腹脂重、腹脂率、肝脏重、肝脏比例、胫骨长、股骨重、龙骨长、跖骨围等性状有显著影响（P＜0.05）;对胸大肌重、胸小肌重、胸小肌率、跖骨长等性状具有一定的影响（P＜0.2）。最小二乘分析结果表明,对于腹脂重、腹脂率等性状,BGA单倍型个体显著高于其它单倍型个体（P＜0.05）;相对于其它单倍型个体,AAG单倍型个体有较高的肝脏重、肝脏比例、胸小肌重和胸小肌率（P＜0.05）;在股骨重、胫骨长、跖骨长、跖骨围、龙骨长等骨骼生长发育性状方面,AAG单倍型个体显著优于AGG单倍型个体（P＜0.05）。【结论】PPARγ基因5'侧翼区可能存在影响鸡脂肪性状的QTL,PPARγ基因可能是影响鸡骨骼性状的重要基因之一。     

SFB‐based S‐haplotyping of apricot (Prunus armeniaca) with DHPLC

Most cultivars that belong to the Rosaceae are self‐incompatible and depend on cross‐pollination. The pollen donor and pollen recipient have to flower synchronously and must be genetically compatible. Genetic compatibility is governed by the S‐locus, which holds the S‐RNase and S‐haplotype‐specific F‐Box (SFB) genes. Thus, the S‐genotype of cultivars is an important feature and is characterized molecularly by the S‐RNase and SFB alleles which are distinctive for each S‐haplotype. Here, we report the usage of DNA chromatography (denaturing high‐performance liquid chromatography – DHPLC) for identifying the S‐genotypes of European apricots on the basis of their SFB alleles. DHPLC is amenable to high‐throughput automation, and therefore is valuable for breeding and for high‐quality plant typing in the nursery.     

小麦TaSnRK2.10的多态性及与农艺性状的关联

【目的】蔗糖非发酵蛋白激酶（SnRK）是一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在植物信号传递途径中发挥着重要作用。研究小麦TaSnRK2.10的多态性,开发其功能标记,并进行标记-表型性状关联分析,为利用分子标记进行遗传改良和种质创新提供依据。【方法】以30份多态性较高的六倍体普通小麦及其野生近缘种的二倍体和四倍体为材料,通过测序分析TaSnRK2.10-A的序列多态性;利用中国春缺-四体材料对该基因进行染色体定位;利用RIL群体（偃展1号×内乡188）对基因进行遗传定位;根据TaSnRK2.10-A序列多态性,开发分子标记,以262份普通小麦构成的自然群体为材料分析基因单倍型与表型性状的关联特性。【结果】克隆了小麦TaSnRK2.10的A、D基因组序列,在由30份多态性较高的小麦材料组成的自然群体中,没有检测到来自D基因组的TaSnRK2.10-D序列多态性;TaSnRK2.10-A全长4 688 bp,包括启动子1 934 bp、5′-UTR 343 bp、编码区2 319 bp及3′-UTR 92 bp。在基因全长序列中共检测到15个SNP、2个InDel。其中,启动子区有8个SNP,5′-UTR有2个,编码区有5个。位于编码区的5个SNP中,2个存在于外显子,其中一个是非同义突变。2个InDel均位于编码区。根据序列多态性分别设计了启动子区的分子标记PM1和PM2,以及基因编码区的分子标记GM1和GM2。利用中国春缺-四体材料将TaSnRK2.10-A定位于小麦染色体4A,利用RIL群体将TaSnRK2.10-A定位在染色体4A的标记Xwpt7001和WMC48之间,与2个侧翼标记的遗传距离分别为5.1 cM和25.7 cM。利用开发的4个分子标记,将自然群体的262份材料分为4种单倍型,分别与千粒重、单株穗数和每穗小穗数显著相关或极显著相关,HapⅡ和HapⅢ是提高千粒重的优异单倍型。4 184 bp位点为C时,为高千粒重的优异等位变异。【结论】小麦TaSnRK2.10-A位于染色体4A。HapⅡ和HapⅢ是提高千粒重的优异单倍型,HapⅣ是提高单株穗数的优异单倍型,4 184 bp位点的胞嘧啶（C）是优异等位变异。     

基于叶绿体DNA分析的辽宁省梨属种质遗传多样性研究

从32 对叶绿体DNA 通用引物中筛选出8 对引物用于评价辽宁省梨属种质的遗传多样性,其中4 对引物所扩增的叶绿体DNA 片段存在突变位点。合并后的叶绿体基因片段（3 688 bp）含有单一突变位点9 个、简约信息性位点3 个以及插入/缺失（INDEL）2 个。在37 个样品中,trnL-trnF-487 区域、trnL-trnF-413 区域、rbcL 区域和trnS-psbC 区域的单倍型分别为2 个、4 个、2 个和3 个,合并之后的叶绿体基因片段的单倍型为4 个。非编码区trnL-trnF-413 多态性最高,具有最高的单倍型数、最高的单倍型（基因）多样性、最高的核苷酸多样性、最高的单倍型多样性方差和最高的单倍型多样性标准差。辽宁省37 份梨种质的单倍型（基因）多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）分别为0.577、0.00055。Tajima’s D检验中除了rbcL 区域的D 值在P < 0.05 水平上显著外,其余区域的D 值未达显著水平,表明自然选择对rbcL 区域的突变位点产生了作用。秋子梨和白梨种质共有单倍型HAP_1、HAP_2 和HAP_3,显示出一定的亲缘关系;西洋梨则单独共享HAP_5。运用中介邻接网络（Median-Joining network,MJ）算法绘制的中介网络图显示HAP_1 与HAP_2、HAP_3 的亲缘关系较远,而HAP_5 则与上述3 个单倍型的亲缘关系较远。     

TLR2基因多态性及其与奶牛乳房炎的相关分析

【目的】研究牛Toll样受体蛋白2基因(TLR2)的多态性及其与中国荷斯坦奶牛乳房炎的关系。【方法】以中国荷斯坦奶牛、鲁西黄牛和渤海黑牛为研究对象,利用DNA测序、PCR-RFLP和创造酶切位点RFLP(CRS-RFLP)技术对TLR2基因多态性及其与中国荷斯坦奶牛乳房炎的关系进行研究。【结果】经DNA测序,在牛TLR2基因的3′非翻译区发现1个新的SNP,即mRNA序列的3 008位发生了T/C突变。TLR2基因编码区(c.651G>A,c.827A>G)和3′非翻译区(c.3008T>C)有3个突变位点,分别是PstI,Hin1Ⅱ和HhaI限制性内切酶的酶切多态位点。3个多态位点在各品种牛之间的基因型频率和等位基因频率差异较大;经χ2适合性检验,除鲁西黄牛的HhaI酶切位点处于非Hardy-Weinberg平衡状态外,3种牛在其他位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。只有Hin1Ⅱ酶切多态位点与牛乳中的体细胞评分(SCS)存在相关性,含有B等位基因的个体SCS显著低于含有A等位基因的个体(P<0.05)。中国荷斯坦奶牛在3个酶切位点形成了H1-H8共8种单倍型,产生了H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H7和H1H8等6种单倍型组合,其中H1H1的频率最高(55.89%),H1H4的SCS最低(3.17),且不同单倍型组合与SCS存在相关性。【结论】TLR2基因可用作奶牛抗乳房炎性状的辅助选择标记。