禽流感病毒RT-PCR及多重RT-PCR检测技术的建立

研究建立了禽流感病毒（AIV）A型、H5、N1、H9、N2亚型特异性RT-PCR及HS／N1、H9／N2、A／H5／Nl多重RT-PCR检测技术，用于检测或同时检测和鉴别A型及H5N1、H9N2亚型AIV。所建立的RT-PCR和多重RT-PCR从核酸提取、基因扩增到产物分析在3～4h内即可完成，经对36株AIV及相关病毒分离物检测，与病毒分离鉴定的结果完全一致，且与相关病毒或其他亚型无交叉反应。采用多重RT-PCR检测80份棉拭子样品，并与病毒分离鉴定方法比较，二者H5N1、H9N2亚型的鉴定结果完全吻合。结果表明，该方法具有快速、敏感、特异等优点，为临诊样品中AIV型及H5N1、H9N2亚型鉴定和诊断的有效方法。     

H5亚型禽流感病毒反应原性差异及ELISA检测方法的研究

在获得禽流感病毒多克隆抗体及H5亚型特异性单克隆抗体的基础上,建立了H5亚型特异性抗原捕捉ELISA检测方法。通过分析不同单克隆抗体与不同禽流感毒株的反应性差异,筛选高特异性和高敏感性的H5亚型单克隆抗体。优化反应条件,确定包被抗体、检测抗体及酶标抗体的最佳工作浓度,进行敏感性、特异性、重复性及稳定性分析,并与斑点ELISA、H5N1多重RT-PCR或病毒分离鉴定的结果相比较,同时使用该方法对野外样品进行了检测。结果表明,该方法敏感、特异,具有良好的重复性和稳定性,可用于检测临床样品、鸡胚培养物及细胞培养物中的H5亚型禽流感病毒。     

云南省不同宿主H9N2感染调查和NA分子进化分析

2006年6月-2007年10月,从云南省16个地州随机采集的各种家禽、家猪的喉气管和口腔棉拭子样品7 901份,应用RT-PCR结合血凝、血凝抑制试验和抗原捕捉ELISA,检测H9N2亚型禽流感感染情况,选择具有代表性的阳性样品,克隆NA全基因并进行基因序列分和推导氨基酸的糖基化位点分析。结果表明,云南省2006-2007年H9N2亚型禽流感病毒在全省14个地州均有流行,感染宿主包括鸡、鸭、鹅和猪;分离的19个毒株中的13个鸡源和1个鹅源毒珠的NA全基因长1 407bp,编码469个氨基酸,同源性为96.1%～99.6%,是目前云南省流行的优势亚群;3个鸭源毒株、1个鹅源和1个猪源毒株NA基因长1 398bp,编码466个氨基酸,5个非鸡源毒株的NA基因的同源性为99%,构成云南目前流行的另一分支,推导氨基酸第61～63位3个氨基酸的缺失是与优势分支的特征性区别;2个分支间NA基因同源性为90%,与国内外其他毒株比较神经氨酸酶基因序列具有多态性。     

禽腺病毒4型云南株分离鉴定及Hexon基因序列分析

【目的】分析云南省家禽及野鸟禽腺病毒4型(Fowl adenovirus-4,FAdV-4)流行情况、Hexon基因差异性及致病性,为研究FAdV-4流行及Hexon基因对病毒毒力的影响提供参考。【方法】2020年1月―2021年6月在云南省昆明市、曲靖市、楚雄州、大理州、红河州、玉溪市等家禽养殖密集区采集疑似感染FAdV-4家禽肝脏组织样品158份,候鸟迁徙地采集野鸟新鲜粪便310份,采用PCR技术检测FAdV-4核酸,对获得的代表性阳性样品进行病原分离鉴定,并对分离毒株进行致病性及Hexon基因序列分析。【结果】家禽肝脏组织样品中检出FAdV-4核酸阳性样品19份,阳性率为12.03%(19/158);黑颈鹤粪便样品中检出核酸阳性样品1份,阳性率为0.3%(1/310)。从FAdV-4核酸阳性样品中分离到7株FAdV-4,致病性研究结果显示,FAdV-4云南分离株均能致鸡胚发育不良,引起4周龄肉鸡发生心包积液-肝炎综合征,鸡胚半数致死量(ELD₅₀)为10^―6.17~10^―4.32/mL。7株分离株均聚类于FAdV-C亚群,Hexon蛋白与国内FAdV-4高致病性毒株具有相同的¹⁸⁸R、¹⁹³R、¹⁹⁵Q特征。分离株感染SPF鸡后,临床症状明显,具有高致病性且高致死率,肝细胞病变明显。【结论】研究初步掌握了云南FAdV-4的流行情况,首次在黑颈鹤粪便中检测到FAdV-4病原核酸,分离获得7株FAdV-4,部分毒株Hexon蛋白存在氨基酸突变。     

2013年云南省禽流感病毒H9N2亚型监测及其血凝素基因序列分析

为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的变异情况,本研究对2013年云南省16个地区的3 622份家禽临床样品进行AIV的鸡胚分离和RT-PCR检测,其中分离鉴定到97份H9N2亚型AIV分离株,并选取21个分离株进行HA基因测序及系统进化分析,结果表明:21份H9N2亚型AIV分离株的HA基因核苷酸序列同源性为86.0%~99.4%,均属于欧亚分支的类A/Chicken/Bei Jing/1/1994亚分支,而且又进一步划分为Ⅲ-1、Ⅲ-2两个小分支。其中Ⅲ-2分支为云南地区新出现的进化分支。氨基酸比对分析显示,测序的21个HA基因编码蛋白的裂解位点基序均具有低致病性病毒分子特征;与现用疫苗株相比,HA推导氨基酸序列中存在多个氨基酸位点差异;其中,Ⅲ-1与Ⅲ-2分支的AIV的HA氨基酸序列多个位点存在各自特有的点突变(氨基酸替换),这种变异具有一定的进化(亚)分支特异性。此外,HA基因多个受体结合位点氨基酸存在变异,其中234位氨基酸全部变为L,呈现了人流感受体结合特性;部分糖基化位点、抗原表位关键性氨基酸也存在变异。     

2020年云南省鸡呼吸系统疫病病因分析

为了分析云南省2020年度鸡呼吸系统疫病病因,分别在昆明、红河、曲靖、大理、楚雄、昭通等地111个养鸡场采集疑似发生呼吸系统疫病鸡肺脏、脾脏、喉气管等组织混合样品111份。采用PCR检测方法对疑似样品进行副鸡禽杆菌、鸡毒支原体(MG)、滑液囊支原体(MS)、新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、禽流感病毒(AIV)、鼻气管鸟杆菌(ORT)等传染性疾病病原核酸检测,对部分核酸样品进行测序验证。结果表明,副鸡禽杆菌、MG、MS、NDV、IBV、ILTV、ATV、ORT的检测阳性率分别为18.92%(21/111)、10.81%(12/111)、5.41%(6/111)、4.50%(5/111)、2.70%(3/111)、39.64%(44/111)、9.00%(10/111)、18.92%(21/111);混合感染占32.43%(36/111),2种、3种和4种病原混合感染分别占18.92%(21/111)、11.71%(13/111)和1.80%(2/111)。由此可见,云南省2020年度鸡呼吸系统疾病由多种原因引起,其中以副鸡禽杆菌、ILT...     

鸡源鸭疫里默杆菌的分离鉴定及ompA基因遗传进化分析

从病死鸡肝脏中分离到8株革兰阴性多形杆菌,对8株分离株进行形态学和16S rDNA基因鉴定并分析ompA基因及其推导的蛋白序列遗传进化特征。16S rDNA进化分析显示,8株鸡源分离株与22株鸭疫里默杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)参考株形成一个大的进化分支,与RA模式菌株ATCC11845和22株RA参考株之间的同源性分别为99.3%~99.8%和98.8%~100.0%。根据形态学和16S rDNA基因鉴定结果,将8株分离株鉴定为RA。ompA基因进化分析显示,8株鸡源RA分离株与3株鸭源RA分离株KML1、KML2、KML3以及1株鹅源RA分离株KS9901-G形成一个大的进化分支,同源性为94.0%~99.6%。与ATCC11845株相比较,8株鸡源RA分离株ompA基因均发生99个核苷酸位点的突变。OmpA蛋白进化分析显示,8株鸡源RA分离株形成一个独立的大的进化分支,同源性为100%。与ATCC11845株相比较,8株鸡源RA分离株OmpA蛋白均发生19个氨基酸位点的突变。8株鸡源RA分离株对青霉素、阿莫西林克拉维酸、头孢噻吩等10种抗生物敏感。本试验在国内分离到鸡源RA,证实鸡RA感染在我国的存在,对鸡RA感染的预防和控制具有重要指导意义。     

云南地区马流感病毒检测及其HA基因序列分析

马流感能引起马属动物的高度接触性呼吸道传染病。该病毒已知仅存在H7N7(马流感病毒1型)、H3N8(马流感病毒2型)两个亚型,目前仅H3N8亚型毒株在全球范围内引起马流感流行和暴发。采用A型及H3亚型特异性RT-PCR技术,检测云南疑似马流感病例鼻腔棉拭子样品;HA基因PCR扩增产物经纯化后,克隆至pMD18-T载体进行测序,并与已知代表性毒株对应序列进行比对及系统发育分析。研究发现云南马流感病毒与已知代表毒株血凝素基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别介于91.2%~99.2%和89.5%~98.4%,属于美洲谱系(American lineage)佛罗里达亚谱系(Florida sub-lineage)毒株。     

新城疫免疫失败原因浅析

新城疫是由新城疫病毒引起的一种高度接触性传染病,主要侵害鸡和火鸡,其他禽类和野禽也能感染,亦可感染人.本病常呈败血症经过,其特征是呼吸困难、下痢和神经症状.主要病理变化为黏膜和浆膜出血,腺胃黏膜出血具有诊断意义.尽管通过免疫接种、免疫监测和综合防制措施控制了该病的大规模、毁灭性流行,但是并没有使新城疫得到根本控制.     

云南边境Asia 1型口蹄疫监测及病毒vp1基因序列比较

口蹄疫是由口蹄疫病毒引起的主要侵袭偶蹄动物的一种急性热性高度接触性传染病。口蹄疫病毒存在7个不同血清型,病毒VP1蛋白抗原性差异是病毒血清型划分依据,而其编码基因核苷酸序列差异是同型病毒Topotype型或基因型划分依据。采用RT-PCR及O／A／C／Asia1多重RT-PCR技术,对2006年期间自云南边境地区采集境外流动动物组织样品120份,进行口蹄疫病原监测,检出Asia1型口蹄疫病毒阳性样品7份。对阳性样品中病毒vp1基因全序列进行扩增、纯化后,克隆至pMD18-T载体测序,并与已知代表性毒株进行比对及系统发育分析。结果发现：云南边境Aisa1型口蹄疫病毒阳性样品vp1基因核苷酸序列同源性介于83．4％～99．5％,不同分离毒株以15％序列差异作为分型标准,存在1个新拓朴型或基因型V,且与已知的4个拓朴型或基因型不同。系统发育分析确定了1个新的遗传谱系Ⅶ。部分VP1蛋白表位关键性氨基酸位点存在变异。