三白草APETALA1基因的克隆和在苞叶中的表达

三白草属于三白草科,其花没有花萼和花瓣,开花时顶端三片苞片变白。A-class MADS-box基因在花发育过程中起着重要作用。APETALA1(AP1)基因属于花分生组织识别基因,调控花分生组织向花器官的转变;同时AP1基因又是花器官形态特征基因,在花发育的ABCDE模型中,AP1基因属于A类基因,是萼片和花瓣正常发育所必需的。本研究通过RACE方法克隆三白草的MADS-box AP1基因的cDNA全长并与其他物种的AP1同源基因C-末端的结构域进行比较,同时对AP1 MADS-box基因在苞叶变化过程中表达进行分析,无被花三白草的研究对正确了解花被起源和演化过程具有重要的意义。     

空肠弯曲菌flaA基因序列及功能预测分析

[目的]对空肠弯曲菌空肠弯曲菌flaA基因的序列及功能进行预测分析。[方法]分析了多个空肠弯曲菌flaA核酸及氨基酸序列组成和序列差异性;预测分析了flaA基因密码子使用偏好性、蛋白结构和功能域、Fla A与相关功能蛋白的互作情况。[结果]不同菌株的flaA基因序列存在差异性,且差异主要存在于序列的中间区域。不同空肠弯曲菌菌株的同一基因在密码子选择上存在差异。Fla A与多个蛋白存在不同形式的相互作用。[结论]该研究可为空肠弯曲菌flaA基因序列分析和功能研究应用提供基础和依据。     

化学分析法的理想参考蛋白模式及其化学生物价研究

化学分析法在不同参考蛋白模式下得到的评价差距较大,在作为蛋白质生物价的估计时不够理想和满意,为此筛选出相应的理想参考蛋白模式使其评价更为准确和可靠具有重要的意义。为此,利用统计学软件分析多种食物在两种常用模式下各化学评分与生物价的相关性和离差情况,在保持二者等级相关程度不变情况下,求出各化学评分与生物价的回归方程。结果表明：两种常用模式下各化学评分与BV的偏离高低不一,而化学生物价从总体上消除与BV的偏离。AAS、CS、EAAI及EAARR与BV的相关性在全蛋模式下较强,而SRCAA与BV的相关性在FAO/WHO模式下较强。同时化学生物价不仅保持相关性不变,而且使二者高度等级关系转变为等值关系。因此,AAS、CS、EAAI及EAARR应以全蛋模式作为理想参考蛋白模式,而SRCAA要以FAO/WHO模式作为理想参考蛋白模式。化学生物价比各化学评分更接近BV值,作为BV的估计值时更为合理、准确和可靠。     

4种信号分子处理后马铃薯Star基因表达的RT-PCR分析

以马铃薯叶片为试验材料,其叶片分别经外源SA、MJ、ETH、ABA处理后,在不同时间点取样,提取总RNA,对Star基因的表达进行半定量RT-PCR分析.结果表明,Star基因能够被SA、MJ、ABA迅速诱导表达,而被ETH诱导表达的时间比较晚.可见,Star基因被4种信号分子诱导表达之间存在广泛的重叠,反映了在马铃薯抵御晚疫病菌侵染过程中Star基因参与了一个非常复杂的信号传递过程.     

沙门氏菌感染后鸡血液中核苷酸结合寡聚化结构域1基因的表达量变化分析

为了探讨核苷酸结合寡聚化结构域1(nucleotide-binding oligomerization domain containing 1,NOD1)在抗沙门氏菌感染过程中的作用,本试验采用实时荧光定量PCR的方法检测了血液中NOD1基因在转录水平的表达量变化.试验分为3组,鸡白痢沙门氏菌组、肠炎沙门氏菌组和对照组,分别在感染后1、3、5、7 d检测NOD1 mRNA的表达水平.结果显示,感染后的1~7 d,鸡白痢沙门氏菌和肠炎沙门氏菌感染后的表达量变化趋势不同,其中,鸡白痢沙门氏菌感染后表达量呈先上升再下降然后再上升的波浪形变化,而肠炎沙门氏菌感染后的表达量呈逐渐上升趋势.与对照组相比,血液中NOD1 mRNA的水平,在鸡白痢沙门氏菌感染后的3和7 d的表达量显著高于对照组(P <0.05),在肠炎沙门氏菌感染后的5、7 d的表达量显著高于对照组(P <0.05).提示,鸡白痢沙门氏菌和肠炎沙门氏菌感染后均可促进鸡血液中NOD1基因的表达,NOD1基因可能参与了机体抗沙门氏菌感染过程.     

油棕等植物γ-生育酚甲基转移酶的生物信息学分析

油棕果实中含有丰富的维生素E,而提高其中高活性的维生素E组分是改善棕油品质的关键。油棕γ-生育酚甲基转移酶(Gen Bank登录号为AEU17779)能将低活性的γ-生育酚三烯催化生成高活性的α-生育酚和α-生育酚三烯,是控制油棕维生素E组分和活性的关键酶,其功能在油棕等许多植物中极其保守。本研究利用生物信息学相关软件对以油棕VTE4基因为主要分析对象的一些植物VTE4基因的核酸和相应的氨基酸序列的组成成分、疏水性/亲水性、跨膜结构域以及功能结构域等进行分析。结果表明:VTE4属于不具有信号肽的亲水性蛋白,可能作为转运蛋白在叶绿体中发挥作用,α-螺旋和无规则卷曲大量散布于整个蛋白质二级结构中,具有S-腺苷甲硫氨酸结合位点和PLN02244保守结构域。这一结果可为油棕等植物VTE4的功能和分子机制研究提供更多详细的参考。     

小麦逆境胁迫相关基因TaC2DP1的克隆及表达分析

【目的】克隆与逆境胁迫相关的基因,并对其序列特征、进化关系和表达特性进行分析,探讨该基因在小麦抗逆调控过程中的生物学功能,为进一步解析植物的抗逆机制提供候选基因和理论依据。【方法】以cDNA芯片数据获得的水分胁迫诱导上调表达基因EST序列为探针,对小麦EST数据库进行搜索,筛选与探针同源性在97％以上的EST序列,通过电子克隆结合RT-PCR获得该基因cDNA全长,采用生物信息学软件分析比较克隆基因的保守结构域及序列特征;采用MEGA6.0软件构建该基因的系统进化树;将测序正确的该基因片段通过EcoRⅠ和HindⅢ限制性内切酶酶切连接至原核表达载体pMAL-c2X,重组质粒转化大肠杆菌BL21,经终浓度为0.3 mmol·L^-1 IPTG诱导1-5 h后,用SDS-PAGE分析融合蛋白的表达;采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）分析该基因在小麦不同组织间的表达差异及其在低温、干旱、高温和ABA处理下的表达模式。【结果】成功获得小麦cDNA全长序列,命名为TaC2DP1。该基因序列全长为1 356 bp,包含一个1 209 bp的开放阅读框（ORF）,5′端非编码区50 bp,3′端非编码区97 bp,编码402个氨基酸,推导编码蛋白质的预测分子量为43.41 kD,等电点为4.30,属于酸性蛋白,BLAST分析表明,该蛋白含有一个与钙离子结合的结构域,称为C2结构域（C2-domain）。多序列比对及进化树分析表明,TaC2DP1与乌拉尔图小麦TuC2亲缘关系最近,二者具有高度的同源性,其编码的氨基酸一致性达到91%;蛋白质结构预测分析显示TaC2DP1无跨膜螺旋和双硫键,亚细胞定位于细胞质中;成功构建了该基因的原核表达载体pMAL-c2X-TaC2DP1,在IPTG诱导下得到90 kD左右的蛋白,与理论值一致。通过实时荧光定量PCR进行TaC2DP1表达分析,显示该基因在小麦的根、茎、叶、幼穗、未成熟籽粒、胚及胚乳中均有表达,其中在幼穗中表达量最高,在花后5 d籽粒中表达量最低。TaC2DP1可被植物激素ABA诱导而上调表达;干旱胁迫过程中,TaC2DP1受胁迫诱导呈稳定上调表达趋势;高温和低温胁迫过程中,TaC2DP1均在胁迫后的0.5 h迅速诱导上调表达,分别为对照的21和17倍。推测该基因可能参与小麦ABA 信号通路中对逆境胁迫的抗性反应。【结论】获得小麦TaC2DP1的全长序列,其编码蛋白含有与钙离子结合的C2结构域;在低温、干旱、高温和ABA逆境胁迫下,TaC2DP1属于依赖于ABA胁迫响应基因调控网络,可能在干旱、低温和热胁迫中发挥重要作用。     

新城疫病毒HN基因功能结构域的原核表达

本研究对新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)分离株sc05的HN基因进行了克隆、序列测定,在此基础上将其C端功能结构域76－571 aa片段亚克隆到pET32a(＋)表达载体上,构建重组表达质粒pET32a-HN,鉴定正确后转化进BL21 plysS(DE3)细胞,筛选出阳性克隆,用1 mmol/L IPTG 诱导表达,并对表达产物进行鉴定。SDS-PAGE电泳结果显示,HN基因功能结构域片段在 BL21 plysS(DE3)细胞中实现融合表达,表达产物大小约为76 ku,Western blotting试验证实其能与NDV阳性血清反应。本研究为进一步研究HN蛋白功能结构域的免疫原性和研制鸡新城疫HN基因工程疫苗奠定了基础。     

生物信息学分析苜蓿全基因组抗病基因和基因扩张现象

摘 要：本研究采用生物信息学方法,利用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)和HMM(Hidden Markov Model)工具,对蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)全基因组Mt2.0数据中含有核苷酸结合区NBS结构的抗病基因进行了分析,包括NBS基因数量、类型、基因复制、物理位置分析和系统发生学关系分析。结果表明,在苜蓿全基因组中找到469个有NBS结构的抗病基因,其中包括446个标准结构NBS基因、23个非标准结构NBS基因。通过对全基因组内标准NBS类型抗病基因进行物理位置和系统进化树分析,发现苜蓿基因组中抗病基因在进化过程中存在明显的基因复制现象,基因的复制对苜蓿基因组中抗病基因数量扩张起到了重要的作用。     

中华鳖MyD88部分序列克隆及其在组织中的表达差异分析

MyD88(Myeloid differentiation factor 88,MyD88)是多数TLRs(Toll like receptor,TLRs)信号转导过程中的关键接头分子。研究根据MyD88(Myeloid differentiation factor 88,MyD88)TIR结构域(Toll-like/IL-1 receptor domain)保守区设计简并引物,通过PCR扩增,成功地从中华鳖脾脏cDNA中扩增出351bp的目标序列。测序后经结构域和序列比较分析,扩增片段为中华鳖的MyD88 TIR结构域。该序列与大黄鱼、鸡等脊椎动物的MyD88的TIR结构域序列同源性和相似性分别为72.9%～86%和77.6%～83.6%。以热灭活嗜水气单胞菌刺激中华鳖后,经荧光定量PCR检测,在48h内,肝、脾和肾组织中MyD88 mRNA相对表达量均出现不同程度的增加,尤以脾脏中的增幅最为明显,为对照组的6.89倍;中华鳖心脏成纤维样细胞经20ng LPS刺激后1～8h,MyD88表达量有所提高,24h的表达量最高。该研究结果将为开展中华鳖天然免疫奠定良好基础。