基于GBS技术的黄渤海沿岸托氏琩螺遗传特征分析

为了探讨辽宁沿海非经济贝类野生种群的遗传多样性水平和遗传分化特征,本研究选取了托氏琩螺(Umbonium thomasi),利用基于简化基因组测序的基因分型技术(GBS)对辽宁黄渤海沿岸的5个群体进行了全基因组水平的SNP标记开发和遗传特征分析。本研究共获得1315987个SNP标记,发现这5个托氏琩螺群体的观测杂合度和期望杂合度分别为0.0851～0.1161和0.1424～0.1627,观测杂合度均低于期望杂合度,说明托氏琩螺群体存在杂合子缺失,有种群退化风险。C4-ZH群体可能因为外来物种的入侵而发生种群缩小和多样性降低。遗传分化研究发现, 5个托氏琩螺群体处于中等分化水平,其中C5-JZ群体因为区域保护原因与其他4个群体的分化程度相对较高,且通过群体遗传结构分析发现,C5-JZ群体与其他群体的基因交流较少,基于此本研究开发了3个C5-JZ群体的特征性SNP标记。本研究结果将有助于了解辽宁沿海非经济物种的多样性水平,为自然资源的保护和利用提供依据。     

斑点叉尾鮰趋化因子基因SCYA113内含子1的多态性分析

运用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和PCR产物测序技术检测斑点叉尾鮰CC趋化因子基因SCYA113 内含子1的序列长度和多态性。在3个群体的60个个体中,斑点叉尾鮰CC趋化SCYA113 内含子1存在15种单元型和8种长度类型,长度类型分别为A、B、C、D、E、F、G和H型。对这8种序列进行比对分析发现,斑点叉尾鮰SCYA113 内含子1长度为395~443 bp, 8种长度类型中A、G、T、C的平均百分比为30.01%、15.43%、38.37%、16.19%,而且G+C（31.62%）含量明显小于A+T（68.38%）含量,内含子1与外显子1和2的连接处存在真核基因中mRNA剪接的识别信号GT/AG;引起长度变化的主要原因是短串联重复序列（微卫星序列）TTC和TTA引起的;除了微卫星序列以外,共检测到6个突变位点,其中3个转换位点为118（C→T）,209（G→A）,250（T→C）,3个颠换位点为266（T→A）,289（G→T）,387（G→C）,核苷酸多样性指数(π)为0.004,平均核苷酸差异(K)为1.576;在变异水平上,3个群体表现出一定的遗传差异,84群体中检测到8种长度类型和14种基因型,97群体中检测到8种长度类型和10种基因型,04群体中6种长度类型和10种基因型（缺少A、B等位基因）。从3个群体60个个体拥有22种频率较低(0.017~0.150)的基因型可以看出,斑点叉尾鮰的遗传基因资源较为丰富。     

工厂化养殖仿刺参营养品质分析与评价

为了更好地了解工厂化养殖仿刺参的营养成分和品质,本研究采用国标等方法,分别对工厂化养殖、池塘养殖、底播自然生长和海捕野生仿刺参的各项营养成分进行了分析和评价。结果显示,工厂化养殖仿刺参出皮率为62.7%~65.8%,煮后出皮率为24.8%~31.1%,显著高于其他来源仿刺参。工厂化养殖仿刺参的必需氨基酸/非必需氨基酸为0.46~0.50,氨基酸营养价值平均得分为87.89~90.42,均高于其他来源仿刺参,说明其氨基酸营养价值水平较高。在其他营养成分方面,工厂化养殖仿刺参与池塘养殖仿刺参较为相近。自然环境生长仿刺参由于摄食来源广泛、生长周期较长,其蛋白质与脂肪水平普遍高于其他来源仿刺参。综合分析认为,工厂化养殖仿刺参的营养价值与池塘养殖仿刺参相近,在出皮率和氨基酸营养水平上优于池塘养殖和自然环境生长仿刺参,说明工厂化养殖仿刺参具有较好的品质和营养价值。     

文蛤Clq基因的克隆与表达及其重组蛋白活性的研究

利用构建的文蛤cDNA文库,克隆得到了文蛤Clq基因全长cDNA序列,该序列全长1213bp,5′UTR为316 bp,3′UTR为372bp,开放阅读框长度为525bp,编码174个氨基酸.在文蛤Clq(MmClq)蛋白中,Clq结构域与软体动物、两栖类动物和脊椎动物中的Clq结构域均具有较高的同源性.通过荧光实时定量PCR,MmClq mRNA在所检测的各个组织中均有表达,在肝胰脏中表达量最高.在细菌感染试验中,文蛤受鳗弧菌感染后,Clq相对表达水平有明显的上升调节,注射2h,MmClqmRNA表达量最高,为对照组的2.19倍.包含成熟肽的MmC1q cDNA片段被重组,并在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,采用牛津杯法对MmClq重组蛋白进行体外抑菌试验,但并未检测到明显的抑菌活性.     

文蛤C1q基因的克隆与表达及其重组蛋白活性的研究

利用构建的文蛤cDNA文库,克隆得到了文蛤C1q基因全长cDNA序列,该序列全长1213bp,5′UTR为316bp,3′UTR为372bp,开放阅读框长度为525bp,编码174个氨基酸。在文蛤C1q(MmC1q)蛋白中,C1q结构域与软体动物、两栖类动物和脊椎动物中的C1q结构域均具有较高的同源性。通过荧光实时定量PCR,MmC1q mRNA在所检测的各个组织中均有表达,在肝胰脏中表达量最高。在细菌感染试验中,文蛤受鳗弧菌感染后,C1q相对表达水平有明显的上升调节,注射2h,MmC1qmRNA表达量最高,为对照组的2.19倍。包含成熟肽的MmC1q cDNA片段被重组,并在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,采用牛津杯法对MmC1q重组蛋白进行体外抑菌试验,但并未检测到明显的抑菌活性。     

辽宁省水产种质基因库信息平台的构建与应用

针对辽宁省水产原良种场、海洋和淡水种质资源保护区、自然沿海海域及主要河流的重要水产经济物种,开发构建了生物种质信息库、DNA条形码数据库和分子标记信息库,并整合形成辽宁省水产种质基因库信息平台。平台涵盖重要水产经济物种150种,分子标记上万个,在水产物种种质鉴定、水产生物遗传多样性评价和水产种质资源保护区与原、良种场管理等方面具有较高的应用价值。本平台将推进水产种质保护和合理利用工作的深入开展,为水产科学工作者和生产者全面了解水产种质的特性,拓宽优势资源和遗传基因的使用范围提供数据保障。     

美洲地区对虾TSV、IHHNV、WSSV和YHV病毒的流行现状、诊断方法及防治对策 (二)

２．托拉综合症病毒（ＴＳＶ） 根据其病毒颗粒结构（无囊膜的二十面体，３０ｎｍ直径，带胞质复制体，一个单链ＲＮＡ基因组），ＴＳＶ被归类为细小核糖核酸病毒 （ｐｉｃｏｒｖｉｒｕｓ）。 ＴＳＶ于１９９２年首次发现于瓜亚基尔（Ｇｕａｙｏｇｕｉｌ）湾托拉河口附近的对虾养殖场，造成池塘养殖的南美白对虾幼虾６０％－９０％死亡的灾难性损失。接着作为一种严重的病害，ＴＳＶ很快在拉美国家和美国的部分养虾地区流行蔓延。流行病学和实验室研究以及从厄瓜多尔向外的传播都表明，ＴＳＶ是一种病毒性病原，而且在美洲的南美白对虾、蓝…     

条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA与16S rRNA基因序列及其系统分析

采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。     

鱼类趋化因子基因的研究

动物免疫包括非特异性免疫和特异性免疫两种，免疫学家一直对非特异性免疫以及它们与获得性免疫系统相互作用关系极为感兴趣。非特异性免疫也叫先天性免疫，是指一个生物所具有的对病原体和有害异物的基本先天抵抗和防御性。先天免疫对绝大多数的病原体和有害异物具有潜在快速、有力和非特异性免疫反应的特点。能否对疾病进行有效的先天免疫常常是宿主动物生与死的分水岭。先天免疫包括物理、生理、细胞和分子不同层次上的防御屏障。水是鱼类赖以生存的基本环境同时也是很多水生病原体传播的媒介。鱼类的体表形成了重要的第一条防线。因为鱼类时刻与水接触。身体上的保护屏障就显得极其重要。鳞片、皮肤和粘液膜的表面都是抵御病原体侵入的重要物理屏障。鱼类粘液层含有抗生索物质，能有效地在最早阶段阻止病原体的感染。先天免疫性的生理学屏障包括温度、pH、溶氧和水溶性因子。当物理屏障被突破后，     

微卫星标记及其在贝类遗传选育研究中的应用

1微卫星标记的定义和结构类型微卫星(M icrosatelllite)是以少数几个核苷酸(1~6个)为单位首尾相连组成的简单串联重复DNA片段,一般长为几十到几百碱基对(bps),重复次数从几次到数万次不等。微卫星DNA均匀的分布于基因组中。微卫星有不同的叫法,如简单序列重复(S imp le Sequence Repeats,简称SSR)、短串联重复(ShortTandem Repeats,STR)、简单序列长度多态性(S imp le Sequence length Polymorph ism,SSLP)等。近年来,微卫星作为一种分子标记,已成为种群研究和进化生物学最常用的分子标记之一,广泛地应用于生物杂交育种、遗传连…