十足目虹彩病毒(DIV1)环介导等温扩增(LAMP)检测方法的建立及应用

本研究以十足目虹彩病毒(Decapod iridescent virus 1, DIV1)主要衣壳蛋白基因为靶序列设计引物，建立了DIV1的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification, LAMP)检测方法，并以pMD18-DIV1质粒标准品为模板对该方法的检测灵敏度、检测特异性等进行了评估。结果显示，此方法最适反应温度为64.4℃，优化后的25 μl反应体系中包含2.5 μl 10×Isothermal amplification buffer、4.0 mmol/L Mg2+、1.2 mmol/L dNTPs、6.4 U Bst 2.0 WarmStart® DNA聚合酶、0.8 μmol/L EvaGreen®和4.4 μl ddH2O。该方法检测灵敏度下限为3.54×102拷贝/反应；与虾肝肠胞虫(EHP)、致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(VpAHPND)、对虾偷死野田村病毒(CMNV)、传染性皮下及造血组织坏死病病毒(IHHNV)、白斑综合征病毒(WSSV)、桃拉综合征病毒(TSV)和黄头病毒(YHV)等主要虾类病原没有交叉反应；具有较好的重复性和稳定性。以GeneFinder®替换EvaGreen®并将其预置于反应管内，结合上述扩增方法可实现对DIV1的现场快速高灵敏检测。本研究建立的DIV1-LAMP实时荧光定量和现场检测方法具有灵敏、特异和快速等特点，为近几年新发虾类病原DIV1的定性、定量以及现场快速检测提供了新的技术选择，有利于对虾养殖业中开展DIV1的监测、预警和防控。     

健康和患病克氏原螯虾肠道微生物群落结构和多样性分析

为探索健康克氏原螯虾(Procambarus clarkii)与患病克氏原螯虾在肠道微生物菌群结构和多样性方面的差异,采集健康虾(对照组)和患病虾(患病组)样品,通过Illumina高通量测序技术测定样品虾的肠道微生物组成,并利用Simpson指数评估样品中微生物的多样性。结果显示:所有样品共检出400个种水平上的OTUs(operational taxonomic units),归属于25个门(phylum);对照组肠道微生物的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes),而患病组的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)。进一步分析表明,患病组变形菌门的占比显著高于对照组,Simpson指数提示,患病组的生物多样性较对照组显著下降(P<0.05)。结果表明,患病克氏原螯虾肠道微生物中变形菌门的占比显著上升,生物多样性显著下降(P<0.05)。     

日照地区养殖凡纳滨对虾肝肠胞虫病的检测及分析

为进一步掌握虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)病的暴发流行情况,对日照地区养殖的凡纳滨对虾开展了检测及调查工作。EHP孢壁蛋白基因PCR(SWP-PCR)检测结果显示,阳性产物的序列与NCBI数据库中EHP的孢壁蛋白基因序列有高度的相似性,EHP的阳性检出率在10%左右。对虾养殖池水样检测结果显示,发病池与未发病池中各水质参数变化趋势基本一致。     

虾夷扇贝闭壳肌蛋白溶解性与三磷酸腺苷的关联性

刚采捕的活品虾夷扇贝立即进行4℃冷却干藏,分别于0、48、72、96、120 h采5只样本,分离出横纹肌与平滑肌,测定其三磷酸腺苷及其关联化合物含量,同时测定贮藏0、48、120 h扇贝肌肉的蛋白溶解性,以探究肌肉蛋白溶解性与扇贝活品品质的关系。试验结果表明,冷却干藏期间扇贝活力呈下降趋势,三磷酸腺苷在贮藏120 h后几乎消耗殆尽,而蛋白溶解性在高离子浓度范围内有明显上升趋势,120 h后表现出最好的溶解性。此外,三磷酸腺苷酶活性受到乙二醇双(2-氨基乙基醚)四乙酸(EGTA)抑制时肌肉匀浆表现较好的溶解性,碎肉经漂洗处理会导致肌肉三磷酸腺苷含量下降,肌原纤维蛋白溶解性升高。最后,对比肌肉均质前后三磷酸腺苷含量,发现均质处理导致肌肉三磷酸腺苷全部降解。虾夷扇贝闭壳肌蛋白质的溶出机制受三磷酸腺苷影响,对于捕后早期活力状态较好的扇贝,其三磷酸腺苷含量与蛋白溶解性的关联需要进一步系统探索。     

红螯螯虾累代繁养群体的遗传多样性分析

为研究国内不同繁养基地红螯螯虾群体的遗传结构特征,采用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)序列直接测序的方法,获取红螯螯虾国内6个繁养群体(安徽阜阳、浙江湖州、广东珠海、江苏镇江、海南澄迈、江苏苏州)共180个样本的COⅠ序列。试验结果显示,序列比对长度为831 bp,其中变异位点56个,简约信息位点16个。基因序列G+C(%)含量较低(39.765%),表现出较明显的碱基组成偏倚性。180个样本共检测到10种单倍型,其中单倍型H1出现次数最多,为安徽阜阳、广东珠海、江苏镇江、海南澄迈、江苏苏州群体的共享单倍型。国内红螯螯虾繁养群体的遗传多样性较高,所有样本的总体单倍型多样性指数为0.693,核苷酸多样性指数为0.00652。其中苏州群体的单倍型多样性指数最高(0.964),海南澄迈群体最低(0.618)。不同群体间的遗传距离为0.00403～0.00969,海南澄迈和安徽阜阳群体间的遗传距离较大(0.00969),广东珠海和江苏苏州群体间遗传距离最小(0.00403)。试验结果表明,国内红螯螯虾繁养群体保持着较高的遗传多样性,群体间存在着一定的基因交流。试验结果为后续合理开发利用国内红螯螯虾种质资源积累了数据资料。     

罗氏沼虾SNP标记筛选及不同群体的遗传多样性

罗氏沼虾因其自身的生长优势,已成为我国重要的养殖虾类,为保证其养殖的持续健康发展,对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果,参考NCBI数据库,选取60个SNP位点,以马来西亚野生群体(MW)为样本,采用直接测序技术进行位点多态性检测,得到25个(41.7%)具有二态性等位基因位点。并对罗氏沼虾上海(SH)、浙江(ZJ)、马来西亚养殖群体(MF)、生长快速品系选育群体(BG)及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37,平均多态性信息含量依次为0.29、0.24、0.21、0.26和0.33,表现为中低等多态水平;群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968和0.032～0.417,MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大,SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小;遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293,MF群体和MW群体之间出现最高值,SH群体和ZJ群体出现最低值,SH群体和ZJ群体基因流最高,MF群体和MW群体最低;AMOVA分子方差分析显示,遗传变异主要来源于群体内,群体间的变异为26.33%。5个群体近交系数为0.151～0.342,3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体,对25个位点在5个群体中的基因型进行统计分析,有9个位点处的BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反,14个位点处3个养殖群体中杂合个体频数较MW群体低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。     

基于TaqMan qPCR检测凡纳滨对虾样品中虾肝肠胞虫并样检测方法的评价

对山东海阳和潍坊的2个养殖凡纳滨对虾群体取样，采用TaqMan qPCR逐尾检测肝胰腺中的虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)载量，再将提取的DNA样品按5并1(5∶1)、25并1(25∶1)、50并1(50∶1)、100并1(100∶1)和150并1(150∶1)进行并样，检测并样的EHP载量。设定不同临界循环数为假定灵敏度，定性判断各单尾检测阳性及并样组阳性，比较不同并样模式与检测阳性率、诊断灵敏度、诊断特异性等之间的关系以及定量的准确性。结果表明，检测灵敏度过低，会降低高并样率检测的准确性；阳性率在30%以上时，高并样率的检测结果与单样品检测相符性很好；高载量感染的阳性率不低于6.7%时，50∶1以内的并样能准确得出检测结果；低载量感染的阳性率不低于16%时，25∶1以内的并样能得出较好结果；高载量感染的1.3%阳性率和低载量感染的8%阳性率可能导致所有并样出现假阴性结果；各种并样模式均有很好的诊断特异性，50∶1并样的诊断灵敏度与OIE标准推荐的5∶1并样的接近；各并样检测的EHP载量与单样品检测平均值之比在0.27~2.83范围，二者存在极显著相关性，各种并样模式的定量检测结果在数量级水平能大致反映样品的平均EHP载量。本研究为水生动物疫病诊断和流行病学调查的样品检测提供了参考依据。     

二丁基羟基甲苯对雨生红球藻虾青素和油脂积累的影响

以雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)为对象，研究高光照、缺氮条件下，外源添加不同浓度的二丁基羟基甲苯(Butylated hydroxytoluene, BHT)对雨生红球藻生长、虾青素积累、油脂合成、脂肪酸组成、碳水化合物、蛋白含量以及虾青素和脂肪酸合成相关酶基因的影响。结果显示，添加不同浓度的BHT后，2 mg/L BHT添加组虾青素积累量为最高，显著高于其他实验组和对照组(P<0.05)，达到31.66 mg/g，是对照组的1.87倍。油脂含量达45.56%，高于同期对照组(39.06%)，脂肪酸组成变化不显著。在此条件下，虾青素合成关键酶基因dxs和bkt表达水平分别是对照组的5.19倍和2.04倍；脂肪酸合成关键酶基因kas和acp表达水平较对照组显著提高(P<0.05)，分别是对照组的4.56倍和3.02倍。与对照组相比，2 mg/L BHT添加组的碳水化合物和蛋白含量均呈下降趋势。研究表明，在胁迫条件下，外源添加适量浓度的BHT能有效促进雨生红球藻中虾青素的积累，同时提高了藻细胞内的油脂含量。     

罗氏沼虾低温有水保活试验

通过对保活温度(12、15、17、20、23、25 ℃)，虾与水质量比(1∶6、1∶8、1∶10、1∶12、1∶15)和暂养时间(0、12、24、36、48 h) 3个因素的单因素试验和正交试验，确定罗氏沼虾低温保活的最佳工艺条件，并检测低温保活过程中的水质指标及肌肉、血液、肝脏等虾体组织指标的变化，探究影响罗氏沼虾的保活机理。结果表明：罗氏沼虾的临界温度为9 ℃；单因素试验中，最佳保活温度为20 ℃，最佳虾与水质量比为1∶10，最佳暂养时间为24 h；正交试验中，最优工艺为保活温度20 ℃、虾与水质量比1∶12、暂养时间24 h，保活24 h内存活率可达100%；以正交优化后的最优工艺条件进行罗氏沼虾的低温保活试验，水样中氨氮质量浓度和菌落总数显著上升(P＜0.05)，但溶解氧质量浓度、pH均仍在适宜罗氏沼虾存活范围内变化，肌肉糖原质量分数、pH和三磷酸腺苷(ATP)质量分数下降，乳酸浓度显著上升(P＜0.05)，血液谷丙转氨酶(ALT)和谷草转氨酶(AST)活力显著上升(P＜0.05)，肝脏糖原质量分数显著下降(P＜0.05)，总超氧化物歧化酶(T–SOD)活力先降后升，而丙二醛(MDA)含量则先升后降。说明水质指标的变化会影响虾体肌肉、血液及肝脏各组织正常的生理代谢，从而影响其保活时间和存活率。