EST-SSR标记对我国斑点叉尾(鲴)种质资源的研究

采用EST-SSRs对福建和湖北的1984年群体(P1984)、福建与辽宁的1997年群体(P1997)、湖南的2004年群体(P2004)和福建的1984年与1997年群体杂交的F.代群体(P8497)等4个斑点叉尾鲴(Ictalurus punctatus)养殖群体的遗传多样性进行了研究.结果表明,有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,共获得32个等位基因,4个群体的平均等位基因数(A)为3.00～3.40,平均有效等位基因数(Ae)为1.95～2.30,平均观察杂合度(Ho)为0.4768～0.5982,平均期望杂合度(He)为0.4913～0.5695,平均多态信息含量(PIC)为0.4113～0.4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平.根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远.4个群体有18.75%的位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好.F-统计检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态.群体间分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间.     

圆斑星鲽的生物学及繁育技术研究进展

圆斑星鲽（Verasper variegatus）是中国海域仅存的一种星鲽属鱼类,属于稀有品种,其自然资源匮乏．捕获量极少。而圆斑星鲽的人工繁殖较为困难,开展人工养殖缺乏足够的苗种数量。在介绍圆斑星鲽的生物学特性、苗种繁育及其分子遗传学等方面研究进展的基础上。对当前圆斑星鲽存在的问题和养殖前景提出了分析与展望。     

虾夷扇贝外套膜和肾脏组织cDNA文库构建以及EST的初步分析

利用SMARTcDNA文库构建试剂盒首次构建了健康虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)外套膜和肾脏2种组织的cDNA文库。2个文库容量分别为2.30×106CFU/mL和1.20×106CFU/mL,重组率均超过98%,平均插入片段长度均大于1kb,文库质量符合标准要求。将随机选取的4009个克隆进行5′端测序,得到3884个有效序列(外套膜923个,肾脏2961个),测序成功率96.9%。经过质量控制和拼接,共得到2007条单基因簇(Unigenes),包含363个序列重叠群(Contigs)和1644条单一序列(Singletons)。通过BLASTx和BLASTn搜索比对,共有659个Unigenes(外套膜157个;肾脏502个)获得了基因注释(Ee-5),占Unigene总数的32.84%。对Unigene的功能和分类进行了初步分析,发现多种与免疫相关的基因,如凝集素、超氧化物歧化酶、溶菌酶、大防卫素等。利用SSRIT在线工具对2007条Unigene查找微卫星,发现有69个EST中含有微卫星序列,其中40个可以用于引物设计。虾夷扇贝cDNA文库的成功构建,为进一步的EST分析、功能基因的表达和克隆、多态性EST-SSR的筛选以及虾夷扇贝分子遗传学研究、种质资源评价和分子选育等奠定了基础。     

分子生物技术在水产动物病害防治研究中的应用及其展望

随着我国水产养殖业不断发展,养殖规模的不断扩大,养殖环境恶化、种质退化、病害频繁发生等问题正严重制约着我国的水产养殖业的发展。尤其是大范围流行病的爆发经常会给局部地区的养殖业带来毁灭性的打击。因此加强对病害防治技术的研究,已成为我国当前发展水产养殖业的关键。     

仿刺参体壁、肠和呼吸树全长cDNA文库的构建及部分ESTs初步分析

利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了健康仿刺参的体壁、肠和呼吸树的cDNA文库.检测结果表明,3个文库库容量分别为1.7×106、1.5×106和1.8×106;重组率均超过98%,插入片段平均长度均大于1 kb.证明所建cDNA文库的质量符合要求.对随机选取的6240个克隆进行5'端测序,得到5913条有效序列(体壁,2031,肠:1966,呼吸树:1916),去除低质量序列和小于100 bp的序列后,共得到5728条高质量的ESTs序列(体壁:1791,肠:1906,呼吸树:1851),序列平均长度为589 bp.经过软件拼接.共得到2613条单基因簇,包含495个序列重叠群和2118条单一序列.通过BLASTX搜索比对,获得基因注释序列853个(体壁:274个;肠:358个;呼吸树:221个),占总数32.6%,并进行了初步的功能分类.为进一步开展相关基因的克隆和分子标记的筛选莫定了基础.     

圆斑星蝶MHC ⅡB基因结构、多态性及组织表达分析

通过表达序列标签法和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,分离和克隆了圆斑星鲽(Verasper variegatus)主要组织相容性复合体(MHC)IIB的全长cDNA序列,该cDNA全长为1 144 bp,5'UTR(untranslated region)为7 bp,3'UTR为450 bp,开放阅读框(ORF)长度为687 bp,可编码228个氨基酸,包含信号肽、抗原结合域(β1),IGC区(β2),跨膜区和胞质区5个结构域.同源分析表明,圆斑星鲽MHC IIB氨基酸序列与其他硬骨鱼具有49%-79%的同源性,与鼠、人、红原鸡和护士鳖的相似性较低,分别为34%,33%,31%和30%.圆斑星鲽MHC IIB基因含有5个内含子,与其他硬骨鱼不同,其β2结构域编码区内存在I个109 bp的内含子.根据获得的MHC IIB基因组序列设计特异性引物,在10尾野生圆斑星鲽中扩增了包括完整内含子1和外显子2的长度约388 bp的DNA片段,PCR产物直接测序后发现在270 bp的抗原结合域中共有23个位点发生变异,密码子第1位和第2位的变异明显高于第3位.利用荧光定量PCR分析组织表达发现,MHC IIB基因在健康圆斑星鲽9种组织中均有表达,但表达量存在差异,肾的表达量最高,肌肉的表达量最低,肾、心、脾脏和鳃的表达量显著高于肝、皮肤、脑、血和肌肉.本研究旨在为MHC基因家族的遗传进化分析、结构与功能的解析提供基础,同时为圆斑星鲽的分子免疫学和标记辅助育种研究提供参考依据.     

紫贻贝EST-SNP的筛选及多态性检测

利用EST 数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和 A/G突变较多,分别占总数的28.8%和27.4%。 根据候选SNP位点设计30组引物,通过等位基因特异性PCR结合溶解曲线分析,在30个野生个体中进行基因分型验证,6组引物(20%)没有扩增产物,10组引物(33%)没有多态性,〖JP2〗14组(47%)引物具有二等位基因多态性,稀有等位基因的频率为0.083~〖JP〗0.446,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.166 7~0.615 4和0.155 4~0.503 2。序列比对结果显示,14组引物中的12个SNP位点位于基因编码区,并且全部为同义突变。研究结果表明,EST数据库中存在大量的SNP位点,差异熔解曲线法是一种高效便捷的SNP分型方法,所筛选的SNP标记可用于紫贻贝遗传学分析。     

EST-SSR标记对我国斑点叉尾鮰种质资源的研究

采用EST-SSRs对福建和湖北的1984年群体（P1984）、福建与辽宁的1997年群体（P1997）、湖南的2004年群体（P2004）和福建的1984年与1997年群体杂交的F。代群体（P8497）等4个斑点叉尾鮰（Ictalurus punctatus）养殖群体的遗传多样性进行了研究。结果表明,有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,共获得32个等位基因,4个群体的平均等位基因数（A）为3．00-3．40,平均有效等位基因数（Ac）为1．95～2．30,平均观察杂合度（Ho）为O．4768-0．5982,平均期望杂合度（Ho）为004913-0．5695,平均多态信息含量（PIC）为0．4113-0．4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远。4个群体有18．75％的位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好。F-统计检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态。群体间分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。     

硬骨鱼类线粒体基因系统发育信息效率分析

采用PCR产物直接测序法获得圆斑星鲽（Verasper variegatus）和条斑星鲽（V．moseri）线粒体基因组的全部基因序列，并从GenBank中下载已知分类地位相关鱼类的线粒体基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列，用蛙、鸡、牛做外群，采用NJ和MP法，重建鱼类的系统发育树。通过计算各个基因在重建系统发育树时的准确率，估算该基因所含有的系统发育信息。结果表明，从氨基酸序列和核苷酸序列以及在目、科、属综合分析，这些基因的系统发育信息大致分为好（16S rRNA、ND2、ND4、12S rRNA、ND6、ND5）、中（Cytb、COII、COIII、ND1、COI）和差（ND3、ND4L、ATP6、ATP8）3个组。在目阶元，当用核苷酸序列分析时，12SrRNA、16SrRNA、COII、ND4、ND5和ND6最好，COI、COIII、Cytb、ND1和ND2为中等，而ND3、ATPase6、ATPase8和ND4L最差。当用氨基酸序列分析时，ND4和ND5最好，ND1、ND2、Cytb、ND6、COI、COII和ND4L为中等，ND3、ATPase6、COIII和ATPase8最差。在科阶元，当用核苷酸序列时，12SrRNA、16SrRNA、ND2和ND6系统发育信息最好；用氨基酸序列时，Cytb和ND2最好。在属阶元，所有基因的核苷酸序列都具有很好的系统发育信息，而COII、ND4L、ND1和ND3的氨基酸序列系统发育信息最差。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鱼类系统进化关系。     

北美大嘴鲈鱼病毒病的研究现状

大嘴鲈鱼(MicropterusSalmoides)广泛分布于北美各主要水域,大嘴鲈鱼病毒(LargeMouth BassVirus,以下简称LMBV)是一种已知的、唯一能引起大嘴鲈鱼致死性疾病的一种病毒。此病毒隶属于虹彩病毒科,由于受该病毒感染的鱼体没有明显的、易于观察的临床症状,所以很难做出早期诊断。有关LMBV和由该病毒引起病毒病的报导很多,本文仅收集与综合了国外一些主要的相关文章,以促进对该病的进一步研究和探讨。