鸡繁殖性能近交衰退相关CpG岛差异甲基化基因的筛选

鸡繁殖性能近交衰退是地方鸡遗传资源活体保种过程中面临的重要问题之一,本研究旨在探讨全基因组CpG岛（CpG island,CGI）区DNA甲基化在鸡繁殖性能近交衰退中的作用。分别从狼山鸡高近交组和低近交组中各选取健康母鸡3只,即试验分2个组,每组3个重复,然后采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术,检测分析两组个体性腺轴组织（包括卵巢和下丘脑）全基因组DNA甲基化差异,筛选差异甲基化区域（DMRs）,并对CpG岛区差异甲基化基因进行功能注释和富集分析。结果表明,狼山鸡高近交组和低近交组比较,其卵巢和下丘脑基因组整体甲基化水平均不存在显著差异（P>0.05）;高、低近交组间差异甲基化区域检测发现,下丘脑和卵巢中分别检测到5 948和4 593个差异甲基化区域,其中1 798和995个差异甲基化区域位于基因组CpG岛区,分别注释到1 020和552个基因;下丘脑中,这些CpG岛区差异甲基化基因显著富集在信号转导、神经系统发育、生殖系统发育和卵母细胞成熟调控等繁殖相关的GO条目,以及转化生长因子β信号通路、乙型肝炎、脂肪酸代谢、胰岛素信号通路等19条KEGG信号通路（P<0.05）;卵巢中,CpG岛区差异甲基化基因显著富集于12条信号通路（P<0.05）,包括慢性骨髓白血病、流感A、精氨酸和脯氨酸代谢、粘着连接等,一些与卵子发育和性激素分泌相关的信号通路也被富集到,如黄体酮介导的卵母细胞成熟、卵母细胞减数分裂、GnRH信号通路、雌激素信号通路等,其中包含CDC27、ADCY8、AKT3等10个差异甲基化基因。因此,本研究在狼山鸡高、低近交组间检测到了大量差异甲基化区域,并发现大量差异甲基化基因与繁殖性状相关,推测这些基因CpG岛区DNA甲基化可能在狼山鸡繁殖性能近交衰退调控中发挥重要作用,研究结果为进一步深入探索鸡繁殖性能近交衰退调控机制奠定了基础,为物种资源保护和家禽育种工作提供了理论参考依据。     

1例肉鸡肝恶性黑色素瘤的病理学诊断

本研究旨在对临床上发现的1例肉鸡肝黑色素瘤进行病理学诊断。1羽25日龄AA肉鸡精神沉郁、极度消瘦,剖检发现其整个肝呈黑色。HE染色结果显示,病变肝内遍布大小不一、细胞核深染、细胞质内有大量黑色素颗粒沉积的异常细胞团。黑色素瘤诊断标志蛋白SOX 10和HMB-45抗体免疫组化染色均呈阳性。结合病理学检测和免疫组化结果,判定该病鸡肝患有恶性黑色素瘤。试验对病变肝进行胆色素染色和普鲁士蓝染色,结果均呈阴性,提示病变肝并非由胆红素或含铁血黄素淤积所致。综上表明,此例病鸡患有严重的肝恶性黑色素瘤,试验结果对禽类黑色素瘤的诊断与研究有参考价值。     

参考群筛选方法及规模对基因型填充准确性的影响

为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化（maximizing the expected genetic relationship for matrix A,RELA）、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化（minimized the target population genetic variance for matrix A,MCA）、平均亲缘关系最大化（the highest mean kinship coefficients,KIN）、随机选择（random selection,RAN）、共同祖先筛选（common ancestor,CA）等不同参考群筛选方法及参考群规模对基因型填充准确性的影响。本研究使用矮小型黄羽肉鸡作为试验群体,采用鸡600K SNP芯片（Affymetrix Axion HD genotyping array）进行基因分型,测定435羽子代公鸡45、56、70、84、91日龄体重。利用Beagle软件将低密度SNP芯片填充为高密度SNP芯片数据,比较不同参考群筛选方法、参考群规模对基因型填充准确性的影响,以及填充芯片基因组预测准确性。结果表明,使用Beagle 4.0结合系谱信息进行填充效果最佳,其次为Beagle 4.0,而Beagle 5.1填充效果最差。使用MCA方法筛选参考群进行基因型填充准确性最高,使用RAN方法筛选参考群进行基因型填充准确性最低,MCA、RELA、CA 3种方法基因型填充准确性差别较小。相比其他方法,使用MCA方法筛选个体作为参考群将低密度SNP芯片填充至高密度SNP芯片进行基因组选择的预测准确性较高,与真实高密度SNP芯片的基因组预测准确性相差甚微。随着参考群规模增大,基因型填充准确性也随之增加,但增速逐渐下降,最后趋于平缓。综上所述,可以通过参考群筛选方法构建参考群以及控制参考群规模,以保证基因型填充和基因组预测准确性并节省成本,本研究为基因型填充在畜禽遗传育种中的应用提供技术参考。     

2019年湖南省部分地区鸡、鸭、猪源大肠杆菌耐药性调查

旨在调查2019年湖南省部分地区不同来源的大肠杆菌对抗生素的耐药水平,为养殖合理用药提供参考。从4个市畜禽养殖场采集猪、鸡和鸭粪便285份,使用麦康凯琼脂培养基和伊红美蓝培养基对大肠杆菌筛选,利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱进行鉴定,采用微量肉汤稀释法检测16种抗生素对大肠杆菌的最小抑菌浓度(MIC)。共分离出203株大肠杆菌(鸡源146株、鸭源20株和猪源37株),对四环素和氨苄西林耐药率最高,分别达到89.2%和84.7%;对头孢他啶、奥格门丁、黏菌素耐药率较低,分别为2.5%、2.0%和0.5%;所有菌株均对美罗培南敏感。抗3种及以上抗生素的菌株数目占比为87.7%,而仅5.42%的菌株对所有检测的抗生素敏感。另外,来源于减抗示范养殖场的大肠杆菌对大部分抗生素的耐药率,与来源于非减抗养殖场大肠杆菌相比未见显著差异。上述结果表明,湖南省动物源大肠杆菌的耐药水平仍处在较高水平,重视兽药使用管理并持续开展对大肠杆菌的耐药性监测十分必要。     

Egg production,fertility, hatchability and immune responses of some chicken strains under high ambient temperatures

This experiment was designed to investigate and compare the egg production, fertility, hatchability and immune responses of some local developed Egyptian chicken strains under high ambient temperatures. A total of 108 (26 weeks old) laying hens of Matrouh, Silver Montazah, Mandarah and Inshas (9 hens × 3 replicates × 4 strains) were used to evaluate the impact of thermal stress (24-34ºC) during summer season (June, July and August) on egg production, fertility, hatchability and immune responses. The obtained results revealed that final body weight (FBW/g) and body weight change (BWC/g) among different chicken strains were not affected. The daily feed consumption (FC/g) and feed conversion ratio (FCR) for Silver Montazah and Inshas strains were significantly (p ≤ .05) higher than those of Matrouh and Mandarah strains. The mean egg production (EP/%) and egg mass (EM) for Silver Montazah and Inshas strains were significantly (p ≤ .05) higher than those of Matrouh and Mandarah strains. The highest percentages of hatchability of total eggs (HTE) and fertile eggs (HFE) were recorded in Inshas chickens, while the lowest value was recorded in Mandarah chickens. Also, the highest embryonic mortalities (p ≤ .05) and lowest chick weight at hatch (CWH/g) were recorded in Mandarah chickens compared with the other strains. The highest values for antibody titres against phytohemagglutinin-P (PHA-P) were recorded in Mandarah chickens, while the least values were recorded in Inshas chickens.     

0~4周龄云岭红肉鸡赖氨酸适宜需要量的研究

试验通过分析饲粮不同赖氨酸水平对云岭红肉鸡生长性能、氮沉积率及血液生化指标的影响,确定云岭红肉鸡饲粮赖氨酸的适宜需要量。采用单因素试验设计,将180只健康状况良好、体重相近的1日龄云岭红肉鸡随机分为5个处理组,每组3个重复,每个重复12只鸡。5组试验鸡饲喂的饲粮赖氨酸水平分别为0.85%、0.95%、1.05%、1.15%、1.25%。结果表明:赖氨酸水平对试验鸡的期末体重、全期增重、平均日增重及料重比有显著影响(P<0.05),当赖氨酸水平为1.15%时期末体重最大739.21 g,全期增重最大701.66 g,平均日增重最大24.19 g,料重比最低1.68。不同赖氨酸水平对丝氨酸、甘氨酸和组氨酸的表观代谢率影响显著(P<0.05)。对血清总氨基酸和血清尿素氮影响显著(P<0.05)。研究表明,0~4周龄云岭红肉鸡适宜赖氨酸水平最适量为1.15%。     

鸡FKBP5基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析

本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。     

疫情下乳制品需求旺盛,低温鲜奶市场蓬勃发展

2020年新冠肺炎疫情（简称“疫情”）爆发后,我国乳制品消费量一度下降,随着疫情逐步得到控制,液态乳制品销售量于4月后开始恢复为同比正向增长,此后乳制品消费总量加快增长,消费结构不断优化,尤其是低温鲜奶消费一枝独秀。近年来,我国低温鲜奶消费呈加速增长趋势,2020年同比增幅达25.6%,增速创历史新高。总的看,近年来在政策鼓励、技术创新、市场培育三大因素推动下,低温鲜奶消费持续较快增长,而疫情下消费者对营养健康的关注度提高大大助推了这一进程,预计这一趋势仍将持续,建议顺应消费升级趋势,加大奶源生产基地和冷链设施建设,构筑乳业高质量发展的基础。     

Phylogenetic analysis of Myanmar indigenous chickens using mitochondrial D-loop sequence reveals their characteristics as a genetic resource

Myanmar indigenous chickens play important roles in food, entertainment, and farm business for the people of Myanmar. In this study, complete mitochondrial D-loop sequences (1232 bp) were analyzed using 176 chickens, including three indigenous breeds, two fighting cock populations, and three indigenous populations to elucidate genetic diversity and accomplish a phylogenetic analysis of Myanmar indigenous chickens. The average haplotype and nucleotide diversities were 0.948 ± 0.009 and 0.00814 ± 0.00024, respectively, exhibiting high genetic diversity of Myanmar indigenous chickens. Sixty-four haplotypes were classified as seven haplogroups, with the majority being haplogroup F. The breeds and populations except Inbinwa had multiple maternal haplogroups, suggesting that they experienced no recent purifying selection and bottleneck events. All breeds and populations examined shared haplogroup F. When 232 sequences belonging to haplogroup F (79 from Myanmar and 153 deposited sequences from other Asian countries/region) were analyzed together, the highest genetic diversity was observed in Myanmar indigenous chickens. Furthermore, Myanmar indigenous chickens and red junglefowls were observed in the center of the star-like median-joining network of 37 F-haplotypes, suggesting that Myanmar is one of the origins of haplogroup F. These findings revealed the unique genetic characteristic of Myanmar indigenous chickens as important genetic resources.     

鸡白痢沙门氏菌鸡胚感染模型建立方法的筛选

为筛选出理想的鸡白痢沙门氏菌宿主感染模型的建立方法,本研究通过选择不同接种方式配合不同菌液浓度接种不同胚龄鸡胚建立感染模型,将90枚SPF鸡胚随机分成9组,每组10枚,分别为A、B、C、D、E、F、G、H、I组,A组为空白对照组,其余各组为模型组,模型组分别以气室接种、蛋壳接触接种的方式对不同胚龄（11和14胚龄）SPF鸡胚接种不同浓度（1×10³、3×10³、9×10³、3×10⁵、9×10⁵ CFU/mL）的鸡白痢沙门氏菌C79-3菌株。每天观察情况直至出雏,待雏鸡孵出后按组分笼饲养,每隔12 h观察1次,连续观察7 d,观察各组雏鸡的临床症状、死亡情况,观察期结束对死亡和存活雏鸡进行剖检、组织病理学检查及鸡白痢沙门氏菌的分离鉴定。结果显示,各模型组均有雏鸡出现明显的鸡白痢病症状并死亡,相较于其他模型组,以11胚龄蛋壳接触感染方式接种9×10⁵ CFU/mL的C79-3菌液的F组和14胚龄气室感染方式接种3×10³ CFU/mL C79-3菌液0.1 mL的H组,鸡胚出壳率较高,可分别达到80%和90%,出壳雏鸡呈现明显鸡白痢病特征,剖检可见肝脏出血、盲肠膨大、卵黄囊吸收不良;组织病理切片可观察到肝脏、盲肠、心脏各有不同程度的损伤,发病率分别100%和88.8%,并且鸡白痢沙门氏菌阳性检出率分别达70%和90%。本研究结果表明,以11胚龄蛋壳接触感染方式接种0.1 mL 9×10⁵ CFU/mL的C79-3菌液和14胚龄以气室感染方式接种0.1 mL 3×10³ CFU/mL的C79-3菌液的两种方法均可用于建立稳定的鸡白痢沙门氏菌宿主感染模型。