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本研究旨在对黔北麻羊胸腺素β4(thymosin beta 4,Tβ4)基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊Tβ4基因序列(登录号:NC_030810和NW_017189516),应用Primer Premier 5.0软件设计引物,运用混合DNA池结合PCR产物直接测序获得黔北麻羊Tβ4基因X染色体第1、2、3外显子和3号染色体第1外显子序列进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对黔北麻羊Tβ4基因进行同源性、系统进化树、理化性质、疏水性、卷曲螺旋、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、结构域、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构和三级结构分析。结果显示,共筛选出10个SNPs,分别为:G55C、C82T、G112A、C129T、G216A、G431A、G551T、T579A、A609G和A619G。同源性比对分析结果显示,黔北麻羊与黄牛、马、野猪、人、裸滨鼠、褐家鼠、小家鼠和原鸡Tβ4基因核苷酸序列同源性分别为97.8%、96.3%、95.6%、94.1%、94.8%、91.1%、92.6%和86.7%。蛋白理化性质分析显示,黔北麻羊Tβ4蛋白理论等电点为5.02,亲水值最小为-3.011,无疏水性氨基酸,无卷曲螺旋,不是跨膜蛋白,无信号肽存在,分布在细胞核(60.9%)、线粒体(4.3%)、细胞骨架(17.4%)和细胞质(17.4%),有1个THY结构域,有1个苏氨酸磷酸化位点,无N糖基化位点,有4个O糖基化位点。二级结构分析显示,C129T突变使其蛋白质二级结构中α-螺旋增加,无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊Tβ4基因多态位点,为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择提供了参考依据。 相似文献
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筛选150只黔北麻羊(0.5岁、1岁、1.5岁各50只)FTO基因的SNPs,为进一步开展FTO基因多态性与山羊肉质性状相关性研究提供参考。通过构建DNA混合池结合PCR产物直接测序技术,对黔北麻羊FTO基因外显子区域进行多态性分析,采用生物信息学软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构分析及对SNPs突变位点峰高进行等位基因频率估算,并应用相应软件对FTO基因编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位等结构进行生物信息学分析。在FTO基因外显子区域共筛选出8个SNPs,分别为Exon2-C139T、Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C、Exon9-C1615G、Exon9-G1718A。分析表明,Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C位点的突变在CDS区内,其中Exon3-A242G(Gln-His)、Exon3-G387T引起m RNA二级结构的改变,Exon3-C339T、Exon3-G387T突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低。对FTO基因序列进行生物信息学分析,得出FTO是一种非分泌型的亲水性蛋白,不存在跨膜区域,发挥生物学作用的主要场所是细胞质,有7个Ser位点,5个Thr位点,5个Tyr位点,二级结构中ɑ螺旋结构数量最多。 相似文献
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利用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系 总被引:5,自引:0,他引:5
利用7个微卫星标记对12个贵州地方鸡种及1个引入鸡种的遗传多样性进行了检测,分析了各标记座位上的等位基因及频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量、平均多态信息含量及群体间的亲缘关系。结果表明:13个种群在7个标记座位上的等位基因及频率等均存在一定差异。其中,瑶山鸡的平均基因杂合度最高,引入鸡种隐性白洛克的平均基因杂合度最低,其余鸡种介于其间。平均多态信息含量的分析结果与此类似,说明瑶山鸡的遗传多样性最为丰富。模糊聚类的结果表明,13个鸡种分为2大类群,隐性白洛克独自为1个类群,12个贵州地方鸡种构成1个类群。12个贵州地方鸡种又可进一步分为2个小类群:其中1个小类群由兴义土鸡、矮脚鸡首先聚在一起,然后依次聚上黔东南小香鸡、黔东南小香乌骨鸡构成;高脚鸡、瑶山鸡、威宁鸡、竹乡鸡、竹乡乌骨鸡、黑羽乌蒙乌骨鸡、乌蒙鸡、麻羽乌蒙乌骨鸡则构成另一个小类群。 相似文献
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用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系 总被引:1,自引:0,他引:1
利用20个微卫星座位对贵州12个地方鸡种和隐性白洛克进行遗传分析,得到各品种的等位基因频率、平均杂合度、多态信息含量及品种间的Nei氏标准遗传距离,并进行了聚类分析。结果表明:13个鸡种在各微卫星座位上的遗传杂合度均有差异,平均遗传杂合度为0.6885(贵州地方鸡种为0.6915);平均多态信息含量为0.6297(贵州地方鸡种为0.6326),说明贵州地方鸡种遗传多样性较隐性白洛克丰富。UPGMA聚类分析结果显示,13个鸡种分为2大类群,隐性白洛克独自构成一个类群,12个贵州地方鸡种为另一个类群,12个贵州地方鸡种进一步可分为4个小类群。研究结果对贵州地方鸡种资源的评估、保存和利用具有一定的指导意义。 相似文献
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为进一步开展山羊GHRH-R基因的表达调控、分子标记辅助育种及比较基因组学等的研究,采用构建DNA池并用直接测序的方法,研究了黔北麻羊、内蒙古绒山羊和关东奶山羊3个山羊品种GH-RH-R基因的多态性,并估算其等位基因频率。结果表明:在黔北麻羊GHRH-R基因中发现2个SNPs(T-640-C,G-811-T),第8内含子640bp、811bp处分别发生了T→C、C→T碱基转换;等位基因频率T-640为0.500,C-640为0.500,C-811为0.387,T-811为0.613;关中奶山羊和内蒙古白绒山羊在640bp、811bp处没有发生碱基突变。 相似文献
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试验将生长分化因子9(GDF9)基因和骨形态发生蛋白15(BMP15)基因作为候选基因,采用直接测序法检测GDF9和BMP15基因在黔北麻羊中的单核苷酸多态性。结果表明,在GDF9基因外显子2的562 bp处发生了突变(A→C),导致谷氨酰胺突变为脯氨酸,检测到AA、Aa 2种基因型,基因型频率分别为0.7273、0.2727;A、a等位基因频率分别为0.8637、0.1363。BMP15基因外显子2的480 bp处发生了突变(C→G),导致谷氨酰胺突变为谷氨酸,检测到BB、Bb 2种基因型,基因型频率分别为0.7000、0.3000;B、b等位基因频率分别为0.8500、0.1500。 相似文献
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黔北麻羊LHβ基因多态性及其与产羔数的相关性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
采用直接测序法检测LHβ基因在黔北麻羊中的单核苷酸多态性,以探讨促黄体素β亚基基因多态性与黔北麻羊产羔数的关系,以及该基因对黔北麻羊繁殖力的影响。结果表明:LHβ基因检测到2个突变位点,在外显子2第414位点发生了由C→T碱基突变,导致苏氨酸突变为甲硫氨酸;检测到AA、Aa 2种基因型。A等位基因频率为0.933 4,a等位基因频率为0.066 7,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。在内含子2第718位点发生了由G→A碱基突变,检测到BB、Bb 2种基因型。B等位基因频率为0.950 0,b等位基因频率为0.0500,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。 相似文献
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