斑点叉尾(鱼回)趋化因子基因SCYA113内含子1的多态性分析

运用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(DPAGE)和PCR产物测序技术检测斑点叉尾(鱼回)(Ictalums punctatus)CC趋化因子基因SCYAll3内含子l的序列长度和多态性.在3个群体的60个个体中,斑点叉尾(鱼回)CC趋化SCYA113内含子1存在15种单元型和8种长度类型,长度类型分别为A、B、C、D、E、F、G和H型.对这8种序列进行比对分析发现,斑点又尾(鱼回)SCYA113内含子1长度为395～443 bp.8种长度类型中A、G、T、c的平均百分比分别为30.01%、15.43%、38.37%和16.19%,而且G+C(31.62%)含量明显小于A+T(68.38%)含量.内含子1与外显子1和2的连接处存在真核基因中mRNA剪接的识别信号GT/AG;引起长度变化的主要原因是短串联重复序列(微卫星序列)TTc和TTA引起的;除了微卫星序列以外,共检测到6个突变位点,其中3个转换位点为118(C→T)、209(G→A)和250(T→c),3个颠换位点为266(T→A)、289(G→T)和387(G→C),核苷酸多样性指数(π)为0.004,平均核苷酸差异(K)为1.576;在变异水平上,3个群体表现出一定的遗传差异,84群体中检测到8种长度类型和14种基因型.97群体中检测到8种长度类型和1O种基因型,04群体中6种长度类型和1O种基因型(缺少A、B等位基因).从3个群体60个个体拥有22种频率较低(O.017～0.150)的基因型可以看出,斑点叉尾(鱼回)的遗传基因资源较为丰富.     

用EST-SSR标记对我国养殖斑点叉尾鮰种质资源的研究

本实验采用EST-SSRs分子遗传标记技术对福州和湖北嘉鱼县的1984年群体（P1984）、福州与辽宁辽中县的1997年群体（P1997）、湖南的2004年群体（P2004）和福州的1984年与1997年群体杂交的F1代群体（P8497)等4个斑点叉尾鮰养殖群体的遗传多样性进行研究。斑点叉尾鮰EST-SSRs是从斑点叉尾鮰ESTs 序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR 标记,这种新型分子标记来源于表达基因,将其用于斑点叉尾鮰遗传研究可直接反映相关基因在不同斑点叉尾鮰群体间的表达差异。本实验检测到两个功能明确的基因位点。实验结果表明有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,可作为斑点叉尾鮰遗传标记分析,有效的多态性引物占90%,共获得32个等位基因,其中大多数引物有2～4 个等位基因,4个群体的平均等位基因数（A）为3.0000-3.4000, 平均有效等位基因数（ae）为1.9455-2.3024,平均观察杂合度（Ho）为0.4068-0.4732,平均期望杂合度（He）为0.4148-0.4907,平均多态信息含量（PIC）为0.4113-0.4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远,这验证了四个群体的引入顺序。通过Hardy—Weinberg检验发现,4个群体有18.75％的位点偏离了Hardy—Weinberg平衡, 表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好。通过F-检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态。群体间发生分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。     

斑点叉尾鮰网箱育种技术要点

斑点叉尾鮰是引进品种中开展产业化网箱养殖较为成功的品种,大量的鱼种需求靠池塘培养调运,但可能影响成活率,同时也加大养殖成本。在网箱中直接进行水花→鱼苗→鱼种的育种,是解决网箱养殖斑点叉尾鮰鱼种问题的主要措施,能较大幅度的降低养殖成本。在2013年开展网箱育种试验的基础上,综合近几年的摸索,初步总结了斑点叉尾鮰网箱育种技术,仅供参考。     

浅析二氢吡啶对斑点叉尾鮰生长性能的影响

采用单因子试验设计,在蛋白质含量为31.99%和11.27 MJ/kg的基础饲料中分别添加0、50、100、150、200 mg/kg和250 mg/kg二氢吡啶制成6种试验饲料。试验选用平均初始体重为(5.53±0.11)g的斑点叉尾鮰360尾,随机分为6组,每组设置2个平行实验,每个平行30尾试验鱼。结果表明:饲料中二氢吡啶量为192.33 mg/kg时,斑点叉尾鮰的特定生长率最高,为2.65%/d;二氢吡啶含量为133.33 mg/kg时,斑点叉尾鮰的饵料系数最低,为1.61;二氢吡啶含量为137.93 mg/kg时,斑点叉尾鮰的饲料蛋白质效率最优(饲料蛋白质效率为1.94%)。     

鸡ovr基因SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

为研究鸡卵细胞卵黄生成受体（Occyte vitellogenesis Receptor , OVR）对鸡产蛋性能及蛋品质的影响,本试验以六个鸡种（洪山鸡、江汉鸡、双莲鸡、郧阳大鸡、郧阳白羽乌鸡、海兰褐）的一代混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡ovr基因内含子单核苷酸多态性（SNPs）位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析。结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2 T3967G,内含子7 C8099T、A8296G,内含子9 A8839T、G9084A共5个突变位点;其中内含子2 HinfⅠ突变位点与开产日龄、蛋壳厚度相关极显著（p<0.01）,与产蛋量、蛋重、蛋黄比例相关显著（p<0.05）;三种基因型中TT个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体。本研究结果证实了其他学者研究的结论,即ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响。     

AFLP分析江西省4个斑点叉尾鮰养殖群体遗传多样性

本文运用AFLP分子标记技术,对江西省4个斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)养殖群体(GZ、XJ、PYA和PYB)进行遗传多样性分析。结果表明,在64对引物组合中,E3/M2、E4/M7、E3/M8和E5/M5引物从4个群体72个体中共扩增出179个位点,其中多态位点为109,占60.89%。其中,PYA、GZ、XJ和PYB群体的多态位点比例(P)分别为56.54%、56.47%、56.32%和56.14%。Shannon多样性指数(I)分别为0.2890、0.3003、0.2896和0.2852,平均杂合度(H)分别为0.1935、0.2027、0.1938和0.1898。4个群体间的遗传分化系数(Gst)为0.1314,说明群体间发生了一定程度的遗传分化,但分子方差分析(AMOVA)显示,群体的遗传变异90.98%来源于群体内的个体间,9.02%来源于群体间。聚类分析也表明,4个群体所产生的遗传分化主要也来源于群体内。本研究为斑点叉尾鮰种质资源的调查和保护提供参考,为斑点叉尾鮰优良品种的选育提供科学依据。     

GnRHR基因多态性及其与小尾寒羊高繁殖力关系的研究

设计8对引物,应用聚合酶链式反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）技术检测促性腺激素释放激素受体（gonadotropin releasing hormone receptor, GnRHR）基因外显子1、外显子2和外显子3在高繁殖力品种（小尾寒羊和湖羊）和低繁殖力品种（南非肉用美利奴、考力代和中国美利奴绵羊）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果发现引物P4和P7扩增片段具有多态性,其余6对引物的扩增片段都不存在多态性。对于P4扩增片段,在湖羊中检测到AA和BB基因型,在其余4个绵羊品种中只检测到AA基因型,BB型与AA型相比在外显子1有5个突变（+692G→A、+706T→A、+747T→C、+748A→T和+802T→A）,并引起氨基酸改变（Gly→Ser、Asp→Glu和Leu→Pro）。对于P7扩增片段,在小尾寒羊和湖羊中都检测到CC和DD基因型,在低繁殖力的3个绵羊品种中均只检测到CC基因型,DD型与CC型相比在外显子2有+50A→G和+101A→C两个突变,并引起氨基酸改变（Glu→Gly和Gln→Pro）;小尾寒羊CC和DD基因型频率分别为0.87和0.13,突变纯合型（DD）小尾寒羊平均产羔数比野生型（CC）多0.81只（P<0.01）。     

甘肃高山细毛羊β3-肾上腺素能受体基因(ADRB3)多态性与生长速度相关性分析

β3-肾上腺素能受体基因(β3-adrenergic receptor,ADRB3)的突变影响动物机体的产热机能。为了探讨绵羊ADRB3基因多态性与生产性能的相关性,本研究以甘肃高山细毛羊(Ovis aries)为研究对象,采用PCR-SSCP方法,检测ADRB3基因部分内含子序列的遗传多态性,分析不同等位基因及基因型与其生长速度的相关性。结果表明,甘肃高山细毛羊群体中检测到5种等位基因(A、B、C、D和E),构成7种基因型(AA、AD、BD、BE、CC、CD和DD),存在6个突变位点(T/C、C/T、A/G/C、T/C、A/C和T/C),其中等位基因D和基因型CD频率分别为0.4159和0.2540,为优势等位基因和基因型;与生长速度相关性分析发现,不同基因型对生长速度影响不同,其中基因型差异与二月龄体重显著相关(P0.05),与其他阶段生长速度相关性不显著(P0.05);含有等位基因A和D或基因型AD和BD的群体平均体重优于其他群体,BE基因型个体生长速度最低。本研究发现,甘肃高山细毛羊ADRB3基因内含子区具有丰富的多态性;等位基因A和D可作为甘肃高山细毛羊群体生产性能选育的有效分子标记,基因型AD和BD可作为肉用杂交改良中的有效标记,可用于指导绵羊肉用性能改良。     

鸡卵细胞卵黄生成受体基因(ovr)SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

以6个鸡(Gallus gallus)品种混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡卵细胞卵黄生成受体(occyte vitellogenesis receptor,ovr)基因内含子单核苷酸多态性(SNPs)位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析.结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2T3967G,内含子7C8099T和A8296G,内含子9A8839T和G9084A共5个突变位点;其中内含子2HinfⅠ突变位点与开产日龄和蛋壳厚度相关极显著(P＜0.01),与产蛋量、蛋重和蛋黄比例相关显著(P＜0.05);3种基因型中订个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体.研究结果证实了ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响.     

不同肉牛品种中乙酰辅酶A:二酰甘油酰基转移酶基因(DGAT1)遗传多态性及对胴体性状的影响

本研究采用PCR-SSCP方法研究了3个黄牛(Bos taurus)品种(鲁西牛、晋南牛和秦川牛)及4个杂交肉牛(夏洛莱×鲁西牛、安格斯×鲁西牛、利木赞×鲁西牛和西门塔尔×鲁西牛)群体乙酰辅酶A:二酰甘油酰基转移酶基因(DGAT1)第17 exon和3'UTR的多态性.在3'UTR有5个碱基突变位点,分别位于8 402 bp(C→T)、8 414 bp(A→C)、8 445 bp(T→C)、8 465 bp(A→G)和8 545 bp(G→A),并且8 402 bp处碱基突变属首次发现.x2检验的结果表明,在该基因座位7个群体均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05或P<0.01).经DUNCAN'S检验表明在该基因座位上BB基因型个体的宰前体重、胴体重、眼肌面积、膘度和日增重均显著高于CC基因型的个体,而CC基因型个体的大理石花纹、背膘厚度和肌内脂肪含量均显著高于BB型个体.研究表明,DGAT1基因的等位基因B与肉牛的眼肌面积等胴体性状相关,等位基因C与大理石花纹、背膘厚度、肌内脂肪含量等肉质性状相关.     

绵羊骨形态发生蛋白受体IB基因部分3′非翻译区的多态性分析

根据绵羊骨形态发生蛋白受体IB（bone morphogenetic protein receptor IB, BMPR-IB）基因部分调控区的mRNA序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术检测BMPR-IB基因部分3′非翻译区序列在4个绵羊品种（小尾寒羊、湖羊、特克塞尔和中国美利奴绵羊）中的单核苷酸多态性。结果发现引物P1扩增片段存在多态性,其余2对引物的扩增片段均不存在多态性。对于引物P1,只在湖羊中发现AA和BB两种基因型,其余3个品种均为AA型。测序表明BB型与AA型相比有2个碱基突变（121T→C和195T→C）。     

促性腺激素释放激素基因(GnRH)和生长激素基因(GH)对番鸭产蛋性能的遗传效应分析

促性腺激素释放激素(GnRH)和生长激素(GH)分别是下丘脑-垂体-性腺轴(HPG)与GH/IGF轴分泌的激素,共同参与调控动物的繁殖性能。本研究以白羽番鸭(Cairina moschata)RF系为实验材料,采用PCR-SSCP技术进行基因分型,同时建立适合的线性统计模型,分析基因型与产蛋性能的关联性。结果表明,GnRH基因5’调控区检测到3种基因型AA/AB/BB,经测序比对AA型与BB型相比发生G→A突变,不同基因型与300日龄产蛋数和最大连产天数均显著相关(P<0.05),与开产日龄无显著相关(P>0.05);GH基因内含子3检测到3种基因型CC/CD/DD,经测序比对CC型与DD型相比发生A→G突变,不同基因型与最长连产天数显著相关(P<0.05),与300日龄产蛋数和开产日龄均无显著相关(P>0.05)。两个基因发挥作用的方式主要为加性效应,GnRH基因对300日龄产蛋数和最大连产天数的加性效应值分别为-3.53和-3.33,GH基因对最大连产天数的加性效应值为-2.44。推测GnRH和GH基因是与繁殖主效基因紧密连锁的标记基因。     

小尾寒羊MTNR1A基因外显子2的克隆与序列分析

对常年发情的绵羊品种小尾寒羊和季节性发情的绵羊品种多赛特羊共20只母羊的褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A，MTNR1A)基因外显子2的824 bp扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析。结果表明, 小尾寒羊MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列与已发表的绵羊序列(GenBank登录号U14109)完全相同。小尾寒羊与多赛特羊MTNR1A基因外显子2的差异由5个变化的核苷酸(分别为C329T、G355T、C566T、C580A和A675G)组成，核苷酸同源性为99.4%。小尾寒羊与山羊、母牛、猪、人、小鼠、挪威大鼠、西伯利亚仓鼠和鸡之间MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列同源性为73.2%～98.5%，氨基酸序列同源性为78.5%～98.5%。     

猪TNNC2基因的克隆及其融合蛋白在大肠杆菌中的表达

根据GenBank上猪TNNC2（Fast skeletal muscle troponin C2）基因序列（GenBank accession No. DQ629177）设计一对引物,采用RT-PCR方法克隆得到617 bp TNNC2 cDNA片段（GenBank accession No. EF673726）,包括完整的开放阅读框（ORF）,与GenBank上公布的猪TNNC2基因（GenBank accession No. AY575058）的ORF核苷酸序列同源性达99 %,并发现开放阅读框内的5个点突变,319位点T→C,320 位点G→A,321位点C→T,导致氨基酸107位Ala（丙氨酸）→Met（蛋氨酸）,322位点A→G为同义突变,433位点A→T,导致氨基酸144位Glu（谷氨酸）→Asp（天冬氨酸）。根据已获得的TNNC2基因开放阅读框序列,重新设计引物扩增得到包含BamH I和EcoR I酶切位点的完整阅读框,将其首先克隆到pMD18-T载体中,经菌液PCR筛选和酶切鉴定后,用BamH I和EcoR I将目的片段切下,再克隆到原核表达载体pRSET A中构建重组表达质粒pRSET A-TNNC2。将重组质粒转化大肠杆菌BL21（DE3）,IPTG不同诱导条件诱导表达,经SDS-PAGE电泳和Western blot分析证实重组表达质粒pRSET A-TNNC2表达出24 kD左右的融合蛋白,最佳诱导时间为4 h,最佳的IPTG诱导浓度为0.6 mmol/L,表达产物以可溶性蛋白的形式存在。     

催乳素(PRL)和生长激素(GH )基因对高邮鸭产蛋性能的遗传效应分析

分别采用PCR-RFLP和PCR-SSCP方法检测催乳素(PRL)和生长激素(GH)基因的多态性,并分析了PRL和GH基因与高邮鸭产蛋性能的关系。结果表明：①PRL基因内含子1经酶切得出3种基因型AA/AB/BB,等位基因A/B频率分别为0.226/0.774;经测序发现PRL基因内含子1在1 326 bp处发生T→C突变。GH基因外显子4经SSCP分析显示3种基因型CC/CD/DD,等位基因C/D基因频率分别为0.222/0.778;经测序发现GH基因外显子4在3 701 bp处发生C→T突变。②PRL内含子1多态与高邮鸭的30周龄蛋重存在极显著关联(P <0.01);PRL多态与双黄蛋率显著关联(P <0.05);GH基因多态与最长连产天数和双黄率间相关性达显著性水平(P <0.05)。     

两个黄鸡品种Ghrelin基因的PCR-SSCP分析

摘要：本研究针对Genbank上检索的Ghrelin基因的序列设计了两对引物，用PCR-SSCP方法检测了140只京海黄鸡和30只苏禽黄鸡该基因的多态性，结果表明：引物1在两个鸡品种中均未检测到多态；引物2检测到多态：其中京海黄鸡有BB，BC，CC三种基因型，在苏禽黄鸡中只检测到BB，BC两种基因型。在两个鸡品种中B等位基因为优势基因，分布较高，其中在苏禽黄鸡中BB基因型频率达0.933，而京海黄鸡为0.657。对两个纯合基因型测序分析表明：位于Ghrelin基因546bp处发生了T→A的单碱基突变。     

转化生长因子β1基因(TGF-β1)外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为寻找与山羊(Capra hircus)产羔数密切相关的分子标记,加快山羊育种进程,研究转化生长因子β1基因(TGF-β1)遗传多态性与山羊产羔数的相关性,根据牛的TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP.和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系。结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第二外显子148bp位点碱基发生A→G的突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648。在波尔山羊的1～3胎产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P<0.05);在第四胎产羔数和平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于AA(P<0.05),显著高于BB(P<0.05);BB型个体的平均产羔数显著高于AA型(P<0.05)。在陕南白山羊中,AB型个体的2～4胎产羔数和平均产羔数显著高于AA和BB型个体(P<0.05);在第一胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P<0.05)。研究结果表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因。     

猪UCP3基因多态性及其与脂肪沉积、肉质性状的相关分析

在QTL定位的基础上选取猪解偶联蛋白3(UCP3)作为控制脂肪沉积性状和肉质性状的候选基因。对猪UCP3基因的部分编码区进行了测序，在395 bp处发现了1个cSNP位点。该cSNP位点发生G→A突变，并导致相应编码氨基酸由甘氨酸→精氨酸的改变。该位点可以被限制性内切酶SmaⅠ识别。利用PCR-RFLP方法，对186头大白×梅山F2资源家系进行UCP3片段SmaⅠ位点分析，发现AA、AB和BB三种基因型，其中A等位基因频率0.56，B 0.44。经统计分析发现，在该F2群体中，UCP3 SmaⅠ位点多态性与脂肪沉积性状中胸腰椎间膘厚、臀部膘厚显著相关；与肉质性状中的肌内脂肪、系水力和失水率显著相关。UCP3 SmaⅠ位点主要表现为加性效应，基因型AA降低膘厚，提高系水力和降低失水率，但同时也降低肌内脂肪含量。     

草鱼羧肽酶A1基因(CPA1)部分片段的单核苷酸多态性(SNP)多态性及其与生长性状的关联分析

羧肽酶A (EC 3.4.16)是一类水解蛋白和多肽底物C端芳香族氨基酸或脂肪族氨基酸残基的消化酶.在草鱼生长相关的功能基因上研究单核苷酸多态性(SNP)与生长的相关性可为草鱼的分子辅助育种提供依据.本研究根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库的羧肽酶A1基因(CPA1)重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到2个颠换SNP位点:C+412A和A36C,分别位于CPA 1基因外显子5的34bp和内含子3的36 bp处,前者为错义突变.然后用一个群体的296尾草鱼对这2个位点用SnaPshot的方法进行检测和分型,统计基因型频率:A36C位点的AA基因型占26.7％,AC基因型占52.0％,CC基因型占21.3％.C+412A位点的AA基因型占15.5％,AC基因型占40.5％,CC基因型占43.9％.利用一般线性模型分析2个SNP位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系.关联分析结果显示,C+36A位点不同基因型在体质量、眼间距均值上存在显著差异(P＜0.05).并且AA基因型和CC基因型在体质量、体长、体宽和眼间距上存在显著差异(P＜0.05).AA基因型各项指标均值显著高于CC基因型.C+412A位点在体质量等生长性状上差异不显著(P＞0.05),该位点和生长不相关,但是CC基因型和AC基因型在体重和肛前距上差异显著(P＜0.05),该位点CC基因型的6个生长性状均值都高于AA基因型.由两个位点组成的5种双倍型在体质量上存在显著差异(P＜0.05).双倍型D3和D5在体质量上存在差异显著(P＜0.05).双倍型D3和D8在体质量、体宽、体长、体长/头长等生长性状上都存在显著差异(P＜0.05).D3的各项指标均值最高,D8的各项指标均值最低.本研究结果显示,可以考虑将草鱼CPA1基因作为候选基因,用于草鱼的分子辅助育种.