利用SNP标记进行上杭槐猪群体系谱构建研究

为了对新组建的上杭槐猪保种群实施有效管理，维持群体遗传多样性，本研究通过“中芯一号”50K芯片对229头上杭槐猪DNA样本进行基因分型，并下载杜洛克猪、大白猪、长白猪等西方商业猪种60K芯片数据，合并后进行群体遗传结构分析，重构上杭槐猪保种群系谱并对上杭槐猪公猪群进行家系划分。结果显示：该上杭槐猪保种群与西方商业猪种群体在遗传结构上有明显区别，其个体种质资源纯正，是良好的保种材料。在5次重复系谱构建中，229个基因型个体亲缘关系均相同，系谱早期的22个虚拟个体及其所属亲缘关系在5次重复中均保持一致从而被保留。上杭槐猪保种群中公猪个体之间的亲缘关系较远，可划分为8个家系进行保种管理。本研究表明，通过数量丰富的SNP数据对多世代上杭槐猪群进行系谱构建与公猪家系划分以进行群体保种管理，可为上杭槐猪群体的保种工作提供科学的指导与建议。     

参考群筛选方法及规模对基因型填充准确性的影响

为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化（maximizing the expected genetic relationship for matrix A,RELA）、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化（minimized the target population genetic variance for matrix A,MCA）、平均亲缘关系最大化（the highest mean kinship coefficients,KIN）、随机选择（random selection,RAN）、共同祖先筛选（common ancestor,CA）等不同参考群筛选方法及参考群规模对基因型填充准确性的影响。本研究使用矮小型黄羽肉鸡作为试验群体,采用鸡600K SNP芯片（Affymetrix Axion HD genotyping array）进行基因分型,测定435羽子代公鸡45、56、70、84、91日龄体重。利用Beagle软件将低密度SNP芯片填充为高密度SNP芯片数据,比较不同参考群筛选方法、参考群规模对基因型填充准确性的影响,以及填充芯片基因组预测准确性。结果表明,使用Beagle 4.0结合系谱信息进行填充效果最佳,其次为Beagle 4.0,而Beagle 5.1填充效果最差。使用MCA方法筛选参考群进行基因型填充准确性最高,使用RAN方法筛选参考群进行基因型填充准确性最低,MCA、RELA、CA 3种方法基因型填充准确性差别较小。相比其他方法,使用MCA方法筛选个体作为参考群将低密度SNP芯片填充至高密度SNP芯片进行基因组选择的预测准确性较高,与真实高密度SNP芯片的基因组预测准确性相差甚微。随着参考群规模增大,基因型填充准确性也随之增加,但增速逐渐下降,最后趋于平缓。综上所述,可以通过参考群筛选方法构建参考群以及控制参考群规模,以保证基因型填充和基因组预测准确性并节省成本,本研究为基因型填充在畜禽遗传育种中的应用提供技术参考。     

大白母猪利用年限与初产性状间的遗传相关分析

为探究大白母猪利用年限相关性状的遗传结构,实现早期选种,本研究采用国家生猪产业体系华南种猪遗传评估网1998年1月至2014年8月收集的大白猪繁殖性状数据,使用DMU(V6)分析计算母猪第1胎分娩日龄、第1胎总产仔数、第1胎产活仔数、前3胎产活仔数、前5胎产活仔数、第3胎稳定性、第5胎稳定性、终生总产仔数、终生产活仔数和终生日龄间的遗传力与遗传相关。结果表明,大白母猪第1胎总产仔数、第1胎产活仔数、终生总产子数、终生产活仔数、第5胎稳定性遗传力为0.132~0.198,属于低遗传力性状;前3胎产活仔数、前5胎产活仔数、第3胎稳定性遗传力为0.230~0.271,属于中等遗传力性状;第1胎分娩日龄、终生日龄遗传力为0.492~0.642,属于高遗传力性状。大白母猪第1胎总产仔数、第1胎产活仔数、前3胎产活仔数、前5胎产活仔数、终生总产仔数和终生产活仔数间有较强的正遗传相关,与终生日龄有较弱的正遗传相关,与第3胎和第5胎稳定性有较弱的正遗传相关。母猪初产日龄与终生总产仔数和终生产活仔数间呈一定的负遗传相关,而初产日龄与终生日龄呈强的正遗传相关。通过对母猪利用年限的遗传参数估计有望通过选育提高利用年限,通过母猪利用年限有关性状与其他性状间的遗传相关分析,有助于早期选种加快延长母猪利用年限。     

妊娠期背膘厚对母猪产程及繁殖性能的影响

为优化母猪繁殖效率,探究妊娠期不同背膘厚对母猪繁殖性能和分娩产程的影响,本研究以广西某公司2 969头大白母猪和1 787头长白母猪为试验群体,收集2017年1月至2017年10月妊娠期3个阶段(妊娠30、80和107 d)背膘厚与分娩接产记录数据,分析背膘厚与分娩产程、总产仔数、产活仔数和初生窝重等性状的关系。研究结果表明,大白母猪分娩产程时间显著短于长白母猪(P0.05),大白母猪总产仔数、产活仔数和初生窝重显著优于长白母猪(P0.05)。在妊娠30 d时,背膘厚在18～20 mm组的大白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重最大;背膘厚在18～20 mm组的长白母猪总产仔数和产活仔数最高。在妊娠80 d时,背膘厚≥20 mm组的大白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重最大、产程最短;背膘厚在16～18 mm组的长白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重较高、母猪产程较短。在妊娠107 d时,背膘厚在14～16 mm组的大白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重最大,但母猪产程与其他组差异不显著(P0.05);背膘厚≥20 mm组的长白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重较大。妊娠期背膘厚减少1～2 mm的大白母猪,其总产仔数和产活仔数最高,初生窝重较小,产程较长。而背膘厚减少2 mm的长白母猪,其总产仔数和产活仔数最高,初生窝重较大,产程较短。上述试验结果说明,在母猪妊娠期间,合适的背膘厚可有效提高母猪繁殖性能和母猪分娩期间的福利水平。养殖场可以根据营养配方和猪群品种建立背膘数据库,通过精准饲喂将母猪背膘厚调整至最佳范围,同时合理控制妊娠期背膘变化。     

妊娠期背膘厚对母猪产程及繁殖性能的影响

为优化母猪繁殖效率,探究妊娠期不同背膘厚对母猪繁殖性能和分娩产程的影响,本研究以广西某公司2 969头大白母猪和1 787头长白母猪为试验群体,收集2017年1月至2017年10月妊娠期3个阶段(妊娠30、80和107 d)背膘厚与分娩接产记录数据,分析背膘厚与分娩产程、总产仔数、产活仔数和初生窝重等性状的关系。研究结果表明,大白母猪分娩产程时间显著短于长白母猪(P<0.05),大白母猪总产仔数、产活仔数和初生窝重显著优于长白母猪(P<0.05)。在妊娠30 d时,背膘厚在18～20 mm组的大白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重最大;背膘厚在18～20 mm组的长白母猪总产仔数和产活仔数最高。在妊娠80 d时,背膘厚≥20 mm组的大白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重最大、产程最短;背膘厚在16～18 mm组的长白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重较高、母猪产程较短。在妊娠107 d时,背膘厚在14～16 mm组的大白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重最大,但母猪产程与其他组差异不显著(P>0.05);背膘厚≥20 mm组的长白母猪总产仔数和产活仔数最高,且初生窝重较大。妊娠期背膘厚减少1～2 mm的大白母猪,其总产仔数和产活仔数最高,初生窝重较小,产程较长。而背膘厚减少>2 mm的长白母猪,其总产仔数和产活仔数最高,初生窝重较大,产程较短。上述试验结果说明,在母猪妊娠期间,合适的背膘厚可有效提高母猪繁殖性能和母猪分娩期间的福利水平。养殖场可以根据营养配方和猪群品种建立背膘数据库,通过精准饲喂将母猪背膘厚调整至最佳范围,同时合理控制妊娠期背膘变化。     

不同品种、月份、月龄及采精间隔对猪精液品质的影响

为研究不同品种、采精月份、采精月龄和采精间隔等因素对加系公猪精液品质的影响,以及品种、初次采精周龄对精液质量稳定性的影响,本研究以江西某种公猪站79头加系大白猪、长白猪、杜洛克猪种公猪为试验群体,收集2018年12月至2020年12月3 921条精液采集与精液质量数据,通过混合线性模型与方差分析探究各因素对精液量、精液密度、精子活力、总精子数及其稳定性的影响。结果显示,从不同品种对精液质量的影响来看,长白猪精液量和总精子数均高于大白猪、杜洛克猪,但杜洛克猪精液密度高于长白猪、大白猪,杜洛克猪精子活力最低;从不同月份来看,1~3月采精精液密度最高,4~6月采精精子活力最高,10~12月采精精液量和总精子数最高,精液量呈现秋冬多、春夏少的季节变化规律。公猪不同月龄采精,精液质量指标也存在差异,月龄越小精液量越低,但精液密度偏高,精子活力相对较好,在19~24月龄黄金期总精子数最高。不同采精间隔对精液质量有较大影响,采精间隔越长,精液量、精液密度、精子活力和总精子数相对较好,采精间隔为5 d时综合性能最佳,但过长的采精间隔导致精子活力降低。品种影响总精子数稳定性,长白猪、大白猪总精子数稳定性显著优于杜洛克猪（P<0.05）。本研究结果表明,品种、采精月份、采精月龄和采精间隔均会影响公猪精液质量,关注这些因素有助于公猪站制定更完善的生产计划,提高公猪利用率。