| 虾夷扇贝外套膜和肾脏组织cDNA文库构建以及EST的初步分析 |
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| 引用本文： | 李云峰,刘卫东,高祥刚,李文姬,刘莹,傅立元,李宏俊,王健,鲍相渤,赫崇波.虾夷扇贝外套膜和肾脏组织cDNA文库构建以及EST的初步分析[J].中国水产科学,2010,17(3):578-585. |
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| 作者姓名： | 李云峰 刘卫东 高祥刚 李文姬 刘莹 傅立元 李宏俊 王健 鲍相渤 赫崇波 |
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| 作者单位： | 1. 辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室,辽宁,大连,116023
2. 辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室,辽宁,大连,116023;辽宁师范大学,生命科学学院,辽宁,大连,116029 |
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| 基金项目： | 国家海洋公益性行业科技专项项目，辽宁省科学技术计划重大、重点项目，辽宁省海洋与渔业科研计划项目 |
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| 摘 要： | 利用SMARTcDNA文库构建试剂盒首次构建了健康虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)外套膜和肾脏2种组织的cDNA文库。2个文库容量分别为2.30×106CFU/mL和1.20×106CFU/mL,重组率均超过98%,平均插入片段长度均大于1kb,文库质量符合标准要求。将随机选取的4009个克隆进行5′端测序,得到3884个有效序列(外套膜923个,肾脏2961个),测序成功率96.9%。经过质量控制和拼接,共得到2007条单基因簇(Unigenes),包含363个序列重叠群(Contigs)和1644条单一序列(Singletons)。通过BLASTx和BLASTn搜索比对,共有659个Unigenes(外套膜157个;肾脏502个)获得了基因注释(Ee-5),占Unigene总数的32.84%。对Unigene的功能和分类进行了初步分析,发现多种与免疫相关的基因,如凝集素、超氧化物歧化酶、溶菌酶、大防卫素等。利用SSRIT在线工具对2007条Unigene查找微卫星,发现有69个EST中含有微卫星序列,其中40个可以用于引物设计。虾夷扇贝cDNA文库的成功构建,为进一步的EST分析、功能基因的表达和克隆、多态性EST-SSR的筛选以及虾夷扇贝分子遗传学研究、种质资源评价和分子选育等奠定了基础。
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| 关 键 词： | 虾夷扇贝 cDNA文库 免疫相关基因 |
| 修稿时间： | 2010/6/10 0:00:00 |
Construction of cDNA libraries from mantle and kidney of Japanese scallop (Mizuhopecten yessoensis) and ESTs analysis |
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| LI Yunfeng,LIU Weidong,GAO Xianggang,LI Wenji,LIU Ying,FU Liyuan,LI Hongjun,WANG Jian,BAO Xiangbo,HE Chongbo.Construction of cDNA libraries from mantle and kidney of Japanese scallop (Mizuhopecten yessoensis) and ESTs analysis[J].Journal of Fishery Sciences of China,2010,17(3):578-585. |
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| Authors: | LI Yunfeng LIU Weidong GAO Xianggang LI Wenji LIU Ying FU Liyuan LI Hongjun WANG Jian BAO Xiangbo HE Chongbo |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | EST-SSR |
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